result

Gene information

Detail information of AfisC2G08147

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC2G08147	chr2	1336322940	1336328260	+

Sequences

CDS

>AfisC2G08147
ATGGCAACGATGGTATTCATCCAAATCTTATGTTCGTTGCTTCTCAGTTGTTTCAGCTCGTCTGTTTTCGCCATAACAGATGCAAATGATTTTAAAATATTAAACGAATTCAGAGAAGGACTAAAGAATCCAGAATTGTTAAAATGGCCTTCAAATAATACTGATCCATGTGGTCCTCCTTTGTGGCCTAATGTATACTGTGCAGGTTCTCGTGTAGCTCAAATTCAGGTTCAAAATTTTGGACTTATTGGTCCATTGCCTCAAAGCTTCAACAAGTTGTCTATGTTGTATAATATCGGACTACAAGGAAACAAATTTAATGGAGCACTACCCACTTTTGCCGGGCTATCAAAGTTGAAATATGCATTTCTTAATGATAATCAGTTTGATTCTATACCATCTGATTTCTTTATTGGACTTGATAGTTTGGAAGTACTTGCATTGAATAATAATCCTTTGAATAAAAGTAATGGATGGATGCTACCTAAAGATATTCAAAATTCAGTTAGGCTCATGAATCTGTCTCTAATAAACTGTAATATGGTTGGCCGACTACCTGATTTCTTAGGAGGAATGCTATCGTTGAGAACTCTCCAACTTTCCTACAATAGTCTTACAGGTGAAGTGCCAAAAAGTTATTCGAATTTGATACTACTACAAACTCTTTGGCTAAACAATCAAGCAGGAGATGGGCTTAGTGGAAGCCTTGATGTTATTGCATCTATGAATTCATTAGTTCAGGCTTGGCTGCATGGAAATTCTTTTAGTGGTCCGGTTCCTAGTTCTTTTGGAGGATGCACTTATTTAACAGAATTATGGCTCAATAATAACAAGCTAGTAGGCTTCATTCCCATGAATCTAATTTCATTGCCAAAGCTTAGTTTGTTAAAATTAGATAACAACATGTTCATGGGTCCGATCCCAAAAGTTAATTACAATTTCACTTATTCAGGCAATTCATTTTGTCAAGGTACACCTGGGGTTGATTGCTCGCCACATGTAAACGCTCTGTTAGATTTTATTGGTAATGTGAATTATCCTCTAAATCTTGCATCTTCATGGAGTGGTAATGATCCTTGTAATGATTGGTTAGGCATATTATGTTCTAGTGGAGATGTCATAACCATAATTTTACCAAACTTCAACTTAGTTGGCAAAATCAGCCCTTTGATTAGTAATCTTAGTTCTCTTTCCATTATTAGACTCGATAACAATGGCTTTACCGGTGTGATTCCCGAAACATTAACAAGTTTGGAAAAGCTGACATTGTTAAATGTTTCTTCAAACAATCTTGGGCCTCCTATTCCTAGATTTGGAAGAAATGTAAAACTCATTATTGATGCAAATCCACTGCTGTCTCCAAATGCTTCTATACCTCCATCGCCTAGTATTCTACCTCCTATAATCAACCCTACCCCACCTCCTGTTCCAAATTCACCTTTATATCCTCCTTTAAGTCCGCCTTCAAGTCTCCCTTCAAGTCCTCCTTCAAGTTTGCCATCAAGTCTGCCTTCAAGTTTGCCTCTAAGTCCACCTTCAGGTGCTAGTACCCCAAATGTTTCTCCTACTATTGCCAAGAATAGCCACTCTAAATCATTGATCTTGATGATTGTTATCCCAACTTTATTTGGAATTTTAATCATTTTATTAGTTATTATATCCATTTGTTGCATGAAACAAAAAAAGATAGAAGGAAGAACGAGTCAAGAGGCCCTAGTTGTATATCCTAAAGACTCCTTTAATAAGGATACTAAGATTGCGGTGTTTACTAATGATGTTTATAGTAGAATGGTGACAAGCAGTGATAGTGGGACACAAAGTGAGTCAAGAAATTCAATTGTATCGGTCGAAATCATTCGTAACATAACCAACAATTTTTCGAAAGAAAATGAAATTGGTAGAGGTGGTTTTGGTGTCGTCTATAAAGGAGAACTACATGATGGAACTAAATTTGCAGTCAAAAGAATGGAGTCTGCAAAGATAAGCAACAATGCGATGAATGAATTTGAGGCAGAAATAGCAGTTCTAACAAAAGTTAGACACAAGAACTTAGTATCATTACTAGGTTTTTCAATTGAAGGCAATGAAAAGCTACTTGTTTATGAGTACATGCCACAAGGGGCTTTAAGTAAGCATTTGTTTCATTGGAGGCAATTTAATCTAGAGCCTCTAAGTTGGAAAAAGAGATTATCTATAGCGTTAGATGTTGCCAGAGGAATGGAGTATTTACATAGTTTGACCCATGATTGTTTCATTCATAGAGATCTTAAATCTTCCAATATTTTACTTGGTGATGATCTTCGAGCAAAAGTTTCAGATTTTGGACTGGTTAAATTAGCATCAGATGGGAAAAATTCTGTGGCAACTAGACTTGCTGGGACATTTGGATACTTGGCTCCTGAATATGCTGTGACAGGAAAAATCACAACAAAAGCAGATGTCTTCAGCTTCGGGGTGGTCCTAATGGAGCTCATAACGGGTCTAACCGCTTTAGACGAGAGCAGACCCGAAACATCCCGTTATCTTGCATCATGGTTCATCGAAGAAAAATCCAACATAGAAACTCTTAAATCATCAGTAGACTCATCAATAGTGCTCACAGAGGAAACACTTGAAAGCATGCAAATAGTAGCTGAACTCGCTGGGCACTGTGCTGCAAGAGAACCATATCAAAGACCAGATATGTGTCATGTAGTCAATGTTCTATCGCCGCTTGTAGAAAAATGGACGCCATCAAAAGGAAAAGGAGATGAATGCTTAACTGTGGATTTGCAAAAGCCTTTGCTTCAATTGGTTAAGTCTTGGGAAAATTATGATAGTCAGAATGTTAGTCTTACGAGAGGAGTTGATGATAGTCAGGGTAGTATTCCTGTTAGACCCTCGGATTTTGGTCGGTCTTTCACTTCTTCTGATGGTCGGTAG

