result

Gene information

Detail information of AfisC2G08501

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC2G08501	chr2	1399970565	1399977878	-

Sequences

CDS

>AfisC2G08501
ATGAATACCAATAGCGCTGCTAAGGATTCCATGAAAGAATCGTCTTTTCCGCAGGCTGAATCGACTGAAACTCGATTCAAAGATCTTTGCAAGTTGTTAGATTTTGATGAGAAACTCGAGAATCAAGGCTTGAGAGTGTTTAGAGAGATTAAAGCAATAATTTTGAGTGATATGTCAGCAAGTGGAAGTGGACATCCCATAGAAGTTGAAAGAATGTGGCATGCGTTTGCAGTATATTGCACGACGAAGTTAGAAAATTCAAGTAATGATGCAAGCGGGATCAAACTGTTTCAGATTTTGAAAGCTGCCAAACTGCGCACTATAGATTTTTTCAAAGAGGTGCCACAATTTTCGCTTAAGGCTGGCAACATACTGCATAACCTGTATAACCCTGATTGGGAAACAAAGCTTGAGTTGAAGGAGCTTAAAGCAAGTGTCACTCAGTTATATCATCTTAGTAGGTTTTACAAGCAGGCATATCAAGAGTTCTTTCTGGCAAGTGACACAGTCAATAACAGTTCTGCATCATCTACCAATACTCATTATATCTCACAGTATCACCGATTTGGTTGGATGATATTCTTGGCACTTCGTGTCCATTCATTAAACCGCTTTAGAGATTTAGTCACCTGTACAAATGAATTGGTGTCTGTGTTGGCTGTGCTCATTATCCATGTTCCTAAACGCTTCAGGAGTTTTTCTATAGAAAATTCCCCAACATTTGCTAAAAAGTGTGACGGTGTTACTCTTCTATCTTTGCTCTCTCATGTTTATAACACTTCTGAAGATGATTTGAGAAAAACTTTTGAAACCGTTAACAAATTAATATCAAATATTTTTAAAAAGAAACAGCTGCTTGCCTCCGATTGGAGCACAGAGAATTTAGAAGGCATAAACACAGATCGTTTAACATACTTCGAGGACCTGCTTGAAGATGAATATTTGAAGGATAATCTTGTAATACTAGAGAAAGATTACGAAGAAGCAATTGGAACTAAAGGCGAGTTAGATGAGCGCTTATTTGCAGATGATGAGAACAGTTCAAGTGGCAGTGTAAGCACTACTGGAGCTTCAAATAATACGAGTGTTGCACGGCTTGGTACTTCTGCTTCTCCTGCAAAAACAGTAACAAGTCTCTGTCATCGTAATTCTGCTGCATCACCTGGAAAACTCTATATTGTAAACAAACCGATAATGGTTTCAAGTACAGCAGTGACCTCTGCAATGACAACTGCTAAATGGTTTCGGACTGTCATTTCCCCTCTTCAATCAAAGCCTTCCCAAGAGCTTGAACATTTTTTTAAATGTTGCGATGCCAATGTTAGCAATGTCATTACCCGCAGAGCCCACATAATACTGGAGGCTATTTTCCCATGCAATTCTTTTGGAGAGCAATGCATACCTGGTGCTTTGAAGACAACAAATCTAATGGATAGCGAATGGGCAAAGGAGAGAAAATATGATGCTATGAAATTGTATTTTAGGGTACTGGAAAAAATTTGCAAGGTTCAATTCAAAAATAATAATGGCAAAAATCTTACTTCACTATTATTAAATGAGAGATTTCACAGGTGCATGCTTGCTTGTACTGCTGAGCTTGTTTTAGCAACTCATAATACAGTTATTATGATTTTTCCAGCTGTTTTAGGGAGAACAGAAATAACAGCCTTTGATTTAAGCAAAGTGATTGAGACGTTTGTAAGGCATGAAGAAACCCTTCCAAGGGAGTTGAAAAGACATTTGAATAGTCTGGAAGAACGTCTTCTAGAAAGCATGGTTTGGGAAAAAGGGTCATCACTATTTAATACTTTGATTATAGCAAGGCCAAATCTCTCTGCAGAAATTCAACGCTCTGGACTATTAGCAGAGCCATTACCATCTCTTGATTCTATTGTGATACATCAACATATTTCTACCTCAGGGTTATTACCTACCCCTTCACGGAAACGTGAAGCTTCTCCAGATCAAAATGGTGATGTAAGTTCTCCAAAAAGAATATGTACTGGATATGAAAACATGTTGGCAGAACATGGATCCCCAATGCATTTAAAGGAGTGTCAATCTTATTTGACTACTCCCAAATCAAAATTGCATCTTCAGTATGCTTTTGCAAGTCCGGCACGGCCAAATCCTGCTGGAGGTGGAACTTGCGCTGAGACGCAAATAACTGTTTTCTTTAGTAAGATTGAAAAGTTATTTGCCAGTAGAATCAAGACATTATGTGAAAGGTTGAAGTGCCCTGATAAGTTCCTTGATAAAGTTTATCGGCTTATCCAACAAATTCTCATTCGACAAACAGCTATATTTTTCAATCGACATATTGATCAAATCATTCTATGCAGCTTTTATGGGGTTGCAAAAGTGTCACAATTAAGCCTGACCTTCAAAGAGATCATTAACAGCTACAAAAAGCAACCACAATGTAAATCTCAAGTGTTCCGAAGTGTTTTTATTAACTGCCGTAATGGGGAATACGTTGATATCATTACCTTCTATAATGAAGTCTTTGTTCCAACTGTTAAGCCATTATTAGTAGAATTCGGTCCCCATGGATTTATTCAGAAAAGTAATAGATCTCTTGACGGGAATTATAATTCAAATGTTCTAGGATCGTCTAGATTACAGCCTTTCCCAACTCTACCAGATATGTCTCCAAAGAAGGTCTCTGCTTCACATAACGTTTATGTCTCTCCTCTGCGACCAACTAAGCAGAAGGAATTGTTGCTTTCTCCAAGTTCAAAAAGTTATTATGCATGTGTGGGAGAGAGTACACATGCTTTTCAGAGTCCATCGAAGGACCTCAGCGCAATTAATAACCGTTTAAATTGTGGTAGACTCGGTTACAATGTGGTTAGTGATTCAGTTGTTGCTGGAAGCCTAGGGCAGCAGAATGTTAGATCCACATTCATTAAAAGCGAGCAAAGTGACTCTTGA

