result

Gene information

Detail information of AfisC1G04143

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC1G04143	chr1	767959125	767969425	-

Sequences

CDS

>AfisC1G04143
ATGTCGAAGACAAAATGCAACAGAGCGGTGAAACATAAAAAGAATTTGCCGTCTTGTGAGGGATTGATCACGTATATGACTAGGAAGCGCGCTCGAACTTCTGACAAATTATTTCAAGAAAATGTCGATGTTTCAGCTCAAGAGATTGACAGTGGTAGAAAAGATGCCCATCGGAAAAATGTGCTGGAACATATGTTGCAATTGATAGATGTCAGCAGTAGTGGTGGTATTAATGATTGTATCACCGATGCACTAATCTATTTGCCTTCCACAAATGTCCAAAGGCCTCATATGACTGATGTGACCAAAGATACTGCTAGGCCTAAGGACAGATATACCCATCATAAATATAATGCTGCGACTAGGCCCGAAACTAAAGTACATGAAATGGTAGATGCAGATGCAAACAAAATTAAATGTCAAAAAACCTTTTGCAATATTCTTTGTTCGGAGAAATTTTTATTGTTGTGCAATTTAGTTTGCGAAGGCATCAAAGTCGAGAAATTATTTGACATTAAGCATTTAGATTCTAAAATGAAGAGTGGGGTTTATGGACAGTCACCCGGGGCATTTTTTGAAGATCTTCAGCAGATTTGGGAGAATTTTAAGCGAGTTGGTGAAGAAATGGTTATTCTTGCATGCAGTCTCTCAAACATGTCAAAGGACGTTAACTGTAATCAGGTTGAAGAAGATTTGGTTGGTGAAGCTTGCCCACAAAATTCAAAGCAAGGTTGCACGGTTGGTTCTGCAGCAAAACATTCAGAGGTCTCCATTTCGGGAACCCAATTTACACAATTCTGCAAGTGTAAAACGTGCGGGCTTAAAGCAGATGAAAATAGTAGTCTTATATGTGATGCATGTGACGCTCCCTACCATCTCTCCTGTCTCAAGCCAGCCATCAAAGATATCCCCACTAAAAGCTGGAACGAAAACTTGCACGATAATTGTACAATCTGTGAGAAGCTCGAATTTGTTACCGAAGCGAAAGAACCATTGATTGCAAATGCAAATACTTCAGCAGAGAGCTCTGTACTGATCCCAAACACCTCAAGAGAAAGCTCTATTTCTAGCATGGTGACTGATGAGGCACCTGAAATATCGAGGACTGCTTTGTCGCGCTTGTGCAAGCGATGTGGGACATGTGAAGACGAGGATAAGAAATTTTTGATGTGTGGACATGCCCAGTGCCCTTACAAATATTACCACATCCGGTGCTTGAAAACTAGTGAGATTGCTAGTCACCAACAAAGAAATAGGCAGTGTTGGTACTGCCCTTCTTGCTTGTGTAGAGATTGCTCCCTTGATCGAGATGATGATTTGATTGTGCTGTGTGATGGATGTGATGAGGCTCATCACATTTACTGTATGAAACCGCCTCGTTCGTCTGTACCTAAAGGTCAATGGTATTGCTTACGTTGCAATGTAGAAAAGGCGAAACAAGGCATGAGGAGATATGAACAGTGGGTTTTACAACTACATGGGAAAAAGGGTAAGTGA

