result

Gene information

Detail information of AfisC8G02359

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC8G02359	chr8	472354408	472360959	+

Sequences

CDS

Protein

Gene

>AfisC8G02359
TCTACACATTCTCTTATGTCGCATAACTTAAACAAACAAACACACACACAAAAGAAATTAACCTATTATCTTATAAAAATCAATGATCTCTTGATTTATACAAGCCCCATTATTAAACTGCCAACGTTTGATATATGTTTAACATTCAATACAGAATGAGATTCCGAAAAAGAATAAGAAATAAGGATCGTATATGTGTTATGCGTTCAGAATGATCTGTCAAAACTCATCATAGATAACCATGTTAAGTCACATAAGACGTAAAACTGGTAAGAAATAAGGTGAGGTGTCACGTATATATTAAGTAATACGCTACCAAATGATGCTATTGTTGCACTACAACTGATCCAAGTAATATAAAAATACTGATTAGCTGACTGACCAACGTATGAGGCTGGAAAGATGATTTTCTGATGGCTTTTCCTCGTTATAAGTTGATTAATACATCCACATGCAAACATATTGTTCTTTAATTTATATCCATTTTCAGGAAACACCTGACAGCAAGCAATAAGACAAGCAGCAGCATAGTTTCAACCTCTCCATATATTTACTCCTAAAATTAGAAAGCAACGACTGGTTAATAAAACATAATAGGAAACAACCGCATGCAAGTGGGTATGAAAAGAGACTAATAAAGTAAAATTACTGAACTCTGTCCATAATTGGGAGCTTAAATCTTAATTTAGTACTAATTGCTTTGAGATCTGAAATAGGCAGCGACCACTTCTCCACAAGTATCAGGTGCAATTTTCTAGTAATTAAATTATACTACATGCGTACTTAATATTCAGATAAAGTTAATCTGTGCATACACATATTTTTCCCAGTATAATTTGCAGATCTGAAACGGATTAGCGTTTATAATCAGTTGTGCTTAATGGGGAGAGGGAAGATTGTGATTAGGAGAATTGATAACTCAACGAGTAGGCAAGTGACTTTCTCGAAGCGAAGAAATGGATTGCTTAAGAAGGCTAAAGAGCTTGCTATTCTCTGTGATGCAGAAGTTGGATTGATTATTTTCTCAAGCACAGGCAGACTTTATGAATTTGCTAATACAAGGTTATACACTGTTAAATTTTATTTGGATATTTTTATTTGGTTTTATTACCAAATCTCAATCTTATTTCAGATAGAACTAGTTTCCAAGGCGATTCCTCACAATCCATGTCGGACAAATACGTTATTTGGGAGTCAGTTTGATGCACTAGAACAGGAACAAAAAAAATAAGAGATAAATTTGCATTTTGGTTAAAAGATAAACAACAAATTGCTAGAAGTTGTTACTAAAACATAGAATAAAAGCATGGATCATGGATTAGATATTAATTGTAAGAATTTAGTAACGATTCTAAGGCCAATTTACATGGTAAAAAGGTATTAAGGGAAGTTTGGTTCAGGCTATACTGACTAGTACATCAAAAAAATTAAGTGATTGCTTTTCTGCAGACCAGCAATACCATCAAAGTATTATTATGCACCAATTAGTGTACAAAAGCGCAAATTTAATAACCTGATACAGGTCCGGTGTTTTAAAACTGAAAGGAACAAGTGTGCAGCTTAAATAATTCAAATCATATTTGAAGGTATGCAACTTATTGTATTCACAGGCATACCTTTAAAGTGGTATTTATTCTGGAATTGGATTTGAAGATATGAGGTAAATTATAAGGTATAACTACTCATATCTCCCCTATTTATGTAATTTTTGCTAAGTCACTCCCTAGGCATTGGAGCATATAGTTTAAAGGCCAAAGGGTAGAATGTTGTATAAAACACTTATTTAGGACGAGTCAGATCGGTGGTTTGATTAATGACATAGATCATGAATATTTTGAAGAATGTACTGTGAAAGAGGTACATACTATCTCATGAACTTGTAATGTTGCATACATTAACGATAGTTGAAGATGTCTGTTATTACAAAACTATGCAATCTCACTACCTATACATGATGGCATGATTGGCATTAATCCTTTCGAATAGTGTGAAGAATGCACAGTGAAATAGGTGTGTGCTATCTCATGAGCTTGCATACATTAATGTGAAAAGGTGAGATTGATTAATGGATAACAGAGCATGAGAATATAAAGAAATCTCAAATACTACCCATAATAATAAGATAATATCTTAGTCTAAGAAATGCTAGCTAAAATATTTTAATGCCGGTTATGGGATAAATTGAGAAATTGTAAAATGAAGGCTTTGGAAAATTGGGGGATATGTTTTCATCTTGAATACTCCATTAGTAAAACCTCGGTTCAAAAATATATTTGGGTAAGAACACAGAGAGCCATTGAAAGAGGAATCGTGGTGAATAAATCAAAAAGTTAATGTAGAACTTGTGCACAAAGAAGTAAAAAATAGAACCAGTGTTCAGTTCCAGTTGCATAATTGGTGTTGGGTCAACACACCATACCACAATACTCCACATATATCCTTGGAAAATGAGGAATGTTCATTATTTTTATGCTGTTAATGGAAAACAGAGATGATCTTTTACGGATAACTAATTTGATGTGGTAATCTACATGTGGTAATTTAAGTAAATGAACTCCACTTACGTGAATGCATGATCTAACATGTTGTATGACTGAATTTGCAGTATGAAGTCAGTTATTGAGAGATATACCAAGGCAAAAGAGGAGCAGCAACAATCAAATACAAACTCCGAAACTATAGTATGTACTTTATATACTTAAATTCCTGGTTATTTTAGTATTACGCAGCCTGTTATTTTGTTGTATACTGCTCTTAATTCATATAGCACTGTCGACCTATATACAAAATTAAACAACATTTAGCACATGAAGTGCTGTTTCATATATACCCAAGAACCCAGAATTAGAAAGGGTTCCAGATTATTGAATAAATATAACACAGAACTATGGTGGAGAGAGAGGTTTTTGTGGGCCCTTGGGTTGGTGGGGATAATTGGATATGGAATGATGATGGCTTCAGTTGCCTCAATATGTTATTGTGCAATATGCATCTGCGCTTTAAACATAATCAAAGAATGAAGTTAATATTCTACAAGTTGAAAAAATGAGTTGTGAGAAAACAAGAAAAGCTACCAAGAAAGGCGGAAAAAATAATAATAATAATTTGAGTGTAAGTGCCACTTAATTTCAAGCAGAAAACTCATTATGAAGTTTCAGGAGCTCGAAACCAAAACCTCTAGAACCACAGTCTAGATATCTTACGACTTGAACTAGTTGTTATTGACGAACCTACGGTATTGGTATTTGAAAGGGAGACTAGTGTCTAGAAAAGATAAATGTAAACTGGAAGATAAAGCAGGGTACATACAATCCATGAGAATACACAAGTCTTGTGTTTTAGAGGATTTTTAACCAAAAGATAAGGTAGTGTTTGGTTTAAAAACGAATTTTGTGTTTTCGGTTTTCAATATGTACATCAAATATGAGAAGAATAGAGGGATGACGAAATGGATGGTAGAAAGATGGATGAAAGGACGAAGGGATAGAGGGATGACGGAATAGTGGATTGTTTCACATTCTTGTGTTATGTTCCAAAATGCGGAAAATAAAAAAAAGTTGTTTTCTATTTTGTATGTTAACTTCATTTTCTAAATTGGTCGTTTTCGACAATTTAAATGTGTCGTGTGCATTTTTGTATGAACGAAAATCCAAAATTAAAAATAACAAACCAAACACTACCTAAAACTTTCAAGTCGGCTAATCAAAGATTTGTATATTTTTCGATGAACTACATGATTGTGTACAATACAGATATAAGAAGAATAAACATGAACTACTTGATTGTGTGCAGATATAAGAAGAATAAGTGGATGATTGTGTACAATATTTTTTGATCGGGTCAGGTCGGTTCGGATCGGGTTTGATTGAGTCTTTGTTGTATTTTTCATCATCCAGACCCGATCCGAGACCCATCGGGTTCGGTTCGGGGTCTTTTCGGGTCAATTCGCTTCGGTTTTGCGGTTCTAATTGCCAGCTCTATACAAATTATAGAACAAACAGAAAAGGGGAATCAATATGAGCATTCTATGTTTGGACAAGGAAAACTTCAGGATCTAAAAAGACATCATATTGACCAGAAATTGTCTATGTCTTAGTCTAGCAAAAAATAAAAGAAAAAAAAATAACCAGCTTTATAACCTTTTACTCAGTAAATACTAGCTATGGCTCATAACTGTAGCTAAAGCATGGCATAGCAAAGAAAAGCATCCTTGGAAAATATACTTAAACCCTTTCGTTTAAGATTTGCTTATAAAATTAATGTCTGCTAAATTTTGTGCATTATACCTATAGTTCTGGCAGAGGGAGGCAGTGAGCTTGAGACAGCAGTTAGAGAGCAGCCAAGAGCGCCACAGGTACCACACTCAACCCCCACACTTTCTAACACATCAACTTAGCTTCAATAGCGGATCTGGGTTTGGGCTTCAGTCCAAGGCATGTGTCACTACAAATCAATCTAAGCTACAGCTTTTCTCTACAAAAAATATACGAAACTAGTTCCTCTTTCTAGCATGACAATTCATTTTCTATACAAATCACTTAGGTTACAATTTTATTTTATTTTTTAAAATAAAAGTAAACAATGCTAATGGTAAACACATAAATTCTTCAAAATAATCCTGAAATGGATCTAACATGTACATCCGTGATACACGTGTTTTGTCAAAGATCTCAACTGATACAATGTATTATGTGTATAAATCTTGAAACAGGACGTGATTGAAATTTACACTTTACTATTCGCTGCATTATGACATTAAGCGGGGCGACTCAAAAAACTCTCCCCTCTCTAAATAGCTCTTAAACGACAGTTAAGCACCGCTTTATTTCAAACTCAAAATTTGTTGCTGAAAATTATGTGTTATACTATGATTTTCTAAATTAACAATTTTTTGATGTAGGCAAAGCTTTCTTGGGCGTAACAAGTATTTTTGCAACTCTGGGTCATCAAAAAAAGGCTTTTTAATACAAATGATTATTTTTTTATTTTTTTTCTTAAATTTCACTTAAATTTCGCTTCAATCTCAGGCAAGGTGCAAATAAGCGTGGGTTAACCGCTTGAGCACAAATCACTTAATGCTTTTAAACTTTCAAAATATAAGTATTAGGCCTACATTTTGTGTTTAAGCACCACTTTTCATGACATAATAACTGTATCCATTTACCCCCACCCTCCACTGAATCCCATTTAGAGTTGAAGGGGTAATTCGGTCAAAATACCAATCAAGTGTACAGAAAAGTGGACCTTTCCACATATTACTACTAACCATACCCTATTTACCATATGATGGCACTTTTAGCTGTGGTGGAATGCTTTTGTAATTTCAAGAAAACTTCTAAAGAAAGCAAATTAACAAGTAATGAGCCAATTTTATTCATTACATGGGCTGTACATATATAACTAGCATATGTTGGTCAAGGCATTAAAACACCCAACAGAAATTAGAACATGGAGAACAAGATCTACTTAAAATATAAAATAACAATCTTGCAAAGATGAATTAGAAATGAGACATCAACAGTTCGAAAACAATGTGATGGTTGGTCCAATTTAACCAGTTAAGTAAATATAATACCAGAAATGTGATAATTAGCATGATAAACAAAATAATGGAAGCTCAAATATACGGAGCCAGTTTGTATGTTGTGTGTTCTATACAAGTTTTACATTGTCTATCAGTCTCGCAGAAATGGTTAAAATAGCATGTATTACATTTGAGTAGCATCAAGGAAATAACAATGCAGAATCAATGAATGATCAACACTGTTGTAGGGAAATATAAACATTTATGCAAACTTACCACCCAAAAAAAGTCACTGCCATATTACATGTCCATACATAATTCAAGCCACCAGCTGATGACTGGTTATGGGTTTCATGATACAGACAGCTAATGGGAGACGATCTATCCGGACTAAATGTTAATGACCTGAGCAATCTAGAAAATCGGCTGGAGTTAAGTTTGCACAGCATCCGGATGAAGAAGGTAAATTTGAGACACAGTCAACATATATAAACTGTTGAAAAACTAAAATCTACGGTATTGTTAATTTCAATGTTCAAATTATGTAGGAAAAAAAATTGATGGATGAAATTCAAGTTCTAAATCAAAAGGTTCGGGACAAAAGAAAATAGTAAGCACCATTTACTAAAAGCCGGTGCATATTTGATAGTTTGCATGCACTATCTATTTTGCAGGGGATGCAAATTCACAAAGAAAACGTGGAACTCTGCGAAAAGCTAAACCTCATTCGTGAAGAAAACATGGAACTAAAGAAGGTAAATAACTGAAGTCTAATGTGAAAAACACGTTGAATATCAAAAAAAGGAAAGAAATGCTGGAATCATCATTTTATACAAATTAACCTCGCTAACCTTGCTAACATCTGTTCTCAGATTTTTGATAGAAGAGGAATAGTCAGTGCAATTAGCAGTAGCCTGCATGTTCAAAACGATATGGATGACAATGATGTGGTAGCCACTCAACTTGAGCTCAGCCAGCCTCATCATCAAATAAGTACAGCACAACCAGAAAGTCCAAAACTGAGGTAA

Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	XP_020110747.1	6.1e-61	MADS-box transcription factor 23-like isoform X4
Swissprot	Q6Z6W2.2	5.0e-60	OsMADS57
trEMBL	A0A6P5GSF1	4.4e-61	MADS-box transcription factor 23-like isoform X4

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT3G57230.1	59.73	6e-68	253	AGL16	AGAMOUS-like 16

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	e-value	bit score
AfisC8G02359	AT3G57230.1	226	88	3	1	223	1	226	59.73	6e-68	253
AfisC8G02359	AT4G37940.1	230	92	3	1	228	1	226	57.39	3e-65	244
AfisC8G02359	AT3G57230.2	223	92	4	1	219	1	221	56.05	4e-59	224

Ortholog group

Species	Genes
-	-

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF00319.15	SRF-TF	Domain	10	57	87.7	2.3e-25
PF01486.14	K-box	Family	82	169	82.5	1.7e-23

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0000165	P	MAPK cascade
GO:0000977	F	RNA polymerase II regulatory region sequence-specific DNA binding
GO:0003700	F	transcription factor activity, sequence-specific DNA binding
GO:0005634	C	nucleus
GO:0007584	P	response to nutrient
GO:0008134	F	transcription factor binding
GO:0010214	P	seed coat development
GO:0010440	P	stomatal lineage progression
GO:0042803	F	protein homodimerization activity
GO:0045944	P	positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter
GO:0048481	P	plant ovule development
GO:0048527	P	lateral root development
GO:0048574	P	long-day photoperiodism, flowering
GO:0071249	P	cellular response to nitrate
GO:0080155	P	regulation of double fertilization forming a zygote and endosperm
GO:1903338	P	regulation of cell wall organization or biogenesis

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
K09264	K09264; MADS-box transcription factor, plant	EC:-	-	-

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network