result

Gene information

Detail information of AfisC2G06980

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC2G06980	chr2	1120045144	1120058739	+

Sequences

CDS

>AfisC2G06980
ATGACCGCAGCCGCCTCCGCCACTTACAAAAAGCCTAACCCAGGCCGCGGGGGTGTCTCCGCTGTAACAGCAACCATCTCCGCCGAAGAAGCGCGCGTCCGCGCCATCGCGGAAATCGTCGCTGCCATGTCAGATCAGTCTCGCCGCGGCATCGACGTCGACCTTAACGCCCTTAAATCTGCCGCCTGTCGCAAGTACGGGCTTTCCCGCGCGCCTAAGCTCGTTGAGATGATTGCTGCCGTGCCGGAATCGGACCGAGATATCTTGTTGCCAAAACTAAAAGCGAAACCAGTGCGGACGGCTTCAGGTATCGCAGTTGTGGCAGTCATGTCTAAGCCACATAGGTGCCCACATATTGCAACGACTGGGAATATCTGCGTGTATTGTCCCGGTGGTCCAGATTCTGATTTTGAGTATAGTACTCAGAGTTATACTGGTTACGAACCTACTAGTATGCGGGCAATTCGAGCTAGATACAATCCTTATGTTCAAGCTAGAAGTCGAATTGACCAATTGAAAAGGCTTGGCCACAGCGTGGATAAGGTTGAATATATATTGATGGGAGGGACTTTCATGTCTTTGCCTGCTGATTATCGTGATTTTTTCATTAGAAATCTCCATGATGCTTTGTCTGGCCATACTTCTGCAAATGTTGAAGAAGCTGTCTCGTATTCAGAGCATGGTGCAACCAAATGTATTGGCATGACAATAGAAACGAGACCCGATTACTGTCTAGGTCCTCATTTGCGCCAAATGTTATCTTATGGTTGTACGCGATTGGAGATTGGAGTACAAAGCACGTATGAAGATGTTGCTCGTGACACAAATAGAGGTCATACAGTAGCTGCTGTAGCTGATTGTTTTTGTTTAGCAAAGGATGCTGGTTTCAAGGTAGTTGCACATATGATGCCTGACCTTCCAAATGTTGGTATTGAGAGAGACTTGGAAAGTTTTCGAGAATTCTTTGAGAACCCAGCTTTCAGGGCAGATGGTCTTAAAATTTACCCAACACTAGTAATTCGTGGGACCGGACTATACGAGCTTTGGAAGACTGGCAGATACAAAAATTATCCACCAGAACTTCTTGTGGACGTTGTTGCTAGAATTCTATCAATGGTGCCACCGTGGACTCGAGTTTATAGAGTGCAGAGGGATATTCCAATGCCCTTAGTTACATCGGGAGTTGAGAAAGGAAATCTTCGCGAACTTGCTTTAGCTCGTATGGAAGATTTAGGCCTAAAATGCCGCGATGTTCGAACACGCGAAGCTGGAATACAGGACATTCATCATAAAATTAGGCCAGAAGAAGTACAGCTAGTTAGGCGTGATTATGCAGCAAATGAAGGATGGGAAACTTTTTTGTCATACGAAGATACACGTCAGGATATTCTTGTGGGATTACTGAGATTGCGCAAATGTGGACACAACACAACATGTCCTGAGTTAAAGGGCAGGTGCTCAATTGTAAGGGAACTTCACGTATATGGAACCGCAGTTCCGGTACATGGACGTGATGCTGACAAGTTGCAACATCAGGGCTATGGGACACTGCTGATGGAAGAGGCCGAGAGAATCGCTCAAAGGGAGCACCGGTCCACGAAGTTGGCTGTTATTTCCGGAGTTGGAACTCGGCACTATTATAGAAAATTAGGGTACGAGCTTGAAGGTCCGTACATGGTTAAATATCTGTAA

Protein

Gene

>AfisC2G06980
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Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	XP_010930028.1	0.0e+00	elongator complex protein 3 isoform X1
Swissprot	Q7X7L3.2	6.9e-305	tRNA uridine(34) acetyltransferase
trEMBL	A0A6I9RNT9	0.0e+00	Elongator complex protein 3

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT5G50320.1	89.17	0.0	1046	AtELP3;EAST1;ELO3;ELP3;HAC8;HAG3	radical SAM domain-containing protein / GCN5-related N-acetyltransferase (GNAT) family protein

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	e-value	bit score
AfisC2G06980	AT5G50320.1	554	58	1	10	563	13	564	89.17	0.0	1046

Ortholog group

Species	Genes
Allium cepa	g444744.t1
Allium fistulosum	AfisC2G06980
Allium sativum	Asa6G04192.1
Arabidopsis thaliana	AT5G50320.1
Oryza sativa	LOC_Os04g40840.1

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF04055.18	Radical_SAM	Domain	124	318	60.9	1.7e-16
PF16199.2	Radical_SAM_C	Family	330	409	108.5	1.2e-31
PF00583.22	Acetyltransf_1	Family	507	553	26.3	5.9e-06

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0000123	C	histone acetyltransferase complex
GO:0000993	F	RNA polymerase II core binding
GO:0001764	P	neuron migration
GO:0002098	P	tRNA wobble uridine modification
GO:0002168	P	instar larval development
GO:0005829	C	cytosol
GO:0046872	F	metal ion binding
GO:0005719	C	nuclear euchromatin
GO:0005730	C	nucleolus
GO:0006357	P	regulation of transcription from RNA polymerase II promoter
GO:0006368	P	transcription elongation from RNA polymerase II promoter
GO:0007417	P	central nervous system development
GO:0007626	P	locomotory behavior
GO:0008023	C	transcription elongation factor complex
GO:0008283	P	cell proliferation
GO:0008607	F	phosphorylase kinase regulator activity
GO:0009294	P	DNA mediated transformation
GO:0010484	F	H3 histone acetyltransferase activity
GO:0010485	F	H4 histone acetyltransferase activity
GO:0010928	P	regulation of auxin mediated signaling pathway
GO:0015031	P	protein transport
GO:0019233	P	sensory perception of pain
GO:0030097	P	hemopoiesis
GO:0030335	P	positive regulation of cell migration
GO:0030431	P	sleep
GO:0033588	C	Elongator holoenzyme complex
GO:0035265	P	organ growth
GO:0043966	P	histone H3 acetylation
GO:0043967	P	histone H4 acetylation
GO:0045202	C	synapse
GO:0045859	P	regulation of protein kinase activity
GO:0048789	P	cytoskeletal matrix organization at active zone
GO:0051124	P	synaptic growth at neuromuscular junction
GO:0051536	F	iron-sulfur cluster binding
GO:2000025	P	regulation of leaf formation
GO:2000289	P	regulation of photoreceptor cell axon guidance
GO:0090708

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
K07739	ELP3, KAT9; elongator complex protein 3	EC:2.3.1.48	-	-

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network