Protein

Gene

>AfisC1G04143
ATTGAGGTTAGGGTTATATTTCTGGCCTCTTTTACATTAGAACCGCTTTCGCTCGTGAACCCTTATCTTTGCCGAACCTCGGTAGTTAGGGTTTCTGGAAATGTCGAAGACAAAATGCAACAGAGCGGTGAAACATAAAAAGAATTTGCCGTCTTGTGAGGGATTGATCACGTATATGACTAGGAAGCGCGCTCGAACTTCTGACAAATTATTTCAAGAAAATGTCGATGTTTCAGCTCAAGAGGTATTTTTCAGTGTAAAATTTCATTATTTGTGATATCGTGTGATTTGGGGTTTCGGAATAGGTATTCAGTACTTTTGGTGTGTTAATTTGCAATGTGTCAAAGGACTCAGTGCTATCAACCTATTGAAGTTAAAATTCAGCAAATAGTTGTGGATTAACTATACGCATTAATGCATATAATCAGTGAACTTATTTAATATCTGATGATTTCGTACGTTGCCAAATGCAGAAGAGCTTTATGAGACTTTAGCACATAGCAACAAGCATTAAATTCATTTTGTGTGCCATAGGTTGAACTTAGTTACGTTTGCTTGGTTTGGTCTGATTTGATATGCTTTTGTCATACTTTCTTCACTTGTGCATCCTATTTATCATGACATGGGTACATTCTCCACCAAGTCCAACTAGCGTTCTTTCAATCCTATCGAGGAAGCGCCTATTTTTCGTCTTGCAAGTAGTGCAAATTTGCTAAAAGAGAAAAACCAAGTAGAGAAGAAAACGAACTTTTATATTTATTAAAAGAGAAAAGAAATCATAAGTACCATATCATATCACTTCAAGTTTATGTGCAACTTGAAATCTTGTACTCACTTTCTCTCTGTACAAAGAACTACTATTTCCAAGAGGTATACACACTCCTAAAAACACTCTCAACTCACATTGCATGAAGTCCCTGGAGTTTTATTAGGTATTTTTAAATTTAATTCTTTGTTTTTTTCCTTATTCTCTCCTTTTTCTTGAATCCTCTTAACTGACTAGACTCCTTATTTAATAAATATTTATTCCACATTAACTCCATTTATTGTACGTTCATCTCAACTTTATTATCTATTCATCTTTACATAACTCCATTTGTTTTCCCATTTAGATTCATCGCAACTTTTATCCCAGAGTCTTCCTTTAATTAAGGAAACTTCTATGACCATGATAGAATGACCAATAATTGGATTGGATATTCTTACAAGTCCTTCTATTAGAATGGACAACAATTGTTTGCTTTATGCAAATCAAAATGTTTGTGACAAAAATATGCCAACGTAGGCATGTCAATGATGACTACCCAAAGGAAAACGCGAAATCAATTAAATTCTGCTCATGTTTATAATATTTAGGACAATATGGTTTACATCTGATTTTTAACCAGGTTCTTGTTGATATAGTAAATTTAAAGAAGAAAATTCAACACGAACCTTTTGTTCATTGATGATATATAAAATTTCACCAATGAAATGTGTATCTTTTCAGATATAGTCATACACATACATACACACATTTGGTTGAGATTTGTCACAAAAGTTTTACTATGTTATTGGTAATAGAACAAAATTTTGGATACTAAGTGAGTAATGTTAATATTTATCCTAGTTACTGTCGCTACTCTTTGAGAATAAAATGTTGACATGGGAGCTGAATAAGTTCCGTCAACCGATTATATAGTTTTCGATATGATACTAAATAACTGTTAATCTGTAATTCATGTGTCACTCAAGCTTTATATGCATTCATATTACCTTATAAAAGCTTATGAGTTTATTATTTGGAGAATGCAGATGCCAATTTCGAACATAAGAAAATAAAGGCAAACCATTATTACTTCTGCAACAACAGACCATACATAAGCGTTCATTAATTTGCTCGAAATTTGATTGCAAGTAAAAATATTTTCACCCTGCATCTACAAATGCTGAACAACAGTTCTTTACTTTCTAGCTACACTATACCTTGTTATGATAGAAGTGGAAATGATCTTTCTGCCTCCTTAAAACGTTGAATCACATAGGTAGGTATTGACCTTACTTTCTATCACATATGCAATAATATGTAACATGCATCTTAGTTCTTTTAATAACTTTTACTGTCGGCTGAAAGGTGTGATTATAAGTACTTTGTAAAATGGTATGTAAGGAATATATATGTCTAATTTTCTTGTAGTCTTGTCTTTAGAATAGTTTAGTAATTAAATTTTTTAGCCATATTGGCCTATGTATGGTGGTTCGAGGTTTTGAATGGAACTTAAAAAACTCTGGTTGTTCCATATTCCACATTTTTTTATCTTTGTTTGCGAACAACTGTTAAAAATATGATTGGAGTTTTGATTGTAGTATCAAATCTTTGATATCTTAGAGATGTTCATAGCAAGGTTTCAAATCTTTGACTTTGGTCGCATCTCGTGTTAAGATTTTTACACATCATATCTTGTATCGGGTGAGATCTTGGACGACATAAATGTACAATAGTGGTACATCTCAAATTGACATCTCATATCTTGAATACATCTGGAGACGATAGCGGAGTAACTTGTGAATTTAAAATTGACATTTAGTAAAAATATTTTTGTTTGTTATTAAAAAAATAATTGTAACATACTTGTGTGCATATAAAAAGGATGCACTAGAAGGAGAAGAATTTTTTTTTTGGAAGAGCGTAGTAGTTTGATTTATTTGGTATTGGTCAAATTTTTTTTCTAATTTTATCCATAAAAAAAATACGATGTCATTTGTTATGACTGGTCCAGATAAAAAGTAAAAACATTATATGAGTTATTAAATAATAATTGGTTGGGTAATTTTGTTTGAATCATATGAAAAGTATTAAAGTTATATAAACAAAAAATAATATAATTTTGGGCGAGATCTCATATTGGGATTCAATTGATCAATGTGTGGTGTAGTGGGGGTATCCTTAATAGTCTATTTCGTATCTTAGTACGTTTGGGTACATTAAAATGGATTGTTTCCTTGTATGCAATGAGTCGTTTTCATATTATATACATGCATGTATGTATGGAAGGATGGATGGATGTACGGATATATGTATACATTCATTATCATTATTATATTATTATGACGAGCGTTAAAGCACGCGCTTCGCGCTTGAATTGTTTTTCTACAAATTGTGTATGTATAATCATATTTTTGCGTTGAAATAATATGTAGATAGTTTTAATTTTTATTTCTAAGTCACGACATCTGATTTTTTGTTTGTTTAAATTTTTATTTCTATTATTAGTTAATAAAAAATGAATTTCTAAAGGATATATATTTGCTAGATCCTATTTTTAATAATATGATTTGATTTGGTAGTATTTGTAGATAGATGTTTTGAATTGGTGAAAAAAGTTTATTTGTTAGATCATATTTTTATGCGTGAAATTATGATTAGGTAATATTTGTAGATGAGCATTTTGAATTGGTAAAATAAGTTTATTTGTTAGATTCTATTTTTAAGTGATAGCGAGATTTTGATAATATCTGTAGAGGGACATTTTTGGTAGTTCACGCTGAAACAAAAAGAAGAGTGACACTAAATGTATTATAACTATTATTAAAGATATTAAAGACTAAATAAATGTATTTCTTGAACGCAACATGATAATTGCAGTAAACAATAAGTGACCTAGATAAATGAAAATAATTTCTTTTTTCAAACAATGTATCTTTTTCCACAGTTACTTAAGAACACATTATTGTTATACTATTATTTGTCATCATTTTGGTCATTCTTGTTTCAAAATTTCTCTTTTGGATTCCTTTTTGTCTTTAGAGGTTTACCTAAAAAAGTATAAAAAGACCGTTTTATGAAAGGAAAATTAGATGAACATATAGTAATGATACAAAGTTGAATGAATTAGGCAAAAATTAAAATCTTGAGTACTTAAAAATTAACAAGTATCAACACCCTCTATTTTTTATGTTAATTCATCAGAAGCTAAAAAATTCAGGTTATCACTTTATTTTGAAGATTTGAAAAAAATCGAAGTGAAAATTTAAAATATGGCTAACATAATATTTGGTCCCATGACATTACAGTTCCAGAGCGTCAAAGTATTACTTTTCAAAATATAAAATCTTGCACGCAGAATGTTGGGTTGGTGAGAGTTCCCAGGGTAATATTGGTCTCACATATGATACCATGCTAAAGAAATTCTCTATAATAAAAAAACGAGTCACCTTGTTATAGTTTCCTGCTACCCTCATGCACAAATCACAAGCCTGTCAGTAAACTTTCAAAGATTTTAAACTTCGAACTTGCAATTTTAATGGTTTGTTCATCTGTTAACTCTACAATTTTCATTTGCAATTAACTCAGGTATAAGTTTGGATGTCAGAAGTATTGTTAATAAATATATTAAATATTGAAAATGCATATGGTGCATGGTCATTCGTCATTGAGTATAAATGTGGAGTTTTCTTTACAACATTGTACTGGTATATCACATGTGTTTCCTTTTGCTCTAAGGTACTGGAAAATATTGCAACGAAAGAAAACCCAATAACTCTGTGATTTGATTATTTATTTATTTATAAAACGTTGCAAGATGAACCCTAACTCAAGCATTGAAAGGTAGAGCTTCATAATTAAAAAATTCCAGTTATAGTAAAAATCATAATATTCAACAATCAAGAAAATAGATATAATCATTTAAAATAAATAAATTATTCGATACCTATATCAACTGCTAATTAAAGTTTTGCTTGAATGAAGAATAAGCTGAATAAAAAATCGAATCTTAAACATAGATTAACAAAATTACAAAAGCTGTGGTTTTTACCTTTGAGCTTGTTTTTGACTCTTAAATCGGGGTCTCCTAAAAATCTAATAGACGCACCTATAAATATCAACAAGCACCTGTTTTTATTATAGTGAGTCAAAATTGCCTTTCAAGGAACTAAAATCAAAATGGATAGGTTCCTATTTACATTATCTGTTAAACGATCGTAGGGAACAAATTTGCTATATGGAATTGAATTGGCAT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Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	XP_020263178.1	2.5e-128	PHD finger protein EHD3-like
Swissprot	Q6ZJM9.1	1.0e-86	Proetin EARLY HEADING 3
trEMBL	A0A5P1E186	3.5e-124	PHD-type domain-containing protein

