result

Gene information

Detail information of AfisC1G04796

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC1G04796	chr1	874953836	874962433	-

Sequences

CDS

Protein

Gene

>AfisC1G04796
ATGGAAGAATCAAGTGCCCGTTATAGAACAGGTTACATTGCTGATGTTTTAAAACGAAAAAAGGAAGGGAACTCTACCCCTAGGTCACCATTCATTTTCAGAATTAAACGATCCAAATTGACGGCTTCTCGCAGAAATAGAAGCTTCATCAAACGAGAAAAGGGTGATAATTCTAATGAGGTAACTTTATTAGGTTATATACTTCAATAGTGTAATCATATATATATATATATATATATGTATATGTATATATATATATATATATGTATATGTATATATATATATATGTATATGTATATATATATATATATAGCTTGCAATGCATACTAGCTTTGAAGGTTCAATATGTGTACTAGTTCTACTTACTGACATGGTAATCCTGTTTAAAATTTAAATTGTTACTTCTGCTTATTTTACACTATAGCTTATGTAGCCAATTTAACGATAAACAACAAATAGTTACTGTATTATGATCTTCTTGATGTAAGTTTTTGAAGTGCATAAAGATTCAATCAATATTAGCTGGTACTATTAATTTGTTACATCAAAGCTATTGTAACCTTTCCAAGTTTATGACCTTATAACATCCTAGTATATGGTTGTAGAGCATTAAGACAGCCTTATGATCCCAAAACAACAAGCACATTTTCGTTTCTACAACTTTATGATCAACTTTTTTGATCCCAAAATTGTTATCACCACTATGACTCAAGTATCATTTCCTGAGCAGTTTTGTTATTCACGAACGAAATTAATCTATTTTACAACACTAGGAGTTGGAAGGGGTTCAGATAAAAACTACATGCATTGGTGAAACCTCTCAGACAGATGGTAGGTGTGATTTGTGTGTCAAATGCAAGAAGCCTGGATTGCTCATGTGAGTGCCTCGCTAATTTATTTCTATTAACTACTTTGCATAGTGAGTATTAACATTATACTTCAACTTCTGTCTGAACCATGACGACATTTATGATTTGAGGTTTTATTTGAGAGGGTGTAACCATGTGTATCTGTTTGGTTCACATTGTTCGCAGATGACTTCTAATCCACTAAAATAAACTGCGTTTGTAAGCATTTATAGACTTGATAACTAGTTATGTTTGAACAATTTATATCTATATTTAAAGCAAAGACAAAAAAAGCAAAGCAAGCCATATTACAGGGGTATCGTTGTTTTGGTTTTTTGACCATCCATGTTTGTTCCTCTCTTTGGGTGTTTTATTTATGACAAGCTATTTAAAAGTTGGTGCAAATTGCCGATTATGGGATTAATTAATTGTTTCTGTGCTTGATTTTGTTCTAGACCAATAATGGGATATCTATGCATGTCCATCATACAAGGGGAGGAGCATAGCATGAAGTCCTTCCTATATTTTATAATATGAAATAAATAACCTTAACAAATGCACAGGGTAATTAATATCATGGCAATAAACATCTGGCAGCATAATAATATTACTGTTTGATAGTAATTTTGTAAATAAAATATTTGCATACTGTAAAAAAGGAATGGGATGGCCAAAGCTGTTAACTCAACTCCTTACAGCTGTTTTCATTTGTACACCACCGAAGCAATTATGTAGGTTTAGTTTCTTGATATGTATTTCCATAATATCTTTTATATTCAGTGGAATATTTCAACTTTGTATACTGAATCTGAATTTTCATATCTATTACATGTGGCAACTGATGATAAGTGCTTTTAGGATTTCAAAAAACACTTTTTAAGATGAGACTTGCTATAAAGATTTCTACCAGTCTTATGTTATCATATACTCTGGAAAACAATGAATCAGCATAAACTTGTTATATATATGAAAGAAACTCAAATATGAACAGGTATTGTGATGGCAAGAACTGTAAGAGATGTTATCATCTATCTTGTATAGATCCTCATTTGAGTGACGTTCCTTTTGGAATGTGGTATTGTGTTTACTGTTTATGGAAGAAACTGGAGTCTGGAGTACATTCAGTATCCCAAGGCATTGAATCGATTTTGGATTCCAAAAATGGTAAGTATGTACTTTACATACAACTACTTTGGTAGTTTATAATTTATTTTTATTATCACATTGTTTTTTTCCCATTGCGTCTTTAGAAGTGCGGAAAGGGAAGCATTATCTTGTGAAGTATAAAGGTCTTGCACATATTCATAATCATTGGATTCCTGAAATCAAGCTGCTTAGAAAGGCTCGTCCACTCTTAGAGAAATTCAACACGAAACAAGAAAGAGGACAGGTTACCATCATTTGTTACGTCAAAATTCAGGATTTTTCATCTTTTACCCTTTTAAGAATCACGCGTAGTTAATGGACAAACAAAATATTGTGTAATTTTGCTCGTATAGTTTTTAATTATATTAAACAAATAATATTTTGGAAAGGTTAATACTAGTAAATACTAAATATCATTATTTTGGAATGCTGCGGGGGTAAATTGGAAGCAAATTGTAATGGTTTGAGTTACCAAACAACTAATTTCCTGTGTTATATAAGCAAAAGCATATGGACTTCAGTATTCCAACAGTTTAACTATTATTTTCTTTTGCAATCTATAATTTTATGCATTTATCTCATGAGTTTGCTACTTTCTCAAATTTTAGAAGATTGAATGGAAACATGAATGGACAACGCCACATCGTTTATTACAACGAAGATCCTTGGTGCTACCCGAACGAATTGATCTTTGTTCTTCCGAACATGGTGATAGCAATAAATATAGCTACGTTGAGTGGCTTGTTAAATGGAAAGGACTTGGGTATGAGTATTCTACCTGGGAGTTCGAAAATTCAGAATGTTTGTGCTCAACTGATGGGAAAGCTTTGATGGATGAGTTCAAGAGGCGACGGGTTGAAGCGAGAAAGAAACCAGTTCCTTCTCAAACTATCAAAGTATTCTTTTTATTTTAGATTTGCATTTTTGGCATGCATATACGATTCAAACATTTATCACTTTGGTTGTTGTTCCTTGCCTTTCATATTAATCTCATTATCACATTACCGAAAACAATGCTTGTAGCAGTGATCACTCATCTAGTAGTACAACAAACTAATTAGTTGAATTCAGATTTGGTGTCACATATGAATGCTTGGAAATACCCTTCCTTTTTCTAGATCTAAACCAATTTTTAACTCTCCTCCAAATAAATATTTACTTTCACGTTAACCCTAATTTTTATATTTCTGTAAGCTAAGTCATTATATTACAACATAATAACTTTGCTAAAAAAATTCTTGCTGATCTTGGTACTGTAAATTGCACAAAATAATCATAATATCCATTTAATATTCCCTCAATAACTAACCTCTAGCGCTAGTATTATTTAGCTCATAATCACTATTTCAGTTTTTTTCATAAAGATAACTAAAATAGATAAATTAAGTTTCACATATGTCAAGATACCTGCAGAAAAAATAGCTGCTGATGTTGATGTGTATAAGATGAGAATATCAATAAAATAACGATTAACTGCTTATTTTTTTATGCACATATGCTTAAATGATATGTTCAAAGGTTACTTTATGCAATTACATTATGCTTAGCATCAAGTCAATTTATTAGTATTTTCAATAATTGTTTGGTTTTTTTAGTTCTTTCTGTAGCCAATTTGATTTTCTCTTCTGCTTACAAGATGTTTGATAATGATATTGCCGTCTCTTAAATTCATTTTTAATATCCTTTAATGCATTGAATATCCTATCTTAATTCGGGGCTTCAAGCACTATTCTCCTATTATTATCAATTTCAGGATTTATGCATAAGAGAAAATCTCCACAAGAAGCTCACAATGTTAGCGGATGAGCTTCCAATTGAACATAACAATGAGTTCCTGCCCTCAGTTTGCAATATCATCAAGCATTGGTACAAAAAAAAGACTATTATTTTGATTCTTGATCAGGTAGGTTATCAGTTGCAATGCATATCCTCCTTGTAATTATGCATGTTCATCTTGAAATCTAGATAATATTTTTGTATGTCATTAATGATGCAAGGCTTTTTGGTTTTCTTCGGACTAACACTTAATGCATTCTTATTTCTGGCAGGAGGCAAAGGTTAAATCCATCGTATTCATTTCATACCTGCTCTCTTACAGTTGTCATCCTTTCCTTATTATTTCTACCATCGCTTCTCTTTCAAACTGGGAAGCTGAGTTTGCTCGTCTGGCACCATCCATAAACATTGTTGTTTACAGTGGAAATAAAAAAGCTCGTGAAATGATAAGGTCCCTTGAATTTTATGAAGTGGGAGGCTGTGTTATGTTTAAGGTCCTCATAACATCCCCTGATGTAATCGTCGAGGTAACTATGGGTACACTTGATTTTGTATGCATTTTCCTATTTTGTGATTGTTCTATTCTGGATTTATCTGTGAATTACTTATTGAAACGCTAATTCACAAAATCCCTGGCACTGATTTAACTATCATTTAGTACCTATGCTATTTCAATTGGTTGTTAAAGTGAAGAATCATGAGGAACTCACCGTTAAGGTTCAATTATTTGGTCTCATTCAAAACTTATAACAAAAATAGACTTGTTTTTTCGCTTTTATACAAGCAGACTTTCAGAATGTGAACGTACATACTCAAAATTTGTATAATGCGAATGTATAAAAATCAGAAGCAAAGACAATTTTTGTAAATAAGATTTAGACAAGGCTTATTTGTGAAATGAGTTGTGTGTTGATTCTTAGTTTTGTAATTTACTCTAAAAAGAAGAAGAGGGCAATGATAAAGAGAGACATATGATTTGTACATTGATTGGAATTCCAAAAGAGGGTTATTGGATGCTCTAATTTGATTGCAAGCTCTCTATTCCTATTGGATGTTACTTTTTTTTTCCTCCTTGCAGTCTTATACTCTTGTTCCTTTAGGTGGATACATGTGTGTTTGTAGCCCGTCTACTCAGTAGTTAATAAAATTATTTGTCGTTCCTTTGCAATTAATTGGTGCCTTTTAATATTCCTAAGTCTATAACAGATTTTTGCCTATTACATTTTATTT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Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	XP_017701402.1	3.5e-115	uncharacterized protein LOC103719900 isoform X2
Swissprot	F4JTF6.1	1.1e-20	Protein PICKLE RELATED 2
trEMBL	A0A8B7MWE1	2.5e-115	uncharacterized protein LOC103719900 isoform X3

