result

Gene information

Detail information of AfisC1G05062

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC1G05062	chr1	921749651	921758081	-

Sequences

CDS

>AfisC1G05062
ATGTATTTATGTGTGTATTTCTTTATAGATTATTGCAAATTTGGTATGGCTGGAATTGAATCTGATTATGGAGATAGAAATTTCTACCCTAATCTATTAACAAGTGAAACTGAATCACAAGAATATGAAAATTGCACTAATAATAGAACAACGGTTGATGTTATTCACAAACCTAGTTTTACAGAGAGAAGAGCAGCGAGATTTAATGTACCAGCAACGATTGATACGAATCAAATTAAAGCAGTAAATGTCTCTTATTTGAATTTGGATCAATCTTCTGTTTTTACTGCTACTTCCGGTCTTAGTCCAATGTCGTTAGGATCTCCAGTTATGCTTTCGAATTCACAGGCCATGTCTCCTACTACAGGAACTTATCCAAATCTGTTATTGGCATACTCTAATGATTATCGGTCTGAAAGCATTAGTTCAGAGCCATCAGATGTGAAACCTCCTTTAGTATCAGATCATTTCTCTTTCCAAAATTGTCAAGCATTAAACCACGATCCTTGCAAGTCCATGCCATACAATGATACATCATTGCAATATACAAGAGATACAAAATCAAATGATATAAAACCTTTTACCGTTGTCACCCTTGCCACTGAAGCCAAAAATCTTTCCCCACTTCTCAACAACTCTCAAGAAGATGAAAAAAACGAGTCAGCTCATGCACTATGTGCGCCAGCCGATGATGGATATAACTGGAGAAAATACGGCCAAAAGCATGTAAAGGGAAGCGAGTACCCTCGAAGCTATTACAAATGCACTTATGCTAACTGCCCTGTCAAAAAGATAGTGGAAAGAAATCATGATGGTCAAATAACTGAGATAATATATAAAGGTGTTCACCCACATGAAAAGCCTCCTCCTAATCGCCGCTCAGCAGCTTCTTTGTATCACCCCTTTAGTGACTATCATTTGGATAGTCGGGAATTTGCATCTCCCGGTTTGGGGCAAATGGAGGTTGATAATCAAGAATGTGGCGAAGTGTCGTCCACTTTGTCTAATGAGGAAGAAGAGGATCGAGCTACTCATGGTAGTGCATCTAATGGGGGTGATGGTGAAGGAGAGGAGAATGAGTCGAAAAGAAGGTTGGTTGAAGCAAGTACGGAAATGAGTGCAGCCGCAAGATCGGTTCGTGAACCAAGAGTGGTGGTGCAGACTACAAGTGAGGTTGATGTTCTTGACGATGGATACCGATGGAGAAAGTATGGCCAAAAGGTCGTCAAAGGAAATCCTAATCCAAGGAGCTACTACAAGTGCACAAGCCCCACCTGCACAGTCCGTAAACACGTAGAAAGGGCATCCCACGACCTAAAGTCGGTGATCACGACATACGAAGGGAAGCACAACCACGAAGTGCCTGCAGCAAGAAGCAACACCAGCAACGGATCAAACAACACACCGTCGCTTCTAACCAACCATTTCACCGCACCGGGATCTCATCCTCCACCCCGAGGCATTGTACCCCAGGAAAGGTTTTCGAATTTTCCATATGCAATTGGAATGGCGCCCGCTTCGGGCCTTGCCATGCCTGGCTTTATGGCCTTGCCGTTGCCGTTGCCTTCGATTAGTGGGCTCATGGCCCATCAGCGTAACAGGCTTCCGAGCGATGTGGGTTTTGTGCAACCCATAAAAGAGGAGGTGAAGGAGGATAACGGGCTGAATTTGGACGTTTTGAATGGGTCTTCGGATGCATATTATCGTCAGCTCATGAGAAGGATGGTTTAG

