result

Gene information

Detail information of AfisC1G06891

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC1G06891	chr1	1248332443	1248340549	-

Sequences

CDS

>AfisC1G06891
ATGGACTTTGGAATGAATGATAATAATCACAACAACGATGATCTGATGATCTCCATCGACAACGACATCATGTTCTCCGACGATCCGTTTCCGACTTTGCCAGGCTTCCCACCCGTCAACTCATCTCCAGAAAACTCCAGAGACAACAAATTTGTCAAAAAACCCTCGGTTTCCACGTCCTCTTCTTCCTCCTCCTCCGCTCTGCCTTTGTCTAACCTCACCAAACCAAATCCGACCCAAGAATCCAGCATGCATCCAGACCCGGTTGCTTCTGAACCCGGATCCGATAACTTAAACCAAGAAGAAGCCGATTTGTTCGAGAACATCGACTTATGGGACGGGTCAAACGGGTTTGACGCCTCCTTTTTGTTCGCAGACGATTCTGAGGCCAACAACGTCCAAGAACAAGCACACCAAACTGAAAACAATGATGAACTGCATAATTACGGTACTGTCCCTGAGGCAAACCCTAACCAGTCCGATCAAGAACTGTCCAACTTCTTCCTAGAGTGGCTAAAAAACAACCGGGACACTATTGCCCCCGAAGACTTAAAGAAAATAAAGCTGAAAACGTCTACCATAGAGCGGGCAGCAGCAAGACTAGGCGGGGGCAAAGAGGGAAAAATGCAGCTTTTGAAGCTGATACTGACATGGGTGCAAAACCACCATCTGCAGAAGAAGAAAAGGAGAGTGGGTGATCAAGTATTACCAAACCGCCCTCCATGGCTTGAAAACACTAACGGCACCCCAAGCAATTACGATCAGTACAACAACATGCAAGGTACACCCATGGTGGTACCTTATAGCAATCCGTATTACCAAATTGACTTCAATAATGCATTTTCACCGCCACCGCCTGTGATGTACACTCCATATCCAATGGACATGAGCTTGCCACACATGCATTATGGAGGGTTTGGATCGACGTATTCAATCTTTCCAGGTGTGGCAGGGTCCTCGTCGGCTACGAAGGAGGCAAGGAAGAAGAGGATGGCACGTCAAAGGCGGTTGTCTACCCTTCACCATCATAAGGGGAGTGCAAAAACGAATGCTGGGAAGGGTGTGAATGAAATCGGTTGTAGTTCAACAAACCATAACAATGTTGGCGGCGATGATGTTAAGAATGATTGGGCATTTTGGTCATCTTCTAACCATAAAAAGAATATGCAAAATGATACTAATTGTACGCAAGCAAATGCACAACAAAATCGTGTGCCGGCTACTTCGGATAAGCAACCGGGATGGAAAGCGGAGAAGAACATGAGGTTTTTGTTGCAGAAAGTTCTAAAGCAAAGCGATGTGGGTAGCCTAGGGAGAATCGTGCTGCCGAAAAAGGAAGCGGAGTCTCACCTGCCGGAACTGGATACGAGAGACGGGATCACAATCCCAATGGAGGACATCGGCACATCCCGGGTATGGAACATGCGTTACAGGTTCTGGCCGAACAACAAAAGCCGAATGTATCTGCTGGAGAACACAGGGGACTTTGTGAGATCAAACAATCTCCAGGAAGGGGACTTCATAGTGATATACTCCGATGTCAAGTGCAACAAATACATGATAAGAGGAGTGAAAGTGAGACAAGCGTTAACGGAGCCAAAAGGAGCTACAACGTCATGCAAAATGCAGACCATGGCAAAAGGGCATCAGAAGAGCAACGGTATTAATTTAAATTTGAAGGCTGAAAACAGTGGTGATCATAGGAACAAAGTAGAAGGCAAAAAGATGGTCAAAGCACCATGTTATAGTGAGGAGTTGGATGAAGAGATTTTGCCATTGGGAACAATGGTGGATGCTATAATGTCAATGGTTCCAACAATATTTTACTACGATGGAGAATTGTTAGTTGATAAAGACGGTACACCTAGTTTCCAAATGAATCCAGCAGAAGAAGCATTCATTGGTCATGCCGCCGACGACGACGACGATCATATTGATAATGCAAACGATAGCGAAATGCAATTGGATAACATGCAAGTAACTTGTACGGATGATGTAGAGAGAAATTGGATCAATCACATGGAGGTTAACAATGATGTAGTCATATATGAAGAGGATCAACTGGTTGATGATGGAAATGTCGATGAAGAGCAAATCACATATGAAGATTTCCTAGCCTATGATTTATATACTCCAACAATGATGGTGAAATCCATTATGGATAACTTTCAATTAGAAGTGGAAGTATTTGAAAGAGAATGTGCTGAAAAAGGACCTCATGTTGGACTAATTTTTGAAAGTAAATAG

