result

Gene information

Detail information of AfisC1G04415

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC1G04415	chr1	814574622	814595014	-

Sequences

CDS

Protein

Gene

>AfisC1G04415
ATGTCATCCCCAACTCCTCCAAACTCTAACAATTCCGACGCCACCAACAAACGTCGCCGCACCGGAGGTCGTCGTAAGTCCATCCCCCAACAAATCTCCCCTTCCACCTCTCCAGTCTCCGACGAAATCGTTTTTATCAACAAGCACGCCACCTCCGAAGCCCTAACAGCTCTCTCTGCTGGCTTCCCCGCCGATAATCTCACCGAAGACGAAATCGAAGCCTCCGTCGTCTCTTCCGTCGGCGGCCTCGAACAGATCAACTACATCCTCATCCGAAACCACATCCTCTCCACCTGGCGCCAAAACGTCAACAATTGGCTCTGCAAAGACAAGTTTCTCAACATCATCCCTCCACAGTATCACACTCTTCTCGATTCCGCCTACAACTACTTACTTCACCATGGCTTCATCAACTTTGGAGTCGCCCCATCCATTAAAGAAAAGATTTCGAACGATAACCCCAAAAAAGGCACCGTAATCATCGTAGGTTCTGGTTTATCCGGCCTTGCAGCAGCCAGGCAGCTGATGGCGTTTGGATTCAAAGTCATAGTTCTGGAGGGAAGGAAAAGATGTGGCGGAAGAGTCTACACAAAATTACTGACGCAAGAAGAGAGTGGTAAGTTTGCAAACGCAGATCTGGGAGGCAGTGTACTAACTGGAACACTAGGTAACCCGCTTGCTATTTTAGCTAAGCAGCTCGGAGCAACTCTTCATAAAGTCAGAGACAAATGTCCCTTGTATAGAGTAGATGGAAGTTCAGTAGATCCAGAGCTCGATACAAAGGTGGAGAACGCATTCAACAGAGTTCTGGAAAAGGCGAGTACGCTGAGGCAGTGCATGGGAGATGTGGCCATGGATGTTTCCTTAGGTGCAGCACTGGAGACTTTCAGGCAGGTGTATGGGGAAGCAGTCACAGATGAGGAGATGAGTCTGTACAATTGGCATTTGGGGAATCTGGAGTATGCTAATGCGGGTCTGCTATCGGATCTTTCTTTGGCCTACTGGGATCAGGATGACCCTTATGATATGGGTGGGGATCACTGTTTCATGCCAGGTGGCAATGTGAGATTGGTGGAGGCTCTTGCGGAGGATGTTCCAATAGCGTATGACAAGACAGTGAATACAATTAGGTATGGAGGAGATGGAGTGCAGGTTGTGGCTGGGAGTCAGGTTTATGAAGGTGACATGGTACTGTGCACAGTTCCTTTAGGGGTGTTGAAGAAGGGGACTATTAAGTTTGTGCCTGAGTTGCCTCAGAAGAAGATAGACTGTATAAAGAGGTTGGGTTTTGGGTTGTTGAATAAGGTTGCTATGCTGTTTCCTCATGTGTTTTGGGGGAAAGAGTTGGATACGTTTGGGCATTTGGTGGAGGATAAGAGTAGGAGAGGAGAGTTTTTTTTGTTTTATAGTTATGCTGCAGTTGCTGGCGGACCTTTGTTGATTGCTTTGGTTGCGGGAGAAGTGGCACATAGCTTTGAAGAAATGGATGTTACTACTACCATTGACTGTGTATATAAGATTCTTGTTGGTGAGTTTTTTTCTACATCTCAACCTTGTATATTTACTCAATGAGGTCAATCTAACTATATCTTACATCCCTTTAAATATTTCACACAAGGCAGTCAAACAAACGACACCTTTCTATTTTGTGTTGCTGCAGTATATTTTGAATAGATTGGACATTTACGTAAATTTATTTTTCCTTTAGTGGTTTGAGTGGATTGCTCCAATCTATTCATATCAGTTTATTATGCAACTATTATACCTTAAATTATAAGCACAGTTGCACAACGGTGGAGAAACGGACTGTTCAGTTGTATAATTCTAAAAAATATATTTTGCATTTGAATTTAAAAGTTCAAAATTTGAAAATAAGAATTTTAAATTTAAATATTAATATTCAATTTAAATTCTGAATTGAAGAATTCGATTTCTTTTATAAGGATTTTTTTCGATTTGGCCTCATTTTCAAACTTATTATCGTAAATAGTCTCGTTTCAAAACTAATATCACTTGTAGCCCTGTTTTGGCCAGCTCAGCGTTGAGCTGGCCAAAACACCGTGGCAACTTTTCAAAAGTAGTCAGTTATTTTTTTTAAAACATAAACGTCGCATGTGTGTTTGTAGTAAAAAAAACATGGGAGGCTTTTGAAAAGTCGCCCATACGGGTTCTGTAACATAACAGAACCCCCCTTCCCTTCTTCCTCCACTTTTCTATTTTCCTCCTCTTTCAAAACCCCAAAACCCTCCACCTTCATTTATTTTAAAATCTACTTAAATTCCATTTAATCTCAATAAAAGCACCAGATTTCGAAGATCTACCTCAAACATAGCAAACCGTCATTAACTCGAATCCAATCAAGATATGTAGTAGAAACCCTAAGTTTTCATATTAGTTTGTAAATTAATTTGATGATGCGGTTTTTGCGTTGTAATGTAGAATGACTCCTAGTTATATTTCAACCATATGTTATTATGACGGTGAATTGGTTATTGATGATTTAATGTGAGAAATATCTTGGTGGATCTTACAAACCGGCTAAGGTTCGAAGAGGTTCTACTTTTGAACAGTTGAAAGAGTCGGTTTACAAAGCAACAAAGATAAAACCGGAAGAGTACGATATAGATATAGTTTGCATTGGCCAATCGATTCTGGATCTAAAGCAATAAAAATTGTCGACGACGACGATGTTGAATTAATGTTTGCTGCTGCGACTAAACCTATTAAGATGTTTGTTGGAAAAAATAGAAGATCGGTTGCAGAACAACCAACAGCAACACCTGTAACAAATTTTAGCGTTGAAGAATATTCTAGAATGGTGGGGAACATGAGTACCGGACAAGGAATTCCGTCTTCTAGTTTTAGTAATCCGACTCAGCACGTATCACAATACGGGCAACAACAAATGTCATGGTTATCATCCATTCATGAATTTGCAGTGAAATGTCCAATTTACCTATCCCCATTTGACGCAGGACAGCGTTGCACGAATGAGTCAGAGGTAACATTTATCTGTGATTACATACAGATCTGGTATATTGAATTGATTTAATTATTATACAAAAATTGTATTTCTATACAGTTTTATCCCACTTCAGAATTCCACTCAAAGAAGTGCTAGATCATTGAGTAGCCGTACATCTGAACGAATGCAGCCAACTCCGTCTGAACTTTATCAATTAAGCCAGAAGTAAGTTAAATATTGCAATATGTTTCAAAATCGTTGGTATGTAGAAATAAACTAAAATTGATGTATTTATTTACTACAGCTTCGCAGCAAACAATACCGCTACACAGTCATACGTCCAACCACCGAATGAACCAGCGGGTCAAAGTATCTGTAACAATGATATGAATGTAGATGATGAAGAAGATGCACAAGCTGAAGATGTTCCTGCACTTGATAGTATGACTATTGTGTCAATACCAGAGGTTGATACAACTTGAGTGGAAAACATGCAAGTAAACAATGATCCACTGAACTATGATTTTGGAGGTGCAGAATCAGATTGTGTGGACAGCGATGAACCGGAAATGGAGATACCGATGGACGATGATTTGTGCAATGCACAAATTATGGCTAGGTCGATAGTAGCAAATGTAAACTTCAACAACGAATTATTTTCATCTTCTAGCGTACAAATTGGTTTCAAAGTTGGCATGGTTTTTGAGAGCAAAGCTAAATTTCTGCAACAACTAACAGAATGATCAATCTTACATGCGGTGTCCTTTAAGCCAATCAGGTTAAACAAATCAAAATACACCGTCATTTGCAACGTCGATGCTAGTTGTCCTTGAAGAATACATGTTATTGACTCAAAAAAGACACAGGCAAGATGATGGATTATTAAAAAATATCCAAGTGATCATACATGCGTTAATTCAACAGTGAAATCAAATCATAGACAAGCTACATCATCTTTTATGGTATCGAATATCATGCCTTTTGTGAAATCCGATTTGAACATTACGGTTGGAACGTGGCAGATTTTAATGGAGGAACAGTTGTTAATCAAAATTAGTTATCTGAAAGCATGAAGAGCATTGAGCAAGGCAATTGAACGCATATACGGTGATTGGGCAGAGTTATATTCCAACCTACAACAATACTTGGTGAAATATGCAAAACAAATCCAGAAAGCATAGGACATGTGACTACTGATGAGTACAGAGTGTTTGATCGTGCATTTTGGTCATTTGGACCATGTATCGAAGGATTTGCCCACTGTCGACCATTGCTTTGTATAGATGTCTATATGGTAAATACAAAGGTACTTTACTTGTTGCAACCGCAGTTGATGCAAATGATCAGGTATATCCTTTGGCATTTGCCATTGTTGAGTCCGAATCAACTGATAGTTGGTTTGGTTTTTGCATGCATGCAAAGGTTCATTCACAACGTGAACAATCGCCGTATTACTTTCATTTCTGATAGAATGGAAGGAATACCTACAGCGTTGGAGAGCAAATGGCGAGCTCCACATAAACATAGATGTTGTACTAGACATTTGAAAGTTAATTTTCAAGGAGCGGGTTTCAAAGACAAACGATTGACCGGTTTATTCTACGCTGCTGCCCGTGCCTCTGAGGAGATCGAGTATTTAAAGATTCGTGAAGAAATTAAAACCACTAGTATTAGAGCACACAACCGGATAGAGAGAAGTTTGGCCGAAAAGGAGGAAAATTGGGCATTATGCAAAGATGATGGTGGTCGTTTTCAACGACTAATGCGTCAGAAAGTTTTAATGGTGTACTTAGGGGTGCAAGATCTTTGCCTATTAGAGCACTTATTGCATGTACCTTCTATCGATCCGTTGATTACTTTTGCTAAAGAAGAGAGTTAGCTAAGAATTTCACATTTCGTGTTACTCCAAAATGGGATACAAAAATAGCGGAGAGAGCAAGCGAAGCAAGATGTTGTCAGATTGTTCGTTTCAGTCAAATTGAATGGCAAGTAATTCATTACTTTGAAGATGAATTCAAAGTTATAATCAATGGTA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Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	ONK71860.1	0.0e+00	uncharacterized protein A4U43_C04F13130
Swissprot	Q01H90.1	1.3e-293	Protein LSD1-LIKE 3
trEMBL	A0A5P1F5V2	0.0e+00	SWIRM domain-containing protein

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT3G10390.1	68.83	0.0	1028	FLD	Flavin containing amine oxidoreductase family protein

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	bit score
AfisC1G04415	AT3G10390.1	725	219	4	31	755	60	777	68.83	1028
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AfisC1G04415	AT3G13682.1	760	345	8	1	754	1	728	49.61	694

Ortholog group

Species	Genes
Allium cepa	g409759.t1
Allium fistulosum	AfisC1G04415
Allium sativum	Asa7G04472.1
Arabidopsis thaliana	AT3G10390.1
Oryza sativa	LOC_Os04g47270.1

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF04433.14	SWIRM	Domain	62	139	42.7	4.9e-11
PF01593.21	Amino_oxidase	Domain	166	593	297.3	2.4e-88

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0003677	F	DNA binding
GO:0005739	C	mitochondrion
GO:0046872	F	metal ion binding
GO:0055114	P	oxidation-reduction process
GO:0006306	P	DNA methylation
GO:0006357	P	regulation of transcription from RNA polymerase II promoter
GO:0007474	P	imaginal disc-derived wing vein specification
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GO:0008134	F	transcription factor binding
GO:0008593	P	regulation of Notch signaling pathway
GO:0009536	C	plastid
GO:0009911	P	positive regulation of flower development
GO:0010228	P	vegetative to reproductive phase transition of meristem
GO:0016575	P	histone deacetylation
GO:0016647	F	oxidoreductase activity, acting on the CH-NH group of donors, oxygen as acceptor
GO:0017053	C	transcriptional repressor complex
GO:0031056	P	regulation of histone modification
GO:0031981	C	nuclear lumen
GO:0032453	F	histone demethylase activity (H3-K4 specific)
GO:0034720	P	histone H3-K4 demethylation
GO:0044092	P	negative regulation of molecular function
GO:0048364	P	root development
GO:0048477	P	oogenesis
GO:0051568	P	histone H3-K4 methylation
GO:0065008	P	regulation of biological quality
GO:0070828	P	heterochromatin organization
GO:0090309	P	positive regulation of methylation-dependent chromatin silencing
GO:2001020	P	regulation of response to DNA damage stimulus

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
K11450	KDM1A, AOF2, LSD1; [histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4 FAD-dependent demethylase	EC:1.14.99.66	Thermogenesis	ko04714

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network