Protein

Gene

>AfisC2G08501
ATTATAACGGAGAAAAAAAAGGAGGGAAAACACTATAAGAAACGGACGGAAGAGTGAAAATACATCCGCCACTGCCCTACTTTTTTCCGACCCCAATTCGCCACAAGGTTTGCTATTTTCGTTCAGATCTATAGATCCAGTTCGGTGATTGCGACGTCATTTGGGTTTTCTGATGAATACCAATAGCGCTGCTAAGGATTCCATGAAAGAATCGTCTTTTCCGCAGGCTGAATCGACTGAAACTCGATTCAAAGATCTTTGCAAGGTATTTTGTTATTTTTGGTGGGTTTTTTCACTTATTTTTTAATCATTTTTTGTGTTTTTTGTGCAGTTGTTAGATTTTGATGAGAAACTCGAGAATCAAGGCTTGAGAGTGTTTAGAGAGATTAAAGCAATAATTTTGAGTGATATGTCAGCAAGTGGAAGTGGACATGTATTTTTAATTGTCAATGTTCATGTTTTTGTTTTGCGATGTTTGTTTTTAAAACCGATTGATTTCATGGGTTCTTATGTTAACCAGCCCATAGAAGTTGAAAGAATGTGGCATGCGTTTGCAGTATATTGCACGACGAAGTTAGAAAATTCAAGTAATGATGCAAGCGGGATCAAACTGTTTCAGATTTTGAAAGCTGCCAAACTGCGGTTAGACTTTGGTTATTTTGCTCTAATGTACACAGAAAGCCTTTCTGATTACGTTTGTTTTTATGTTATCCTCTTCAGTGTCATTCCTTAGATAGTTAATTGCAACTAGTTAAATAAACGTTACATTTTTAACATATTGTTTATATTGCAAGACGTGTATCTGATACTTGTTATAACCTTGCTGTGTGGACCAGGCACATATATCTGGACAGTCGTGTCTGTGATTACGATTTAACTTTGCACAAACCTTAATCGACCAAACAAATAGATTAGGAGATTGTGGTGCATTATTAGTTGATTGTTAATGCAAGGAAGACACTGATTTCTACTCCCATTGTTTTAATTTTAGCACTATAGATTTTTTCAAAGAGGTGCCACAATTTTCGCTTAAGGCTGGCAACATACTGCATAACCTGTATAACCCTGATTGGGAAACAAAGCTTGAGGTAACTCACTAAACTAGTATGCACATTATTGATTATTTGCTCCGGTGAGATTAATTGACCTTAGCATTTTTTTATGTAGTTGAAGGAGCTTAAAGCAAGTGTCACTCAGTTATATCATCTTAGTAGGTGAATCTCTAATCACTGCTTTTCTTTTGTTTTTCTTGGAGTACTGAAAATTCCTTCCGAATGCATGATTTGATAGGACTTGTAGAATGATATAGGTACTTTCAGATTTGTTCTTAGTTGGAGCCATCATTTAGTTGGAGCCATCATTACTGTGATAGCATTTCTTCCTATTTGATGCATGATCTAGTTTCTTCGAAATAGTATTTTGGTTTGAAGAAACTGAAGGTCGTAATTATATAAAATATGATATGATATATTTTTTAGTTCATGGAGGAAAGTCTCTTAAGTTTCAAGCACATTATGTGCTGCATGATTGCAGAATTGAACTGATAGTCGCAAGACAAGTGCATTTTATTCTCACCTCTTTAACTTAGTTACGGTGCCTACATAGCTAGATTCATTTTTTTTCTTATCCTATAGAATATGGCATTATGGCTACATGGTGGGTTGTGAACTAGATGTTTAACTAAACATTAGCTTCCTTTTCTTATAAAAATTGCTATAAAACTCTTAAAAGTAATTTGGCGAATGTATTTTTCTATAGTTTGTATAACCTTGCTTTTCTTTTAAAATGAAAATTGCATTTTGGTAAAACTAAGGCTTAATATCGTTTATTTGTTATCAGCAATTTATCATTCTGACAATGGAAAATTTAGAACTGGGCTTTAAACTTACATTTGACCAACATAATATTTTCCAGGTTTTACAAGCAGGCATATCAAGAGTTCTTTCTGGCAAGTGACACAGTCAATAACAGTTCTGCATCATCTACCAATACTCATTATATCTCACAGTATCACCGATTTGGTTGGATGATATTCTTGGCACTTCGTGTCCATTCATTAAACCGCTTTAGAGATTTAGTCACCTGTACAAATGAATTGGTGTCTGTGTTGGTTAGTATTTTCTTTCTCACTGCACTTGTTTGTAAGATACAATTATGAATGAATTTTGGAATTTGATCAAACCTTTTGTGCTGTATACAGGCTGTGCTCATTATCCATGTTCCTAAACGCTTCAGGAGTTTTTCTATAGAAAATTCCCCAACATTTGGTTGTTGTTTTTGAATTTTCCTTTCAAAACATTTGAAATTACTTGTTTAACATTGTTAATATTGATTCTTGATGTCCAGCTAAAAAGTGTGACGGTGTTACTCTTCTATCTTTGCTCTCTCATGTTTATAACACTTCTGAAGATGATTTGAGAAAAACTTTTGAAACCGTTAACAAATTAATATCAAATATTTTTAAAAAGAAACAGCTGCTTGCCTCCGATTGGAGCACAGAGAATTTAGAAGGCATAAACACAGGTTAGTTAATTACCCCTCTTCCTTAATGGTGTGAAAACTGCCACTATTGGTTTCTTTCTCCGTTAAATTTTACTTTGTACCAGATCGTTTAACATACTTCGAGGACCTGCTTGAAGATGAATATTTGAAGGATAATCTTGTAATACTAGAGAAAGATTACGAAGAAGCAATTGGAACTAAAGGCGAGTTAGATGAGCGCTTATTTGCAGATGATGAGAACAGTTCAAGTGGCAGTGTAAGCACTACTGGAGCTTCAAATAATACGAGTGTTGCACGGGTACTAAATCACAAACAATCAAGTTTCTCTGGCTGCTTATTGATATTTTACAATACTTAAAAAAAAAAAAAATTTCCTGTTTTCATGAAGCTTGGTACTTCTGCTTCTCCTGCAAAAACAGTAACAAGTCTCTGTCATCGTAATTCTGCTGCATCACCTGGAAAACTCTATATTGTAAACAAACCGATAATGGTTTCAAGTACAGCAGTGACCTCTGCAATGACAACTGCTAAATGGTTTCGGACTGTCATTTCCCCTCTTCAATCAAAGCCTTCCCAAGAGCTTGAACATTTTTTTAAATGTTGCGATGCCAATGTTAGCAATGTCATTACCCGCAGAGCCCACATAATACTGGAGGCTATTTTCCCATGCAATTCTTTTGGAGAGCAATGCATACCTGGTGCTTTGAAGACAACAAATCTAATGGATAGCGAATGGGCAAAGGAGAGAAAATATGATGCTATGAAATTGTATTTTAGGGTACTGGAAAAAATTTGCAAGGTTCAATTCAAAAATAATAATGGCAAAAATCTTACTTCACTATTATTAAATGAGAGATTTCACAGGTGCATGCTTGCTTGTACTGCTGAGCTTGTTTTAGCAACTCATAATACAGTTATTATGATTTTTCCAGCTGTTTTAGGGAGAACAGAAATAACAGCCTTTGATTTAAGCAAAGTGATTGAGACGTTTGTAAGGCATGAAGAAACCCTTCCAAGGGAGTTGAAAAGACATTTGAATAGTCTGGAAGAACGTCTTCTAGAAAGCATGGTTTGGGAAAAAGGGTCATCACTATTTAATACTTTGATTATAGCAAGGCCAAATCTCTCTGCAGAAATTCAACGCTCTGGACTATTAGCAGAGCCATTACCATCTCTTGATTCTATTGTGATACATCAACATATTTCTACCTCAGGGTTATTACCTACCCCTTCACGGAAACGTGAAGCTTCTCCAGGTAACATTTTGCTTCATATAGTTTCTTAGAAAGATCAATAACTTAATTTTTTATAGGTAATTTCTTGTATTGGGTAGTATGCAACACACGGTTTAATTAATTATTTGCTTGTTTACATCATGCCCACTTTTATTTTGTTTTTTGCTATTATCATGACATGATGTTTCGTTTCATAACTGGAATGTCTGTTATGCTTTGTTTTAACGATTTTTCTTCTTCTCCATCTAAGATTTTTTTCACTATCTGCGTCTAATCCTTCTTTCTTCAAGTGAACCTCCTCACTATTGGTCTGCTACAGCTCCCTGTTTATTTCCGTGATGACTTATTCTACTCGATAATTAATGAGTTCATAAGCTTCAAAGATGCTTTAAAGATAATTGTAACACATGTTTTTAAGTTTATTTATGAATTGAACATTAAAGTAGTGTCTCAAGTATGTTGGTTTCATTACAGATCAAAATGGTGATGTAAGTTCTCCAAAAAGAATATGTACTGGATATGAAAACATGTTGGCAGAACATGGATCCCCAATGCATTTAAAGGAGTGTCAATCTTATTTGACTACTCCCAAATCAAAATTGCATCTTCAGTATGCTTTTGCAAGGTTAGCATATCCTTTTGGAAGTCAATGCAGTTCTATGGAAATGAAATATTTGTCACCCGTGAATTTGAATTCTATTCTGCAGTCCGGCACGGCCAAATCCTGCTGGAGGTGGAACTTGCGCTGAGACGCAAATAACTGTTTTCTTTAGTAAGGTATATACACTGTGCAGTGCATGTATTTAACAGTGTAATATTGTAAAAAATAGCTTATTTGCTAAAATTCAGACAGTCCATTGAAATTTACTTTAACTATTTTTTCTTGTTGGTTTATACTTTCTAGATTGAAAAGTTATTTGCCAGTAGAATCAAGACATTATGTGAAAGGTTGAAGTGCCCTGATAAGTTCCTTGATAAAGTTTATCGGCTTATCCAACAAATTCTCATTCGACAAACAGCTATATTTTTCAATCGACATATTGATCAAATCATTCTATGCAGCTTTTATGGGGTTGCAAAAGTATGGCATGTTTGAAACCCAAACTAGCTATAACAGTGGATATGTCTGCCTTATTTTTTTTCTAAAGTTGTGTTACTTTTCTCAGGTGTCACAATTAAGCCTGACCTTCAAAGAGATCATTAACAGCTACAAAAAGCAACCACAATGTAAATCTCAAGTGTTCCGAAGTGTTTTTATTAACT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Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	XP_020254515.1	0.0e+00	retinoblastoma-related protein-like isoform X2
Swissprot	Q8H252.1	3.2e-305	Retinoblastoma-related protein
trEMBL	A0A5P1FIW2	0.0e+00	Retinoblastoma-related protein-like

