result

Gene information

Detail information of AfisC2G05312

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC2G05312	chr2	878768610	878784824	+

Sequences

CDS

>AfisC2G05312
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Protein

Gene

>AfisC2G05312
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>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	bit score
AfisC2G05312	AT2G32700.6	800	272	11	1	795	1	785	63.50	986
AfisC2G05312	AT2G32700.2	802	272	12	1	795	1	787	63.34	981
AfisC2G05312	AT2G32700.1	802	272	12	1	795	1	787	63.34	981

Ortholog group

Species	Genes
Allium cepa	g29410.t1
Allium fistulosum	AfisC2G05312
Allium sativum	Asa5G01638.1
Arabidopsis thaliana	AT2G32700.1; AT2G32700.2; AT2G32700.3; AT2G32700.4; AT2G32700.5; AT2G32700.6; AT2G32700.7
Oryza sativa	LOC_Os02g56880.1; LOC_Os04g43130.1

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF08513.8	LisH	Domain	10	35	30.8	1.8e-07
PF00400.29	WD40	Repeat	517	546	16.1	0.015
PF00400.29	WD40	Repeat	557	588	20.2	0.00072
PF00400.29	WD40	Repeat	595	632	29.8	6.8e-07
PF00400.29	WD40	Repeat	678	712	18.1	0.0032
PF00400.29	WD40	Repeat	759	795	16.1	0.014

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0005515	F	protein binding
GO:0001666	P	response to hypoxia
GO:0003713	F	transcription coactivator activity
GO:0005634	C	nucleus
GO:0006974	P	cellular response to DNA damage stimulus
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GO:0009611	P	response to wounding
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GO:0009624	P	response to nematode
GO:0009733	P	response to auxin
GO:0009793	P	embryo development ending in seed dormancy
GO:0009827	P	plant-type cell wall modification
GO:0009909	P	regulation of flower development
GO:0009944	P	polarity specification of adaxial/abaxial axis
GO:0010073	P	meristem maintenance
GO:0010272	P	response to silver ion
GO:0045893	P	positive regulation of transcription, DNA-templated
GO:0045892	P	negative regulation of transcription, DNA-templated
GO:0044763	P	single-organism cellular process
GO:0045995	P	regulation of embryonic development
GO:0046898	P	response to cycloheximide
GO:0048358	P	mucilage pectin biosynthetic process
GO:0048359	P	mucilage metabolic process involved in seed coat development
GO:0071217	P	cellular response to external biotic stimulus
GO:0080001	P	mucilage extrusion from seed coat
GO:1901001	P	negative regulation of response to salt stress
GO:1902074	P	response to salt
GO:1902183	P	regulation of shoot apical meristem development
GO:2000024	P	regulation of leaf development

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
-	-	-	-	-

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network