result

Gene information

Detail information of AfisC1G04170

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC1G04170	chr1	773193032	773202670	+

Sequences

CDS

Protein

Gene

>AfisC1G04170
CTCCTATCCACAACTCAATCCTATTCACCTTCTCCTTCCTTCCTTCCAAAGCATATCCATCTCGAATCTCCGCCACGTGTACGGCCCGATTCACACCTTCTTCCTCCTCAAATCTCAAAACCCTAACATCTTAATACTACTTTCATGTACTCCAACAATTGAAATCTGGTGAGTTATGACGAGAAAATGTTCCCATTGCAGCCACAACGGGCACAACTCGCGCACATGCCCCAATAAAGGTGTGAAACTGTTCGGTGTGAGATTGACGGATGGATCTTCTTCAATCAGGAAGAGCGTTAGCATGGGTAATCTCTCTCACTACGCGGCAGCAGCTGGTGGTGGAGCGTCTCCGGCTGACGGAGGAGATCATGGTACTGACGTGGCGGATGGGTATGCGTCTGAGGATTTCGTTGCAGGTTCTAGTTCTGGATCGAGGGAACGAAAGAGAGGTTTGGATATATTTGATTTCCTGATATGATTAGAAATATTTTGTGGGTATTTGTTAGGATATTTTTTGATTAGTGGAATTAGTTTGCCTTATTATGCAAAATACATTAGTTGTTGATGTCGGAAATTTAGCGATTATGGTTAGATTCAACTACTTCTAATTATTAAACTGCTTCTAAACCGCTTATTACTTGATTTGGAGAATTCGGTGCATTTTCTGAATAGTTGTTTTGAATTGAAATGGAAAAGAGTTACAAAAACAGGTTCTTAGTTAGGTCCAATAAATAAAGTTGCATCATTTAGTAAATTATTGGAGGTATAGAAGCAGTATGCCACCTAATTTTAGTAAGTTATGCTATGCATGATGAATGATCCATTTTTTGGGGTTATTAGCTTCTAGTTGATATTTGAGTTTGAAACCTATACCTTTCAATATGACTAAAGTTAGATGAAAGAAGATATTGAAGTGTAATATGCTGCTTTATGCGGTAGGATTCATATGAATGAATAAATAATCAAGTAGGTTCAGCCAAGAATCTTGCTTTTTTGCAGTCACCATTGATTTAAGTAGGAGCGGTCAATCATTGTGAGGCAGCAGACTAGTGATACTTAGATTTTGTCATTGATTGTTATGCCACATGTGTTCCTAAGTAAATTGGGTAGTCTACAAACTGGCTCTGTAATTCCGGTTATCCTGTATGATACAAGATGACGTTGATTTGCTATTCTTTAATCAGAAGCAAAATTGTTTCATCATTTATCTCAAATTTACTGTCATCCACCGATCCTAAGGATGGATCATGGATTGCTCTAATTTTATGCGTTGTCTTCAAGAATTCACTTCTTTTAAACAACATTTTGAATTTTAATTTTGGTTTTTAACATTGCTTCTTTAAAGCAACCTATGTATATATATATATATAGATTATCAAATTTACATTTACTTGCTAAACGTGCTAAATTTATTACCAGAAGAGTAGAACTCAGATTCTTCTTTATCCTAATAATGGTTAAATCCTTAAATCATTCTATTATCTCAAACGAATTTGAAAATGAAATTGCATGTAGCACAAGCTAAAGCACAGTTCATATTTAGTAACATGAATTACAGGAAACTTGTTGGATTTAACTGAGGATGCAAGGCAATAATCCTTTCAGATCTCTATTGAGTCAATGTAATTTTGAGTGACCGACTTTTTGCCCTATTAGAAATCTTCTGTTGCAGCATACATCAGATTTTCCTTTTTTATGTTCTTAATTAAATGCATTAACAACGGACGAAGGAAGCAACCGCCAACTAATTTTTTCAACTGATCGTCAATGGCAGAGGAATGGATCACTGCTTCTACTATTTGCTTAGGTCATGATGAGCTAGTCAATTGTAAAGCTAAAGAATTATATCTAATATACAGTGGTCGGCATGTACCTGAATACAGAGAATACTATATGGTTTGCCAAATTTTGGAGTAATCAACTGACAACTCTGACACGTCTAAATCTATAAATCGGTTCCATCATGTCTTCACAGTTTTAGGAATGTAAGATGTCTATTTTCTGGGCAATATTGTCAAGTGTTGTGTTTGCACTTTCTTTCCCCTGTTAGATCGTACTCAAAATGCTAGATAGATGATGCGAACCTACTAGTTAGCTTTTGCTTACTATTAGAAATTTGAGTATAAGAATTGCATAGTTTTTATACCGGTTCGGATCTTCTGTCCAACGTCCAGTTCCGAAGCTCCCCTTCGGAATTTCCACTAACGAAAATACCCTCTGTTCGCCTGGAGGAATATGTCATATAGTAGAGTTTTTCGATTTGACGAATTTGTGTTCCTTCAACACTGATTTTGACTGATAGTACATGCCTTCCTATAATCTCATTGATGATTCAAGATGCATGCAATTATTGGAAGTGTATTGAATGATTCTCGAGTAAGCAATAGAGTTTGAAAGCAGAAGTGTTCAAGAGAGATAAGAAATCAAGAAAGCAAGTTATTTTGATTTCTGAATGTTGAAATATATTTATAGATATCAACGAGTTGCATCGAAGATTTGTAATTGTCCAGAGAGGCCATTACTTTTCACAGAGATGCATTTGAGCGATCACAACCATTCGAAGTGTCATTTCAGAAAATAGTCGTTTCAGGGTAATCAGTCAACTGAGAATAAAAGGCAGGCAGTATACTGAATAAGAATATTAAAAATAAACGGCAAAAAGTAAATTTGGGAATAAAATAAAATACGTTGGTTCAGTCGATTAGAATTATTTTAAGTCGACTGAAAATAATTTCAGTCGACTGAACCTATATAAAAAACTTTTTATACAGTTAGCCTTGTTTTTAAATTGTTTTAACTCTGTTTTTTTTGAAAATCTTTCTATGCAGATATTTGTGTGTGCATGTGAACTATCAAGGAGATTTTATAAGTAAATCTAAAATCAAATACACATTTGACTGGATGATCCGTATATTCTTGGCTTTCGATATGTAGATGATCCTTTTACTTTTCTCCTTGATTTTTCAATTCAAGATCTTTTGGTACCTACATAATATAATATTCTAGATATGTATAGATATAGTTGTCATTAAAAAATTCAAGCAATGTTTTAACAATCTTCCCCCTTTTGACGACGAGAACTACAATTCTCCCCTTATTATGTGCTCCCATTGTCAATATAATTTCTTCTCTTTTGTCATCAACAACAAGGAGAATATGATGAAGGCGAGGCTGAAAATAAATAAACAACATAGTTGATGAAAATAAATAAACAACAAAGGGGATGTTTAATAAACGTATGACAATAAGTCGAACAAATATCACTTGAAACACAAACGAATATATGACATTCACGACACATGACATACAAACACATGAAATAGCACTTAACATAGATCACCACAAACAACTAGTAAAACATAACAATAGCGCAATAGTTCATACATATTCAAAGAATACCAAACAACCACCACCACTACCTTACTAATGCAGACAATCTAACTTGTTCACAAACATTACATAGACAACACAAATAGTTTACCACAAGACCAAACACATGCAAAACAAAAGTCTAACCAATCAAAGTCATATTAGTGGAAGATGATTCAACTTTCAAGTTTTGTGGAAGAGTCAGCTGGAGTGGATGAGAGAACAAGAAGAAATCTTGTTCCAAATCTTTTTGAGGAAGCCCATTGTGGTCTTTCCAAAGTTCTTTTGTTGTTCGATCATTTTACATTGTTGCCTAAAAAGGATTTCTTGATTGCGGAGAATTGCAGTTTTGGCGAAGATGGTTTTGGAAGGCTCCACAAGTGAAATTTCCTTGTCGCTATCTCTAGACCAAGAGACTTCTTCAATTTCATGGTGAGAAGATGGTCGTCGGTTGTGGTTGAGATGAAGATTGACCTATATTTTCTTGAACCAAGCGGGAGAGAGAAACTTTGTAGGGCACAATCAGCTCCATTCTTGATGGTAATTTCAATAGAGAGATGGATTTTTGGTCCATAACCTTGGGTAAGGTAAAGTATTGCGAACTCTGCACATTAATACCAAAGTGAGTGAATATTTTTGTCAATTAGGAAGCAAAAAACATGGTGTGTCAGGAGTGGACATGGAAGCTTTGATACCAAATGAAAGTGCGCGGTGATCTAGTATAAAATGCCTAAGTCGTGTATATGTGTGTGCAATATTAATGCTAAATAACAAGGTAGAGTAAAGTAAATTAAAACGATCACATCAGAATTTTATACTAGTTCGGACTTTCCGTTCTATGTCTAGTCCTGAAGCTCTCCTTCAGAATTTCCACTCACAAATATATTCTCTCTTCGCCCTGAGGAACATGCTATATAACAAAGTTTTTCGACTTGACAAACTTGTGTTCTTTCAACACTGATCTTGACTGATAGTACATGACTTCCTATAATCTCCTTGATGATTCAAGATGCATGCACCGTGATTATTGAAAATGTATTGAATGATTCTTGAGTAAGCAATGGAGTTTGAAGCATGAGTGTTCAAGAGAGATAAGAAATCAAGAAAGCAAGTTAGTTTGATTTCTGAATGTTGAACTATATTTATAGGTATCAAAGAGTTGTATCGAAAAGTTGTAATCGTTCAGAAAAGCCATTACTTTTCACAGAGATGCACTTGAATGATCACAACCATTCGAAATGTCATTTCAGAAAATAGCCGTTACAGCATAGTCAGTCAACTAAGAATAAAAGTCGGTCTACCGAATATAAACATTAAAAATAAAACGGCAAAAAATAAATTTGAAAATAAAATAAAATACACTGGTTCAGTCGACTGAACCTATATTTTTTTTTATATATAGTCAGCCTTGTTTTTAAATTGTTTCTCTTTGTTTTTTTTGAAAATCTTTGTATATAGATATGTGTTTTTTTTAGAATCTTTGGATCCAGATATGCGCGCGCGCATGTGAATTATGAAGGGGGTTTTACAAGTAAATCTAATACCAAATACATACATTTGACTGGATGATCTGTATATTCTTGGCTTTTGATATGTAGATGATACTTTTACCTTTCTCCCCAATTCCTCGATTCAAGATCTTCGGGTACCTGCATAATGTAATATTCTAGATATATATAGAGATATAGTAGTTATCATTAAAACATACCATCAGAGTTCTAACAAGAAAGATTGATCATTCTAAGGATATTAATTGATTTGTGAACCGTGCTTATATTGAATCAAACACAAAAGGATTTGCAAGTTCTTGAAATCTGGAAATGGAGCAGCATGTATTTTTGAGTGGTGTGGTTTAGACTGTTAGATAATATTAAGTAAACAGATTGATTTGTGTTACAAATCAACATAGAGTTTTGCTTGTCACTGCGAAGTTTCTCAACTATGTCCTATTATAACACCTAGAATGATTTGTCAGTCCTTTAAAAATGGCAAACTTGTGGTAACTTTTTTACATTATTCAAAAAATTCCAGGTGTACCATGGACTGAAGAAGAACACAGAATGTTCTTACTTGGCTTGCAAAAACTTGGAAAAGGTGATTGGCGAGGAATAGCCCGCACCTTTGTAAAAACAAGAACACCTACTCAAGTTGCTAGCCATGCACAGAAGTTTTTCATTCGACAAACTAACATGGGTAGAAGAAAGAGAAGATCTAGCCTCTTCGATATTGTACCTGATGAAGTAAGTGTTTTTCTGTGCTTTTTATCTTCATTCACATCCTTAGTTTTAACAGTTCTTGTCCAAAATTACCTGATGCTTGCTGTCTACCTGCTAGATGCCACTCAGTGATCATATAATGACAAACAGTCATTCAGTTGTTGTTACCTTTAACAGCACACAATTCCACCAATTCTGTTAGTATTTGATCTCATTTTCATACATAACTTATTATATGGATTCTGTTTAATAATTTGTTACCGGAGGTCTTCCATGTTTTAAAAATATTTGGAGGAGACAGCTTACTAAAAGAAAGATGAAAATAGGCAGTCGTATGCGAGTCAAGTTGTGCTAGGTAAAAGGGTGATAAAAGGTGATTAGTAAAGTAGTTTGGGTTAAGGATGGACATATCAACCATCAGAGGTTTTAGATACCCTTTCAATACCCAGTGTGTGTAATGAACCAAGGACACTACAAAGGCTTTATCTTTTTAGAGCCTGGCATACAAATATTTACATGGGTCTGTTGATCTGCCCAACTAAAGGAAATGTTTATTGACTTGATTTAATTAGCACTGTCACACTGGGTTAAGCCAAAGAAAGTTTTAGAGGTTGAAGCAAAGCGTTGATATATTCATGTCAACCAAACGCTTAATTTTGTGATGTGTGACTAAATTTTATAGGGTACTGCAACCTAAGTTGCAAATATCAGTATCAATATTTAAGGATTGATATGCAATATTTGAAAATATCGAAATTTTATTGGTATGTTTATTAGCAAGCTATGTAAATTATGTCAATAATAAAAGATATAAATGTATTTTTTCATTTCAAATAATTTTTAAATTGTTTGATAGTGTGTGTGTGAGTCTCTCTCTGTGTGTGTGTAAAGAATTTGCATGTACAATCTATTGTTTTATTATAATATGAGATATTTATGTACTTTTCTTATAAATGGTGATTACATGATAATTCTTTAAGAAGTTTCAGTATGTGATATATCACAAATAGCCAATATGTTCTTAAAGTCTGGTATGTGATATACAAAGACCACCTTTAAAATCTAACCTTCTCGTATAATCTGTGGCAACAAAATGACAATTCTTTAAGAAGTTTCACTATATTTCTTGCATTTATCTATACATTTTGTCTATAAAACGTTACAGTCCAAAATTCTGATTGAATACTTTGGTTTTATTTGTAATGATCTATATATTACAAACAATGCACATATTCCTGCAAAATTTAAGGACTTCGACCATGTTGAGCCGAGTCAATCTGTGGCTCTTTATTCTTCAAATTGCTTAGTGGAGGGATGATATTTGCAAGTCAACATAGTGTTCAAAATTTCAACGTTGAGCAAAAATTCCTAGGGTGTGACAATGAGAATGATAAATGCTGATGGTAAGTGAAGAAGAGAAGTGTCTTTAAAATGAATTTCGTCTTTGTGATCGTCGTTTGCATAGATGTTTGTTGATGGCGAGTAGCTTAGTTGTACACACATTTTAAGATATCGGTGAACATAGATGATTGATAATTGTTTATTCCTGGACTTATGTGCAAGGGTTAACGCAAACATCATAGACCGCCATGAATAGAGATGGAGAGTGTGACAGTCTTCGTAGATTGTTTTGAGGTAGATTTTCATTCAGTGAAATCATGGTTTTGAAAAGCTCATCTTGGTGCGCGCTATGGCCTGTCGTGCACCTTTTTGCATTTGTGGCAGCATGGCGCAGTGCATATGAGAAGGTGCACTAAATAACACACATAATGCAAAAGATATATATGGCTCACGATGCAAAGATATGTCTTTTTAGCGTTTGTTCAAAATTTTATTTTATTAACAGTCCAAAAATGTTCAAAATTTTATTTTATGAACAGTCCAAAAATGCGTAAATTTTTGTACTATATTATTTTGTTCTAAGACAAATATATGTAGAATTTATACGAAAAAACTAATTTTTTATGTATTATTCTTGAAGCAAATCGACATACTTTATTGTTTTATCTTGTAATATAACATTGGTCATGTAAGATCAAGCTAATGTTGATATTTAATAAATTAAGCGTTTTTAATTTTTTAATTTTTTTAATTTTTGTTTTGGTGGGGGGATGCTGTGTAACCTGCTTGTGTAAGCACTACGCATACGTATCAAATAATTAAATAAAATAATAGACGTAGAACATCAAAGTAAGAAATTAAACATTCAAAGTGATCCAAACAAAATACAGTCAATTACATATAAACGTTTAGTTTAAAAACTTAAATACATAAATACAATCAAAAAAGAAAACCTAAACATTATGCTACAAACAGTTGAAAATTGTATTTTGCTTGAGGCAAAAAATAATTTCCTCAAGGTCTACTCCTTAGTATCAAAAAATTGTTCTAAGCAAGTCTCTTGGCGTTTTGCCGCCGGCCTTGAGGCATGCTTGAGGTGGACCTTTTAAAATGCTATATTAAGTATATCCCTTTTTTAATACATGTACAGTAATTCAAATAATTAAATAAAATAATAGACGTAGAACATCAAAGTAAGAAATTAAACATTCAAAGTGATCCAAACAAAATACAGTCAATTACATATAAACGTTTAGTTTAAAAACTTAAATACATAAATACAATCAAAAAAGAAAACCTAAACATTATGCTACAAACAGTTGAAAATTGTATTTTGCTTGAGGCAAAAAATAATTTCCTCAAGGTCTACTCCTTAGTATCAAAAAATTGTTCTAAGCAAGTCTCTTGGCGTTTTGCCGCCGGCCTTGAGGCATGCTTGAGGTGGACCTTTTAAAATGCTATATTAAGTATATCCCTTTTTTAATACATGTACAGTAATTCAAAAAATGCGCCCCATGCAAGGTTCTAGGAAATTTTTTTTTACCTTGGGTTTTCCCCCTGTGCGCTGTAAATAACTATGGTAAAGTCGGTATATGTGAAGGGTTCATTACATGCTTTTTTGTTTTTAGCGACTTTAGTCCATGGTAGAAAAATTATAAAGGAGAAGTTTGTGGTATTATATCTTTTATTTCTTAAATAACTCATTCAATGATCCAAGAAATATGTAACCCACTTTGCCAGTGCAATTTGTGACATATCTCATTTCCTAATTCACAATAACTTTCCTCTTCCGATGTAGCTCTGATGCACAGCAACACATATGTTGAGGGTTTGGTTTTAGTCTGACTTAAAAGCTAAAAGTGCATGCTCTTAAAATACTCCGTAGGCAACCTAATTGTATGCTCTTAAATTTTCCATAGGCTGCTGATTCACAGTTCTTACCTATGAACGATCAAGACCCCGAACTGATCGGAAACGGTTCAGTGCCAGTACCTCAAACTGTCGATGAAGAATGTGAATCCATGGATTCCAACAACTCGGTTGATGGAGAACCAAATGCCCCAAAACAAGAAGCACCACAGTCCGTTTACCCATTTATCTACCCTACATTTTTCACACCCGTTTTGCCCTACCCAGTGCCTGTCTGGGCTGGGTACAACTCTTCAGAAACTACAGCAGAGGCCCAAACACACGAAGTCGTGAAGCCCATCCCTGTACATTCGAAAACACCAATAAACGTGGATGAACTTCTAGGCATGTCCAGGCTGAGCATCGATGAATCAAATGCCGATGCTTCCATGCTTACAAAAACGTTGCTTGCCGATTCCAATAGGCAGTCGGCCTTTCATGCCAATGCAAGCATGAAGTCGAGTGCAAGCCAAATCCATGCAGTGCAATGATATCATCATATATATACGGTGGTTGATATCAATGATGATGAATTGGCATCATCTTGTTAATAGGGAGATGCAGTTTTAACTTTATTTATATCTGTATTCTACTACTTCTTTATATAAAGGTGCTTTGTGTATGTATATTATGATTGCTTGCTTAACCCCTGGAAGAGGTTAACTTGTAATTTATTCATTTTAGTACTATTCTGCTGAAACTTCCCTTCACCTAAAAAAATAACTTGCTGGGTCCAGGGATTGTGAATTTTTATATGGTACACTGGTTGGCTCGGTTTTAGTAATGTTACGTTTTTTTATCGTGC

Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	QBM06264.1	9.5e-105	CCA-type MYB transcription factor 1f, partial
Swissprot	Q7XC57.1	1.5e-91	Myb-related protein S3
trEMBL	A0A482DGC6	6.9e-105	CCA-type MYB transcription factor 1f (Fragment)

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT5G47390.1	54.96	2e-100	362	MYBH	myb-like transcription factor family protein

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	e-value	bit score
AfisC1G04170	AT5G47390.1	373	106	10	1	319	1	365	54.96	2e-100	362
AfisC1G04170	AT3G16350.1	382	135	16	1	309	1	372	42.93	9e-58	220
AfisC1G04170	AT1G70000.2	176	46	5	1	160	1	165	58.52	6e-45	177

Ortholog group

Species	Genes
Allium cepa	g485172.t1
Allium fistulosum	AfisC1G04170
Allium sativum	Asa0G04740.1
Arabidopsis thaliana	AT5G47390.1
Oryza sativa	LOC_Os10g41200.1; LOC_Os10g41200.2; LOC_Os10g41200.3

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF00249.28	Myb_DNA-binding	Domain	94	137	39.5	4.2e-10

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0000122	P	negative regulation of transcription from RNA polymerase II promoter
GO:0000976	F	transcription regulatory region sequence-specific DNA binding
GO:0003700	F	transcription factor activity, sequence-specific DNA binding
GO:0005634	C	nucleus
GO:0009414	P	response to water deprivation
GO:0009536	C	plastid
GO:0009723	P	response to ethylene
GO:0009739	P	response to gibberellin
GO:0009751	P	response to salicylic acid
GO:0009753	P	response to jasmonic acid
GO:0009787	P	regulation of abscisic acid-activated signaling pathway
GO:0009908	P	flower development
GO:0010116	P	positive regulation of abscisic acid biosynthetic process
GO:0045893	P	positive regulation of transcription, DNA-templated
GO:0046686	P	response to cadmium ion
GO:0030307	P	positive regulation of cell growth
GO:0048262	P	determination of dorsal/ventral asymmetry
GO:1901001	P	negative regulation of response to salt stress
GO:1901371	P	regulation of leaf morphogenesis
GO:2000469	P	negative regulation of peroxidase activity
GO:1905615

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
-	-	-	-	-

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network