result

Gene information

Detail information of AfisC1G07730

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC1G07730	chr1	1399166889	1399177682	+

Sequences

CDS

Protein

Gene

>AfisC1G07730
GGTGGACTTGCCCCTGGCGGTTTCAATTTTGATGCCAAATTGTTAGTGCTATACCGAGCTCAATGATTTTTGTTATAATGATTACTTCTTTAATTTTTTATCCTTAGATTTCATTATTTATTGTTTAATAATGTAGGCGGAGAGAGAGTACCGATGTAGAGGATATATTCCTTGCACATATTTCTGGAATAGACACATTGGCTCGTGGACTCCGCAATGCTGCCAAGCTTATCGAGGTAAATTCACGACTGATTTCTTTAAACAATACCATGTATAGACATAATATTTTTCTGAAAAAGGATACCATAATTACTTGTATAATGATGAATGCTGACATGTATATGTTGAAGGATGGGAACCTCTTCCATACCCTTGTAGAGAAGAGGGGCAGCCTTGTATGCAGGATTCACCATTTTTGGTGAGAGTGGAATGTGTAGTTTCTACAGTTGACTTCTTTATGCATGGGCGTAGTCAAGAATTATTATTGCCTTTGATTGCTAGGAATAGTTGTCATAATTCAGTACTATTCTTCATAAGATAGGTAAAATCAATTTTGTAATTTATAGTTTTATAGACTGGTTTCAAAAATTACGCTTAGGACGAAGCGAAGAGTTTATCTGAGGGTCTGAAGACTCAAAACTAAAAGTGTAGACAACAAAATCACCAAAAAAAAACATTAACTATCAAAGCTACAATGTTCCTAACAGAATCATATTGATAATCAATTCCTGTTACAATTGCTTTCCACAAGATTCTATTGATCAAAAATAATGATTTCATTATCAGTTTCTTTGAGAACATCTTTTTCAATATACACAACACCATATAAATGTATTCCCTATACATATAAGAAATGTTTTGATAGAAAGTATAAGAAATGTATTCCCTATACTGGGAAACCAAGCAATTTTATCAAAAGCTTGATAGGTACATATATACACTTATATTTTCTTCATCCAATTTATTTAATTACTTCTTGAGCTGCATGTAAATGTTGATATTAATCGATTTTAATAAACATTTAGCTAGGGAATCGATGATGTGTTCTTAAACTATGAGTCAAGCAGCTCGCCTGAAGGAACAATAGATAAGTCTCCTCCTTCTACTTCCATTGTTAATGCTGGAAAGAATATAATAGTGGAAAGAAATAGGAGAAGAAGGCTCAATGATAAGCTATATGCTCTTCGTAGCCTAGTTTCAAATATTACCAAGGTATTATATGCTAACAGTCCGTAAATTACAACACAACTTGTATTGATGATAGTTAACTAATAACAGTGGTTGAATATCATGATTTGGGTTCAGATGGACAAGGCATCAATAATAAAGAATGCAATCGAATACATTCAAGATTTGCAAGAACAAGAAAAGAGGATTTTAGTTGAGATCGATGAATTGGAATTAACCAAGGCACCAAAAAAGCAATGTTGCAGTGGTGTTCCAAAAAGGAGAAACATGAACACCATTGAAGTTACAGAGGTAATTAAAATTGGGTTATTTTGATTTCATTCAGTATTTGATTCAATAATGAACTACGTTTTATTCAATATTTCAATTATGTGGAAATGTAGACGAAGATAAGAGAAGCAGGGGAGAAGTCGATGGTGATAAGTATAACATGCAATAAGAAGACCATACTTTATTCGTGGAGGTAAGAATTTCCCCTCTGATTTGTATTTGTTCCATTGTTATCCATTGTTGGATTATCATCGATAAACAAGTATATATCACTAAAATCTAATCAGTTGATAAGCAGCTTTCAAGTTTGATTGGCTTTTACTATAGCATTATATTTAAATAACAGTACCATCTACCACAGTGCGTCGGGCTTAACGTATTTGAGATTGTATATCTTTGCAACTTGAAGGACTGAAATAGGAACACGATAGTTTCGCAAAAATAATGAACTAAATATGAGTAAATAATAAAATGAATACTGGGTGGTTAAGTCTAATATATTGTAGCAATGGGGATCATGTCAAATAATCCCAATTAACTTACTTTCCATTGATTGTTACAACAAAACTCTCCTTTAGAGCTGTTGTGATATCTTACAGCCATAAACTATTAGTCCTAAATATTTCTTAAGTCATTGTCATATTTCTGCCTTGTTTCGTTTCATTGATTGTAGTAGGATATTATTAATTTATCAATTAAATAACAGTATCATTTAGGACTAATATAGTGGAAATATTAGTGCAGTTATGTTTCAGATATTCATCAACTTGTTGACGAATACAAATTTGTGAATTAGAGACAAGTAAATGGGGCCCCTAAAATTTACACTATTTGGAATTTTTTTTTCGCGTGTCCATAGATGTCGGTAACGATAGATATTTTTTTATACATGCTGTGCACAAATGAGTTTAAGTTTTTCTACCAACTTTACAAAAGGAAAGGCAACTATAACCAGTACTTGGTTGAAGATGTTTTCAAAATAAACTATCTTCCAAGAAAGAGGAGTATAGGTTTTACTGTTGGCTAAAAATTAGTGTATCCTGTATCTAGGATCTTTAATTTTCCATTATTCCATTATGATGTATGCTTCTTCCATTACTTGCAGCAACCTACACTCAAAATAAATATCTCTTTTGTATAACAGGTTCTGCAACACCTTTTACTCGGAAAAAATCAGAGAAAGTGAATCCTCCGTTGTGGCAACATGCACTCAAAGACCAATTACTGCCATTTGTAGGAATCTCTATCTTTCAACATGTTGTCTTCCCATTTTGATTTTGTTTTGGTCCATTTTCTATTTCATACATACTATGTATGCTCTTTTGTCCAACTACAGGTACCTTCTATATTTACTGCCTAACAATATTTGATCTGTAAAAGCTAAATTATTACACGTTAACTAGAAAATGGTGAAATGTACCACTATAACTTTGAATTTGGACATATTTTCTAGCCATTATGTTCCTATTTTATATGTTTTAAGCTGCTGCATATTTAAAGCTAACCTATAATATTACCACCTAGGCCACGGTTATAAGTGTGAGAAAATACTATTCTGTCACGGTTATAAGTGTGAGAAATTACTATTTTGTCACGGTTATAACCGTAAGTAAATATTATTCTGACACGGTTATAAGTGTGAGAAATTACTATTTTGTCACGGTTATAACCGTAAGTAAATATTATTCTGTCACGGTTATAAGTGTTAGAAATTACTATTTTGTCACGGTTATAACCGTTAGTAAATACTATTCCGTCACGGTTATAAGCGTGAGAAATTACTATTTTGTCACGGTTATAACCGTGAGAAAAAGTGTGACTGAATTTGCCCACGGTACCTATTTTCACGGTTATAACCGTGACAAATTAGTTTTGTCACGCTTATAACCGTGAGGAAATTGCCTTTCTGGTGTTGTGTATGATATTGATATTTATCATCATTGATGAATGTATGTGCATAAGACTGCATGTGTGTGTATCGGTTCTGACAAAAAAACATACACATATGTATGTATGAGAGTTTGTGCGTGTGTATATATATGTATACACACACATACATACACACAAACAATTTTGAATTGAATATAAAACTACGCTCGGCTTTAAAATGACTTCCGATACATTAAATCAAAATCATTTCTAATACCGATATTTATCAAACATGAACATACGTGTGTGTACGTACATGCAAACACACACAAATATATATGTGTATGTATGTATGTATGTGTATTAATTTTAATACATTTATATAAGGGTTCTTATGTATGCATATAACTATTATTAGTTTTAATACATGTATATAAGGGTTCTTATGTATGCATATAACTATTATGATACATATATTTATCGGTTTGATGTATAACTAATGGAAATTTTGATTTTTTTGTGAAATATGACGGCGAATTTTAATTTATTTTTTGAACATAAAAATGTATTTTTAACATAATAAGTGGATCTTTTTCAAATTAAGCATTGTCATAATCATCAAACTATCAAAAGGGTTCTTATGTACACATATAACTATAATAATACAAATATTTATAGATTTTGATGTATAATTAATGGAAAAACTTGGTGTTTTTTGTGAAATACGACGGTGGATTTTAATTTATATTTTTAAATGTAAAAATATATGCGTAACAGAATAGTTAGATTCATTTCAAATTAAGCATTGTCATGATCATCAAACTATCAAAAAGGTTCTTATGTACGCAAATAACTATAAAGATACATGTATTTATCGATTTGTGTATAACTAATGGAAAAAATTGATTTTTTTGTGAAATACGACGATGGATTTTAATTTATTTTTTTGAACGTAAAAATACATTCTTAACATAATAATTGGACCTGTTTCAAATTAAGCGTTGTCATAATCATCATACTATCAAAAAGATTTGTATGTATGCATATAACTATAATGATACATATATTTATCAATTTTTATGTGTAATTAATGGAAAAATTGATTTTTTTTTTGTGAAACATGATGGTGGATTTTAATTTCTTTTTTGAATGTAAAAATATATTCTTAACATTCTAAGTGGATCTATTTCAAATTAAGGATTGACATAATTATCAAACTATCAAAAGGGTTCTTATGTATGCATATATAACTATAATGATACATATATTTATCAATTTTGATGTATAACTAATGAAAAAAATTGAATTTTTTTTATGAAATATGACGACGGATTTTAATTTATTTTTTTAAATGTAAAAATATTTTTTAAACATAATAAGTTGATCCGTTCTAAATTAACCATTGTTATAATTATCAAACAACTAAAAGGGTATTAAAGTACTTTTATTAAATAGGAGGCCTCAATTTATAAATGCGTAACAATGAGACCTAAAAAATAAATATATTTTAAATAGGTCCCTTCGACCAAAAGAAACTAAATTTTATTACATTAAATTTTCGATAATGATAAAAAAAGTAAATATTTTGTTACTAATTCCAACTCCATTGATGCTTATATAAAAAATTTGATTTATTTTAGTTGATCGAGAAATTTTTCTTGATTCTTCACAAT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Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	XP_020267843.1	2.0e-21	transcription factor bHLH35-like
Swissprot	Q9FKK7.2	3.0e-19	Xylose isomerase
trEMBL	A0A5P1EUS4	1.4e-21	BHLH domain-containing protein

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT5G57655.2	76.27	1e-20	97.1		xylose isomerase family protein

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	e-value	bit score
AfisC1G07730	AT5G57655.2	59	13	1	1	59	370	427	76.27	1e-20	97.1
AfisC1G07730	AT5G57150.1	84	26	2	74	157	41	116	59.52	2e-18	90.1
AfisC1G07730	AT5G57150.3	84	26	2	74	157	42	117	59.52	2e-18	90.1

Ortholog group

Species	Genes
-	-

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF00010.23	HLH	Domain	96	141	41.7	7.4e-11

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0000287	F	magnesium ion binding
GO:0003677	F	DNA binding
GO:0003700	F	transcription factor activity, sequence-specific DNA binding
GO:0005634	C	nucleus
GO:0005737	C	cytoplasm
GO:0006098	P	pentose-phosphate shunt
GO:0006355	P	regulation of transcription, DNA-templated
GO:0046983	F	protein dimerization activity
GO:0009045	F	xylose isomerase activity
GO:0042732	P	D-xylose metabolic process

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
-	-	-	-	-

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network