result

Gene information

Detail information of AfisC1G08752

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC1G08752	chr1	1601105939	1601117416	+

Sequences

CDS

>AfisC1G08752
ATGTTGCAGCCCATGAAGAAAAGAACGGACAACCAGCAGACGAGGACAAGCTCCCAGTGTACGGATGAGAGCGATAGTCTTATGAATTCTTCACCTGTTTATTCAAGGAAATCAGGACCAGCAAGGCGAGCACAAGGCGGTTGGACGACTGAAGATGATGAGGTTCTAAAGAATGCTGTCAAAATTTTCGAAGGAAAGCAATGGAAAAAAATAGCGAGCTATGTTAAGAAGTTCAATGAGTCCCAGTGTCTCCATCGATGGACAAAAGTTGTGAATCCAGAAGTGAACAAAAGTCCATTTACCCCTCAGGAAGATAAGATTTTAATAAATCTAGTTCAGAAGCATGCAATTGGAAAATGGTCTTTTATAGCAAGGCATTTGGACGGTCGCATTGGAAAACAATGTAGAGAGAGGTGGTTAAATCAACTGAGTCCTTTGATTAAAAAAGGTCCTTGGACTGAAGAAGAAGAACTTATTCTAATTAAGGCACACTCTGTACATGGAAATAAATGGACAAAAATTGCAGAGCTGTTACCTGGAAGAACTGATAATGCTATTAAAAACCACTGGAATTGCAACCTGAAGAAAAAAAAGCATGATCAAGGAGTTACAGATGAACATATAGCCGATTCAAGACCATCTAACAAGTCTGGTTTTTCAGGTGGAGAATCAAATACAAATACTCAGAACGTATCTTCCCTATCTGTTAATGATACACAAGAGTTGAATATTTCGGAGTCGTCAATGCCTAAAAAACCATTACATTTGGATCTGAATCAAGATCCAAACTCTGAACATCTTCAGACTGTTGTAAATAATAGTGGAAAACAACCTGAAGCTTCATCCATGACTCCAAATTCTATGCCTCGTAGTTCAAATGAAACTTCAGTTGAAACTATCACGCCACAAGATTTAGTTCTTACTCTCAATTTAGCATCTCCTATTAGTCTAGATTCAAGTGATTTTCTCATATCTACAAGTGGAAGCAATTATCACAATAATACTCAAAGTTCAAGCAGTAGAGTTAAAAGTCACTCAGATACTGATTTAATAATTAGAAGAAGAAAGAAGAGACGATCTGATAATGTTTCCTGCAAAGAAAATATAGTTAGCGTCTCGAAGTCAAATGTACACGAGGTTTCAAATAAAGAAAGGGTTGTGTTGGGCAACATCGAAGCTAAACCAAATACATCTTCAGTCAAGGATTGCACAAAAATTTTCAAGTTCATAGCAACTGAAGGGAAGCAACTTGATTTTACTTCTGTTGAGTGCGAGAATAACGATGTTGGTAGTCTTTCAAGCTTTGAAAGGACGGGAACTGCGAACTACTCTTGA

