result

Gene information

Detail information of AfisC2G06984

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC2G06984	chr2	1120868794	1120881314	-

Sequences

CDS

Protein

Gene

>AfisC2G06984
TTATTTAGTGTTTAAAAGACAAACGATAGATTATGAATAAGCTTTTGCTTAGATCTGCGCTGCCTGGCATTCACAGTTAGCTGCCAACCACGGAGAATTTGTAAGAAGTTCGAGGTTGATTAGGCAGGCCACTGCTTCCACGTGCAATTTTGGATTATTTCTGGAACTAAGAATGAGGTAATGCTGGTTCCAAACTCATAGACTGAAAAATAGCTGTATGTTTAGTTATTGTTTATATTAAGCAAGTCCTTAAGCCACTATCGTATGTAATAGAAGGTCTATTTTAGTTACTATCAGCGATGGAGTTTCAAGGAATAATTGTTACTATACAGTGATGGGTCTATGCTAATACTGTAGAAAACAGAGAACAAGAAGGAGGAGAAGAGCAAGAAGAAGTAGAAGAAATAAGAAGAGAAAATAATTTTTCCAGCCTGCCAAATACTGTTCCATTAATTCACTTATATAAGCATTTACATAACCGTTTGTAAACATGTCAGGACAGCTGGTCCAATAGGAAATAAAAGCAGGTAACCAATTTGCAACAATTTACTGATAATGAAATAAAAAGGAAAAAGTGATAACAGAATTCTTTCCATGCTATTGCTATGCTTTGCTGTCTCTATATTGTTAGATCTGTGCAGAATTAGTCCATGTATCGGGCTGGCCTGTGAGGAGTACGTTTGGGTCGAGCTGTGACACCTGAAGCTGTATCATACAGCAGGAAGTATGCTAAATTGGTAACAATAATGTGATACTCTGGCAAATTAATTGATTTGGATTACTTCAAAAATATTGGTATTTTGGATGTTGCATGCTTATTGTTTCATGTTATGATATTAATAATAGTTCATGAGATCCCATGGAAAATTTATTGATTTGAATTACTTTCATGATATTGGTATTTTAGATATTGCATGCTTATTGTTTCATGTTATGATTCGAATGATAGTTCATGAGATCTCATGTCATGGATGTGGTAGTGAAATTGAATATAGCTAGATTAATTGTCATACAGATTTCTGCATGTTTTTCATTCTATTGTTTGTATATAACACACCAATATAGCAAGACTATGTCAAGAACCCCATATTATTTTGAATCTCCCTGCTTATAATGTTTGACAACTAGTCTAGCAAGAAAAGAAGGCAAGTTTCTATGATTTCAGGTTATGCTGCTTAAAAGGAAATCTCCTATCAACAGAGTGTAAATGTATTTGTATTTTTTCATAATGTAATCCTTAAGAACCATCAAGCAATTATTAAAACAATGGAAATGTGAAAGGTCAAGGAACTTTAAAGTTCTTCGTATACCATGATGGAGGAGTTACAGGAACTACTTGTTTATATATAAGAACTAGCGTTACATATGCCACACACTTAAAGATATAAAAATCACTTGAACATAAGGGCTCTTGGCATTGTTTGATCCAATGTTAGTCCAAATGTCGATTGTTTTAAAGGAAAGTTCGTATTTACAGGTAAATTCTCTGATCCAATGTTAGAAAAAAATCATGAATCCAAAGTTTATTTTGAATTGGCAAACACTGTAATGATATCTTACGTTCACTATCAGAGTGGTTTCGATCCACATAAATATTTTCATTCTTCTCACAATGTTAGATTAAAAGAAAATTCAACTAACGCTAATTGTTTCACTAATGGTTTCTGAAGTTTTATATAATGTTTGGCTATTTGATGCCGTGCATTTATTTTACTTAGAAAACATCTTCTATTCTTTTATTTATTTATTTAGCCAACGACTCACTCTTTGCTTAACATCTTAAGCGTTGGGACACAAGTTGGTGACATAATGGATCTTAACCATTGGATTGTCCCCTGATTTCAATCCTAAATGTAAACACGATGGTATCCAATTGTCAAGATATATCGTGTCACATTTGGTTTTTTTCTTTCAAATAGCCGCCTTCATGTGTGTCTATGTGATATTCTATTTGGTCACAAGTCGATGATACAATTGGTGACACAGTAGCTCCGAACCATTAAATCTCTCCTTGAATTCAACCCCTTATCTAAACACAATGAGATCCAAGAGTCAAAATCTATTGCATTAGGTTGTGTTTCTTTTTATATCTAAATAGTTGCTCCCTACACACATATATGTTTGCTAATCGCCAGGATAATTTGTTTTTGATTGTGATCATCTAAAGGTTGTTTAATATGCTTAGTTTATGTATATACAAACTAAATATTGAATTACACTAAATATGTTTTAAAATTTGAGTTTTTGCTTTAATACTAATATTTGACACGTTATTGCATTGATGTATAAACTGGAATAAAATATATTTGGAGTAAGTGAATTGAATTAGTTTTAATTTCTGTAGTTTGAATCTTTGAATTGGTTAGCACATGAAGTATTATAAGATGCATTATTGAAACTATGCATTAGTTATCTGCTTTTGTTTATGCAACAATCATCTAGTGTAAAGATACAATCAAGCGATCTTTTATATTTTGAAAGATAAAGTTGTGTTATACAAATATTTATTATCACATTTACAGATATTAAATGATGATTTTATCACTAATAAAAAGGGTCTGAGATGTTTTTTTATTTTTATTTTAAAATATTGTTTATTTGTATGAGCTTATACTTTAACGTCACATAAAGACAAATCAATGATAAAGTTTAATTTTTATAAGTTCGTAATGTAGATATTATGTTTCAAGGTTTTATTTTGCTCATTAGGTTAAAGTTGGAACTTATACCATTAACGAAATGTATGTGATGCCAAACAAAAATTGAGATTTCTAAATACTGTTCGATGGATACTTATGAATTATGAACAATTATTCGATATGTACCTGCGTATAATTAAAACGTTTCAATGTTGGGAACTACGGTTTTGATGCACAATTTGTTTTGAAATCTATTATTTGGACCGAATAGAATATGTGCTATATGAAACTAGAATGTTAATGTTCTCCACTATTTACATTGAATAATTTTTTTTTTTTGGGCAGGATGTCATTAGTAGATAACGAGGAACATGCATTGTATAGAGAATGTTGTATTCAAACCCAAATGATTATTCAAAGCGCAATTGCCTGTATTCCAACCCGAATGTTTTGAAATCTATTATTTGGATCGAATCTTACAGATTCCAACCCGGATCAATTAAAAACGAAGAACATGATTGCTTGTATTCAAAACGCGACTTAGCCTCTGTTTGTTTTTAACCAAAAGTTCCGAAACCAACTTCTGATTTTTTTTGTTCTGAATGCTGAATAATGCTGAATGCAAACAAATAACTAAGTGATTATTCAAAATTCAGCCATCATCAGTCAGATTTCATAATTCAGCAATCAGAATTCAGTGTACGGACCCTTAGTTTGCAAGATATAAAAAGATAATTCTTTTCAAATTGGAAATTCATTGATAAATTGTGCAAATCAAAACATCAAATCGATCTCGAATCAAGAATGACAACTCTAGAAAAGTGAACGAATGTATAGAAGGAATTGATCAGAAGTTTGCAGCATAAaAAAAAAACGCTGATTAAATTTCAAAAAAAAAAAAGAAGGGAAAAAGCAAAAAAAAGGCAGAAAAGAACCGTGCTTGGAGCAAGAATAGAGGTATGTTTTTCCCAATACAGCTCTCTCTCTTGCTCCTTGAAGCTCTTACGAGAGCAAATGATTTGGTTTTATTAGCTAAATAGCTACAATAATCTTGTGCTAGTAGCTACAGTAGTAAATCTGCTTAACTATTATTTTCTTTTTCCAGAAACCTTTGATTTTTTTTGTTCTATTGAATATCGATAAGAACGGTAGCTAGATAATTGGTTATTGCTTAAGTTATATGCTAGCTACAATCATCTATTTTAGCTCTTTTGTTATTATATTTGTTTCTATACTTTTTTTTTGGGTAATAATGTTAGCCACTGTATTTTTGTTGTTGTTTGAAGATTCCTACATAAACATTGAATTCCATTTTTCGTCAAATGATGAAAATCTGTCCTAGCTCTCAATCAAACTTCATCAATCGCCACGAACAGTCGCTTTAAAGTCGTGGTAGCTAATGTGCACTTACTAGAAAACATTCAAGACAGGGGCTTCAATTAATGTACTGGGGAGTAAGGGGAACCTTATCAGTAGGGGACCGAAGGCCAGTTCATTGATTGGGCGACATGGGAGGTGATTTTGTTACTGTGGGAATCGACATCTCCTGTTGGTCGCCTCTTTCGAGCTATAAGTAAATTAGGCAACGTGCGTAGTTGAGGATTCAGGGTATTTATAGCGATTCACGCTTTGGATTCCGTTTCGATTCAACATTTAAACTTTATGATCCACAATTTGAATGCCATATTGAAATCATTGCTTATGCGGTATAACTGGATCGAGACTATTCAGATTTTAGTGGGAGTGGTCTCTTATTTCATATGTATATAGATTTCTCAAACTAAAAGTAAATTTAACCGGTTTTGAAGTAGGTTTGAATAAATAAATGAATTATTAAAGTATCTTAAGTTAATGTTTACTACTATGTATTTTGACTTCAAGAAAAGTTAATGTTGGTTTGAATGTCATGTTACACTTATTTCATTATGTATATACTACCGAGCGTAATTTAAAAAAAATTATACATATTCTTCATATGGTTAAAGTAGATTATCATATATCAAAATCATAACTTATAGATAGCAGTTAAGTAAAGATATTACAATTGCGAGTAACTGTAGCATTTTGGACCATTACCGTGTATGTGATTTCTTTTTTGTCACATGGTCGTAAAACATTTGTGACATCAATATTGCGTTTGATTTGCACGAACAATTTCTTTGACTCTCATGGAAGCAATTGGTTTGTAATCAATGGGGTAAGATGACCAAAAGCAAACATTAAAGTATAAAACTCTTACGCCTTATTATAAAGAAATGACTAGATATATTGTGCTAATGATCTCTACAGCATCGCCGCACATGAGGCTGTGAATTTATAAGTGAAATTAGGTATTAGTCAATTTCAATAAAGTGTGTTGTC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Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	KAF3785082.1	1.8e-35	ODO1 protein
Swissprot	P81394.1	8.0e-33	Myb-related protein 315
trEMBL	A0A4S8JWW1	9.1e-34	Myb-related protein Myb4-like

