result

Gene information

Detail information of AfisC2G00785

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC2G00785	chr2	105273608	105279551	-

Sequences

CDS

>AfisC2G00785
ATGGAAAGGGAGATCGAAGAGAGAGAGGTTATGATGATAGATGACGATGAAGAAGAGAGCAGTAGTTTTGTGAATAGCTGTAAAAGAAGAAGAAAGGAGATGGGGCTCAAATTGGATGATTTTATTTCGAGGGGGTCTCTGAGAGTTTTGCTGATTGAAGGAGATGATTCTACTAGGCAGATTATTGCTGCTCTGCTTCGAAAATGCAATTACAAAGTTGCTGCAGTAGCAGATGGACTAAAAGCATGGGACATACTAAAAGAAAAGGCACGTAGTATTGATGTAATTCTCATGGAAGTTGAGTTGCCATCACTCCCTGGTGTTGATCTTCTTTCTTTGATCATGGGTCATGAGATTTGTAAACATATTCCTGTTATAATGATTTCCTACAATGATTCTGTGAACATGGTTTACAAATGCATGTTAAAAGGAGCAGCTGATTTCCTTGTCAAACCTGTTCGAAAAAACGAGTTGAGGAACTTGTGGCAACATGTTTGGAGAAGACGCAAGTTAAGTGATGTCCAGGAGTCGATAAAAAATGTTAAAGGCGATGATACCAAGAAAAAGCTTGAGAATGTGGAGAACAATAAGGAATGCAGCGAGAAAAAGAGTTATACCGAGAGTTGTAAAAGTTCAGATATGGAAGCTCAGAGCATCTTCAAACAAAATAAGCTACCACTTAGTGATACTTCACTTATTTCCGAAAATCTACTTCAAAACTCCAGAGCACAAGATCATCATGATAGTAAAGAGCATGCAATACCACAACTACCTGAAGAAGAGTATTCTTGTGCAGAAGTAGAAAACACAGCAAATCAGGATGCGAAACCTATAGATTCTAATGCTGAAATAGAGGACCGAACCTGTATCGATTTGATTGGTGGTATAAATAATCAGCAACAATTGTGTTATGGACTAACAGATTCAAATGTGGTTTCCCATAATGTAAATTACATGAGCAAATCAGATTCTCCACCACATTTGGAACTATCGCTGAAGAGATACGGACATGCCAGTAATAACATGGAGGAAGACAAATCAGATAGTCATGCTCTAAACCACTCCAATTCCTCCCCTTTTTCACTGTATACTAACAGTAAAAACCAAGTGTCAAGAGAAGGAACATACACACAAAGTGATGCCAATGAATATAACTATGCTCCTTGTACAAACCAGACATCGTATGATACAAGCATTGCTGCCTCTATGCCGGATAACATTGCAACTAAATGTACTCCAATTAGAGTTATTCCGCGACAGTTTCCATTTGGAGGTGGCATAATGAAACCAACATTGTATCCAGGGTCTTCACAAAATTTGTGGGGTCCAAATGCAACTCAATCTAATGCAAAATTGGATTACTATGGTTCTAAAACCGATCGTGTGTATAAGGAGCTTAGAGATGAAGGCAGTGGAATATGCAATGGGAGTAGCACAAATGGTAATAACACCTCGACAAATGTATCGTACAATGATCGAGTGGAGAAAAACGAAGCAGATTTGTGCCGCTTGACTCAGAGAGAAGTAGCGTTGAATAAGTTCAGATTGAAGAGAAAAGAGAGGTGTTTCGAGAAAAAGGTTAGATATCAAAGCAGGAAAAAACTTGCTGAGCAGCGGCCTCGAGTGAAAGGGCAGTTTGTGAAGCATGTTCAGTCCTGA

