result

Gene information

Detail information of AfisC1G04593

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC1G04593	chr1	839547795	839552994	+

Sequences

CDS

Protein

Gene

>AfisC1G04593
ATGGGAAGGCAACCATGCTACAATAAAATAGGATTGAAGAAAGGGCCATGGACTGCTGACGAAGATAAAAAGTTGATCAATTTCATCTTAACTAATGGTCAATGTTGCTGGAGAGCTGTGCCTAAGCTTGCAGGTTTTTAAATTCACTAATTCATCTTAATTTATCCATTTGTTTTCTAATTTACGCTATTGTATTCATTATCACATTATTCTTATTTTTTGGGGCCCCAACTTGTTAAATTTTCTTTGCATGTGCTTCAATCTTGATGGAAATTATTGTTATGTTGAGGTTTCATGCAATGGAGTTTTAATTTTTGTATTTTCGAGATTATTTATGTACTATGATTTTTGGAGAATATGTTGACGAATCAAAAATTTTAATGCATAATTTGATTGGCAGTTTATATTGAAAATTATTTAAAATTTGTTATTGTTACTTATTTGGGAAATTTTTATATAGTATTTGATCGAAAATAAAGTAAAACAAAAATTTAATATCAAACCAATGATTCTGAATAATTGGGTTTGATTTTCATTGCAGTATCTTAATTTATGGTAATGGGATAATGCTAAATTTCTATTTATTCTAGTGACACAATAGTCATTTATTACGCCAAAACTCTTTCGCTTCGATTGTGTATTTTAAATTCATTTTTTGCTATTAGGAAAAACAAATCTTATCGGTAAGTTTGATTTTGCTTGTCTTCAATTGTGTATTTTGAATTCATTTTTTATTATTTTATGGCATCAGCTACAAATGTACTGCAATATTAATAACATTATTATTATTATTATTACTCTGTTCTTCTGACCATGGGACAAGTCTTCTAGGTTAATCCCTGTACTGATAGCTTTAATATAATTTAAGTATGATTTTGTATATTTTAAATTTTGAATTTTTATGTTCGTCGATTTTTGATTGATGGGAAAAATCATCAGTACTTTTTTTTTAAATCTTTTTTTTCAGTGTGTTTTGAGTGAACATCACGATATAAAGATGGCTAAAATCATGTTATTTGCTGCTGACAGCATCTGCCTCTTCAGGTAAACTTTGTTAAACTCTAAGGTTTCTGGATTATATGGCCATAATCTTTGGTCATAGTAAATAATTTTCTACGTTCACATTGTTTAGTGTTAACAACTGCCTTCTGTTGATAAAGATAGATATCAGTTTATGAGAATTTTATGTTGTGACCGTTACCATTACAATTACCATTGTTATCGTAGATACTAATATATGTTTATTTTTTCACTCTTTTCATTTCTAGCTTCCTGGAAGCTTTGAAAGGAAATAATAAGTAAAATAATTTTGCACACTAGAGCCATCAATTGAGTAAACTAGAGTCTGCGGGTTATGCGTCAGCCAGTTAATGAGTCGTACTCAAAATAAGAAGAATCCTAACAAAAGAACTTATACGGGAGTTGTGGTTTAAATTTGTGTGATAAACTTGGTGTGATGTTGATAAGGAGAAGAGGGCTAGGACCTATAAGGAAACACACAGTTGCAAATAAACCAAAAGTATCTTACGCGTTACCCTATGCTACTGTGTGAGGGATTTAAGCTTCACTTATAAGAAGCTACTGAATATTGTTTCAGGCAATATTTATTGAAATAGTAATATGTATGTATGTAAGTGTGTGTGTGTGTCATTTTTTTGTAAACTGATCGATTACATGCATACGCAAATTTATATATTTATAAAATTAAAAATAATATGTTGTTTACCAATGGCATACACATGGTAGCCAAGACGTGACAGTCAGCATGTTTAATTTTTGAGTTTGCTTGATAAGATTGGAAATGGAAATAGTTTAAGGTAAAAGACATGTTACAACTGATAAGCATATCTTTATAATATCCTTCTTTATCTAAATGAAATTATTGCCATGTTGCAAAATATTTTGTAGAAGCAATGTTGGTTTTTGTTGGATATTGGTTCTATGAAACTCGATATGAGTTGATTGAATTTGTAAACCAGTTGAGCTGTTATATACTTATATGAAATTATGCATTGTAGGTAAAGGATCCTACGTATAGAAATCAACCATTGGAAGTTAAACTTGAGTTGACATCAAAGAAATTTTGAGATGCTACTGCTTTTGCAGAAGATTCTGCGAAATACAAAGCGACCGAGAAAGTAAACAAATCACTTTCATCACGGGTATAATGGCACTCCCATATATTTTACTTCCACTTTAATATTTGCATGAACACAAGATTTCGATGAGTTAAAGATAAATATAAAGTGTTCAGTGAGTATCAAATGGACTGCATGTTGGTTAAATCTCTTGGTTCTAGCATAGTCCACATTCTGGTACAAATTATATTATGAAAACACACATAATTTATCAGAAATGATTGCTAACAAAGCATTTTGAACCAAAAAACATAAACTCATATTTATTAATATGGTATGCTATGATCATATATTGATACCTAACAGTTTATTTGAATTTAAAATCTGTATTTGAGACATATTCACAAAATATATTGTGTATTAAGTATTAACTAAGTAAGAACTACATGGATCAATATATAGTTCTATTACATATTTAATCAAATAGCTAAGAACTATTGAATAAGAACTAAGTCAATACCTGCTTGAGAAGTAGCATAAGGCACCAAATTATCCAAATCCAAATGACAATATATCATTCATAGCTTCAATATAGCTAAGCTTTGAATTTTGTCTAAGCTTAATTTTCGTCAAAGTTAGGCCAAAAACCAACTTCAATGTCCGTGTCTAGTACACATTTAACAAATATTGCTTGCGTTGTGGAGAGTATGCATCGCGACATTGAAAGACAACATAACTCATAAACCAATCCCCTTGGTTTTACTCTAAATGTGGACAGTTTTGTTAATTTTGTGGTAAAACATAGGAAATTAGTGTATAATACAAAATTTTGCTATTTGATATTTAGTATGCGATACCTTTCAGGAAAATATGTCAGCACAGTAGCACACTCTACTTTCAACCAAGAATTATGAGCTTTTGAAATAATCAACATGTAAAAGATGTTATTATTTCATACCACTCAAATCGGCAAATAAAGTTTTTTCTTAGCATGGGGAAATCAAATAAAATTATGTCTTGACTGGAACTTTTGCTTCTTAAAAACTAGGAACGGTGTTTAGAAAATATAATCTACAAAATTAATCTAGGAATTTTCGAAATAAATCCAATATACATATAAGAACAAACTGAGTTCAATAATTCGACAACTAAGTTCAATGATTTTACGCATAAATTCAATACTTCATAACAAACTTATTTGTTTCTCTAATAGAATACATATACATTTTCTAATGTTTTTATCCTAGTTTTTTCCCTCGACATTTTATTTATAAAATACATTACTTGTTTTGAAAAATCAGTTTGAAAGTTAGTTGTAATCTTTAAATAATATGTCTAATGTTATTTCTTAAATGATGTGTTTAACTTTCTTTCTAAAGTGATGCACAAGTCTTTTGTATAGAAAAAAGTGTATGATCATGAAACTGTTTTGGTACTAATCAAATTATTGATCCTTTGAACAAGAACAAAAATATATAGGTCATATATGAATGTGCAGTACAAAATAAATGAATATTATTCCAAATTTAAATTTTTTGTCCAATGGGATATCTTCTATGAGATTGTGGTATCTCTCTTGATTGTCCATGAAGATGAGCTGGCATTGAATCCCCTCGCCAACAACTAAATAATGTTTAAAAAATAGTTTACGTCTAACAATAGTTTTTTCAAATACAAGGACTATTAAAATTAGGACTGGGTAGTCATAGCTAAAATTAATTTTAATATATTAGAAAGGATAAAAATAAGTAAACGTCTTGTAGAGATGAGTGATAATAAATTAAATTCAAAATTTATGCCCAACAATATATCTTCCAAAAATAAGATAGGTATGATTGGAATTGGATTTGAGTGGTTAAATTTGAATTTAATGTTTATTTTGTAATCCACAAAAAATTATAGGTCGTTTTCACCGTACAGTGGTAATGTTAGTTTACTAACTTTAAAATAAAATAAAAATCACTAGTTAAATTTAGACTGGATAGGAATGAACATCAACAAGTATCTATATATTTATTTAAATTGTATTTCTTCTTAGTGCAGGAGAAGTATCCGCCAAAATTGATAAAATTTTCCTTTGGTAGAGGTTTTTTAGATCCAAATTCATTTTTAATCGTCATCCATGTGCAAAAAATTCCATCATATTTTGTATATTTTTTATATATGTCTGTATATGCTAAATTACCTATTCTTTAGCCGTCCGTTACTCTTCACATCAAGTTGCCTAAGAAAATTTAACAATACATATTCCAAACTTTTTCTTTTGACGTAAATCAACAGTACGAGCCCTTAGATAATTGTTAAGTTGTTACTGCATGTTTATGAACACTTCACTTGATCAAGGATATGGATAGTAATTCACATGTTCTGGTATCTTTTAAATAAGCATAATTAAAGTAATCAATTAATGAAATAAAATCTTGAGGTACAAAAGTATAATTTTAATGGCATTAGTGTGTAAATGCTGAAGTGACATTCTAATGTCAATATTAAATATAGAAAGTTACAGTCATTTAATTAATCAAATCATAACTATTTTCTAAACCTCTTCTACAGTGATAATTCGGATTTAGAGTTTATATCAATTTAGAATATCAAACCAATCACTTTATTTCAATCATCGTCTTTTGTATTTATTTTCTCCCTTCATTGATAAATTGATTTTAATTAAAATCAATTTACAAGCATTGGGCCATTGTCATTAACAATCTTCATTGTAGAATTAAGCAAGCATTGGGCCATTGTCTTCTTCTCCAATTAATAATTAATAATCTTCATTATAGAATTCGTTCCCTATGTTTGGTTACTATGGCTACTACTGGTAGAGCCAATGCTTGTTTGAAATGCATATAATGAGATTTACCTGCTAAAATGATAAGTAGTTCTATATTTGACTACTAACAAGAGTTTAGTTCCTTGTAAATTTTTATAAGAAACATCAAAAAATAATGAGATGAAATATAATGGTATTGCAAGCATCTATGTCAAATTAACTTGAACTTGAACTTGCTATATTTGATGCTAAATAAATCCATATTTGCTCTCTTCTACCGCTTTCTAATTGCATTTTTTTCATGTAGGCATATTGGATTCTTAAAGAAGACGGGCTTGGACTTTCCATG

Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	XP_011085868.1	2.4e-17	protein ODORANT1
Swissprot	Q9C7U7.1	5.4e-19	Myb-related protein 20
trEMBL	A0A6A4PXB6	1.7e-17	Putative transcription factor MYB-HB-like family

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT1G66230.1	86.36	2e-19	90.5	AtMYB20;MYB20	myb domain protein 20

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	query start	query end	subject start	subject end	% identity	e-value	bit score
AfisC1G04593	AT1G66230.1	44	6	1	44	1	44	86.36	2e-19	90.5
AfisC1G04593	AT5G16600.1	44	8	1	44	1	44	81.82	3e-18	86.7
AfisC1G04593	AT4G22680.1	44	8	1	44	1	44	81.82	5e-18	85.9

Ortholog group

Species	Genes
Allium cepa	g89992.t1
Allium fistulosum	AfisC1G04593
Allium sativum
Arabidopsis thaliana
Oryza sativa

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF00249.28	Myb_DNA-binding	Domain	14	45	28.6	1e-06

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0000981	F	RNA polymerase II transcription factor activity, sequence-specific DNA binding
GO:0001135	F	transcription factor activity, RNA polymerase II transcription factor recruiting
GO:0016049	P	cell growth
GO:0005634	C	nucleus
GO:0006357	P	regulation of transcription from RNA polymerase II promoter
GO:0009611	P	response to wounding
GO:0009651	P	response to salt stress
GO:0009723	P	response to ethylene
GO:0009733	P	response to auxin
GO:0009737	P	response to abscisic acid
GO:0009739	P	response to gibberellin
GO:0009751	P	response to salicylic acid
GO:0009753	P	response to jasmonic acid
GO:0009909	P	regulation of flower development
GO:0010091	P	trichome branching
GO:0010200	P	response to chitin
GO:0044212	F	transcription regulatory region DNA binding
GO:0045893	P	positive regulation of transcription, DNA-templated
GO:0045892	P	negative regulation of transcription, DNA-templated
GO:0046686	P	response to cadmium ion
GO:0042335	P	cuticle development
GO:0043565	F	sequence-specific DNA binding
GO:0051555	P	flavonol biosynthetic process
GO:0080091	P	regulation of raffinose metabolic process
GO:2000652	P	regulation of secondary cell wall biogenesis

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
-	-	-	-	-

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network