Protein

Gene

>AfisC1G08752
ATTCAACCATCTCCATTTCCAAGTGAAAGAGATGAGAGCTATGTCATCTCCAACAAAACCGAAACCGAGTTCATCGCAAACAAATCCAACACCTTCGGATCCGACTCTATTCAGCACCAACATTAGAACGCTTCCTCCTGCCAAAACCCAACATCTCCCAAACAATCGCAGCTTCAGCATCTCCGACCAATTCAAACCGCAAAGCCACTCAACCCATCACCGAACAACACCCATTCAAAATAAAATTCAAATTCAAATTTGCACCACCTAAATCGTAGCATGATTCGGTAGTGAGGAAAAAATCATTTAGAATTCAAAATTCAAATCTAAAATTATCCTACAATAACGTATGCATAAAGGGATCGAGCAGAGGGAGGAGTTTTTTTCGGCTGAAAGCACGTAATCCTTCAAAAATGTTGAACGTTTTCATGCTGACTATGTTTAGTAAAATATCTAAGACCGATTCAAACTGATCAAGGCCTTTATAATTTCTTCTTTGCCAGCAGTATAAAATCCTCCTTTCGCCTTTCTATCTCATCATTATCCACTGGCTGGTATAACTCAATTTGTTGATTATTATATTTTTTTTCGTCAGGTAAGCTATGCTCTATACATATTTCTTCACAAATAAATAATTCCTGTATTCCATATTAGCTCTTCTGCAGGAACAAATTTTTTAATATTTTTTTCATGATTTTTCTGGGAGATTTAGGTGTATGTGAAGCATTTAATGTAATAAAAAAATTATTAGTATAATATGGATATGTTTACAGAAATGCTTCAGGGTTAAAGGCTTTGATTAAAGCTGTGTATCTTTTGAGAAGAAGAACAGTGATGTAGGGCTCAGACTTTTACATTTTGTGGATGTGACTGTTACCCTTGAGTAATCAAGAGCTAATATTGGAAAATAAGAATTATCAATGTGCTATTTTTGATTTTGATCACTATTTGTGCTAACTTACTTTGCCATTTTTTTCATTCAATTTCCTTGTGTTTTATTTGTTTAACGATACGAAATATAGAAATGAAACAATGAATATAAGTCAGTCTACAATGGCCCTATAGCTAAATGATAAGTTTGTTTAGACATCTGTGATTGAACATGTTTTATTACAGCTCCCTTGAGCTACTGTTAGTTTCCTTCAGCAGTTGTTTTGTGTCACCTATATTTCATCCGCACATGCCTTATTTGTTCCGTTTATTTGTACTAACGTCCGAAACATTATATCAAGTTACTTATGAAATGAGTATTGTTGAAGTGCTTGAGAATTTGTTTGTTATATTGGAATGATTGTTTAGGTTCAGAAATGAAAATGTGATAAGGTAGCAAATTTTGAAAGACAAATTTAACTTTCGTAATTATTTACTTTATGAAAATAATATATGCTTAAATGACCAACGAATCCTAGCAAGCACCATGATATCTAGATTAAGAATTCGTTCTGACGCTTTGTAGTGTAGACGAATCACACCATCATCTGTCATCTATCTTCAGCTGCACATTTGTCTTGACTTGAAATTGTAGACGGAACCAAATTTACTAATTAAGAAAACAAGAAATAAAACTGTATCAAGCTTTCAAACTATATGCATTACAGTTAGGAAATCGAAAATTAAGTTATTAGTGTTGGATATAATTTTCTTGATTGTAAATTAAATTGAATTATTGCTGTGAAACAATGAAATGAGAATGGTCAGGAAGTTAAAAAAACTGGAGGGTATAATGGGGATTTATAGGGGTGGGAAGAGAAGAAGATGTGGTGTGATGGTTCTTTGTGAAATAATGGGGTGGCTAAGGAAATTGGCGCTATTTAAAATTCCACCTTATGAGGATCTAAGTTAAATAACAGTTTTTATTAATAAATCCCATCCTGTAAGGATCTAACTTAAATAGCAGTTCTTATTATTTCTCAGACTCAGTTACCTTCTATAATTATAAAGTGTGACATTGGTTTCTAGGGTGTTTGCAATTTTGATTCTAGGGTTTGTTGATGTTGCAGCCCATGAAGAAAAGAACGGACAACCAGCAGACGAGGACAAGCTCCCAGTGTACGGATGAGAGCGATAGTCTTATGAATTCTTCACCTGTTTATTCAAGGTATTCTAGTTTATTTATTGGTTGGTATTCAATTTGATTGAATAATTAATTCATTAGGTAAATTTGTTGTTTATGGCTGAAATTGCAATTTAACTGTGTTTATTCGAAATTTGATTGAGATGTGTATGGACGATGTAATTTGCTAACTTTGTGCACCTTTTGATTACCAGATATAGTGGAAGTATTTTGACATGTTACTTAACTGAGTGAAGAAATATTTACCAAAAAAATAACTGAATATATATTATCGAACACAGTTGGATACGAGCAAAATTATTTTGTTAACATTTTTCACCAATTCCTTTATTTGTCTTGTTTTCCTTTTCTTTTTGGAGAACTAGGTACGAAAACTTTGAAAATTAGTATTGCCTTTATCGTTTATATACAAACTGATAGTCAGGTAGTTCCAAGTTGAATTATCAATTATTACTCTTATATAATTATACTAGGTTTATGTTGTGTTTTGAACTTAAAAACAAGATATCATTACTAACTCTGTATTTGAAATGCCAAAAGATTTATTATATATATTAGATAATAATACATTAAACTGCTTTCTCATTTTAATTTTACACTATTATGCATTCTTGTCCTTGAATTTGTGATGAGCAGTTTTGTGGATGTAATCCATGAAATAATGGTTGAATTTCTTTATCCAATTATCATTTGAAATATACTAGTCTTTATTTCAAATTAATGAACAATTTTTAGTAGTTTGAAATATACATACATATCTACTGTGAAAATATGAGCTTTTAGAATAGTCTCAGCTTTTATAATTCCATTCACTGAAACTTGTCCTGGTATGTTAGTGTATCTTGTGGACTTCATCTGCCTTTATAACTATAGGGTGTGATGCAATTTTGTTGTTCCTTTTGTATTAATTAATATTTAAAATCAGTAAATATTAACCAAGACCTTAAAATTTACAGGCGTAGACAAAAATAAGAAAGTGAACTTGTGTAAAAACATCCTCTTTAAGTTTCAAATATACAGCCGTCTCTCCTCAAAAATAGGTATTTAAAAAATCCTCATATTTTAATTTTAGGATATTTGCGGAAAACTCTGCAAACATTTGCTGAGAAATATGCAAATATTTGCATTTTTTCAAAAAATTCAAATAAAAAATATTTTGATCATAGAAACATACGATTGATGTTCATATCTAATTTTCAAAAAAAAAAAAATCAAAACTAAAAATAAGGATGTAATTTATAACATGTTTTTTAAAACTGAAAATATAAACCTAACTAACATGTCACTATTTTATTTAATTTTTTTATATAAAACTAAAAATAAGGAGAAATATTCATGTACCAAAACTGGATAAGGGGTGGAACCAAATTTCCACAATAAGAAATATAAACCTGAATCTTTGATTCTCGCAGTTCCAAAACAACGTGTCGCTATTTTATGTAATTTGTTGAAAATTGTTAATTTGTGAGTGCTTGTTATGTATGTATTCAAGCACTTGGTGTAAGCACACTTGTTGTACCTCCCTTAAGTAACTCTTCTGCCTTTTGCAATTCTGGTTTTTGGTTTCAGTGGTTTAGTCAGCTCAATCCATTTTGGGTTATTAATAACAAACTGATTAGCTGAAGTAGAGTTCCCAGTGTTGTCTAGTTCTGTATAAATAATAAGTAGAAAATTCTTTTTTGATACCCTATTATTGCAACAGATTAAAAAGATTCGATATTGGTTGTGATTGATTTTGACATGAGTATTCTGTTATTTCCTGAGTAGGAGAACTGCAAGATTTACTTTCGTCTCACTTAAATAAGTGTTTTAAGCTTCTTGCCTTTTGTCATTAGGAGCTTCTTTTCCAATGTCCATTGAATTGAATTTATTACCAAGAGTGTATCTCCCAGAAGGATTAAAACTATATTCAGAGTTTCTATATATCATTTCCTCGTTAGGAGCATTCATGTCATTTTTGGTTTGTGCTTCCATCTGCATCTTATCCTATGTTGTTAATATCGTTATTAGATACATATCGGTCAAGTACCAAAATGCGATATTTGAAAATATCGGAAATAAAATCGGGCTATACCAGCGAAATATAGGACATGTTATATCATCAAACTCGACTATATAATGGTGTAGTACCGATACGTGATATCTGATAATATCAATTAAAACCAAGTTAAAAAAAAAACATGGGCATAGTAAAAACTATTAACTTTTTTGCAAAACATTATATGTAGTTGTAATTTTGTAAGCTATTTAGAAAGGTAATTTGCATATCAAACAGCAAAACTAAAATTTGAATAAAAGATAGAGGTAAGTTTACACACATGCTGGTCTAATTAAACGTTTACTAATGAATAAACATGAGGAGGAGCTACAACCATATAATAAGAGAAGTGGGTCATCCACCATTTATAGCACCGAGAAATAAAATGCTACATTCGCCTTCAGCTATATTTTCATCATTGCATACATAGAATAAGTAGTTGATATTTTGCTATTCCGAAAAAATGAAGTGTGATTTCAGACGAAAATAGAGGTAAATATCAGCACCCAATGTACGAGATAGAATATTTTGGCGCAATTTCGTTAAATTTCGTTAAATTAACAGCATATTCTTATCCACTAAATTTTTATGAGAGTTAACACATTCAACATCTATATTTAGAGAATGAGTTATCATTTGGGATAGTAGTGTGTTCTTCTTCATAGTTAGCTTTAAAGGTAACCATATTTGAACTGTCGAGATTGATATTTGAAGTTTTAACCACATTACTATGACAATTAGATACATAAATTAATGTCCATAGACGTACGGAGTCTCCAAATCTGGATTAGGAAACCGAACCCAAATTGGGGTAGTTTTAAGAAATTCTTTGCTCAGTTTCCTACTTCGATGCCATATCTTCATCATCATCTGCTTTTTGTTATAAAA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Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	XP_031485402.1	4.2e-58	uncharacterized protein LOC116254273
Swissprot	Q6R032.1	2.5e-55	Myb-related protein 3R-5
trEMBL	A0A6I9R802	6.7e-58	transcription factor MYB3R-3