Protein

Gene

>AfisC2G00785
TAAAGATCTAGAAGCAAGTGGCGACCTAAAATATCTGAATCAAATCCAAGGCCTACATTCTTCCACGTCACCTTCCTCTTTCTCTGCCCAATTGTCTCCACCGTACTGATCTCCTTCTATCTATTTATTTTCTTTTTATTGCCCTTGTTTCCTTACTTCTACCACTCCTTAAGAATTCGGAAATAAGACAAGTCAACGAAAATTAGTGATTGCTATTTGAGATCTTTACGATTGGCGAGAATGGAAAGGGAGATCGAAGAGAGAGAGGTTATGATGATAGATGACGATGAAGAAGAGAGCAGTAGTTTTGTGAATAGCTGTAAAAGAAGAAGAAAGGAGATGGGGCTCAAATTGGATGATTTTATTTCGAGGGGGTCTCTGAGAGTTTTGCTGATTGAAGGAGATGATTCTACTAGGCAGATTATTGCTGCTCTGCTTCGAAAATGCAATTACAAAGGTATTTTGTTCTTTCGTTTGTACTATGATTGCTGTTCTTCTATTGTATGTTTAATTAGGGTGGAAGGTGGATGAGATTTTAGGTCAGTTTCACCAAAAAAATTTAGTTTGAATCTTGTTAGCTTCTGGTTAAGAAAAAGCATGCTAATATTTGAGGCTATCAAATTTTATTTAGCAGTGCTTCACTAAATGAACTTATATATACTCCTAACCTTTGCCTCGTCCGATGAGAATAATTTATTTTGCAATATTCATGCTGAACAACCTTTAATTCATTTAAAATAGAAATTCGGAAGCGTTTTGCAATTGAGTGTTTTGAAAAGAGAAACATGGTGTCTTTAGCAAGACTCTATGTGAAATTCCCATTATATGATGTATTCATAAAATAGAACCGATAAAATTAGTTACAAGTATTTTTTTTTTTTTAAAGATCATGACCGTAGGTCTTATGTTAACATCCGCACTCTAGAGCATCACCTGCTTTGGATTTATCTAGAGCAAGGACACACTGGAAAATATGGGTTGTTAGATACATCATAGATTTAACACAACCCGGAAATCCTGTCTATTTTAGATGCTGTACCGTGAACAAATCACCTGATCCCAACCTTCCCTGTTCGGTGTTCCAAGCCATATTTAAAACACAGTTTTTTATGATAAAATCCATTCTCTCTCTGGTTTTTCTGCAAAATAATTGACTGCGTATCTAGTGCTTATTGGTGGAGCACACCGGGACATGTGATCTTCTACTGTTCCACTGTACTATATCAAATTTACTGTTGCTAAAATGCACTGAATTTCATGATCTAATGGTCGCATAATTTTTCAGCATACCCCTGCTCAGTTGATTCATTACCCACTCCAACATATCAAAGTTATGGTCAGATGCTAAAAATTTAAAATAAACTACATACCTGCCGCCTAGTAATCAAAACATCATACAAAAAAGGTCTAATTTATTTACAATATTCATAGATTTTAACATAATACTTAGATAATAGTTTAACCTGTCTTAAAGAGGTGTTTGGGTGATTAAGCATCATTTGTAGATGGGAAGGTGGAGTTTGAACCATGATATAAATTCCGACTGAAATTTTGGCATTCCGGTCCTTCCATTTACAAAATCCGGTATGAATTCCGATTCTGGACTAAATTTTGGATGTACTCTTCAAGAACTGATAAAGAGTTGTAAAAAAAACAACAAAAAATGGTAAGAAGTGCAATAAACATGTAAAAGAATTTAAAAGACAAGTCAACAAGTTAATAAGAAATGGAAAAAAAGATCAAATAGTTTCAAAAAAATCGCGATACATTTGTCATTTCCCATCCATTTCAACAGAAATAACATGAAAAAAAAAAACCCAGTAAAAATGAACAATCGAATTAGCTTGTTTGACATAGAACACATTCTAATATCATAAGTACAAATTAATCAATGTATTTTTATAGAATAAAAACACCAAAATTTTATTCAGATTCATAATCGAACTTTAGAAAATATGAAATGAAGGAAATGGAAATTGAAAATTTGAACCTTGGTTTGAACCATTTGATGGCATAGTACACATCTCTTGTTAATTAATCAGATGTATACTGTGAGATTGTTATACATCCTGCTCATTTCGAGTCTTAAAAAAGCAATTAACTTATTCTTGAACACTATGTTTTAAGAAATTCTTATATAAAACCTCAACTTATTGATTTAATTACAGAAGATTCGATTATTTGATGTCCAGGAGTACATCAAACTCATTTTTTTAATGATGCTAAAATCAGTGTTTGGTTCCCTCGCATATTATTTTAATGCTGAGGTGTGTGGATGCTTTAATATGGACTAATTTTTTAAATCGTTTTGTAGTATTAAAAAATTAATTGATTGTTATTATGATTATTATGGTGGTTTTTTATTTTGATGCCTCCAGGTCTTACTTTTGTATTTCATTGTTTTGAGGCTTAAGCAAGTTGAAGTATGTTTGGCAAATTTGGATTCAATATTTTTACCATAAGTCGAGAGCTAAATTTACACATATACTCTCCACAGTTGCTGCAGTAGCAGATGGACTAAAAGCATGGGACATACTAAAAGAAAAGGCACGTAGTATTGATGTAATTCTCATGGAAGTTGAGTTGCCATCACTCCCTGGTGTTGATCTTCTTTCTTTGATCATGGGTCATGAGATTTGTAAACATATTCCTGTTATAAGTAAGTCTACATTTTCCTTCAATTTACTTGTGGAGGATTGGCAATATAATAATACATGCCTAACTCTTTTAATTTTGCAGTGATTTCCTACAATGATTCTGTGAACATGGTTTACAAATGCATGTTAAAAGGAGCAGCTGATTTCCTTGTCAAACCTGTTCGAAAAAACGAGTTGAGGAACTTGTGGCAACATGTTTGGAGAAGACGCAAGGTATGCGAAATTGTTCCTTATATCTTTGCAGAATTTGTCGATGTATCTTTCATTTGATAACTTGACCAGTTATATAACTATGTATGTTGTATTGTGTTCAGTTAAGTGATGTCCAGGAGTCGATAAAAAATGTTAAAGGCGATGATACCAAGAAAAAGCTTGAGAATGTGGAGAACAATAAGGAATGCAGCGAGAAAAAGAGTTATACCGAGGTTAGTTCTTCCCTTGTACATGGAACTAGCTTTAGTCATAGACATGTTTTCAACATGAATTCAACAGTGCCATGAGTTGATTTTTAAAGTTAGATTAAACACACTCTCTGTGATTGTGTAATGTATAAACCTGTCAGCCTTAACAAGCAATGTCTTGAAATTATTTGATCAAAGATCCCTCTTTATAACATATTGTGGTTAATTATTAGTTTAGTTTATGCAAATGAATATTTATGTTTATATTTGCATGGAGCTATATATTGACACTACAAGTTTTGAATTCTTTTGTGTAGAGTTGTAAAAGTTCAGATATGGAAGCTCAGAGCATCTTCAAACAAAATAAGCTACCACTTAGTGATACTTCACTTATTTCCGAAAATCTACTTCAAAACTCCAGAGCACAAGATCATCATGATAGTAAAGAGCATGGTACTACTTAATCCATATTCCACATTTCTTTTTCGAAACGTAAAACCCTTCTCCAAAACTAATACATTAGCTTACCATGAGCAGCAATACCACAACTACCTGAAGAAGAGTATTCTTGTGCAGAAGTAGAAAACACAGCAAATCAGGATGCGAAACCTATAGATTCTAATGCTGAAATAGAGGACCGAACCTGTATCGATTTGATTGGTGGTATAAATAATCAGCAACAATTGTGTTATGGACTAACAGATTCAAATGTGGTTTCCCATAATGTAAATTACATGAGCAAATCAGATTCTCCACCACATTTGGAACTATCGCTGAAGAGATACGGACATGCCAGTAATAACATGGAGGAAGACAAATCAGATAGTCATGCTCTAAACCACTCCAATTCCTCCCCTTTTTCACTGTAAGTGTATATGCATTTTTTTAATTTGATGAAATATTATGGTTATTGTCCGAAGGCCCCTTTGGCAACACCTTATTTTGAATCCTCATTAGAAAGAGTAGTGAATAGCAGTTTCTAAGTAGTTTCCAAGTAAAAATGTTTTGATTTAATCTGACTCTTAAGTTGGAATAAGTTAATTTTAGTGTTTGACTATTATGACTTATAAGTAATGAATGTATAGTAAATTACAATTTGATATATTTATGTTCACGAAGCATTTATTTGTTATGAAGACACAAAATTATTTAGTCATTCGCTTGATAAAAGTAACTTTTGAAGTCCATTCTTAAATTTTAAGCAACATACAGTTGCTTCTTGAATACTTGTAGGTTATTTTTGCTAGCTATTTATACATGGAGTTTCCAAACAGTGCAATTCAAATAAGTTACTTGTGAGCAATTTTGACTATTTATATAAAGTTGTCAAACAAGCTCTAAGAGTACATGAATTTGTACCAGTGGTACAAACTACACTTTTGTTTTTGAACTTACCTATAGTATAGGCTTAAAGGATCGAACCCAAGACCAGCGATCATTCATATAGATTACACTTATTTATAATATGTAAATTAATGAAAAACTTTTGGTCTATACAAGTGAAACATATTCCTTTTTCTGTACTAAATTATTAACCTCATCTTGTAGGTATACTAACAGTAAAAACCAAGTGTCAAGAGAAGGAACATACACACAAAGTGATGCCAATGAATATAACTATGCTCCTTGTACAAACCAGACATCGTATGATACAAGCATTGCTGCCTCTATGCCGGATAACATTGCAACTAAATGTACTCCAATTAGAGTTATTCCGCGACAGTTTCCATTTGGAGGTGGCATAATGAAACCAACATTGTATCCAGGGTCTTCACAAAATTTGTGGGGTCCAAATGCAACTCAATCTAATGCAAAATTGGATTACTATGGTTCTAAAACCGATCGTGTGTATAAGGAGCTTAGAGATGAAGGCAGTGGAATATGCAATGGGAGTAGCACAAATGGTAATAACACCTCGACAAATGTATCGTACAATGATCGA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Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	XP_020243240.1	1.8e-82	two-component response regulator-like PRR95
Swissprot	Q689G6.1	5.7e-62	Pseudo-response regulator 95
trEMBL	A0A5P1FNJ3	1.3e-82	Two-component response regulator-like PRR95

