result

Gene information

Detail information of AfisC1G02869

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC1G02869	chr1	526497571	526509664	+

Sequences

CDS

>AfisC1G02869
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Protein

Gene

>AfisC1G02869
AAAACAACAACTTGCTGCTGCTCTTTTTTGTACCCAAAACCCCAATCCACATAAATAAAATAAAAATAAAACCATTTTCCTAAAAATGCCACCTTTAAATTAACAAAAAAATCTTGGAAATTCCTAAAAATGGGAACCCCAAATTCCGAAGACCTCCTCAAGAAAATCCAAGTTTTAGAAGCTGGTCACGCCAAACTCAAACAAGAAATGTCGCGATTGATGCCGGAGAGAAGGAGATCTCAGTCTGTGTCACCAAAGAGAACGCCTCCAACTCCGGAGAGGCGGCGAAGTGGCGGCTTCGATGGTGTAGATGGACCCACATGGCGGCGTACGACGTCAGGCTCGCTGCAGAGCTCCTCGAGATTGCAGAGAGAAAGCAAAGATGCGAATGTGGTGGTGGAGAAGAATAGTAAAGAGAGTGGCGATGGAAGTGATCAGTTTCGGTTTTCGGATAGGCAGTATTTGAATATTTTGCAGTCCATGGGGCAGGCTGTTCATATTTTCGATCTTGATGGTAGAATTATATATTGGTGAGTTTAATTAGTTTATTTATTTACTTACAAATTATAACTGTGCAAGTATTTTAACTGTAGCGCAGATGGATGATATTTCACTATGGTGACTTATGATGATATATTTTAAAAAAATTACCTGCTGTTAAAAAGCATTGAATAAATAGTTAATACACTGTTTGTTCTGAAACCATTTAATGATTGGTTTAGACTGTTGGTTATGTTATGAAAACGATTTCTGTTTATTTACGTAATCAATGATTAATCTAGACAAAAGCTTGTGATAAACTTGTGTGGTTACAGGATAGCTATTGATTTCTATTTATGTGACCTTTATTGTTAGTCTAGACATATTTATCCTTTATGATTAATTTAGGGTACAGATCCTTTGAATAAATCTATTCTTGTATATATTACCTGACCGAGAGATAGCTTCCTATTAAGTACAAGTTCATGAACCTTTTGAAGCGGTTGGTCAGGTAGTTTTATTTTAGCAATGACCTGATGTCAGACTTCATATGCTTATAAAAGGGTTGTTAATTTCATCGTTTGAACGTCAAACATACCTTTCTTTGGTGGTTGTATGTGTTTTAGTTTGTAGTATATTGTACCTGATTGTTTCAGAGCCACAAGCATTGGATTGAGAGTTCTGGGTTCTTCTTTGTTTTTAAAGTTGGGAAAAACCCTTCCCTTTACTCAAGTAAAAACCCATCTGCTAGTTTTGAATTCATTGTTGTAAAAATTGTTGGATACACAACATTCTTCTTTTCCTTAGTTGTAGTTCCCATAGGCTATCATTCAAATGTAAAAAATAGCATCTTTTTAGTGAAACGTCAAACTGAAATTTCATTTTCACTATAAAATAACAAATATCATGTTTTTTCCGTACAATATTCCCATTTCATGTATGCAAAAATTTACCAAAATGTGCCTACAATATTCGTTAGTGCAAGTATTTGCACTTTAAAATAGAAGTGCATTTTCAAATTGACAACGCAAATCACAAATATCATGTTTTTCTTCATTTCTTTTGTTTCTAAAGTGAATTTAGTTTGGTACAAATCAACTGCTTTATGTGCTATTTCTCAAGATATGTGATATACTGCACATCTATACACATTAGTGCATCTAAAATTACAAGTCTAATTCAAGATTTATGTATTACAAGATAAATTCAATGATATATCATTTGTTCAATTGGTACATAGATTATATGTCACTGGCAGTAATATGTCACAAAGAGAATAAATTTTGTTTTTTCTGTGATTGAAACGAGCATATTTTCCGCTGACACTGAAAAAAAAAATCATCAAGTCCTATGCATGATTGAAATATGCATAATTAATGTATCTTCCATTTCCGATTGTGATCATCAAGAAATTAAATTGTTTGATTATTACCTTGTTATTATTATCTTTATCCTTCCGTCAATCATGTAACCATTTTTTTCGTGATTACCTGATTTAGAATATATATTTTTCTGCTATATAATTTTGAGGGATATACAGTACAATTCGAAAAGTCTGGTTTGTCCCAGATTGAAAACATTAAACAGTAAACTTCCAGTTCCATTTTAATCCTTGTATTTGGTACTCATTATACTTTAAAGCCATAGTAATAACCTTTTTGGTTATTTAGGAATCGATCTGCAGAGAAGCTTTATGGATTTTCCTCATCAGAAGCAATCGGTCAAGATGCTATCGAACTTCTTGTTGACTCTCATGATTATGTAAGTGCAAACAACATTGTGAATAGAATAACCATGGGCGAGAGCTGGACAGGGAAATTTCCAGTAAAAAGCAAATCAGGAGAGAGATTTCTAGCAGTCGTCACCAACAATCCATTCTATGATGATGATGCTAATTTAATTGGTGTCATATGTGTATCAAGTGATTCAGGATGCTTCCAAGAAACTGCAACATCTTCAGCTGGGTTCCATAATGCTACCCGACCTAGATTCAGCTTTCCCAGTGGAGCTGGGTTAGATTCTCAGCAACCTCTGCAAGCTGCCATAGCTTCTAAAATATCTAACTTGGTGAGTTGCTGCATGTGTTAAATGATCTGCTAGTCAAAATCATAATGCACATCGCACAATAGTTGGGTGAAGTTGGCTCTTAACACTTCCACCTGAACATCGAAAGGTGAATTAGAGATTGTTGGATGTCAGTTAGAGATTGGTTGATGTCATCACGTATTACCCACAATTATCATGTTAGCTTCAGTGCATCATCACTCAAATGACAAGTTCGATCTGTCTTGATTCGTCAAGACTGGATAAAATGTGGAAACGTGGGGTTTTCGTAAAGGATATACATTCAACACTGATGAACAAAAGGCCTAAGAATCAAACTATGAAATGCACAAACATATTTCACTACCGAGCTTATTTTTACCCAATTAGCCTCAGTTTTTCCCTTTCATTAAAAATAAACAAATAAATTTATCATTTCATCTTCTTATACAGGCAAATAAGGTAACAACAGAAGCTACTAAAGTCACAAATAAAGTTCGTTCCCATATAAGAACACACAAGAATGTACAAAACGAAGGCGGAAGTGGAGACAGTCAATATTCAAATCATGAATCAGTGCTAGATAACAAAGAGGATGCAACATCGAGTGGTGCCAGCACACCTAGAGGTGACATATCCCATTCTCCCTTTGAAAAAAACAGAAATAAGGTAGACTTAGATTTGAAATCTGGAATACAAAAAATTATAAGCTCAAAAGCAGAGACATGGATCACTAAGAAAGGGTTTTCCTGGCTGTGGAAAGATGATGAGCATGAGGGGAATGATTCAAGATGCAAATCTGTCTGGCCATGGTTACATAGCGAACAGGAAGGCGATGCAAGTCAAAATCAGCCAAAGGCTTGCGAATCTAGCAAAAATGCAGAAAATAATATGGAGCCTTCGGGATCGTGGTCTTCTTATAATGCAAATAGTACAAGTAGTGTTAGTAGTAGTGCAAGTACTAGTAGTGCCATCAATAAATTGGATACAGAATCCGACTGCTTTGATTATGAAATTTCATGGGAGGACTTGACAATTGGGGAGCAGATAGGTCAAGGTTAGCCTTTATCTTTTTATAAATGGCTATGCTAATCACTTTACTTTCTCTATCCTACGATGAACTGCCTCCATAATTCTTGCTTGTATAACATGAAATAGATTTATGCTTCAATTTCTTGGTACTCTTAGCTCACTTAATTTAGAACACTTTCAAAATTCCGCTCCCGAACCCCAAAGTATCCAGTTACATACTTATTTTCCCTCGGGTAGCCATTCATGCACAAGTAAATTTAAAAAATGAGGGAAAACTTTAGAAGAATCTGTGCTAGTTTAAAGCAAAAGATACAGATGGTGTCATAGAATACGACTATGAACCAAAAAAACTGAGTGAGTTTCCTGCGAACTAGCTAAATGCCTTGTACTTGTACAAAAAACGTTTTAATATATTGAATGAAAATCAATTGCAGATTTTTGTACAAAGAAAATCAAGCAATTAATTCTGTATGTATCACTTTCTACTAGTCTTGCTAGTGGGATAAAGGAAGATGGTTGTTCGATTCCTCACAACATTTACTTCCATGTTCATTCATGCTTTGTTTACTTCTCATACTTCACCTTGTTAAATCACAAATTGGTTTACTTGCAGTCAAAAATAATTATTTTGAATTTCATTAAAAATTCTAAAATTCCTGCTTTTACTTTTTTTCCTCGTTTATTTTTCTTTTTTCGGTCTCAACCTTTCCTTTTCTACTTGTGTAGGTTCCTGTGGAACTGTATATCATGGTTTATGGTATGGTTCGGTATGTTTTTCATTCTTGTGCTGCTAAATATAATTCTTTGATAGATAAGTTTTGCAATGTGTGTTTCAATTATCTCTAGTTTGTATTAAAATATCTTTAACTGAGAAGTCTTGACCGTGGTATTCTGTTTAGTCAACATATACAAAGGATTTGCACGAGTTTCATGTATCATGAATTTTGACATTGAATTAAACAGATATTTCAAGTTTCTTTTAAACAGATTTTTAGAACGTCTCTACTTTTTTTTAAGGTAAAAAAAACTGTTACCTGAATGATGTAAAAATTCTAGTATGATGGAGTAATCAAGTGCAATAATATTTAGCGTGCAGATAGGAAGGATAGTAGTTCTCAATTTGACATTCAAATTTCAAACTGGGAAGCACAGACACGTGTCACTGATGTGGACAGAGATACTAATGTGGGACACTTGTTATTATCTACATGTACTTCCTATTAAAATACTTTTATGAAATAATATGTGAAAATGCTATTCCTCCAGCATTTTAATGCAGGAACTACAATAAACAACATTATATAGTGGGTGCATGAGAATTTTGACATGGAAACTCTTTTCTATTAAAATGACACTTTTAAATCTGGTATGTCATTCCATCATTTAGCTAAGTATTCTTATCACTTGCAGGATGTTGCAGTTAAGGTGTTCTCGAGGCAGGAATA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Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	RWR94319.1	2.3e-250	putative serine/threonine-protein kinase roco5
Swissprot	Q9C9U5.1	7.3e-97	Protein SUGAR INSENSITIVE 8
trEMBL	A0A8K0IR88	2.3e-257	RGS domain-containing serine/threonine-protein kinase A

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT5G49470.3	57.58	0.0	848		PAS domain-containing protein tyrosine kinase family protein

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	bit score
AfisC1G02869	AT5G49470.3	778	254	16	3	727	5	759	57.58	848
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AfisC1G02869	AT1G67890.1	775	257	17	4	727	6	754	56.90	824

Ortholog group

Species	Genes
Allium cepa	g46604.t1
Allium fistulosum	AfisC1G02869
Allium sativum	Asa7G05839.1
Arabidopsis thaliana	AT1G67890.1; AT1G67890.2; AT3G06620.1; AT5G49470.1; AT5G49470.2; AT5G49470.3; AT5G49470.4
Oryza sativa	LOC_Os12g37570.1; LOC_Os12g37570.2

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF00989.22	PAS	Domain	110	217	57.7	9.3e-16
PF07714.14	Pkinase_Tyr	Domain	459	710	234.9	8.3e-70

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0005886	C	plasma membrane
GO:0000165	P	MAPK cascade
GO:0000166	F	nucleotide binding
GO:0005515	F	protein binding
GO:0001666	P	response to hypoxia
GO:0002229	P	defense response to oomycetes
GO:0005829	C	cytosol
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GO:0012510	C	trans-Golgi network transport vesicle membrane
GO:0043168	F	anion binding
GO:0046777	P	protein autophosphorylation
GO:0048510	P	regulation of timing of transition from vegetative to reproductive phase
GO:0071281	P	cellular response to iron ion
GO:1900150	P	regulation of defense response to fungus
GO:1900424	P	regulation of defense response to bacterium
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GO:2000035	P	regulation of stem cell division
GO:2000069	P	regulation of post-embryonic root development

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
-	-	-	-	-

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network