result

Gene information

Detail information of AfisC8G02048

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC8G02048	chr8	405822606	405829581	+

Sequences

CDS

Protein

Gene

>AfisC8G02048
CTTGACTTTGTTTGTTTCCACATCTCAACATTTACCATCCATTTTAAGCAATAAAGCTCCAGTAGTTTTTTATTATCAATAGAACAGGCGATGGAGCCGCCGGTCCCCTCGACGCCACGCACAGTAGAAGAGATTTTCAGGGATTTCTCCGCTCGTCGATCCGCCATTGTTAGAGCACTCTCTAGTGAAGTCGACGAATTTTACTCGCTTTGTGATCCAGGTAGTTTTGATTCATTTGTCAGTAAAAAGATTTCGGTGAATAGGGGTTAGGTTAGAAATCCTTTTGTTCACCACTATTAGTTCATGTCTGACGGACTAGCTTTTACTCAGTTTGCGCCAGAACCGTTCGTTGATACGTACAATTTTGATTGAAGTAGATTGATTAGCGAGAGTAGTTTTGTGTAAAATCCTTGTAATTTGTTGAAATGAAAAGATTCGATGAGATGTTCATTGTGGAGGTGCCGAACCTAGAAATAATCACCATCAAACTACAGCGCTTTTTAATAGGATAAAACGTTTATCTTAATTCAATTTAAAAATAAAGCCTAGAATTGTGTTCTCTGAGAAAATTCTCAAAATGATATGTTTGGATCTGAATTTTTGCTCGCATGCACAATCTATCTAGGGTAACATATGCATTTAAGAAAAAGTATTCTTCTTATGTTCCAAGAAAGGTAATAGTTAAGAAATTTTCTGTATTCCGAGCATTGTATTAAAAGATAAATTTCTAAGTATTCAAATTTGGATAATAATGCTGACAGACAAAGAGAATTTATGCTTGTATGGGAATCCTGATTCGACTTGGGAGGTAACTTTGCCGGCAGAGGAGGTGCCTCCAGAGCTGCCTGAGCCGGCACTGGGAATTAATTTTGCAAGGGATGGGATGAATCGGAGGGACTGGTTGTCCCTTGTTGCGGTTCATAGCGATTCTTGGCTTTTATCTGTTGCTTTTTATTTAGGGTCCAGATTCAACGCAAATGAGAGGTAAATTTGGTATTTGTTTACTCTTTTTTTTTTTCTGATTAATTTTGAAATCAAGGAATTCTGTCAAAAAAATATATATCTATATTGAAATTCAGCGTATGGGTAATTGTGACTTATATTTTGCAGCTATCCAAATTTGTTATTTGAATCTTTTGATTCGGCAATGTGGATGCAGTTGCATGGTTTGCGATATTGCCGTGGATTTCCACTTACCAATTCTACATGTTACATATAAGTAATGCGTTTAAAATTGACCTTTTAGTCTTTTACTGCTAACGTGCATGTTTTGTCCTTCTTTTACCAGAACTTTTTTCTTTTTTATATAGTGAATTGAGTTGGGTTTGTAGGTGTGTAAACAAATTTCTACAAGTCTGTAGTTGTATAAACAGATAAAAAGTTTATAAATTTTCTGCCTGAAATTCATATTTGTTTATATTTGGAATAGTAAAATGTCATGGTGCAGGGATGTGCATATATGTGGTATTTGATGTGACCTCAAAAAGTAATTGAAATTGTGTCACTAAACAAGAGGTGCTACGATTGATTTTCAGCTACCTCATGGTTGTTACTGGGAAAAACTCGGATCTTGAGAATAACTCTGATTAAAAATGTCAAAAAGTTGTATTAGCTATTTGATGTAGGATTCAGACCTCCTATGCTTCAAATGTAGAGGAGTTACCCAACAAATTCAACCATCAAAAATGTTATTCCAATGACTTACATCAAAGATTAATTTTTCTCTTTATTCAGTGTAAATATTTTAATACAATCCAAACCATTTAATCCAAGAGCTAACAGTTGAATTCGGTGAGTGAGTCCCTTTTCTACTTTTGAAGTAGAGAAGGTGATCTAAATCCTAGTAACGTTTTGAAAAGATTTAAAATTATTTATTTATACTTAAAATTATTTATTTATACATATACATATATACTTACATATACATATATACATACATATACATATGTATGTGTGTGTATGTATGAGGAAGGTTTAATGGTACTCCTTACTTGTAGCACCCCTGATTTCCACCTCAAGTTTTCGTTTAAATAATAGTATGATGTGGAAGAGAGAGAAAAACTAATATTTAAACAAAAATTTATGGTGGAAATCGGGGGCTATGCTACAAAAAGGAGTGCCATTGAACCTTCCTGTCTCCCCCCTAGATATGTATATAATGTGATGTCAGTAACATTTGGTCAACTAGTTCTTGTCTTTTCAAATAGTTAAAAAGCTCACTGAAAAAAAATGTTATCTTACCAACACCTGGTCCAATTGTTCATGTCTTTTCAAATCGTTAAAAGCTCATTGAAAGAGCTTAAACTTTTGTACGTTGAACAATACTTGCAATTATTTACTGCCTAATATAGTTTGGTGAACTACGATATTTTATGCTTTTTTTATTGCAATTATCGTATGATAGTTTTTTAGTTTGATCAAATATTTTACATGTATTTAGACTGTTTATACCTTTTTAGTTGATTCTGTGGACTCAGACATTCCCTTTCTTCAGATTGGTTGCATCTAACTATAATAAACAATTTGTCTGTATGATAAAATTTACTTTGACCATGGTCCATGAACTTCTAGTCTCTTCTTATACAGACAACCTCTTCAATTATTCTTATTTCCATTCCACTATCTTCATTGTTAATTTTGTTATAGACATCTCTTCAGTCTTTGAAGTTCAAAGTTGCTACAAAGCAACATTATCTGGAAGTTATTTAATATTTTAGATGGTTCTAAAATGCAAACACTACATTGGCTTATATAAGTAAATGAAACTAGCACACCGTTGATCTCCACTTCTCATTACTTGATGGATCTCCATCATTTCCACCTTCTTTACCATCGCTGCTTTTAGATAAAATGCCCTCTCCATCATCCTTGTGCCGACAATCTGTAGTGGAGGAAGGGGACACTTGCTTGATTGGTAGCGTGCTTGCATAATTAGAGATACAATGTCCAGCTTTGGGTTGTACAACCAAGGACGCTTGGCTTCATTCCGGGCCCAGTCCAGTCAAATCAATATTGGATTCACATATCTAACATGATATGATTACAGATATGTCAACGGTTACTTTCAGATGCAGATAGTGTCATATTCACATTTGCATTCGAAAGCATTTTCGGATATCAGATATCCGCATCCGCGGATATAGACGAATATCAGGTATTTATCATATCCGTCGTCGATTGATAAATCTAATATTTTTTTTCTGTTTAACATAAGTTTCAAGTTCCATTGATTGTAAAAGTACGAAAATAGATAAATATGTTGGTAATAAATATTCGGAACAATTAATATGCATTAAATGCATGTGATATAATCTATTAATATAACAATACACTAAATACATAGCATGCATCATACTAAAGTACACAAACTATAAACTATAACCTTAACAAAAACCGAACGTATAATTTTGGATACCGATCCCATCATATCTGCATCTGTATTCATTTTTTCGGATATTTGATATTTACTCTTTTTTTGATACGGATGCAGATGAATTTTGGATTTTTCGATTTTTTATTTACTGACGGTTTTTGCTGATAAAATATACGGTATCCTTCAGCATAAAACTTTGTTTAAATGTAATAATCAGAAAACGAACTGGATCCATTCCTGATTCGTGTCCAAATCTGAATTGTCGTTAAGATGATGACATAACAAGGTCTTGCAAAACGGCCATACTTTTGATGTAGTCGTTGAAAATGAAAACCAATTCATTTATCTTACCTATAAAACATCAAAACTATAAAGATCTGAAGGTGAGCCACTCCATAAATTTTAAAGAGTTATTATTTACCTAAAAACTCTTTTCGCAAACTTTCTCCAGTTGCATGCCGGAGTGAATTTTCTTGACCTTTACAATTCCATCTCAATAAGTTAGAAATTGACAAAAACATAAGAGAACTGGAGAGGAATGTACTCAAGCTTGCCCAGCACTATAATGCATACTAACTGATAATAATATGTCCTTGTCCAACTGTGTCATCTCTTTCCAGTATAATTTTATATAAATATTCATACCTTTATCGTTCAATCTCTTAATATTATTCCTGAATGTGCTATTAAGTCTGTGTAATAGTCTGGTTGTTGCTTTTCCAATTGGGTTATCTATTGCATCCAACTTTCTTCGGTCATGTCTTTATGTTTAGATTATTTAGGTTCTCTATAATGTGTATTTATACTTGAAAAATCTGCTAACTGATGCTGCAAATGATTCATGTATGTGAGGTTTCTTGAGATGCACAGAGAGCCCATGCTTTATACATGCTTGGGAAAAACAATTTGCTAGTCATGCAAATACGACCTTCCTTCAAATTTACGCTAGCTCAATCCTATTATAGCCTTAAAAAATGAATTATGATATATCCTAGCTTTTTTTTTGACAATTATAAATTAATATTCATACCACGAAATAAAATCGTGCTTCAACTAAAGATATAATCATTGCTAGGAGATATAATGGTTGTGGACTTCGATCTTGAATGCATGAAATCTCCTAGTTGGTGTGTTGTTTTATGCCGTAATATGATTATTCGTTTTTGCTTGTCAATGCTATTATTTGCTTTGTTGATCGTGCACACATCTATATGTCGGGGAACCTTGTTTTGTGATGTAGCCTTAACAAATTTGTCAATAAAATTAAGGTCTCTTTTGAGTTTGATTGTGTATTTGAAACTGAATTTTTTCTTCAGGAAGCATTTGTTCAGCATGATTAATGATCTCCCAACTGTTTATGAAGTTGTAGCTGATAGAAAACAAGGAAGAGATAAGTTGGGCAATGATAATGGAAGTAAATCAAAACCTGTCAAGGTTAGATAACCTAGCAAGCTTATTGTACATCACTATAACATTTGCACATAATGGTTATATCTGGAGGAAAAATAATCAAATTTTTCAAACTTTATAGTAGGAACAACAGTAATTTTTGAAACCTTATAGGACGATTAACAGTAATTTCTTAAACTTTATTGTATGATTAACAGTAATAAAATGAACTTTATAG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Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	XP_020252675.1	6.7e-111	LOW QUALITY PROTEIN: PHD finger protein ALFIN-LIKE 2-like
Swissprot	B8AMA8.2	8.8e-100	PHD finger protein ALFIN-LIKE 3
trEMBL	A0A6I9R770	1.7e-108	PHD finger protein ALFIN-LIKE 2 isoform X2

