result

Gene information

Detail information of AfisC2G01767

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC2G01767	chr2	255268445	255292848	+

Sequences

CDS

>AfisC2G01767
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Protein

Gene

>AfisC2G01767
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Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	MQM05803.1	1.3e-209	hypothetical protein
Swissprot	Q6I5Y0.1	1.2e-204	Cyclin-dependent kinase C-1
trEMBL	A0A1D1YL78	3.8e-211	Cyclin-dependent kinase C-2 (Fragment)

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT5G10270.1	75.58	0.0	746	CDKC;1	cyclin-dependent kinase C;1

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	e-value	bit score
AfisC2G01767	AT5G10270.1	520	88	13	1	497	1	504	75.58	0.0	746
AfisC2G01767	AT5G64960.1	520	102	14	1	497	1	512	74.42	0.0	720
AfisC2G01767	AT5G64960.2	455	95	13	65	497	13	459	72.53	9e-175	610

Ortholog group

Species	Genes
Allium cepa	g272544.t1
Allium fistulosum	AfisC2G01767
Allium sativum	Asa1G02051.1; Asa3G00077.1; Asa4G04892.1
Arabidopsis thaliana	AT5G10270.1; AT5G64960.1; AT5G64960.2
Oryza sativa	LOC_Os01g72790.1; LOC_Os05g32360.1; LOC_Os08g35220.1; LOC_Os08g35220.2

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF00069.22	Pkinase	Domain	25	325	248.2	8.2e-74

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0005886	C	plasma membrane
GO:0000380	P	alternative mRNA splicing, via spliceosome
GO:0002944	C	cyclin K-CDK12 complex
GO:0002945	C	cyclin K-CDK13 complex
GO:0003677	F	DNA binding
GO:0009615	P	response to virus
GO:0005829	C	cytosol
GO:0004693	F	cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity
GO:0005524	F	ATP binding
GO:0005615	C	extracellular space
GO:0005730	C	nucleolus
GO:0005794	C	Golgi apparatus
GO:0007088	P	regulation of mitotic nuclear division
GO:0008284	P	positive regulation of cell proliferation
GO:0008353	F	RNA polymerase II carboxy-terminal domain kinase activity
GO:0010604	P	positive regulation of macromolecule metabolic process
GO:0016607	C	nuclear speck
GO:0019908	C	nuclear cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex
GO:0030097	P	hemopoiesis
GO:0030332	F	cyclin binding
GO:0031056	P	regulation of histone modification
GO:0031325	P	positive regulation of cellular metabolic process
GO:0043405	P	regulation of MAP kinase activity
GO:0043484	P	regulation of RNA splicing
GO:0044822	F	poly(A) RNA binding
GO:0046777	P	protein autophosphorylation
GO:0048366	P	leaf development
GO:0048523	P	negative regulation of cellular process
GO:0070816	P	phosphorylation of RNA polymerase II C-terminal domain

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
K08819	CDK12_13; cyclin-dependent kinase 12/13	EC:2.7.11.22 2.7.11.23	-	-

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network