result

Gene information

Detail information of AfisC2G02469

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC2G02469	chr2	374835612	374846481	+

Sequences

CDS

>AfisC2G02469
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Protein

Gene

>AfisC2G02469
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TAATTTATTCGACCTCTTTGTTGTGATATTCATGTTTATACCCATACCATGTATTTTTGCTGGGGTTTAGCTTGGTTGTATTTCTGTATCAGTTCTGTCGCAAATGACTACCTCCAAAGGTTTAAAAACTTGTGACGAAAGATAAAAATGTTATCTTTTGAATCATTCGAGTTAGCAAATTTTAACTCTTTCCCTTGCAGCTACAACTGAGTAATAACGTATCACCTTAAAATCAATAGAGCCTTTGATATGAAGACCTATTTTGGAAGAGAAATATATGGGTGTATGTTCGTTGATCTGTATAGTTTATTTTCATGTATGCAATAATATTAACAGTGAAGTGAAATCCATTTTCCAGGTTCGCTATTACAGCAGGAAAAAACTTGCAGAGCAGCGACCTCGCGTGCGGGGACAGTTTGTTAGACAACCTTCTGCCCCAGAATCAAAAGGCCGAGGAGGTGATAGTTGACAATCAATATTTAGGCGGTTGATACTTAATGAACATATATGTTCTGTTAACTTTAGGATATCTAAAATTCTTGGAGCAAGGAAGCTCATTGTTATTACTGGATTGCGAGAATCATTTACTTTCACGTACTTAAGCATTTTTAATTTACATGGTCTGTTGCATAAACTTGTTAATGACTACTTTGTGTGTACGATTTTCTGCATAAAATATTGTTCATCATTGGCGTCTAATAGAAATAAATTCATATCATTTTCTTCGCCTTGGGTTTCAGGTTTTATTTGATCTTTGACTCCATCTATCCACTCTGTAATTACAGTACTTGCTTATCGTCTCTACTTTGTTTATGATATTTTATTCAGTTATTTCACTTGTAAGAACTGTCAAAATATATGCAATAAAAA

Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	XP_020271482.1	4.8e-165	two-component response regulator-like PRR73
Swissprot	Q0D3B6.1	1.8e-124	Pseudo-response regulator 37
trEMBL	A0A5P1E993	3.5e-165	Response regulatory domain-containing protein

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT5G02810.1	40.25	7e-110	395	APRR7;PRR7	pseudo-response regulator 7

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	e-value	bit score
AfisC2G02469	AT5G02810.1	728	325	19	38	707	39	714	40.25	7e-110	395
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AfisC2G02469	AT5G60100.3	54	11	1	651	704	433	484	75.93	1e-16	85.5

Ortholog group

Species	Genes
Allium cepa	g273645.t1
Allium fistulosum	AfisC2G02469
Allium sativum
Arabidopsis thaliana	AT5G02810.1
Oryza sativa	LOC_Os03g17570.1; LOC_Os03g17570.2; LOC_Os03g17570.3; LOC_Os03g17570.4; LOC_Os03g17570.5; LOC_Os03g17570.6; LOC_Os07g49460.1; LOC_Os07g49460.2; LOC_Os07g49460.3; LOC_Os07g49460.4

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF00072.21	Response_reg	Domain	89	200	77.9	5.5e-22
PF06203.11	CCT	Motif	662	704	57.5	9e-16

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0000160	P	phosphorelay signal transduction system
GO:0005515	F	protein binding
GO:0003700	F	transcription factor activity, sequence-specific DNA binding
GO:0005739	C	mitochondrion
GO:0005829	C	cytosol
GO:0005634	C	nucleus
GO:0009266	P	response to temperature stimulus
GO:0009414	P	response to water deprivation
GO:0010017	P	red or far-red light signaling pathway
GO:0010031	P	circumnutation
GO:0010082	P	regulation of root meristem growth
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GO:0044212	F	transcription regulatory region DNA binding
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GO:0031537	P	regulation of anthocyanin metabolic process
GO:0032091	P	negative regulation of protein binding
GO:0042752	P	regulation of circadian rhythm
GO:0043565	F	sequence-specific DNA binding
GO:0048367	P	shoot system development
GO:0080022	P	primary root development
GO:0080036	P	regulation of cytokinin-activated signaling pathway
GO:0080113	P	regulation of seed growth

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
K12129	PRR7; pseudo-response regulator 7	EC:-	Circadian rhythm - plant	ko04712

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network