Protein

Gene

>AfisC1G05062
GCCGCACATACATAACGAATCCTAGCTGTTGTACTGTGAAATTAAAAAAAAAAGGATACATTTTTCTCGTTCATAAACATGGACTAACAAATGCAGCATCTGAAGCTTTACCAAATTCGACAGCTTGGGTTTGTATTGCTACGTTTCTTCATTTATTATATTGATTTATCTGCTTCTATTTCCATCCTTTTTTTCATGAATCACAGACCCATAACTCTATTTCCTGTTAATTATTGTAGAATGATTTGAGTAATTTATTGATTTGGATTTTTCCTTTGTTTTAAACAATTTTTTTTCAGTAATTGCTGTAACAATCGCTATTCGAATGTGCATTGTGTATGCAACTAGAAATTTTCAATTTTGCGTTTTATAATGTTTTCGTATATGTTAAACGAGTATTCACTATTCATCGAGTAATCATATCTAGTCAAATTTGAAGTCGCAATGATGATCTGATGTATTTATGTGTGTATTTCTTTATAGATTATTGCAAATTTGGTATGGCTGGAATTGAATCTGATTATGGAGATAGAAATTTCTACCCTAATCTATTAACAAGTGAAACTGAATCACAAGAATATGAAAATTGCACTAATAATAGAACAACGGTTGATGTTATTCACAAACCTAGTTTTACAGAGAGAAGAGCAGCGAGATTTAATGTACCAGCAACGATTGATACGAATCAAATTAAAGCAGTAAATGTCTCTTATTTGAATTTGGATCAATCTTCTGTTTTTACTGCTACTTCCGGTCTTAGTCCAATGTCGTTAGGATCTCCAGTTATGCTTTCGAATTCACAGGTATTAATATTTTTATTTGCCTTATTTAAGTGTATTCTTAGTGTTCTATATGTTGAGGATAAGTAAATATGAAGGTAATTAATGATGAATACAAAAGATCAAGTATTGCAATAATACGTATTAATTTTTGAATCTAGTAATGATTATCGTTGTACCACTATTTAATATGGCTATTATTATATGCTGCGAAACAATCTATAAATGTTTGATAGTTACGGTGTTCAAGTGCTGCATTTCATAAATAACTAACCTAGTTCTGCTTATTGTTTTTCAGGCCATGTCTCCTACTACAGGAACTTATCCAAATCTGTTATTGGCATACTCTAATGATTATCGGTCTGAAAGCATTAGTTCAGAGCCATCAGATGTGAAACCTCCTTTAGTATCAGATCATTTCTCTTTCCAAAATTGTGTAAGTATTCCATCATCAACTATGTTGTCTTTTGAATCAACCAAATATCACTTTATCATGAGTTTTTGTAGATAGATATGGCTAATAACCTAACATCGACATTCCATGTATTCATTTCATCTAAATAAGATCAAGCAAATCTCATATTACCATGAACCTTAATAGACAGGGCTTTGCTGATATCAACATGGTAAATATTCATTTCCTCCAATTAATATGAGGTCATTTATGTTTTCCTTCTTTCTTGTTTTTTTTTTAAAAAAAATAAGGGTAAAACAGTAGTTTTTTATGACAAGTCAAAGTCACTTAAACGGAGTTTTAAATAATAATTTGGTTAAAGAGTAATAAGTAAAAAAATTTGAAGTTATTTTACTTTTAACTTATTATAATAACTTAATTTTGATGCTTAGCTAGTATAACTTAAAAGTAATTAACGTATACCAAATTACATATTAGGCATATCCATGTAAAACGATGTAGAATATTAAATAGTAGCATTTTATTAGTCATTGTTAGAAGCAAGAAGCAACAAAACCATTTTTAGTTATTTGCTTGGTCAAATTACATGTGATATTCTATCATACACTATAAACGACAAATAGATTATTATTCAACTTTAACTTTCAAGCTACTTATGTTAACAACATATAAGGAGTTTTCAGGCACTAGCTCAAATAAGCTACTTATAAGTTAGGCTTGTCAACGGGCTGGTTTTAGTCTGGGTAGCTTAAAACCCAGACCTGAACACGGTTACAATAATCAAAATGCAAGCCCGGTTCGACCCTATTGGGTATTTCAAACCCAATACCTGAGCTCGGTCCGTCCGTCGGGCTTTTTATGCCCGCTTGGTAATATCCATAGTGTGCTGCTATTGGTACCCCGATTTCATCTTCTGGCCACCATTATAGTTTTAACAGAAATGAATTTTTTGTATGTGCTTCTGGCCACCAATATCATATTTCTTCATTCAATTATAAACAACCGTTTGTATAACGGTTCTTCGGTGGTTTAACGCCGTACGGTCGTTGACAACCGAAACTTATTCATGACAAACGGCCGAAGGTAGCCGAACAGCATTTCGGTCCTTTGCAGCCGATCGGGGTGCCGCTTGATTTGGAAAGAAAAATACGCGGTGTTAGGAAAAGGAGTGCACGTTATTTTGGTATGGCCTTCAGTGTAGGTGGCCAGAAGAGGAAATCGGTGTGTCAATAGCAATACACTATCCATATAAGTAGCTAATAGCATTTATGCTAAAACCTTATTTTCAGCTCGTATTTTTTACATATATAATTATACACAAACATTAGCATACAAATTGATTGGATAATGATGAAGTCAAGTTCACAATATAAGTATACAAAAACACCTACGTGAATAAATAAAATGGTAAACAAATAACATACACACTTATGTTTCGGTACTACATAAAACTATAATCAAGTCGGTCACAAACCAGGCTGGATTTGTGATGAAACCATATCCGACCCTAATACTAACCGGGTTGGGTTTGTGTCGGGTGTGTAGTTAGAGTTGAATCCGTACCCGCATTAACAGAGCGAGTTCGGACCGGATTCGGGTCAAAATCCATACCACTGGCTGTCCTGCTTATAAGTGGTTTTGATTATATATATTGAGCTACCAAATATGCTCTTAAAAGCTATCCAAATGGTGATGGTTTTCAAATCATACGAATCATAAATGATGGATTCGGTTTTGATATAATGTAATATTGATGGTATTCTAAATCCATCAAATAGGTGAATTTTGGGGGCTTTTCAAATTTTGCTTAAGTTTTACCTTCACAGATCCATATAGTTTTGTTTTTTATGCCAACTATATGGGTATTTAAATATTTTGGTCATTAACTTTTGAAATCCATGAATAATTAACTTGGGAACGTGTGTTTACTAGTTCTAGAAACAGGAAATTATTGTCAAGGACAAAATTTCTCAACGTTTTTGCCTCAAGGACATGCCTTCAATATTTTATCCTGAAGGACAACTTTCTTTAGGTATCAGTTTTTAGTCATTGATAACAATTTTTAGGTATCAGTTTGTAGTTATCGGTAGCAGTTTTTAGGTATCAGTTTTTAGCTTGGTAGCAGTTTTGTAGTCCTTATGAATAATTTTGAAAAATGTTTGTCCTTATGAATAATTTTTAGAACAATGTTTGTCCTTGTGGTAAAAATATTGAGGTTGTGTCCTTGAGGCAAAAAATATACAAATCTTTGTCCTTTAAATTAATTCCCCCGAATAAAAACACCTTGTGAGTACCTATCAAAATCTGTATTCACAGTAAACACCATAATCAATTATTTCAAAACCTCTCATAATCCCTGTTATAGAACTCAAGGGCTAACCATAAATGTTTATAATGGTTATCAGATTTTAAAAATCAAAAATGGCAACTGCAAAACGTATGTTTTAACCAAATGCGTATTTGTTCTTTTTATTTTATTTTTTTTCTTATTTTTTATTTACAGCAAGCATTAAACCACGATCCTTGCAAGTCCATGCCATACAATGATACATCATTGCAATATACAAGAGATACAAAATCAAATGATATAAAACCTTTTACCGTTGTCACCCTTGCCACTGAAGCCAAAAATCTTTCCCCACTTCTCAACAACTCTCAAGAAGATGAAAAAAACGAGTCAGCTCATGCACTATGTGCGCCAGCCGATGATGGATATAACTGGAGAAAATACGGCCAAAAGCATGTAAAGGGAAGCGAGTACCCTCGAAGCTATTACAAATGCACTTATGCTAACTGCCCTGTCAAAAAGATAGTGGAAAGAAATCATGATGGTCAAATAACTGAGATAATATATAAAGGTGTTCACCCACATGAAAAGCCTCCTCCTAATCGCCGCTCAGCAGCTTCTTTGTATCACCCCTTTAGTGACTATCATTTGGATAGTCGGGAATTTGCATCTCCCGGTTTGGGGCAAATGGAGGTTGATAATCAAGAATGTGGCGAAGTGTCGTCCACTTTGTCTAATGAGGAAGAAGAGGATCGAGCTACTCATGGTAGTGCATCTAATGGGGGTGATGGTGAAGGAGAGGAGAATGAGTCGAAAAGAAGGCAAGTTACCAACCTTTCTTTTTTCATTTACTTATACATCTTGCTTGTTTGGAGAAATTTAGGTCACATTCGGCTTGAAATTTGAGTTTTGTGTTTTACGTTTTACGTTTTAAATATGTATTTAAAAAGATGTGTGAGAGAGAGAGGGGTGGAAAATCTTAGTCATTACAACATAAGGGGGAAGCATGTTTAGGTGTAAAACAGAATAAAAGCGTTTTCAATTTTATATGTTAAAAACTATTTTTGGAATTGACCATTTTCCACCCCTACTTTTCTCCCATTCTATTTGATATAAATATTGGAAACCCAAAACAAAAAACTCAAATTTCTGACCAAACGGGTCCTTAATTTTTATTTTTATATCTAAAGCGAAGAATGAATCAATGCTTTTGGATATTTATATTTGTAAGTTGGTTTTCGATATTTAGGCAGAAAAAACTTCACCGGTATTTTTAGCATTCATATTTGCACTATTAGTAAGGGAAAAATTTGGGATATTCTTCTTAAGGGTGTTATTGAAGAACTTATAAAAAATCACTCTATTTGTAGAGGGTAATTTTTTTTGAATACAGAAATATCTGATAAACTGTATATAGATGTTTTGGAGCAATGTTAGATTTTTATCAATTTTTGAAGTCTCTCTTAGAAGAACTTTTACAAGAAACAGGAATTTTTGGCTTTGCTGTTAAGTGAAAGGA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Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	XP_020275946.1	1.1e-111	probable WRKY transcription factor 2 isoform X2
Swissprot	O65590.1	3.4e-73	WRKY DNA-binding protein 34
trEMBL	A0A5P1FUG7	8.0e-112	WRKY domain-containing protein

