result

Gene information

Detail information of AfisC2G02402

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC2G02402	chr2	360335042	360346701	-

Sequences

CDS

Protein

Gene

>AfisC2G02402
ATGGGATGCGTCCAAGGAAAGGCAAACCCGCCGAAGGCGCAGAAGTCAGTGTCAGCAACCAAACAGCCGAGCGACGGCGACGTTGCATCGAGCCGGAGATCCCAGCTTCCAGTGACGGAAAGTTCCGTAACTGACGTTGCGGCGGAGGTGGTTGCGGCGGAGGTGGTTGCGGATGAGAAGGAGAAGGAGAAGCCGAGGAGGAGGAGAACGTCGAGGCCTGGGAGCATTTCAGGGAGCAGAAGAGCGGAACAGGTGGCGGCGGGATGGCCAGCGTGGTTGTCTGCGGTTGCCGGAGAGGCGATAAACGGTTGGATCCCGCGTAGGGCTGATACTTTTGAAAAGATTGACAAGGTTCTTTCTTTGTTTGCTGAAATTTTTGTGCATTACCATGTTTTAGCTATGTTTACAAAGTTATTTTTTTTGCCATTTTAAGTATGCAAGCTGCAAAGAGGTAACTCTAAGTTTATAGAGTGTTTGGAATCTACATTTAAGTCAGCAACTTTTGCTTCTCAATATGCAAAAAAGTGACACATGATTTTCAAAGCACAGTTTTAAATGAAGTCAATGCATTTTTGTGATATTTGTAAATATAGAAAGTCAGGTTGTTTTAAATACATCCTAAATAACAAGATGTGTAGTCCGCTTTATAATCTAAAATACCAATGTATGTAATTCATTTCTAAATAAAAATCAAGTTTGTTTTAATTACATCTGAAAATATTGTGTTTCTACCTTCCAGATAGGGCAAGGAACTTATAGTAATGTTTACAAAGCAAGGGATACATTAACAGGGAAAATTGTAGCATTAAAGAAGGTCAGATTTGATAATCTGGAGCCAGAAAGTGTGAAATTCATGGCGCGGGAGATTCTCATCATTAGGCGCTTGGATCATCCAAATGTAGTGAAATTAGAAGGCTTAGTTACTTCAAGAATGTCATGCAGTTTATATTTAGTATTTGAATACATGGAGCATGATCTTGCTGGTCTTGCAGCTAGCCCAGAAATCAAGTTTACTGAGCCCCAGGTGCGTCTCAGTATTTGCTGAATAAAAACACCTTTAATTTTCATTTTGATACAAAAAAAGGGTTACATATAAGTGCATGTAAGCAGCTTGAGAAGCATGTTACTTGTCAATAGTGTTTATGTGTCCACATCAATATATTTCCTGCACTCCACTACGTCTACTCTAAAAAATAAGTCTGAAGTTTTCTTAAGTAACGTCAGGGACAGGTTTAAAGCTGCAATTATTATGTTTGGGTTAAGGAAATTAAAAACTGTCCAATTGTAACTTAAGTGGCACATAAGGAACTGGTTTGCAAGTTCAATAACCCATGTCTGAAACATATTTTCTCCAGTGATTTGCAAATTATGATAATGTATTAATCTACCTTTGAACAGGTCAAGTGTTACATGCATCAGTTGTTATCTGGTCTCGAGCATTGTCATAATAATGGAGTGCTGCATAGGGACATAAAGGGATCTAACCTTCTATTAGATAATAGTGGTATGCTTAAGATTGCTGACTTCGGCTTAGCAACATTCTTTGATCCTAATCATAAGCAACCAATGACTAGTCGGGTAGTTACACTCTGGTATCGACCCCCCGAACTATTACTAGGTGCCACTGATTATGGTCCCAGTATTGATCTTTGGAGTGCTGGGTGTATATTAGCAGAACTTTTGGCAGGGAAACCTATTATGCCTGGTCGAACCGAGGTGATTATGTTCCTGCCTGTCTATTATTGCACCTTTCCTACTTTGAAATTGTTTGCTTGTTTTTGCCCCATTCCTCTTGTTTCATCTCCAAGTCCTTATTAATTGCATTGCTTAAGTGCAACAGAATATCACAATCAGATTATATCACAGTGGCATTATGTAGTTGTAATACTGACTGCAGATGGATCATCAAAGGATATACGATAGCATCTGGGAATTATACTTTTTGAAGGATTAGACCATTTATTTAATCCGAAACAGTTTCACACAAATTAAGCTAAGGCGAGTGGAAAAACTAACTGAGACTTAAGAGGCAAAAATTAGCAACGAAGGGAAAATAAAAAAATCAAGTTCCAACATCCTTAATTTTTTTGATGCCATTGACCAATTACAGTGTAAATTAACTAAAAAAATGATTACCCCTTATCAATTTTGAGAAGATATTTTTGATAGTCCCTTTGTCTAAATCGATTGATGGTCTTATTGATAATTGCCAGATAAATACGGCTAAAGAAACAAAACCTTAGATGCAGGCTTGATGGAGTCATAGAGACGTTAAATTATGGAGGTTTCCGTGGTTATATTGTTTTATTGTCTTTCTTTACATCATAAAGTTTATCCTTTACTTTTTTATGGATAAGAAAAAGCATTCAGAGAAAATAAGCTATGATTTCTTTTTCCTAAGATAATACTGTTGATTGACTTGAATTTAGACTCAAATGTTTAATATGATGGATCATTTTTGTTATTAATAATTTTGTTTAATTGTTTGGTAAACAACTGACCTTTGCTCTACTGATATCTTTAGAACTTGACCTGTGGATACTCTAGGTTATATTTTGGAAGGCTCGCTTGTGTAGTTGAACCCACTGGGAGTCGTCCATTTAAGTAGTTCCTGCAAACCAACAGTTTTTTCTGCAGGGTTTCAGCACCCATCTTTAGAGGGTTGGGACTTCATTTGTTTACCTTAATAATCACATAAATGTGTAGGGTAAAAAGTTGTCAAGGCAAAAAAGCCTCAGAAAGCCCTAGGCTGACGCCTAGCGCTTTTTTGCGCCTATGGCTTTTTTGGGCGTCTTGAGCATCGTTTTTTCTGATTTCAGCAAAAAAAGAAATCACTGCACTTCAATTTCTCCTCTGCGATTTCTATTTCTAGCCATGATAGAAGAAGAATCCCCATCATTAGCATTAGAATGTACCCATGGCCTGGAAAGAAAAAACGGAAAGGTGAGTATTAATTCAATTATAATTTAAAATGACTATAAGTTAAATCAATTTAAAACTTTGAATAAATTCATTTCACTTTGATTATTACTCGTTAAATTCATTTTAAAATTTAAACTTAAAACTTTAAATTCAATAAAAAAATATAACTTAAAACTTTAAACTTAAAATCAACTTAAAATTAAAACTTAAAACTTCAAATTCAATTTAAAAATTTAACTTTAAACTTTAAAACTTTGGATTTTAAACTTAAAATCAATTTAAAATTAAAACTTTAAACTTTACATTCAATTTAAAATTTTAACCTACAACTTTAAACTTAAAAATTGAAATTCAATTTAAAACCAAAACTTAAAACTTTGGACTTTAAAAACAAACTTTAATTTTAAACTAAAACTTAAAACTGTAAATTCAATTTAAAATTAAAACTTTAAACACTGTAAACTTTTAACTTAAAACTTAAATTTAATCTAAACTAAACTATAAAGTTACAAATTTAACTAAACTAAACTTACTTTAAAATAATTTTATGTTAAAACTAAACTAAATAAATTTTAGACTTTATAATCTAAATTTAAACTTTAAACTAAACTAAACTTAAAACTAAATTAAACTTTAAATTTAAATTATAGACTTAAATTTAAACCAAACTAAAATTTGAAACTTTAAACTAAACTTTAAGCTAACTTAAATTTAAAACATAAATCATTTTGTAACTTTATATTTCATATTTCAGACTCGGAGTTAAAAAGAAAAGAAAAACATACCTCGACTAGAGATTGATCTGGAAGTCGTCATTCGACAGAGGTGAAGGCAGCAGGCTGGGCAGGGTCGTCGATCAGCGGCAGGGGATCTTGGTCGGGCGACAACGGCGACGGTGGCAGAACACTGGTTGAGATCGAGATTTATTTTTATGCTATCGAGAAATTGATGCCATAATTTGTTCGACAATGCCAAAATATGCCACAGTCGGTCTCGATTATGGGCTGAAGGCCTAAATTTTCAACGAACAACTAAGTGCGTTTCTAACGACGTCTCGATGTTTTGGCACTTCAGCTCTTGAAGCGCTTTTTCACCGCCTTGCACATCGCCGGCACCTGGACTTTTTGGCGCCTAGGCGAGCGCTTTAATAATACAGGTAGGGTACATCTGAGAGTTTCTTTTCACCCCCTAAATTCAACACTTGTCCGATAACAATTGCATTTTATTTCTATTTTACAACTATAACAACATAAACATATAGTATGCTTTTATAGAAGAAAATATCCATGAAGAAGACACATGATACATATATAACGGTTTCAACACCCAGTACATCTGTACATGTAGTCCAATAACCCCTTGTTTTCACATTTTTGACCTTCTTTAGGTTCGTTGTTCTTTAATTTTCATTACAAAATCATTGTTCTCATATATACATCAATCGTCAATTGACTTTGTGTAACTTCGTTAACCTTGCTCCAACTTCACACATTGAAGCTCAGGACATTCCCAACCGTTGATGTGCACCAATGGAAGCAAGCCTGATGTGATGAGGTTTGCTTTTGCCATGCTCCCCATACTGGTGGAAGCACTGCAAAATAGTAACACTAGTTGCCTGAACTTTTTATGTTCAGGTAACTCCTCAAATGAAACTTCACAATGTTTTGTGATCACAAATAATTCATATAATTATTCTTATCAAATGTCTGGTGGTACATATCATAGTTGTGAAAGGCTCACCATGATGCATGATGCGACATGCGCCTTTTGTTTATAAGACGCGACAAATGTGAAAGTGCGCATTAAGTGGCGCAAATGCACAAAATGCACACGTTGGCACACGGTGCTAAAACCCTTTCTTATTTATTTTTGACTTTTTTTTCTTTTGATTCTGTTTTTGTTCTTTTTCCGTGATCCAAAACATGAAAATTGTTCTCTTTATATAACCGCGTTTCCAAAAAAAAATTGTTCCTTTTTGCATGCTTTAGGTGACAAAATTATTGAATTATCTACGCTTGAAGCCTAAGTCATCTAATAATTTGGCAATTGTGATCATTAGGCTTGCTCATTGTCTTAGT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Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	XP_020108930.1	1.9e-169	probable serine/threonine-protein kinase At1g54610
Swissprot	Q9ZVM9.1	5.8e-155	Probable serine/threonine-protein kinase At1g54610
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Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT1G54610.1	77.06	9e-161	563		Protein kinase superfamily protein