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT1G77250.1	36.41	9e-63	238		RING/FYVE/PHD-type zinc finger family protein

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	e-value	bit score
AfisC1G04143	AT1G77250.1	390	200	9	128	498	119	479	36.41	9e-63	238
AfisC1G04143	AT3G01460.1	71	40	2	428	496	1289	1358	39.44	4e-11	66.6
AfisC1G04143	AT3G01460.1	153	97	3	166	308	1181	1329	27.45	1e-09	61.6

Ortholog group

Species	Genes
-	-

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF00628.26	PHD	Domain	429	475	39.4	3.8e-10

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0003677	F	DNA binding
GO:0003682	F	chromatin binding
GO:0003700	F	transcription factor activity, sequence-specific DNA binding
GO:0006366	P	transcription from RNA polymerase II promoter
GO:0003714	F	transcription corepressor activity
GO:0042393	F	histone binding
GO:0046872	F	metal ion binding
GO:0016567	P	protein ubiquitination
GO:0005737	C	cytoplasm
GO:0006259	P	DNA metabolic process
GO:0007338	P	single fertilization
GO:0007526	P	larval somatic muscle development
GO:0045893	P	positive regulation of transcription, DNA-templated
GO:0045892	P	negative regulation of transcription, DNA-templated
GO:0019907	C	cyclin-dependent protein kinase activating kinase holoenzyme complex
GO:0030717	P	karyosome formation
GO:0033601	P	positive regulation of mammary gland epithelial cell proliferation
GO:0034647	F	histone demethylase activity (H3-trimethyl-K4 specific)
GO:0034648	F	histone demethylase activity (H3-dimethyl-K4 specific)
GO:0034721	P	histone H3-K4 demethylation, trimethyl-H3-K4-specific
GO:0036098	P	male germ-line stem cell population maintenance
GO:0043970	P	histone H3-K9 acetylation
GO:0043992	F	histone acetyltransferase activity (H3-K9 specific)
GO:0045475	P	locomotor rhythm
GO:0046425	P	regulation of JAK-STAT cascade
GO:0051213	F	dioxygenase activity
GO:0060444	P	branching involved in mammary gland duct morphogenesis
GO:0060763	P	mammary duct terminal end bud growth
GO:0061038	P	uterus morphogenesis
GO:0070193	P	synaptonemal complex organization
GO:0070822	C	Sin3-type complex
GO:1902275	P	regulation of chromatin organization
GO:2000737	P	negative regulation of stem cell differentiation
GO:2000864	P	regulation of estradiol secretion

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
-	-	-	-	-

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network