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT4G26440.1	39.22	3e-85	313	ATWRKY34;MSP3;WRKY34	WRKY DNA-binding protein 34

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	e-value	bit score
AfisC1G05062	AT4G26440.1	589	227	20	49	575	46	565	39.22	3e-85	313
AfisC1G05062	AT5G56270.1	631	258	24	55	575	70	684	39.14	1e-84	310
AfisC1G05062	AT4G26640.2	421	187	15	80	461	39	446	43.23	3e-74	276

Ortholog group

Species	Genes
Allium cepa	g126035.t1
Allium fistulosum	AfisC1G05062
Allium sativum	Asa4G02346.1; Asa4G03219.1
Arabidopsis thaliana
Oryza sativa

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF03106.12	WRKY	Domain	230	285	84.3	4.9e-24
PF03106.12	WRKY	Domain	396	453	85.5	2e-24

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0000122	P	negative regulation of transcription from RNA polymerase II promoter
GO:0005515	F	protein binding
GO:0001046	F	core promoter sequence-specific DNA binding
GO:0003700	F	transcription factor activity, sequence-specific DNA binding
GO:0005634	C	nucleus
GO:0006970	P	response to osmotic stress
GO:0008270	F	zinc ion binding
GO:0009611	P	response to wounding
GO:0009863	P	salicylic acid mediated signaling pathway
GO:0009941	C	chloroplast envelope
GO:0009961	P	response to 1-aminocyclopropane-1-carboxylic acid
GO:0010055	P	atrichoblast differentiation
GO:0045893	P	positive regulation of transcription, DNA-templated
GO:0032107	P	regulation of response to nutrient levels
GO:0034605	P	cellular response to heat
GO:0043620	P	regulation of DNA-templated transcription in response to stress
GO:0044702	P	single organism reproductive process
GO:0048527	P	lateral root development
GO:0048608	P	reproductive structure development

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
K18835	WRKY2; WRKY transcription factor 2	EC:-	Plant-pathogen interaction	ko04626

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network