result

Gene information

Detail information of AfisC1G05167

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC1G05167	chr1	941680721	941705294	-

Sequences

CDS

Protein

Gene

>AfisC1G05167
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Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	PKA67023.1	1.7e-50	Nuclear transcription factor Y subunit C-2
Swissprot	Q9XE33.1	3.1e-49	Transcriptional activator HAP5D
trEMBL	D6MKI8	2.6e-53	Transcription factor

Best hit in Arabidopsis

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>>>Show top 3 blast result

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Ortholog group

Species	Genes
Allium cepa	g86980.t1
Allium fistulosum	AfisC1G05167
Allium sativum	Asa5G04413.1
Arabidopsis thaliana
Oryza sativa

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF00808.20	CBFD_NFYB_HMF	Domain	65	128	76.1	1.8e-21

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0000436	P	carbon catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter
GO:0000978	F	RNA polymerase II core promoter proximal region sequence-specific DNA binding
GO:0001077	F	transcriptional activator activity, RNA polymerase II core promoter proximal region sequence-specific binding
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GO:0008134	F	transcription factor binding
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GO:0009740	P	gibberellic acid mediated signaling pathway
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GO:0016602	C	CCAAT-binding factor complex
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GO:0048586	P	regulation of long-day photoperiodism, flowering
GO:0051247	P	positive regulation of protein metabolic process
GO:2000905	P	negative regulation of starch metabolic process

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
K08066	NFYC, HAP5; nuclear transcription factor Y, gamma	EC:-	Antigen processing and presentation	ko04612

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network