result

Gene information

Detail information of AfisC7G06283

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC7G06283	chr7	1127839835	1127853781	-

Sequences

CDS

Protein

Gene

>AfisC7G06283
TATGGAAAATCAGGCATCTCAACGTAAGCCTTTTTTTATTGTTGGAACATAACTTTCTGGTATACTACCACCCAAGATTCCATCCATATAATGCATGTTTTAATTTGTGATCCATCCAATATAAAAGAATAGAGATAAAGAAAATAGAAAACCCAACTAATAGGCAAGTCACTTATTCAAAAAGGAGGCTTGGAGTTATGAAAAAGGCCAAAGAACTCACTGTTCTATGTGATGCTCAAGTATCTGTCATCATGTTTTCCAGCACTAGCAAGTTTGCAGAATACTGCAGCCCTTCTACCAGGTTATTAACACATATTATTCTCTTCGTACTATATAGGTTTGTCTTTGTTATATATGAAATGGTCAATGTGGTTGATTATATGATGTGATACAGCACCAAGAATATTGTGGATAGATATCAAAAGGAAACCGACATTGATTTGTGGAATGATTTGTATGAGGTAACTGAAAATGTACATATTTTCTTTATCAATAGTCTATAAATTTTTGTGTGCATGTAAAATTATGTCTGGTTTGATGTAGAGGATTCAAAGTACATTGAGGAGCCTTGAGGAAGATAACCAGAAACTCCGAAAAGAGATAAGGTGACTATAAATCAAGATGCATGTGAAATTATATCAGTTTTATCACTGATTTTATTACAAACAATTTTGTTACATGTAGGCAGAGAATAGGAGAAGATCTTGATGGAATGAGCATCAATGAATTGTGGGGGCTTGAGCAAAGTTTGGATGACACACTGATGCATGTTCGTCAAAGGAAAGTTAGTTTTATGCATAATATGGATACTTTAAATTTCATGAATGATTGTATATTTGTTTGCTACATCAAATAGGAGAGGAATACAATACGAATAGGACTATGTGTTACTGTTTGTTGGTCACACAGTTAAAAATAACATCAATGGAATCATATTTCATATGTTGCTATATCAAATTTCATGTATGTTGCACCGTCAGTAATAGTCTGTTTCAATTTTTCTAAGAATTTATTTCCAACTTTCAATTCATGATTGAAAAAAAAAATCCATAGGGCTTCGAGTGTTTATGGGATTTTAGTACATGTTGGAACCTCAAACATCTAATCATTGATTGCAGTAGGATTCAAGTTTTGGTTTATCGGTAAATCATAAATTATGAAATTAGTCAGGAAACTATCAAATAAATGCAGATGTAAGGTGTCATATGTAGCTTTGGTCTCAAATGACAATGATATAAAGGAGCATTATTATTGATTAATTTTTGAATAATTCAGACATGTCAAGGAATTTCAAACCAAAACAAGTGTTTGATTTTTTTATTAATAACCATAATATATTCAATGATTATCTGTTGGTAATATCAAAAAGAAAAGAAAAGGAAAAAAAATAAGAAAAAGAAAAAACTTCCATTTTGTAAAACACAAAAGATTCTCTTGTTGTGATCAAAATTAAAAGACATATTTGGTTTTAGATTGTTAACACATATATTGTGTTGCAGTACCATGTTATAGCTACGCAGACAGAAACATACAAAAAGAAGGTATGTCCACAATATCCAATTATTATTCTATATTCTATATATTGTACCTATATTGCTATTATAATTGATACTCTGCTCTACAAGCACAAGCTAGCAAGGACTCAGGTTCAAACCTAGACAGTGACTCGGAAACAGTTTTGCTCTGAATATATATATATATAATAGGAAAATAGGCACGAAAACAAATTTAGAAAAAAAATTAGTCCGAAGGACAAAAAGTTTTTTTTACACTGATCGACAATGCTAGTTATAACTAGCATTTTGTATAGTGTAAAACTGAATATAATGCTAGATATAATTAACTAACATTTTGTATAATGTAAAAGTTGAATATAATGCCAATTATAACTAGCATTTGTCATTAAGCCTAAAAATAAAATTCCATATCCTTTAATTTGATTTTTTTTCAAAGTTTGTCATTTTCCCTAATTCCTGCTGTATAACCTGCATGATTTACTGAAAATATAGTTCCAAACATGGAGTCATAAGAAAATTATTTCTAACAGAAGAAAATGGTAAAGTACTAATCTTCATTCTACCTGTCAATTTGTGCAGTTGAGAAGCATCCACGAAGCACATAAGGCCTTGCTTCATGCATTGGTCAGTAAATACAAAGTTTCGTCTGTACAAAATTTTATCGAAATTACAGTGCATTATTTTGAAGTATCTGTAATACTGACATGTTTTTCTATATTTGGTACAAGACATGGAAGAAGATCAACTTGAATACACTTTCATGACTGAAGATGCAAATGACAATATAGAAGCTAATGGTATGCGTATGTTTACATTTCCAGTACATTCAAACCACCAAAATGTTCATTTTTGGAAAACTTTCCAAAAATACGAGTCAACCTGGATTTTCGGTTTAATGATAATAGATACCTAATTTGCATATTACTTGCCAAAAAGGATTTTCGGTTTTATTTAGAGGAATCAGCTTATCCCTCTTAATTTTCCTGTTGGTGCTTCCTTGTTCATCATTAGATAAATTATCCTTAATTAAACTATTTCATCTAAATTATGCAGGTCTTTCATGTCAATGTCCTTTCTGTATATGGGATAATATCATAATTTGATTTTGTTACAGCTTATGGAGTCGATATGTTGAATACAATTGGCTACATTTAGGTAAGACAGTCAGCTAAAGTGTGTAGAAGGGAAATGCACAGTTGTATGAGGGAGAAGTTAGTTAAATATGGAGGAAGTGAATGACAGTGGTGGGTGGTTTGTTTGTAAATGTGAAATGGTGCAGAGAACTAGGTAGAGAATTGGGTAGAGAACTAAATAAATGAAAAATAGTGTATATTAGAACTATGTCAATGTAAACTTATCTAACTTTTTGGAATGTCTTGGAATTTTATGACTCTAGCTTTTAGTCTTTTCGAATGTGATTTTGGTTGTTTTATGATAATATTTATTACTCGTTAAATTATTCATTATTGGTATGAAGGTATGCTGCTATAATTTTTTTTTAAATTTGCATTTATTTTGCAACGGTCAGAAACCGTTGCAATATTCCATATTACAACGGGCATTGCCCGTTGTAAAAAGGTGTATTACAACGGGCATTGCCGTTGTAAAAAGGTGTATTACAACGGGCATTGCCCGTTGTAAAAAGATGTATTACAACGGGCATTGCCCGTTGTAAAATATGGATGACCTATTACAACATCGCCTATTACAACGGTCCGTTGCCCGTTGTGGAACACATATTACAATGGGCATTGCCCGTTGTAAAAAGCCTGTTTTGTTGTAGTGACAGCTGGTAAGTTGCATACTTTGTAGTTTAATTTAGTCAATTAACACTTGCAATTCAATATTTTAGTTACTTAATATTTCTTATGTCTATATTCTCTTGTTCAAATTACATGATTTACACAAGTCAAATCTTTATTATATGGATATTATGTTTCATGCAAACCTACATATGGAAACGCATGGTTATATTTGTTAGTAGTTAACTTCTGAATCCAAGTGATCTTATTAATTATTTTTATCATGATTTTTTACAATGTTAAGTTGCTGTATAATGAATAAACAAACTTTTAAAGTGCATATGATTTTTATTGATTAGTCATTGAAACCCTTACTTATTGGACCATAAGAGCATCAGTTAGCTTACCAACAAGTGGATAGCAGCAATTTCAATGACAAATATTACCTTGCTTCAATATCTTATTTATCTTCGCATGTCACCATGATGTTGTGATGCTAATACTGGTAAAGAAGTAAAGTTGAAATTCAAACACATAATTGGCACAAGATGCACAAAGAACTGTTACTAGGCTTTAAACATACTTCTATCTGCTGATAATCGGTAGGAACATATTAACAGTATGTATGAGATTAACATTGCACTTAATTTTTAGCAAGTTATATAGTACAATGCCTTAAGAAAGAAGATATATAGTACAATTAATTTTTAAACCATTAAATTTATATACTCCATGCTGCCTCTTTCTTGTCTTATTTTAGTATGATAACTTGTTATCTTCAAATCTGTGTTCTATTAGTTTTGAAATTTTACAGATATTTTAAACCACGTAAGTTTTTTTGAAACATTTTATCATGAAAAAATATGTTATTTTCCATATAACATTTGTGTCTAGGGTGTACATTTTCATTCTAACTACGAGCTACCTTAGTTAGTTCTTTAAGCATGGATCAGAACAAGCTCTAATTATCATATGTCTCGAGATTTTTTTTAGGGCACCTATAATATTATCTCGATCATGTCTAAAATATATGGTTGATATTTGGAATATATGATATTTTTCTTTTTAATTTTTCTTGTATAATAAATGATTAGTTGGCAGATTTAAACATATATTATTTCGAAAAAAGTTAGCCAATACATAATTGTCTGTTGAATTTATACGAATTTAACTAGAGGAATTTAATAAATATACTTCTTTGATATATGATGCGAGTTGTCTATATTTTTAATTTTACTTAAGTTCATTGAAAATTATAGTACAATTAATGTTTTATTGATTGAGATGTGTCAGTAATGATCTAAGTAATTATGTCATCAATTGGCCCTTCATGAAATAAAATGATATAATTAAATATGAATTCAAGGTTAGATAAGAAATAGGAACTTGACTACCATTACTTTAAAAATTTAGTGATTGAAAATACCTTCTCAATTCTTCGATTTTATTTATCTACTTGAAAATCCCATATTGTTGTTATTGTTTACAAGAAAATTAAAGATTTATGAAGTAGTTTAAATGAGAACAATAGTTTTATTCAAAGATAACTAAGGCTGTCAATAAATATTCGAAAAAATCGAAATCCATCTGCATCCTTATCTAGAAAGCGGATAAATATTCAAAATCCGAAAACTTGGATACAGATGCGAATATGAAGACATTCACATCTGAAAATTACCCGCTCGGTTTTTGTCAAGAACATGGACTATTTTATGTGTATTTTAGTAAAATGAAAGATGTG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Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	XP_020263645.1	6.0e-51	MADS-box transcription factor 16-like isoform X1
Swissprot	Q003J2.1	7.9e-40	VviAP3b
trEMBL	Q53US5	5.6e-51	MADS-box transcription factor AP3

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT3G54340.1	52.14	2e-34	141	AP3;ATAP3	K-box region and MADS-box transcription factor family protein

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	e-value	bit score
AfisC7G06283	AT3G54340.1	140	67	0	1	140	29	168	52.14	2e-34	141
AfisC7G06283	AT5G20240.1	123	83	0	1	123	29	151	32.52	7e-18	87.0
AfisC7G06283	AT4G37940.1	142	75	3	1	131	29	161	33.10	1e-16	83.2

Ortholog group

Species	Genes
-	-

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF00319.15	SRF-TF	Domain	1	29	35.3	5.2e-09
PF01486.14	K-box	Family	56	139	69.2	2.3e-19

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0005515	F	protein binding
GO:0003677	F	DNA binding
GO:0003700	F	transcription factor activity, sequence-specific DNA binding
GO:0005634	C	nucleus
GO:0005737	C	cytoplasm
GO:0006355	P	regulation of transcription, DNA-templated
GO:0010093	P	specification of floral organ identity
GO:0019252	P	starch biosynthetic process
GO:0043068	P	positive regulation of programmed cell death
GO:0048316	P	seed development

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
K09264	K09264; MADS-box transcription factor, plant	EC:-	-	-

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network