Protein

Gene

>AfisC2G08147
TCAAGTTCAGGGTCACCAGGTGTTTCGTTCTCAGGTACTAAATTGTTTAGAACTATTCACCATGTCCTAGAGTTCAAAATCATTGGATTAGTAATACTAGGTTTGATTGAGTTTTATGCTTTAATTTGTTCTTAATATTTTGATTTTCACGAATATTGAAATGCGTATGTTTAACTATATAGTAAACTGAATTTATGACGACATTTGTGCAGATTGTAGCCATTATACTGACCAAACCCTTTTATATTTTCTTTTTCAGTTAAGAGAGTTGGATAATGATGAAAGACTCGCAACGAGGTGATTCCATTTTACTTCAATTTCGAATTTTGAAACTAACTTTGTGAAGTACATACAAAATGGCAACGATGGTATTCATCCAAATCTTATGTTCGTTGCTTCTCAGTTGTTTCAGCTCGTCTGTTTTCGCCATAACAGATGCAAATGATTTTAAAATATTAAACGAATTCAGAGAAGGACTAAAGAATCCAGAATTGTTAAAATGGCCTTCAAATAATACTGATCCATGTGGTCCTCCTTTGTGGCCTAATGTATACTGTGCAGGTTCTCGTGTAGCTCAAATTCAGGTTCAAAATTTTGGACTTATTGGTCCATTGCCTCAAAGCTTCAACAAGTTGTCTATGTTGTATAATATCGGACTACAAGGAAACAAATTTAATGGAGCACTACCCACTTTTGCCGGGCTATCAAAGTTGAAATATGCATTTCTTAATGATAATCAGTTTGATTCTATACCATCTGATTTCTTTATTGGACTTGATAGTTTGGAAGTACTTGCATTGAATAATAATCCTTTGAATAAAAGTAATGGATGGATGCTACCTAAAGATATTCAAAATTCAGTTAGGCTCATGAATCTGTCTCTAATAAACTGTAATATGGTTGGCCGACTACCTGATTTCTTAGGAGGAATGCTATCGTTGAGAACTCTCCAACTTTCCTACAATAGTCTTACAGGTGAAGTGCCAAAAAGTTATTCGAATTTGATACTACTACAAACTCTTTGGCTAAACAATCAAGCAGGAGATGGGCTTAGTGGAAGCCTTGATGTTATTGCATCTATGAATTCATTAGTTCAGGCTTGGCTGCATGGAAATTCTTTTAGTGGTCCGGTTCCTAGTTCTTTTGGAGGATGCACTTATTTAACAGAATTATGGCTCAATAATAACAAGCTAGTAGGCTTCATTCCCATGAATCTAATTTCATTGCCAAAGCTTAGTTTGTTAAAATTAGATAACAACATGTTCATGGGTCCGATCCCAAAAGTTAATTACAATTTCACTTATTCAGGCAATTCATTTTGTCAAGGTACACCTGGGGTTGATTGCTCGCCACATGTAAACGCTCTGTTAGATTTTATTGGTAATGTGAATTATCCTCTAAATCTTGCATCTTCATGGAGTGGTAATGATCCTTGTAATGATTGGTTAGGCATATTATGTTCTAGTGGAGATGTCATAACCATAATTTTACCAAACTTCAACTTAGTTGGCAAAATCAGCCCTTTGATTAGTAATCTTAGTTCTCTTTCCATTATTAGACTCGATAACAATGGCTTTACCGGTGTGATTCCCGAAACATTAACAAGTTTGGAAAAGCTGACATTGTTAAATGTTTCTTCAAACAATCTTGGGCCTCCTATTCCTAGATTTGGAAGAAATGTAAAACTCATTATTGATGCAAATCCACTGCTGTCTCCAAATGCTTCTATACCTCCATCGCCTAGTATTCTACCTCCTATAATCAACCCTACCCCACCTCCTGTTCCAAATTCACCTTTATATCCTCCTTTAAGTCCGCCTTCAAGTCTCCCTTCAAGTCCTCCTTCAAGTTTGCCATCAAGTCTGCCTTCAAGTTTGCCTCTAAGTCCACCTTCAGGTGCTAGTACCCCAAATGTTTCTCCTACTATTGCCAAGAATAGCCACTCTAAATCATTGATCTTGATGATTGTTATCCCAACTTTATTTGGAATTTTAATCATTTTATTAGTTATTATATCCATTTGTTGCATGAAACAAAAAAAGATAGAAGGAAGAACGAGTCAAGAGGCCCTAGTTGTATATCCTAAAGACTCCTTTAATAAGGATACTAAGATTGCGGTGTTTACTAATGATGTTTATAGTAGAATGGTGACAAGCAGTGATAGTGGGACACAAAGTGAGTCAAGAAATTCAATTGTATCGGTCGAAATCATTCGTAACATAACCAACAATTTTTCGAAAGAAAATGAAATTGGTAGAGGTGGTTTTGGTGTCGTCTATAAAGGAGAACTACATGATGGAACTAAATTTGCAGTCAAAAGAATGGAGTCTGCAAAGATAAGCAACAATGCGATGAATGAATTTGAGGCAGAAATAGCAGTTCTAACAAAAGTTAGACACAAGAACTTAGTATCATTACTAGGTTTTTCAATTGAAGGCAATGAAAAGCTACTTGTTTATGAGTACATGCCACAAGGGGCTTTAAGTAAGCATTTGTTTCATTGGAGGCAATTTAATCTAGAGCCTCTAAGTTGGAAAAAGAGATTATCTATAGCGTTAGATGTTGCCAGAGGAATGGAGTATTTACATAGTTTGACCCATGATTGTTTCATTCATAGAGATCTTAAATCTTCCAATATTTTACTTGGTGATGATCTTCGAGCAAAAGTTTCAGATTTTGGACTGGTTAAATTAGCATCAGATGGGAAAAATTCTGTGGCAACTAGACTTGCTGGGACATTTGGATACTTGGCTCCTGAATATGCTGGTATGATGATTAATTATTATTATTATTTTAGTAACTTTCATTTGGCAAACCTTAATTATAAGCCAATACACCAAAAATCACTTAGCATGCATCATTTTTTTTTATAAAATTACCCATATTTTTGTCTTCCATTATCACTCATTGGTACAGAAACCATACAAATTTCTAGCATTAAAATAATTTGGAATTTAATGAAAAATTGTATATTCTTTTTCGGTTTAACTCTAATATTTTTAGTGTGAAATTGACGGGATCGGCAGTGAAGGTTGTCTCGACTAATGTTAAGGTTTTTTACTCAAAAAATGCATCAGCTTTGTAACCAAAATATATTAACTTAATCCTTTTTTTAAGGTTTTTATTTTGATGGTTAAAAAAAAGTGAACATAAGGACACATCACTGAAATCAAACTTAATACACAAAACATCCTCCTAAAAAAAATTACATCCGTGATTTTGATATTATTCTCACATCCATAATTAAAATGTGCATCCCATTAATTATAAATCTTTAAAACGCAATAACTTTTTGTAGAAACGACGGATTAACAAACCGTTTTCACCATTAAATCACAAAATTTATTATCTTTCTAACAAGTGACATTGTGCATATATAAAAACAACGGCAGAACAAGCTATTCGCGGATCCAACTCCACGCTAAGTTGGCTGAGGGTTTACAGGGGGCAGCGCGCCCCTATCCGAAGGTGGGGTTCAAGGTGGAGCCCAGGAAAAAAAATTTAAATTGATGTTTTTCAAATTTTCTGCAATTATATGGTATGATTGCAGACAATTCAGCAATTATATGCAATAATTGCTGAATTGTCTGCAATTATACGCAATAGTTGCAGACAAGTCTGCAATTATACAAAATTTATATGAAATAATTCTACCCTTACTGCAAATATGATTTTTTTTTTTTTATTAACAATGAATCTCATTTTAAAGATCATAAATTTTTTTGATTTTTTGGTGAAAACAGTATGCTGATCTGATATTTCTACAGAAAGTTATACGAAGTTTGAAATGTTAAAAACGTAAAGGGTATTTGGGTCTTTTTGCGCGCGTGAATTTGAAAACAGGAACCAGAAACTTGAACGGATGGGTGTTTTGTGTATTTGCAAACTTTATTAGGGATGTATGCCAAACGCACCCTTAAGAAAAAAATGTTTGAAATTGAACTAAAAAGAAGGATAAATCAGCTATATATATGTTGAGAAAAGAATGGTGTATATTAGCAAATTTTGGTGTTCAAATAAAATTTGTTCTTCTTTTACTGCATATAAAAGATACAATAAATATACACAGCTTAGATTAAAATAACATTTTTGCTTAACATCGTTTTTAATAGTCAAAGCAAGTCAAAACAAGATGTTTAAGAAAGTTGGATCATTTGCTCTTGTAGAATACCCGAGCAAAGAATTCTCTTAGTTATACAGACAACCACGTTTGTTACTTAAAATGCACATATTTTGCTAACTGTGTACCAAATATGGTGATCCACAATGGTAGAAGTATCGTTGCTGTCATATTCTACCAGAGCCGATGATCCAAGTCCTCTAAAAACTGCACACATTTATGTTGACAATCATTTTAGCATAATGGAAAACAAGTTGAATTCTTGTTCAATTACTCCATGGGATCCTCCATGAGCTCTTTTTTTTTTTCCCTACCTGCCACGAATTATAAAATCACACTACTAACTAATTCTTTTAATATTTAAGAAATAAAGCTTTTAGTTTACTGATGTGTCCTAGTGCATGACTGTAGTAATTCTTTCTGTAATACCATTAGCTAAGCTATCTCTGATTTGAGTAAACATGTTTATAACAGTGACAGGAAAAATCACAACAAAAGCAGATGTCTTCAGCTTCGGGGTGGTCCTAATGGAGCTCATAACGGGTCTAACCGCTTTAGACGAGAGCAGACCCGAAACATCCCGTTATCTTGCATCATGGTTCATCGAAGAAAAATCCAACATAGAAACTCTTAAATCATCAGTAGACTCATCAATAGTGCTCACAGAGGAAACACTTGAAAGCATGCAAATAGTAGCTGAACTCGCTGGGCACTGTGCTGCAAGAGAACCATATCAAAGACCAGATATGTGTCATGTAGTCAATGTTCTATCGCCGCTTGTAGAAAAATGGACGCCATCAAAAGGAAAAGGAGATGAATGCTTAACTGTGGATTTGCAAAAGCCTTTGCTTCAATTGGTTAAGTCTTGGGAAAATTATGATAGTCAGAATGTTAGTCTTACGAGAGGAGTTGATGATAGTCAGGGTAGTATTCCTGTTAGACCCTCGGATTTTGGTCGGTCTTTCACTTCTTCTGATGGTCGGTAGCTTTTTTCCTATCTGTTCTTTCGTTTTTTTATTATTTTTGTTTATCTATGCAATGTTTTTACTGTTGTGAAATGATCTTACAATTTGTGCATGCTTGCACGTGGATAAACAAATTTTGGTGCATGTTTAGTTTTATTGTATCCCTTGTTGTTACATTTGCGTTGTAGAGTATATAAGATCAAATAATATATGGACTTTCTTTTGGCTTGGTTTAA

Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	XP_020245898.1	2.2e-245	receptor protein kinase TMK1-like
Swissprot	Q9SIT1.1	2.6e-150	Transmembrane kinase 3
trEMBL	A0A5P1E4E5	1.6e-245	Protein kinase domain-containing protein

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT2G01820.1	42.27	0.0	744		Leucine-rich repeat protein kinase family protein

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	e-value	bit score
AfisC2G08147	AT2G01820.1	1003	484	22	1	973	6	943	42.27	0.0	744
AfisC2G08147	AT1G66150.1	470	192	6	526	973	473	942	54.47	2e-140	497
AfisC2G08147	AT3G23750.1	369	149	1	608	973	560	928	58.81	3e-129	459

Ortholog group

Species	Genes
Allium cepa	g192551.t1
Allium fistulosum	AfisC2G08147
Allium sativum	Asa6G01115.1
Arabidopsis thaliana
Oryza sativa

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF08263.9	LRRNT_2	Family	28	67	18.3	0.0018
PF08263.9	LRRNT_2	Family	335	369	22.5	9e-05
PF15102.3	TMEM154	Family	494	597	31.4	1.4e-07
PF07714.14	Pkinase_Tyr	Domain	628	901	164.9	1.9e-48

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0005886	C	plasma membrane
GO:0004675	F	transmembrane receptor protein serine/threonine kinase activity
GO:0040007	P	growth
GO:0009505	C	plant-type cell wall
GO:0009506	C	plasmodesma
GO:0009555	P	pollen development
GO:0009941	C	chloroplast envelope
GO:0010068	P	protoderm histogenesis
GO:0019901	F	protein kinase binding
GO:0042335	P	cuticle development
GO:0046777	P	protein autophosphorylation
GO:0048367	P	shoot system development
GO:1900459	P	positive regulation of brassinosteroid mediated signaling pathway
GO:1905393

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
K00924	E2.7.1.-; kinase	EC:2.7.1.-	-	-

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network