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT5G11510.1	53.89	9e-58	221	AtMYB3R4;MYB3R-4	myb domain protein 3r-4

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	e-value	bit score
AfisC1G08752	AT5G11510.1	180	79	2	34	209	17	196	53.89	9e-58	221
AfisC1G08752	AT5G11510.2	180	79	2	34	209	17	196	53.89	1e-57	220
AfisC1G08752	AT5G02320.2	162	65	0	36	197	66	227	59.88	2e-57	220

Ortholog group

Species	Genes
Allium cepa	g467067.t1
Allium fistulosum	AfisC1G08752
Allium sativum	Asa7G07031.1
Arabidopsis thaliana
Oryza sativa

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF00249.28	Myb_DNA-binding	Domain	46	89	34.5	1.5e-08
PF00249.28	Myb_DNA-binding	Domain	97	142	49.5	3e-13
PF00249.28	Myb_DNA-binding	Domain	149	191	64.0	9.1e-18

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0000122	P	negative regulation of transcription from RNA polymerase II promoter
GO:0005515	F	protein binding
GO:0000978	F	RNA polymerase II core promoter proximal region sequence-specific DNA binding
GO:0001077	F	transcriptional activator activity, RNA polymerase II core promoter proximal region sequence-specific binding
GO:0001135	F	transcription factor activity, RNA polymerase II transcription factor recruiting
GO:0003713	F	transcription coactivator activity
GO:0005654	C	nucleoplasm
GO:0006338	P	chromatin remodeling
GO:0009723	P	response to ethylene
GO:0009733	P	response to auxin
GO:0009751	P	response to salicylic acid
GO:0009753	P	response to jasmonic acid
GO:0031523	C	Myb complex
GO:0032465	P	regulation of cytokinesis
GO:0032875	P	regulation of DNA endoreduplication
GO:0042752	P	regulation of circadian rhythm
GO:0043525	P	positive regulation of neuron apoptotic process
GO:0045624	P	positive regulation of T-helper cell differentiation
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GO:0051571	P	positive regulation of histone H3-K4 methylation
GO:0051574	P	positive regulation of histone H3-K9 methylation
GO:0090307	P	mitotic spindle assembly

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
K09422	MYBP; transcription factor MYB, plant	EC:-	-	-

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network