Protein

Gene

>AfisC1G06891
ATCAACCCTTGCGGTTCCATCTTCTTCTTCTACCAACAAATTTTCAATCAATTTTCCCTTCCTTGCAACTTTATTTGCAAAAGTTTACTATTTTCCTCTATATTTTCTTCGTATTTTACGCCATAAGTAGTGGTGCAGCGAGTAAGAGATGGTCACTTTCAAGTGAAATTATCCACTACGCAAGTTGCTTTCATTTTAAATCCACATCCAAACCCTAATTCTATTCCATGCAAATAGTTCTTCAGGTTGTTTCTGTTGCACCACTAAAATTTCATTTGATCTCTATTTCACAAAAATAAAATTTGTATGGACTTTGGAATGAATGATAATAATCACAACAACGATGATCTGATGATCTCCATCGACAACGACATCATGTTCTCCGACGATCCGTTTCCGACTTTGCCAGGCTTCCCACCCGTCAACTCATCTCCAGAAAACTCCAGAGACAACAAATTTGTCAAAAAACCCTCGGTTTCCACGTCCTCTTCTTCCTCCTCCTCCGCTCTGCCTTTGTCTAACCTCACCAAACCAAATCCGACCCAAGAATCCAGCATGCATCCAGACCCGGTTGCTTCTGAACCCGGATCCGATAACTTAAACCAAGAAGAAGCCGATTTGTTCGAGAACATCGACTTATGGGACGGGTCAAACGGGTTTGACGCCTCCTTTTTGTTCGCAGACGATTCTGAGGCCAACAACGTCCAAGAACAAGCACACCAAACTGAAAACAATGATGAACTGCATAATTACGGTACTGTCCCTGAGGCAAACCCTAACCAGTCCGATCAAGAACTGTCCAACTTCTTCCTAGAGTGGCTAAAAAACAACCGGGACACTATTGCCCCCGAAGACTTAAAGAAAATAAAGCTGAAAACGTCTACCATAGAGCGGGCAGCAGCAAGACTAGGCGGGGGCAAAGAGGGAAAAATGCAGCTTTTGAAGCTGATACTGACATGGGTGCAAAACCACCATCTGCAGAAGAAGAAAAGGAGAGTGGGTGATCAAGTATTACCAAACCGCCCTCCATGGCTTGAAAACACTAACGGCACCCCAAGCAATTACGATCAGTACAACAACATGCAAGGTACACCCATGGTGGTACCTTATAGCAATCCGTATTACCAAATTGACTTCAATAATGCATTTTCACCGCCACCGCCTGTGATGTACACTCCATATCCAATGGACATGAGCTTGCCACACATGCATTATGGAGGGTTTGGATCGACGTATTCAATCTTTCCAGGTGTGGCAGGGTCCTCGTCGGCTACGAAGGAGGCAAGGAAGAAGAGGATGGCACGTCAAAGGCGGTTGTCTACCCTTCACCATCATAAGGGGAGTGCAAAAACGAATGCTGGGAAGGGTGTGAATGAAATCGGTTGTAGTTCAACAAACCATAACAATGTTGGCGGCGATGATGTTAAGAATGATTGGGCATTTTGGTCATCTTCTAACCATAAAAAGAATATGCAAAATGATACTAATTGTACGCAAGCAAATGCACAACAAAATCGTGTGCCGGCTACTTCGGATAAGCAACCGGTGATTAGTTTGAGCTAGTGATTGTGAACGTGTTTATGTTAAATATGATAGAGCTATGAAATTATTTGGGGTTAATATATATCTTTACTTTTGTGTGTGTAGGGATGGAAAGCGGAGAAGAACATGAGGTTTTTGTTGCAGAAAGTTCTAAAGCAAAGCGATGTGGGTAGCCTAGGGAGAATCGTGCTGCCGAAAGTGAGCGACCCTGCACACGGTTTGATTAATTATGTCGTTTGTGTTTTTCCATACATAGAATATCATTAATGGATTACATATCACAATGAATGATGATATATACATCAACTGACTAACTTTTACCCAAAATAAATATGCCATATAGATATTGTGTGGGTAAAATAATGATAAGAAGTTTGTGTTTGTAGCCCAACATACACAAAAATCTCACACAACAATTGCATATCTTTGCGTTTTATATTTGACAAAGTTTTTTGATTGTTGTTTTGAATTCTTTGCATTTTATATTTGACAAATTGCATATCTGTTTTAATTTCATTTAGACCATTGGAAATTTTAATCCAAATGCTAGGGATGAACTCTCCTACTTTTTTATCAGAAAAGTCAAGTAATATATCAAAAATTGTTGATTGAGAAAAGCTTCAAAATTTACCTCCATCATTTATATTTCCTTGTTAGGAATGTTCTTCCTCCATCAAATCAAATAAATGGCAACAATAAGATATTAACAAATTCAAAACCCTAATCATTTTTTTTTtTCAAATATCAACAAAAATTTATGAATTTGACATCTCATTGAATTTCAGAACTTGAGAACCAAACTTTATTTTAAATCATGGATTTTTTGAAGAAAAAAGAATAGATGAATAATCAGAAAAACGAAGACTTTTTATATGGGGAAAAAAAAATCTTAATTTGATACTATCAATAAGTGAAATTTAACAAAATTGTAAACATTCACAAACAACTTAATATTCTAGATAGCAACTGTCTTTGCAAATAGTCTTACTACTAGTCATATTCAATATTTGGTTACAAAATGGCGTAATCAAATGAAAATTTTGTTGTATTGATTGCGTTAACGGAAAATACAATGAGAGCCACCCACGTAGATCATGTTTAATACCAATTTGGAGTTCTGCTGTAATTGAGTTTTGAATGATAATGTTCATGTTGAAATTATATAAAACTAATGTTCAATTTTCCCAATAGACATTTTGAACAAAAATATATTACTTGGATGTGTGTATATGTATATAGTTATTCGTCGAGCATATGATTTGGACATGAATAGTGTGATAAAACCATTTTATTTGTTGTAATGGTAGAAGGAAGCGGAGTCTCACCTGCCGGAACTGGATACGAGAGACGGGATCACAATCCCAATGGAGGACATCGGCACATCCCGGGTATGGAACATGCGTTACAGGTACGTATTTCTTCTATTTTGTCAATACAGAATTTCTATCAGTAGTTAGTTTCAAAAAGGCATGAGCTCATGGTATGTATCTAACTTTTGTTTTATGTATCCAATCAGGTTCTGGCCGAACAACAAAAGCCGAATGTATCTGCTGGAGAACACAGGTCTGAATATGTCTACAAAAGTAAACCATATATGTTGCTTGTGTATTGATCAAATCATTAGTTAATTTATGCTAATATTGTATATAAAATGAATGGTTCGTGTTGGTACAGGGGACTTTGTGAGATCAAACAATCTCCAGGAAGGGGACTTCATAGTGATATACTCCGATGTCAAGTGCAACAAATACGTAAAATTCTCATCCCCATATTATATCTTCTACAAATACATATGAAGTTGTATAGACTGGTAGAAATATATGTATACTCTCCTGTCATTTGCAATTTTGCACAATCGCCCTTTGAATTTATTTGGTAAAATTCAGTAATTTAATAGTAATTTTCAGTTGTGATGTTACTTGGGACTCCAGATAGCATAGAAAATCTTATGCTGGATTATGTTCATTTTTATTTATGCTATCTGCATCTATCTCCATGATCAATATCCAAGAGGATCGTGTGAATGTTTGATTAGAAACTAATATTGCCCTGCGCCCATTTATTTATGCATAAAATTTGTACAGTTTTACCATGACTCTTGCACAATGATGTTAAGTGCATATCACCTATGAGCTTTGATCCAAGGACACCATATGTTAAAAATGTGATATAATCAAGGCCGAGTTTGCTGTATTAACCACACGTGCAATGAAATCGAGATGGCAATGGAAATGTGCAATGTTTGAATTCTAATTAACAACAGTAGCTAATCCCTTTGTTCCTTTATTAACTGTGACTGTTAGGATTTTATGACATTCAGCAGTTTAAGCACTGTGTTATTGTATTGTATAGGTATTTTCTTTCAGATAATTATTTATTGCTCATACGGTCGTAGTGTTTGAAATGGATTTTCTTCATATATAAAATAAAAAACAGATGATAAGAGGAGTGAAAGTGAGACAAGCGTTAACGGAGCCAAAAGGAGCTACAACGTCATGCAAAATGCAGACCATGGCAAAAGGGCATCAGAAGAGCAACGGTATTAATTTAAATTTGAAGGCTGAAAACAGTGGTGATCATAGGAACAAAGTAGAAGGCAAAAAGATGGTCAAAGCACCATGTTATAGTGAGGAGTTGGATGAAGAGATTTTGCCATTGGGAACAATGGTGGATGCTGTATGAGTTATTGCACCTTGCTTGAATGAAAACATACAAGTAAATGTTGTAATTAATGATATGCTATATATATGTATGTATATGTACGTAGTATGGGTAAGCAATGACGGTATATATGTTTGCTCAGTGTGACTTCAAAAGTTATGTTATATGTTGTATTTATATGTTAATTTATTTTGCATGGTCTGCTAGGTAATTTCTTAAATATGCTCATTTTACACTTTTCTAGAGATGTTTGATTTTATTGCAATCTTGTAGATTTATGGTTTGCTAGTTTTTTTTAACTGTAAGTCCAAACGCATTGGTGCTACATAAAAAATTACTGGTTAGATAGTGAGAACCACATTCTTTGTTATTTTTTAATTAAATGTAAAATGACTGTAAAAAATTTAGAAATTATTGTACAAGTTTTAAAAATTATAATTAGTATATTGACTTTTAGAAATGATTAAATTTGAACATTTGTAATAATATCAATAAAGAAAATATTATAACAATTTTCTAAGTTGAAAGTGTGAATTTTCAATTTTGTTTAAGATAAAAAAGTTTCAATTCAATAAATATTCATCAAAATATATATCAATAATTTCATATCGTCCAAAATTAATAAGGTAATTTAACAATTTAGTGGCTAGGTTATGAAATTATTTATTAAATTAGTTAGGTGAAAAAAAGGAAAATAAAATAATAGATTTTTTCTCAAATTTGAAGAACCACGTAGTCCAAAAAGATCGATTTAGACTTTTTTTGTTTATTTTTTTAATAGGGTTTTGAGGTTGTCT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Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	ONM35246.1	4.4e-84	Regulatory protein viviparous-1
Swissprot	P26307.1	1.3e-85	Regulatory protein viviparous-1
trEMBL	A0A1D6N3H6	3.1e-84	Regulatory protein viviparous-1

