result

Gene information

Detail information of AfisC5G03341

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC5G03341	chr5	610566542	610580817	+

Sequences

CDS

Protein

Gene

>AfisC5G03341
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Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	XP_008794445.1	5.9e-131	CCR4-NOT transcription complex subunit 9-like isoform X1
Swissprot	A7MB47.1	9.5e-94	Cell differentiation protein RQCD1 homolog
trEMBL	A0A8B7C9D4	4.2e-131	CCR4-NOT transcription complex subunit 9-like isoform X1

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT3G20800.1	71.84	1e-127	452		Cell differentiation, Rcd1-like protein

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	e-value	bit score
AfisC5G03341	AT3G20800.1	316	82	3	1	312	1	313	71.84	1e-127	452
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AfisC5G03341	AT2G32550.1	283	157	6	38	307	51	318	34.63	3e-37	152

Ortholog group

Species	Genes
-	-

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF04078.10	Rcd1	Family	39	297	418.6	7.6e-126

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0000289	P	nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening
GO:0000932	C	cytoplasmic mRNA processing body
GO:0016020	C	membrane
GO:0005829	C	cytosol
GO:0005634	C	nucleus
GO:0006977	P	DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in cell cycle arrest
GO:0007548	P	sex differentiation
GO:0017148	P	negative regulation of translation
GO:0019221	P	cytokine-mediated signaling pathway
GO:0019904	F	protein domain specific binding
GO:0030015	C	CCR4-NOT core complex
GO:0031047	P	gene silencing by RNA
GO:0032968	P	positive regulation of transcription elongation from RNA polymerase II promoter
GO:0033147	P	negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway
GO:0042803	F	protein homodimerization activity
GO:2000327	P	positive regulation of ligand-dependent nuclear receptor transcription coactivator activity

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
K12606	RCD1, CNOT9, CAF40; CCR4-NOT transcription complex subunit 9	EC:-	RNA degradation	ko03018

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network