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT2G46790.1	36.17	2e-69	260	APRR9;PRR9;TL1	pseudo-response regulator 9

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	e-value	bit score
AfisC2G00785	AT2G46790.1	528	235	15	36	552	26	462	36.17	2e-69	260
AfisC2G00785	AT5G24470.1	146	43	1	28	169	136	281	67.81	2e-55	214
AfisC2G00785	AT5G24470.1	47	9	0	506	552	617	663	80.85	4e-17	86.7

Ortholog group

Species	Genes
Allium cepa	g129981.t1; g170693.t1; g231444.t1; g278451.t1; g287172.t1; g337783.t1; g513524.t1
Allium fistulosum	AfisC2G00785
Allium sativum	Asa6G00127.1
Arabidopsis thaliana	AT2G46670.1; AT2G46790.1; AT2G46790.2
Oryza sativa	LOC_Os09g36220.1; LOC_Os09g36220.2

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF00072.21	Response_reg	Domain	49	160	74.3	7.4e-21
PF06203.11	CCT	Motif	507	548	61.6	4.7e-17

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0000160	P	phosphorelay signal transduction system
GO:0005515	F	protein binding
GO:0003700	F	transcription factor activity, sequence-specific DNA binding
GO:0005634	C	nucleus
GO:0007623	P	circadian rhythm
GO:0009414	P	response to water deprivation
GO:0010031	P	circumnutation
GO:0010082	P	regulation of root meristem growth
GO:0010380	P	regulation of chlorophyll biosynthetic process
GO:0010629	P	negative regulation of gene expression
GO:0044212	F	transcription regulatory region DNA binding
GO:0045893	P	positive regulation of transcription, DNA-templated
GO:0031537	P	regulation of anthocyanin metabolic process
GO:0043565	F	sequence-specific DNA binding
GO:0048367	P	shoot system development
GO:0080022	P	primary root development
GO:0080036	P	regulation of cytokinin-activated signaling pathway
GO:0080113	P	regulation of seed growth

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
-	-	-	-	-

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network