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT3G12280.1	52.58	0.0	950	ATRBR1;RB;RB1;RBR;RBR1	retinoblastoma-related 1

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	e-value	bit score
AfisC2G08501	AT3G12280.2	949	410	18	17	937	14	950	52.58	0.0	950
AfisC2G08501	AT3G12280.1	949	410	18	17	937	14	950	52.58	0.0	950

Ortholog group

Species	Genes
-	-

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF11934.5	DUF3452	Family	90	225	96.9	6.4e-28
PF01858.14	RB_A	Domain	404	604	184.9	1.4e-54
PF01857.17	RB_B	Domain	722	841	125.8	9.8e-37

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0000082	P	G1/S transition of mitotic cell cycle
GO:0001558	P	regulation of cell growth
GO:0001708	P	cell fate specification
GO:0003677	F	DNA binding
GO:0005829	C	cytosol
GO:0005634	C	nucleus
GO:0006349	P	regulation of gene expression by genetic imprinting
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GO:0008356	P	asymmetric cell division
GO:0009553	P	embryo sac development
GO:0009567	P	double fertilization forming a zygote and endosperm
GO:0010090	P	trichome morphogenesis
GO:0010377	P	guard cell fate commitment
GO:0022619	P	generative cell differentiation
GO:0032875	P	regulation of DNA endoreduplication
GO:0048366	P	leaf development
GO:0051782	P	negative regulation of cell division
GO:0051783	P	regulation of nuclear division
GO:1903866	P	palisade mesophyll development
GO:2000036	P	regulation of stem cell population maintenance
GO:2000653	P	regulation of genetic imprinting

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
K04681	RBL1; retinoblastoma-like protein 1	EC:-	TGF-beta signaling pathway	ko04350
			Cell cycle	ko04110
			Cellular senescence	ko04218

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network