result

Gene information

Detail information of AfisC3G06139

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC3G06139	chr3	1086271079	1086278013	+

Sequences

CDS

>AfisC3G06139
ATGGCTTCTTCAGAAGTATATAGTTTCTCTTCCAGCGACCCTCGCTCCAAAGATGCAGATGATGACCTGTATAAGGAATTGTGGCATGCCTGTGCTGGACCTCTAGTTGCTGTTCCAAAAGTTGGAGATTTGGTGTTTTATTTTCCGCAAGGGCATATTGAGCAGGTGGAAGCATCAACAAATCAGGCTGCAGATCAGCAGATGCCTGCATATGATCTGCCATTTAAAATCCTTTGCCGTGTAATGAATGTTCAGTTGAAGGCTGAACCAGATACTGATGAGGTTTTTGCACAAGTGACGCTGCTCCCAGAAACAAATCAAGATGAGAATGCAATTGAGAAGGAACCACAGCCTCTGTTGCCTCCAAGACCACATGTTCACTCCTTCTGCAAAACACTTACCGCTTCAGATACAAGCACCCATGGTGGATTTTCAGTATTGAGACGTCATGCGGATGAGTGTCTTCCACCATTGGACATGAGTAAAAATCCTCCAACTCAGGAGCTTATTGCTAAGGATTTGCATGGCGCTGAGTGGCGGTTCCGTCACATATTCCGTGGTCAGCCAAGGAGGCATCTGCTTCAAAGTGGCTGGAGTGTCTTTGTCAGTTCTAAGAGACTTGTAGCTGGAGATGCTTTTATTTTCCTTCGTGGAGAAAATGACAGCCTTCGTGTTGGAGTGAGACGAGCTAGAAGACAACATTCAAACGTGTCAACCTCTGTTATCTCAAGCCACAATATGCATATTGGTGTCCTTGCAACAGCATGGCATGCTTTTACAACAGGAACATTATTTACAGTTTACTATCATCCAAGGACGAGTCCATCTGAATTCATTGTTCCTTATGGCCAATATATGGAGTCTCTTAAGAAGAATCCCACAATAGGGATGAGATTCAAGATGAGGTTTGAAGGTGAAGAATCCCCAGAACAGAGATTCACGGGCACCATTGTTGGCATAGAAGATTCGGATTGTAGTAGGTGGCCCAAATCAAAATGGAAATGTCTCAAGGTACGCTGGGATGAGAACTCCTCTATCCCTCGACCGGAAAGAGTCTCTCCATGGAAGATAGAACCTGCCTCATCTCCACCTATAAATCCACTTCCAGTTTCTAGATCCAAAAGACCTCGGACTAATTTGATACCCTCTTCCGACTCTTCTGGTTTGACTCGTGAGGGATCTTTGAAAACTACTGCCTGTCTTTCCCAATCGTATGGAACATCAAAGGTTTTGTCAAGAAGTAATGACTTGACAACAACTGTTAATAATCCAAAAGCTGCTCTGAGATCGGACAAAGGAAACAAAACCGATGCTTGTATTCCAAGAAAGTGGGGGTTTGAAACTTGGATTCAGATGGGGAGACCTGAAGCTACATATAGTAGTTTGCTATCAGGGTTTCAAGCATCACCATATATAGATCATAATTCAGCTGGTAAAAACAACTCAATACAAACTCAACAGTTTATAAACCGTGAAGCTGATGTTTCAAGCCAGTGGACTATGATGCCCTCTAGTATTAATATGCCCATCAACCACAGTAGTCTTGCTGCTGAGCAACAACATCCTAACTGGTTAACTCATCTACCTGCAAGTACAAGGAATGAAACGTTACTAAGGCCTAATGCTGTGCGACCTCAACCTATAATAGCTTCAGCAAACAGTAACATGGCTACAACTACTGGAAGTGGCAACTGGAAGATCTTTGGGTTCAACATTAGTAGTAATTCTCCAATATCTGCCGTACCTTCAACTGAGAATGAGTTAGTGTCATGTACTCAACAAATTGGAACATCACATCAGACACTGGAAATATTGCCTGTCAACCAATCCTTAGAGCCATCCATAAGTATCAAGTCAACTGAGTCTGCTTCTGGTAGTGAGAAAGATACATGTCTTCGAACTTGCACACATGTTGTTAAAGATGTCCCAAGCAAGATATCTGGCAGTTCAACTAGGAGCTGTACAAAGGTACACAAGCAGGGAATTGCTCTTGGTAGATCTGTGGATCTTACAAGGTTCAATGGCTACGACGAACTAATTTCTGAACTGGACCAAATGTTCGAGTTTGAGGGTGAACTAATGTCTCCAAACAAAACTTGGATGGTTGTTTACACCGACAATGAGGGTGATATGATGCTTGTCGGAGATGATCCATGGCAGGAGTTCTGTGGCATGGTATGTAAGATTTTCATCTACACAAAAGAAGAGGTTCAGAAGATGAATCCACTCAGCCCAAGGAGCAAAGGCTCTTCGTCTTCCGATGAAGACAAATCAGTTGACAATGAAGTTAAGAGCTCCACAACAGCTGCTTCAGTTCAAAGCTAG

