result

Gene information

Detail information of AfisC1G00578

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC1G00578	chr1	91134118	91144312	+

Sequences

CDS

Protein

Gene

>AfisC1G00578
GTTTTATCGTTCAAGATAAGAAAGGGAGAAAGATAAGATATCAAAACGTACCTTATCAAACATTTAAAAGGAAAGAAAGAAAAAACCAGTTAGCAAGCATTATTTATTTATTGGTTCCTTTGACGATCGATAGCAAAGTAAGTAGCATCCTTATTTTATGAATATTCTACTGAAAATTTGTTTCTAGTATGCAAGCTTGGTTAATATGTGTATAATCTGTTTATAACTATCTTTTGCTAATCTGCAGAGTATAATTATGCCTTTCTCGTAACTTTATCTTTGTAAAATTGGGTTCTTTTAGCTTGCGTACTTTGTGTTTGATAATTTGTTTAAATGGGTCCTAATTCTTGTTTTGGAAATTGTTTAAACCATTCTATTATAGACTGTTATCAATATTAACATATTGCAAACTGCATTTAACTGAAATTAAAATAATAATAAAAAAAAAGTCAAAAACTAATTCATAATTCCCTATAATTATCATGCTAGAATCTGTAGGTGGTCGGTTTGGAACTATTTTCTTTGAAATCATTATCTGAATGACTGTGATCGGTACTTGGACTTGTACTCTGAACTGATGTAAACAGGCTGCTTAAACTTACTGTAATGCCATAGAAGCAAATAATGCTGGTAAAATAAAAATATGTTTCCGGAAAAGTATTTTGAATAAGAACATATTGTTGGTAGATGAATGTAAAAGAGAGAGACGGAAGCCACAAAAGCTCCATCTATACTTGGAGCAGAAATTAGAAATTACCTTAATCTTCTTTTATTCTTGAATAGTTAGTTTTGCAAGTTTAGTCTTTGGTTTATTAATACAACCGTGGTGGAAATAAAAAATTTAACTCCAGGATGAAATCTCTAGATTACACGATGAAATCACAAGTTTAGTCTATGCTTGATTCATGTTCATAAAGAACTTTTTTATAAAAACAAGATGAAAGAATTTGATACAGTCCTTATGATGCAGCCAAGAATGAGAACCAGATTGATGAAGTGTTAGGTCGCGAGCGACCTAACAAGATCTTGAGTCAAGAGCGACCTAGCGAAGATTGTTTGCGAGCTAACAAGCAACGTGTTTTAGGTCGGATGCGACCTAGTGGAGACTCGCGACATAACGAAGGTCGCTGGCGAGTTAACGGGCTAAGCAGGAAGACACTCGCGCGAGATAACGTGATAGGTCGCTCAAGCGAGCTACGACATAGCAATGGAAACAAGTCAAGTTTAGGTCGCGAGCGACCTAACTCTCACATGCCGCTTTCTTTCTCAGGCGAGCTACGACCTACGATAGGCCGCGTGAACGAGTTACGACCTAAGTTAGGTCGCGGGGAGATTTAGGTCGCGTGAAGAATCCCAGAAGCTGATTTCTTAAGTCGCTGAAGGTTAAGCCGCATCCACCTTAGGTCGCTCGACCTTATGCGCTGAGAAGTTAAGTCGCTGCCTTACATTTTTTAGGTCGCATATATGTTAGGTCGTAAGTCGTGATGGTTTGTAATGTGTTGAGATGTAAATATTGTAAGTCGTGTGTTGTTCTTATGTCGTTGTGTTGTAAGTCGCTGGTTTTTAGGTCGCATTATTTTAGGTCGTAGGTCGTTCACGACCTAGGTGTTGTCAATGTTGAACCGTGTGAGTTGTAAGCCTATAAATAGGCGGGTTGTATCATTTGTAAGAGTTAAGTTGATTTTGAATAAAACTTTTGTTTGAGAGCTTTGTGCCTCTTCTCCAATTGGTAGTTGAATGTGATCTCCTATCTCCACTTTCGGTAATCGAGTGCGCTCGATTCAACGACTGCTGAAGCCGATTCACGGTATCTAGTGCGCTAGATCAACGTACAAAGAATCGTAGATCTTTAAACACGGTATCGTGCGCGATCAACGTGTTTGAGATAGCTAGAATCCGACATTTTTGGATCAACGGATTTGGACCATTCGGTATCTTCTATTCCATCGATCGCTACTTTCACCGTATCATCATTTTTGTTATCCGCTGCTGCATCATTTGGTATCAGAGCTAGACTTAGCCAATCATAGCTAAGCCAAGCCTTGGAGCCAATTCTTATTGAAGAAGTTTGAGGAGTTAGTGAAGCCGAGCTACATCAAGCAAAGCCGAGCTAAGTATCTGGGGTTAGAGCCGAGAGCAAGTGAAGGCCGTGCATCATATTTGTTCATACCGAGAGTTGAAGTTTGTTTCATTTAACAATGCCGCCGAGGAGAGCTAATCGTCATCAAAATGTTGAAGATTTGTATAAGCGAGAAGATGCTGAACAAATGGAACAACGCATAAGTAACAAATTCAATGAGAAGTTGGATGAAGGTATTGGGAGGTTAGAGAAGCTCATGATGGATATGAATCAACCCCGAAGAAGAACATCGCCAATTTCAAACCAAGGTGGAAACAGGGTTTCGCCATCAGTTTCGGGTGAAAGGAGAATATCGCCACAATCTCATCAAGGTAGAAGAAGTCATAGAGAATTCGAAGATGAACCATATCGAGATGATGAAAGACAAAGTAGAAGGGATATGCGTGATCATAGAGATGTGGGTGGACGGGATCGTTATCGAAGTACATCTGTTGTTGATGAAGATGGTGATAGAGGGAGTTTTCATTATCGAGATCATGGCCAGGGACGGAATCGGGATCGAGATTTTGAGGATGATCGTCGATGGGAGTCGGGAATGAAAACTGAAATGCCAGAATTCAAGGGTGGAATGGTGGCTGAAGAGTTTTTGGATTGGTTGTCTAATGTGGAAGAAATTTTTGACTTTAAGGAGGTTCCTGAGCATCGAAGAGTTAAGTTGGTTGCTACACGCTTGAAAAGGAGAGCTATGGCATGGTGGCAGCAAACTAAACTAACACGGGAGAGAATGGGGAAGTCAAAGATTGAATCATGGGATAAGATGAAGAAATTGATGAAGGCTACTTTTTTACCTTACAATTATCAATCTCTTATGTATCAACGTTTGCAGAACTTGAGACAAGGAGCGAAGTCAGTGAATGATTATGCAGACGAGTTCTATCAGCTGATTGCGAGGAATGATATCATGGAGACGGAGGAGCAATTGACAGCTAGATTTGTTGGAGGGTTGAGAATGCAGATTCAAGATATGGTGAATATGTTTGATCCCAGATCTGTCGCTGAAGCACATCAGAAAGCTCTAGCTTGGGAGAAGCAAGGAAGGAGAGGTGGTGTGTTTACAAATTCTAACAATCCAACGAAAGGGGCTAGTAGCAATGTGAATGTTTCGAAGGCTGTTGCAAAACCGGTCGTTAATGAAGTTGCTAAGACCAGAATCAATAGTGGTATCAAATGTTTCAATTGTCAGGAGATTGGTCACAAAAGCAATGAATGTCCAAAGCTAAAGAACGAACGATGATTGCCGAGGTTGAAGATGAAGAGGTAGAAGCTGAATGTTCTAATTCATTGTATGATGAGGAGGAAGAAAATGTGTCGGGAGATGAAGGGTATTCATTGATGATGAAGAGATCTTGTTTAACACCAAAGCAGGAGGAAGAGACTAGCTGGTTGAGGAGTAACATCTTTCAATCAACGTGCACTATCTTGGGAAGGGTTTGCAAGTTTGTCATTGATGCGGGAAGCTGTGATAATATTATCTCTACAGAAGCTGTGAAGAAGTTGTCATTGAAAACTGAGAAGCATCTGAAACCTTACAAGTTAGCTTGGTTGAGGAAAGGTGGAGAGGTGAAAGTTGGACGAAGAGCTTGTGTTAATTTTTCAATTGAATACAAAGATGAAATTTGGTGTGATGTTGTAGACATGGATGTATGTCATCTGTTGTTGGGAAGACCATGACAGTATGATAGGGCTGTGCAACATGATGGGCGTGCTAACAGTTACAGTTTCATGTTTGAGGGTACAAAGATTACTTTAATTCCTAAGAAGCGACAACACGAAGAAAACAAGTTGGAGGAGATTGAAGAGTTGAAAACTTTGTTATCTTTGAAGGAGTTTGTTAAGGAGGTAGAAGAGGAGCCTGAAGTATTCTTGTTGATTGGACGTGAGAGTCATGAAGTGGTTGAGATTCCTGAAGAAGTGAAACCAGTGCTGGGAGAGTTTGACGATGTATTTCCTGAGGAGCTATCAACGGAGTTACCGCCGTTGAGGGACATTCAACATCAAATTGATCTTGTTCCAGGAACTGTGTTGCCACATAGACCACACTACATAATGAGTCCAAAAGAACATGAGGAGTTGAGAAGGCAAGTGGAAGAATTGCTTGAACATGGGCGTGTGCAGGAAAGTTTAAGTCCATGTGCTGTGCCAGCATTGTTAGTACCGAAGAAGGATGGGACGTGGAGGATGTGCACTGATAGTCGGACACTGAACAAGATTACTGTGAGATATAGATTTCCTATGCCTAGATTGGATGACTTGTTGGATCAGCTTAGTGGAGCTACTATCTTTTCGAAGATTGATTTGAAGAGTGGTTATCATCAAATTCGAATCAGACCAGGGGATGAATGGAAAACAGCGTTCAAGACACGTGAGGGGTTGTACGAATGGCTGGTTATGCCGTTTGGTCTTTCAAACGCACCGAGTACATTTATGCGGGTTATGAATCAGATTTTTAGACCATTCATTGGGAAGTTTGTAGTGGTGTATTTTGATGATATACTGATATATAGTGGAAGTCCAGAAGAACACTTGCAACATCTGAGAGAAGTGTTGATGGTACTACGACAGGAACAATTTTATGCTGCAACGAAGAAATGCGTGTTCATGACGCATAGTGTTTTATTTTTGGGATATGTCATATCGGGAGGAGGTATACAGGTGGATCAGAATAAAGTTGAAGCAATCAGAAATTGGCCACAACCCAGGACAATAACAGAGGTTAGAAGCTTTCATGGTTTAGCATCATTCTACTGAAGATTTATTCCACACTTCAGTAGCGTGATGGCTCCAGTTACTGATTGTATGAAAGGGAAGCAATTTTCATGGTCGGAGAAAACAGGATTTGCTTTTGATAGAATCAAAGAGC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Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	ONK81869.1	1.8e-23	uncharacterized protein A4U43_C01F33700
Swissprot	Q9SZL6.1	5.8e-14	Protein PIGMENT DEFECTIVE 191
trEMBL	A0A5P1FWV4	1.3e-23	Transcription termination factor MTERF6, chloroplastic/mitochondrial

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT4G38160.1	57.99	7e-113	403	pde191	Mitochondrial transcription termination factor family protein

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	e-value	bit score
AfisC1G00578	AT4G38160.1	319	132	2	4	320	7	325	57.99	7e-113	403
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AfisC1G00578	AT4G38160.3	319	132	2	4	320	7	325	57.99	2e-112	401

Ortholog group

Species	Genes
-	-

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF02536.11	mTERF	Family	5	109	50.6	1.2e-13
PF02536.11	mTERF	Family	105	316	163.9	3.8e-48

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0003690	F	double-stranded DNA binding
GO:0003727	F	single-stranded RNA binding
GO:0005739	C	mitochondrion
GO:0006351	P	transcription, DNA-templated
GO:0008033	P	tRNA processing
GO:0008380	P	RNA splicing
GO:0009507	C	chloroplast
GO:0009658	P	chloroplast organization
GO:0019843	F	rRNA binding
GO:0032502	P	developmental process
GO:0042255	P	ribosome assembly
GO:0042651	C	thylakoid membrane

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
K15032	MTERFD; mTERF domain-containing protein, mitochondrial	EC:-	-	-

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network