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT5G05610.1	70.76	6e-83	303	AL1	alfin-like 1

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	e-value	bit score
AfisC8G02048	AT5G05610.2	236	67	2	7	240	6	241	70.76	6e-83	303
AfisC8G02048	AT5G05610.1	236	67	2	7	240	6	241	70.76	6e-83	303
AfisC8G02048	AT3G11200.1	241	74	3	5	240	6	246	67.22	1e-75	279

Ortholog group

Species	Genes
-	-

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF12165.5	DUF3594	Family	11	136	215.1	1.6e-64
PF00628.26	PHD	Domain	187	235	42.4	4.2e-11

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0003714	F	transcription corepressor activity
GO:0005829	C	cytosol
GO:0005634	C	nucleus
GO:0006355	P	regulation of transcription, DNA-templated
GO:0008270	F	zinc ion binding
GO:0009414	P	response to water deprivation
GO:0044212	F	transcription regulatory region DNA binding
GO:0016036	P	cellular response to phosphate starvation
GO:0045727	P	positive regulation of translation
GO:0016569	P	covalent chromatin modification
GO:0035064	F	methylated histone binding
GO:0043565	F	sequence-specific DNA binding
GO:0048767	P	root hair elongation
GO:0055065	P	metal ion homeostasis
GO:0071472	P	cellular response to salt stress

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
-	-	-	-	-

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network