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT5G14340.1	52.99	6e-33	137	AtMYB40;MYB40	myb domain protein 40

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	e-value	bit score
AfisC2G06984	AT5G26660.1	159	76	2	29	180	43	200	47.17	3e-33	137
AfisC2G06984	AT5G14340.1	134	58	3	29	159	43	174	52.99	6e-33	137
AfisC2G06984	AT5G16600.1	146	50	2	29	153	43	188	51.37	2e-32	135

Ortholog group

Species	Genes
-	-

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF00249.28	Myb_DNA-binding	Domain	53	96	57.1	1.3e-15

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0005515	F	protein binding
GO:0000981	F	RNA polymerase II transcription factor activity, sequence-specific DNA binding
GO:0001135	F	transcription factor activity, RNA polymerase II transcription factor recruiting
GO:0001944	P	vasculature development
GO:0003682	F	chromatin binding
GO:0016020	C	membrane
GO:0005634	C	nucleus
GO:0006357	P	regulation of transcription from RNA polymerase II promoter
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GO:0009753	P	response to jasmonic acid
GO:0009800	P	cinnamic acid biosynthetic process
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GO:0010091	P	trichome branching
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GO:0010214	P	seed coat development
GO:0044212	F	transcription regulatory region DNA binding
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GO:0046686	P	response to cadmium ion
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GO:0048364	P	root development
GO:0048658	P	anther wall tapetum development
GO:2000652	P	regulation of secondary cell wall biogenesis

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
K09422	MYBP; transcription factor MYB, plant	EC:-	-	-

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network