result

Gene information

Detail information of AfisC2G04053

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC2G04053	chr2	657244580	657263550	+

Sequences

CDS

>AfisC2G04053
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Protein

Gene

>AfisC2G04053
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Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	ONK67071.1	4.2e-75	uncharacterized protein A4U43_C06F15360
Swissprot	Q9S7G7.1	7.0e-67	Plant c-MYB-like protein 1
trEMBL	A0A5P1ER80	3.0e-75	Transcription factor MYB3R-1

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT5G11510.1	63.22	3e-69	259	AtMYB3R4;MYB3R-4	myb domain protein 3r-4

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	e-value	bit score
AfisC2G04053	AT5G11510.1	174	60	1	5	174	28	201	63.22	3e-69	259
AfisC2G04053	AT5G11510.2	174	60	1	5	174	28	201	63.22	6e-69	259
AfisC2G04053	AT4G32730.2	212	75	3	8	210	41	250	59.43	2e-68	256

Ortholog group

Species	Genes
Allium cepa	g117146.t1
Allium fistulosum	AfisC2G04053
Allium sativum
Arabidopsis thaliana
Oryza sativa

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF00249.28	Myb_DNA-binding	Domain	10	48	38.2	1.1e-09
PF00249.28	Myb_DNA-binding	Domain	54	100	65.4	3.3e-18
PF00249.28	Myb_DNA-binding	Domain	106	149	51.7	6.6e-14

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0000122	P	negative regulation of transcription from RNA polymerase II promoter
GO:0005515	F	protein binding
GO:0000978	F	RNA polymerase II core promoter proximal region sequence-specific DNA binding
GO:0001077	F	transcriptional activator activity, RNA polymerase II core promoter proximal region sequence-specific binding
GO:0001135	F	transcription factor activity, RNA polymerase II transcription factor recruiting
GO:0003713	F	transcription coactivator activity
GO:0005654	C	nucleoplasm
GO:0006338	P	chromatin remodeling
GO:0009723	P	response to ethylene
GO:0009733	P	response to auxin
GO:0009751	P	response to salicylic acid
GO:0009753	P	response to jasmonic acid
GO:0016363	C	nuclear matrix
GO:0031523	C	Myb complex
GO:0032465	P	regulation of cytokinesis
GO:0032875	P	regulation of DNA endoreduplication
GO:0042752	P	regulation of circadian rhythm
GO:0043525	P	positive regulation of neuron apoptotic process
GO:0045624	P	positive regulation of T-helper cell differentiation
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GO:0051571	P	positive regulation of histone H3-K4 methylation
GO:0051574	P	positive regulation of histone H3-K9 methylation
GO:0090307	P	mitotic spindle assembly

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
K09422	MYBP; transcription factor MYB, plant	EC:-	-	-

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network