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT2G25170.1	25.89	6e-28	123	CHD3;CHR6;CKH2;EPP1;GYM;PKL;SSL2	chromatin remodeling factor CHD3 (PICKLE)

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	e-value	bit score
AfisC1G04796	AT2G25170.1	421	221	14	77	447	44	423	25.89	6e-28	123
AfisC1G04796	AT4G31900.1	349	185	15	158	475	77	387	27.22	1e-22	105
AfisC1G04796	AT2G13370.1	248	151	10	242	475	554	791	29.44	7e-19	92.8

Ortholog group

Species	Genes
-	-

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF00385.21	Chromo	Domain	144	193	29.0	6.4e-07

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0000070	P	mitotic sister chromatid segregation
GO:0000724	P	double-strand break repair via homologous recombination
GO:0000786	C	nucleosome
GO:0003677	F	DNA binding
GO:0004003	F	ATP-dependent DNA helicase activity
GO:0005856	C	cytoskeleton
GO:0006338	P	chromatin remodeling
GO:0006344	P	maintenance of chromatin silencing
GO:0006346	P	methylation-dependent chromatin silencing
GO:0006349	P	regulation of gene expression by genetic imprinting
GO:0009294	P	DNA mediated transformation
GO:0010571	P	positive regulation of nuclear cell cycle DNA replication
GO:0030307	P	positive regulation of cell growth
GO:0031011	C	Ino80 complex
GO:0032197	P	transposition, RNA-mediated
GO:0043014	F	alpha-tubulin binding
GO:0044030	P	regulation of DNA methylation
GO:0045944	P	positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter
GO:0051225	P	spindle assembly
GO:0051574	P	positive regulation of histone H3-K9 methylation
GO:0070914	P	UV-damage excision repair
GO:0071479	P	cellular response to ionizing radiation
GO:0090241	P	negative regulation of histone H4 acetylation
GO:2000045	P	regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
-	-	-	-	-

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network