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	e-value	bit score
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Ortholog group

Species	Genes
-	-

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF00069.22	Pkinase	Domain	112	394	234.1	1.6e-69

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0005886	C	plasma membrane
GO:0000380	P	alternative mRNA splicing, via spliceosome
GO:0002944	C	cyclin K-CDK12 complex
GO:0002945	C	cyclin K-CDK13 complex
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GO:0005829	C	cytosol
GO:0004693	F	cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity
GO:0005524	F	ATP binding
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GO:0005703	C	polytene chromosome puff
GO:0005730	C	nucleolus
GO:0005794	C	Golgi apparatus
GO:0006909	P	phagocytosis
GO:0007088	P	regulation of mitotic nuclear division
GO:0008284	P	positive regulation of cell proliferation
GO:0008353	F	RNA polymerase II carboxy-terminal domain kinase activity
GO:0016607	C	nuclear speck
GO:0019908	C	nuclear cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex
GO:0022008	P	neurogenesis
GO:0030097	P	hemopoiesis
GO:0030332	F	cyclin binding
GO:0040018	P	positive regulation of multicellular organism growth
GO:0043405	P	regulation of MAP kinase activity
GO:0043484	P	regulation of RNA splicing
GO:0044822	F	poly(A) RNA binding
GO:0046579	P	positive regulation of Ras protein signal transduction
GO:0046777	P	protein autophosphorylation
GO:0048366	P	leaf development
GO:0070374	P	positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade
GO:0070816	P	phosphorylation of RNA polymerase II C-terminal domain
GO:0090277	P	positive regulation of peptide hormone secretion

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
K08819	CDK12_13; cyclin-dependent kinase 12/13	EC:2.7.11.22 2.7.11.23	-	-

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network