result

Gene information

Detail information of AfisC4G05953

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC4G05953	chr4	1099858907	1099870994	-

Sequences

CDS

>AfisC4G05953
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Protein

Gene

>AfisC4G05953
ATGAACAAGGTTGACTACAGAGTTAAATGTATGTAGTAATTACATGATTTCCCCTAGGGCATATCACTAACTCTTTCAATCTCCCGCTTGCATTTGGGGTCGATTATGGAATTATAATCCCATTCCTCCAACCAGTCAAAATCGATGGAGCTAGTCTCTTGGTGAATGGATATGTTATATTGTATTACTCTCTACTCTTTCAGCCAATATTTTTTAACATTCATAAACCGCCTTATCACGTGGTACTTTTGGAGAATGTGTCTAAACATCTTGCGAGCCTTGATTTCTTTTATGATATGCATTGCATCATTGTTTTCACAAAACAATATCATGGGATTGTTGACATTTGGAATCACCCCTAGCTCAATTATAAATTTGTACATTTATATTTATACTGCTTTCATTAAGGCGCTATTCAAGATGATGTACTTAGCCTTTCAGTTAAATCAACCAACGCTGCTGATTTGGAACATTTCCTACTCAACCATGTTGATTCAAGCGAAGGTGAAGTGAGGCAACCGTCATGTCCAATTTTTCATTAGGGAGTTATGTGTGAAGTCATTGTATTTAGGAATAAAAAAAATGCAGGGTATCATTTTTATGGATGTGCACGGTTCAAAGAGCATAAAATCCAACTAAACCATGTTGATTGCTATGATTAATTCCACTAGATAGATCCTCCGATGTGTCCTAGGAGAGTTGAATATGCCCTAGAGATGTAAGCCGAAGTGAGTCGAATGGAAAGGGAAAATAGTAGATTAGTGCACCAGATAAACTATTTACAGTCCAAACTACTTTTTGATAGAACCATCCAATGATTATGCAATGGTTATCTAGTAGAATGATTATGCAATGGTTATCTAGTAGAATAATTATGCAATGGTTATGTATTAGAATGATTTGCTGGAGTTTATGTGTTAATTAGTTTTAATTAGAATGGTTATGTAATGGTTGATCTGTTACTTGGTTGTCGTTCTAATTTTCCTATAATGGATATTGTGTAATGTGTATCAAAATCACATAACAGATCAACACATATCAATGTTCGAAAACACATAACTTTTAATACCGAAGTTGCATATAAAATTAAAGTGGAAGTAGTACAATACCGGATTGACATAAGTAGTAAAAGAAGCAAATTATCTATTTCTTCCCGCATGTTCTTCTTTTATGATCTAAGTTACCACATTATCCACATCCATCATGTTTTTTACCCCCCATTTCATCCATGACCCTCTTAATTGTTGTAGACCTTGGTCTTCTTGTATTTTTACGTATAGGCAGTGCTGGTATAGTAGGGCCTTCATTTATATCCCAATATCTACTATCGAGCATAGGATGAAAAATCGGAGAATAACTATGTCTGCATTCTCTACTATGAACCAGGATGAGATAAGATCATGATAATCTCTTATAGTTATGTTCTAATCGAAGAATGGTGCAGAAATATGAAGATATTGGGTGGAATTGATGAAAAAAATCAAAAAATGGTGATTTGAGTATTTTAAGTTTGGAAATGGGGACAGCAAGGACTAGGAAAAATGGAAAAATGAAGAGGAGGGGGGTTGGGTGATGTTGTTGCTTTTATACAGCAATAGCTATTTCCGTAACTCAAAGTTGTGCATATATGAAAAAGAGAAGGCACAAGTAAGAGTTGTGCCTACTGTAGTAACAGAATATGCGCAACTCTTAATTGTGCTATATGTTTTGTTTTATAACAAGTGCAACTAAAAGTTGTGCCTACTCTTCCACTCCTATGCGCAACTCATAGTTGTGCAAAAACCAAGGTAGTTACAAGCCAGCTGAGCTGGCTATTGACTAGGCTAAAAGTAGCCTTGTTTGGTAATAAGATTGCAAACAAGCTTATAACGTAAAATTGTTTTGAAAATCAGCCCAATTTGAAATTTTATCCATAACTAAATCATGTGGCCTTTCAAAGAATTCGCAAATATGAGAGTCAAAGGTGTGAATTCAATCATTAGTTAGTTTTAAACAATTCAAATATTAACATTCAAATGTCGTCTTAGTTAGTGGTGTGACAGTTTTGCCGAATTCATTGCTTATAGACCTTTTTAGTAACATCGTATTTTATATTATCTTAAGCAATTACAATAGTGATAATAATTTACAAACGTTATATTCATTAACACTATATCACATTAGGATGTATGGAGTCAGGTATTTGTCAAAACTTTAATATTATCCACATTCAACTCGTCTATAAACAAAGTTTTTGGTTCAATAATAACATTTATTATTAACCATTCTACATGGCTAGAGATTTTGACTTTAAGTTGACTATGATTAAACATGATACCAACTTCATACAATCGAGGAGACGAATTATCTATTGAGTAGTGATTGACTCCCAATGGTTCAACTCAGACCTAACTATAGTCGCTTGATGGATTGCTATGCCATGATTTAAGTCTAATTAAAGTGCGGTATTCATATTGAAGTTCCATAGTATTCTCAGATCTAGGGAACTATGTAACATCATTACCCTAAGATTTCCTATTTGACCTAGTTATTATTAACCAACAAGAATTGATTGGACGAGTCATTTCGTACTTATCCAATAACTACAAGTACATAATCCCTTAGTTTCCTTAACAATCATTAGTAATACACCATCCAATATTTGGAGAGCGTTACACACTCATGTTTCAATGCTTCTCAAAACATCTTGAATAGGAATATTAAAATAAAATGTTGTTTCATATGTGATTAATTACTCATGATTGCAACTCTATGTTATTACAATCACATAACATTTAATTTAAAGATTTACTTATTATATACTTTAAACTAATTACGAACACGATTGATTGCAGAGCTAGATGTATATAACAATTACATAATCGTCCATAGAACATACCACTAACTCTTTCACATTGCACACCATTTTATGAGATCCTCTAATTTGACTTACATATAACTATATAAAAGACTCTTAGTGAGTCATTCTATAGCTAATCCATAATAACTATAAGTATGTAACCTCTAGGTGTCCAAATGATCGTGAACAAATCAATATTTGTCATATGGAATCATTAAGTACAATATCCTCGCGGTGAATCGATATCCATTTCTCGAATCACCTTGACTAAGAACAATTAAAAATAAGTGTTTATATATATACACATTAATTCATAACTCGTGATTACAAACATATTCATAACTGCAATCATTTACATACTTACTCCTAGGAATTTCTTGTTGTATGTACCAAATGAAATCATCACTATTTAATCAAATTATATAATTGCATTTAGGGCATACCCTCAACTCAATCAAAATATACACCGAGCCTATCTTTTTCTCACCTAACAAAAATCCCTAATTACAAGAGTAAATGCACCTTATAAATGATAAATTGTCTAGTTGTATTAATAATTGGTACATGTGGGATATCATTTAAAGGTAGTTAAGTGTAAAATCAGTACCTGAATGTTGCATAGTTGAGATCATGAACGATATTATATTTGCCTTCCCATCAATGATGATCTACATGCGGACCCACCAAAAATTCACCATTACAAAAGTAATATATGAAAGTTGATCATCAAGAATATCATATGATTCCATCAAACCATCATTTACAATGTTGCCTATGATATTGTAAACAATTGACGGTGGGAGGAGAAGATACAAATATGTAACATGGGAATGTCAAATAAGCATAACATATGCATTGCTACCAAATGGTAAACTCTTATGTCCACTACAACCCTATTCGGCTTCGCCCCATAATAAATCTATGTTGCACCTCAAGAACTTGGGTTGTCTATAGTCCATGCCCTAATGCTTGGAAGCATATAGATCAATCTCCAATGTCATATACACTATGTTATATAAATACTCACAATATTGATCTCGTAGTGCTTTTATAATCCATTAAATGAGCTGCTACGATGTCTAATTATGCACTGAAGGTCTAATTATTGATACGAATATGCAAAGTCCAGTATTCCCATGTCCTCTAAGTTGTATCAAATGATTATCTATAGTAACCAATATATGTCAGGTGGGTGCGATAGAGGAGAGAATTGGAAAGAATAAGGTAGTGTTTGGTTAAAAAATGAATTTTATGTTTTCTATTTTCAAATATATATGTCAAATATGAGAGGAGTGAAGTGATGATGAAGGGAATGGAAGGAAAAGGGAGGGACGACGGAGGGGATGCAAGAACGATGGAAGGATGAATTGTTTCACGTGCTTATATCATTTTTTAAAACACGTAAAATAAAAAAAAATTGTTTTCTATTTTGTATGTTAATTTTGTTTTCTAAATTGGTCGTTTTCGATAATATACATATGTCTTGCGCGTTTTTGTATGGACGAAAACTCAAAACTAAAAATGGCAAACCAAACACAACATAAGTTATCCATTTTATACATAATGAGTAATCAAGCGATCTCAAAAATACCAGCTAATAAGTGACCATGTACGAATTCATTTAGCACTGTCAAAATATCTTTGACTCTTTCTTGCATGTTTCATGAATAACATGATGAAGTGTCGATATGTGATAGTACACGAGTCAAGTTCTCGAGAATTTGAAAACTTGGAATTATTTTTCATATAATAGAGACCGTCCATCCTTGATAACAATCTCGATATAATAAGATTTAACAGATTAATACTTAACTCCCAAAAAGGAAAGCAACATGTGTGTGATCTTATGGTACATAACTAACAGAACATCATACAATTGTACATCCAGATTTAGCAATATATGGGTACCTACAATGATGATTACAATTAATATATTTACTACATACAAACTGAATGTGATATAATAGGTAACGACGTACTTAGAAAGACTTTGAAAATTAATTCTTATGGGAATTAATGAATATTGTGGTCGTGACCAATCTCTTACAATATCTTGTACATTCGGGGAAACAATACAGTTGTTGGATCACTCAAAGCTTTAATACTGTGAGACATTTACTGTTATTTTATGATAATTTTGTCACATAAATCTAATAAGGCC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Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	XP_020269842.1	4.8e-146	protein STRUBBELIG-RECEPTOR FAMILY 5-like
Swissprot	Q6R2K1.1	2.7e-114	Leucine-rich repeat receptor kinase-like protein SRF5
trEMBL	A0A5P1FMA5	3.4e-146	Protein kinase domain-containing protein

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT1G78980.1	50.44	0.0	668	SRF5	STRUBBELIG-receptor family 5

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	e-value	bit score
AfisC4G05953	AT1G78980.1	686	295	6	32	677	19	699	50.44	0.0	668
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Ortholog group

Species	Genes
-	-

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF08263.9	LRRNT_2	Family	39	79	34.0	2.5e-08
PF13855.3	LRR_8	Repeat	130	187	34.4	1.2e-08
PF00069.22	Pkinase	Domain	386	650	127.6	4.8e-37

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0005886	C	plasma membrane
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GO:0002221	P	pattern recognition receptor signaling pathway
GO:0004674	F	protein serine/threonine kinase activity
GO:0004871	F	signal transducer activity
GO:0007166	P	cell surface receptor signaling pathway
GO:0007623	P	circadian rhythm
GO:0009506	C	plasmodesma
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GO:0042127	P	regulation of cell proliferation
GO:0046777	P	protein autophosphorylation
GO:0048366	P	leaf development
GO:0048481	P	plant ovule development
GO:1900459	P	positive regulation of brassinosteroid mediated signaling pathway

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
-	-	-	-	-

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network