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT3G24650.1	54.05	1e-67	254	ABI3;ABI3;SIS10	AP2/B3-like transcriptional factor family protein

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	e-value	bit score
AfisC1G06891	AT3G24650.1	259	92	7	319	558	451	701	54.05	1e-67	254
AfisC1G06891	AT3G24650.1	129	63	3	106	225	179	307	44.19	1e-21	101
AfisC1G06891	AT3G26790.1	110	49	0	419	528	86	195	55.45	1e-32	138

Ortholog group

Species	Genes
Allium cepa	g90995.t1
Allium fistulosum	AfisC1G06891
Allium sativum	Asa7G02698.1
Arabidopsis thaliana	AT3G24650.1
Oryza sativa	LOC_Os01g68370.1; LOC_Os01g68370.2; LOC_Os01g68370.3; LOC_Os01g68370.4

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF02362.18	B3	Family	426	521	60.2	1.3e-16

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0005515	F	protein binding
GO:0003700	F	transcription factor activity, sequence-specific DNA binding
GO:0005739	C	mitochondrion
GO:0007165	P	signal transduction
GO:0005634	C	nucleus
GO:0009536	C	plastid
GO:0009737	P	response to abscisic acid
GO:0010030	P	positive regulation of seed germination
GO:0010262	P	somatic embryogenesis
GO:0010344	P	seed oilbody biogenesis
GO:0010601	P	positive regulation of auxin biosynthetic process
GO:0044212	F	transcription regulatory region DNA binding
GO:0045893	P	positive regulation of transcription, DNA-templated
GO:0045892	P	negative regulation of transcription, DNA-templated
GO:0043167	F	ion binding
GO:0048573	P	photoperiodism, flowering
GO:2000034	P	regulation of seed maturation

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
-	-	-	-	-

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network