Protein

Gene

>AfisC3G06139
CGGCAACAAGAAAAGAAATTCCAAACAGTACAAAACAAATCAAATAATAATACTATCAATAGTCGATCTCAAAGGAGAAATTAGGCTTTAATCGCCATGGCTTCTTCAGAAGTATATAGTTTCTCTTCCAGCGACCCTCGCTCCAAAGGTTATAGTCCTTTGCTTGTTTTTAGGCGGCAGTGACTAGACCCGTTCTATAATTATAATTATTTTTTTGTGTCCTTGTAGATGCAGATGATGACCTGTATAAGGAATTGTGGCATGCCTGTGCTGGACCTCTAGTTGCTGTTCCAAAAGTTGGAGATTTGGTGTTTTATTTTCCGCAAGGGCATATTGAGCAGGTGAAATGTTTGTTTTATTTATTGTTTTCGTTGGTTGATTTGTTCCTATCGTGTGTTTATGCGTTCTTTGCTTCAATTTATTTTAGATGCTGTGTAATTCTAGTGCGACTGTTAGTAATGATGTATGGAACGACATAAATTTTCTGAATTTTGGAATAAAAATTTGATCGGTGCCGTTGTTTGTGGTACACTTTAGTTTTGAGATAAGTGGTAGAAAAAGTTTGTAGATCTATAATATTTGTGTTGCTTACTTTAGTTTAATTATGGAAATGTTAAACCAAATGTGTTGAACAACAAAATTTGCGCTAATAAAACTCTGAAAATTCGTAATAGCATGCCTATTGCCTATTGTGCTGTCACATTTATACATGGGGGAGTTATTGGACCTATAACAAAACTTTCGACTTAATAAAAAATTCCTAATTTTCACCGATCTTTGTCCAACAAATATCTGAGTTTACTGCCCAAGAAATGGAGTTATTGTTTTGTTTATAAATTTCTGTTGTTTTAGTGAATTCAGTCATCCTGTGTTATAGCGTTCCTAATTGTGTCTCTGTGAAAATATTCCAGGTGGAAGCATCAACAAATCAGGCTGCAGATCAGCAGATGCCTGCATATGATCTGCCATTTAAAATCCTTTGCCGTGTAATGAATGTTCAGTTGAAGGTATATATAGTATATCCACTTAAGTACAAACAGTTACACATCTGTGAGGTGTTTAACATGATAACCGACTTTCAAACATTTGTAACTTGTAGGCTGAACCAGATACTGATGAGGTTTTTGCACAAGTGACGCTGCTCCCAGAAACAAATGTAAGTTATTTATATTTAACTGTGTTTTACTACAATACAAATTCAAAATATATACTAATTTGCATGCTCTGGGGGTAATTATAGCAAGATGAGAATGCAATTGAGAAGGAACCACAGCCTCTGTTGCCTCCAAGACCACATGTTCACTCCTTCTGCAAAACACTTACCGCTTCAGATACAAGCACCCATGGTGGATTTTCAGTATTGAGACGTCATGCGGATGAGTGTCTTCCACCATTGGTTAGATTTTTGTTATTATTTCTTTTTAAATATTTTCTCGCTTTACGTTGCTCTAATTGTTTTAATTGCATGTCAGTTTACATATTTTGACTGTTAAATTTGCTAACGATCAGGACATGAGTAAAAATCCTCCAACTCAGGAGCTTATTGCTAAGGATTTGCATGGCGCTGAGTGGCGGTTCCGTCACATATTCCGTGGTAATTTTCTTTTATATTGGCTAGTATTTTACCATGCAATGCAAGGTTGTGAAATAAAAAGCTAATAAATCTGTTCTTCCAAAATATAATTTTATTGGTAACGCTTGAGAACCTGAGATCCTTGTTAAATGCAATTTTTTTTTGATTAAATGTAAATATATTTGCATGGTTAGTAGTATGAATAGTACTTATTAAATGTAATTTTTTTTTATTTATAACAAGATTAGATGTATGTCATAGCTACCAGAAATTATTAGAACTGAAGATTGAAAATACCTTTCGACTGCCTGGAATAAGTAGAAATGATTATGTAATTTTTGTTATTATACCGTATCTTATTTCTCAGATTACAACATATCCTATATGTTTTCACCACCACCCCCAACCCCCGGCCCCAAACCTTCCACCACTAACAATAGATTTTTCTTACCCATTTGCATAGTTGGCTACCCATATGTTTTTTTTAGCAACAACTATAAACATCCATTTGCAGTACTTAGTTCTTGGATACTGCAGAATTATTGAATAGCCTTTTCACTTACACTTAGTTTTCATACATCTGTTAATTCAAAGATTTATATCCGAAGGACTATAAATGCCTTTGTGGGGCTTTGTACTCTTTGAATTGTGTGCCACAGGCCTCCTCCTTTATCATTGGAAACGGTGACGATTGATGATACGATTAAACAACGGCATTTTTTTGTAGCATTTCATCGTACTACCGAGTATGTATTGTGTTAGAGCAATTGCACTCACTTTTATTTGTCAAAGTCAATTGTCGACCAAAGTGTCAATTGTCAGTTTACAAAATCAGTGTATTCTTAACAATGCATCAATCAACGTTGCAACTAAAACGATAGTTTATATATTAATATCTTGATTTATTTTGGTAAAATGTAGCTCTAAAGTCTGCTCAATTGATTAAATATGGTATAATCAAGCAATTGAGTTGTCAATATTTTACAACTCAATTGAAATATTGCTCAAATAGTTAAGCAGACTCTTGCTTTACCAAATTTTTGATGGATGCATTAATGCCAAAATAGCAGTTGCTTTAGCTATTGATTCATGGATATAATTGCTCTTATTGCATTGCTGGCGGTGCAATGTTTTTTTTCCTTTTAAAAAGGAAAATCATCTGCACTCCTTTGTAAAGTTTACCGTGTTCGTTGTATCATTTCACAATTTTAGAGAATTCTCCACATGATTTTGGAAGTTCATTATGCTCGATGCGCCATTTGTTTTGTTTCATCTTTTTTATTTTGAATACATAATCTTTAGTTTGATGCAAGTATACATGGATTTACATACCAATAAATCCTGAGTAAATACAGGTCAGCCAAGGAGGCATCTGCTTCAAAGTGGCTGGAGTGTCTTTGTCAGTTCTAAGAGACTTGTAGCTGGAGATGCTTTTATTTTCCTTCGGTATTGATAACATAGTTATACTCATGTCCGATTTTCAGTATGTTTTTAGCTTGTACTTACTTGGATTTCATCACACACAGTGGAGAAAATGACAGCCTTCGTGTTGGAGTGAGACGAGCTAGAAGACAACATTCAAACGTGTCAACCTCTGTTATCTCAAGCCACAATATGCATATTGGTGTCCTTGCAACAGCATGGCATGCTTTTACAACAGGAACATTATTTACAGTTTACTATCATCCAAGGTGCTACTTTGGATATAAATAAATTTGTTACTACACTTGTAATAACTTACCATGACTTCATTTTGGCTGCATTTCATCTTAATCACTATTGGTTTCTTGTATTTTTGTATACCATTTTACTGGTACCTTTGTTGGTTGAATCCATTTTGCACTAAACACAGTTATAATAGCATGAACTTTCCCCTAACACAACTTCTCTAAAAAAAACTAACCTAAGAGTATCATAATAAATTTTTTGATACAAATTATACTCTACTCGATTTAATACCTGAATTATGTATAGTATGCACTTCTAGAATTTAATAAGATAGCATTTATGCAGAAATGTGGTTTTATATATTTAGTTGCACTTATTTTACCTTTTGTTTCCTACAAGTGTAAGTGTGGATGTTGTGTTTCACGCAATCAAACTCTAGTAACTTGTAAATTTTTCATCATTTTCCAATATATTTTATATCATCGTTAAACGATGTGATATTTGAACAAAAACAATGAATGGATCCTCATCCTTACGAGGCACACTAGTTATCTTTGGCTCGCTCTTGAATTTTTTCCTTACAGTTAGTATGACATAACAGGACGAGTCCATCTGAATTCATTGTTCCTTATGGCCAATATATGGAGTCTCTTAAGAAGAATCCCACAATAGGGATGAGATTCAAGATGAGGTTTGAAGGTGAAGAATCCCCAGAACAGAGGTATAACTCTATACCTTAATAACTGTATGTTCATATACCATTGCTTATAAAATTCCCAAATAAACAAAATATGATCCTCCTAATTTGCTGTTACATTTTCATGTTAAGATTCACGGGCACCATTGTTGGCATAGAAGATTCGGATTGTAGTAGGTGGCCCAAATCAAAATGGAAATGTCTCAAGGTACTCATGCCATACCTTCCTTTCTTTTTTCATTATTATGTTGGAAATGTCCCAAGGTAGCTATGTACTGACCCATTCCTCTCTTATTCATCATTATCAACTTGATTTATATATACTGTAATGGAGAGGGACCAAAACATAAGCTTCACAAAAGAAATTTGGATAGATACAAAGGAATCCAAAATCCATTTCATATTTTTTATATAGTAATAATGGTTATTCATGTAATACTGCTATGTCTTTATAATTTTTAACAATTTCTGAAATCTACATGTGTTTCTAATTGTATACCATTTACCACTTTGCTGCATTTTCTCGTATTAGCATGTATTATGTTAATTCAACATGATAAGTATCACAAACTATGTTTTCATTGATCTATACACAAGTCAAAAGTTTTTTGATGAGATAAAACAAGAAAAAAAATAGTTTATTCTGTTTATCACGTTATGCCATAATACTGATTATGCTAAAAAAAAATTCCTTTCAAAAATCAGGTACGCTGGGATGAGAACTCCTCTATCCCTCGACCGGAAAGAGTCTCTCCATGGAAGATAGAACCTGCCTCATCTCCACCTATAAATCCACTTCCAGTTTCTAGATCCAAAAGACCTCGGACTAATTTGATACCCTCTTCCGACTCTTCTGGTTTGACTCGTGAGGGTAAATATAATATTCCAGAAAATGTAAAAAGTTAATTTTCACAAAAATTTGATACGAAAATTTATATTTTCCATGTTTTAGGATCTTTGAAAACTACTGCCTGTCTTTCCCAATCGTATGGAACATCAAAGGTTTTGTCAAGAAGTAATGACTTGACAACAACTGTTAATAATCCAAAAGCTGCTCTGAGATCGGACAAAGGAAACAAAACCGATGCTTGTATTCCAAGAAAGTGGGGGTTTGAAACTTGGATTCAGATGGGGAGACCTGAAGCTACATATAGTAGTTTGCTATCAGGGTTTCAAGCATCACCATATATAGATCATAATTCAGCTGGTAAAAACAACTCAATACAAACTCAACAGTTTATAAACCGTGAAGCTGATGTTTCAAGCCAGTGGACTATGATGCCCTCTAGTATTAATATGCCCATCAACCACAGTAGTCTTGCTGCTGAGCAACAACATCCTAACTGGTTAACTCATCTACCTGCAAGTACAAGGAATGAAACGTTACTAAGGCCTAATGCTGTGCGACCTCAACCTATAATAGCTTCAGCAAACAGTAACATGGCTACAACTACTGGAAGTGGCAACTGGAAGATCTTTGGGTTCAACATTAGTAGTAATTCTCCAATATCTGCCGTACCTTCAACTGAGAATGAGTTAGTGTCATGTACTCAACAAATTGGAACATCACATCAGACACTGGAAATATTGCCTGTCAACCAATCCTTAGAGCCATCCATAAGTATCAAGTCAACTGAGTCTGCTTCTGGTAGTGAGAAAGATACATGTCTTCGAACTTGCACACATGTTGTTAAAGATGTCCCAAGCAAGATATCTGGCAGTTCAACTAGGAGCTGTACAAAGGTGTGTTTGATATTTTCTTTTTCCTTCTTCCATCAATATATATGTTATACTAGAACATGACAGACGCGATTATGATATGCGCGCACATATGCTACCCATTGTAGACAATTGGTAAATATCGATTTGGTATTTTTATAATTAATTAAGTCATAAAAATTGCATTTTTACCATGAACATGTGTCAAAATTGATTAATCTTCGCAATGCTGTAAACCAAGCATATAGTGTTTCATTGAGGATGATAAGAAAATTGGAAGGCGATAATAAAATTGGAATTTCACAAAAGCAAAAATGAGAGTTTTATTTTAGTAGGGATTAACAGAGATAACAGAGATATCATTGAGTGAATGATTTACTGAATGGAAGTACATTTAATGACTTTGTTGCACACTAAAACATGGATATAATTTTTGACAATCAAGTAGCAAAATCACGTCCTTCCTTGTGACAACCATGACCAAGTGCTAGGATGGTTTATGCCATGGTCGTTGTGTCAACGTATTTCATGTGGAAGATGGGTCAAATAATGATCTAATTGACATTCATGATCATATACAATTGTGGTGTTAACATATGTCAATGGGCATATATAATAACCCTCCATATGACCTGGGTATATGCTGCGGGCTTGGTTCATATGCTTCCTTGGATGTTACAAGCAAAACTAATACTAATAGCTAGTATATTATATACAAAAATGTTTTGTTTTGGAATATTTTGGCATAAAATATCAGAAGAGGGGATATTAAACAATATACTAATTCTGCAACTGTTTCAGGTACACAAGCAGGGAATTGCTCTTGGTAGATCTGTGGATCTTACAAGGTTCAATGGCTACGACGAACTAATTTCTGAACTGGACCAAATGTTCGAGTTTGAGGGTGAACTAATGTCTCCAAACAAAACTTGGATGGTTGTTTACACCGACAATGAGGGTGATATGATGCTTGTCGGAGATGATCCATGGCAGTAAGTACTTTCCTAACATAAACATATATTTCTTCCATGAGTTTCAGAATATGTTTTTATCTATCTCCATTTATTTCATAGCAGTTGTGTATTTATTTATCTCCTCTTATTTCATAACAGGGAGTTCTGTGGCATGGTATGTAAGATTTTCATCTACACAAAAGAAGAGGTTCAGAAGATGAATCCACTCAGCCCAAGGAGCAAAGGCTCTTCGTCTTCCGATGAAGACAAATCAGTTGACAATGAAGTTAAGAGCTCCACAACAGCTGCTTCAGTTCAAAGCTAG

Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	XP_020248955.1	2.9e-288	LOW QUALITY PROTEIN: auxin response factor 2-like
Swissprot	Q2LAJ3.1	1.4e-234	Auxin response factor 2A
trEMBL	A0A6I9RIK0	2.5e-246	Auxin response factor

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT5G62000.1	55.75	0.0	820	ARF1-BP;ARF2;HSS;ORE14	auxin response factor 2

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	bit score
AfisC3G06139	AT5G62000.3	800	280	16	10	748	45	831	55.75	820
AfisC3G06139	AT5G62000.2	800	280	16	10	748	45	831	55.75	820
AfisC3G06139	AT5G62000.1	800	280	16	10	748	45	831	55.75	820

Ortholog group

Species	Genes
-	-

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF02362.18	B3	Family	129	230	73.8	7.5e-21
PF06507.10	Auxin_resp	Family	255	337	117.8	1.7e-34
PF02309.13	AUX_IAA	Family	649	737	42.1	8e-11

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0005515	F	protein binding
GO:0006351	P	transcription, DNA-templated
GO:0043565	F	sequence-specific DNA binding
GO:0044767	P	single-organism developmental process
GO:0050794	P	regulation of cellular process

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
K14486	K14486, ARF; auxin response factor	EC:-	Plant hormone signal transduction	ko04075

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network