result

Gene information

Detail information of AfisC3G00544

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC3G00544	chr3	96784393	96797444	-

Sequences

CDS

>AfisC3G00544
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Protein

Gene

>AfisC3G00544
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Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	XP_020274770.1	7.0e-171	protein STRUBBELIG-RECEPTOR FAMILY 6-like isoform X3
Swissprot	Q9C8M9.1	7.4e-133	Leucine-rich repeat receptor kinase-like protein SRF6
trEMBL	A0A5P1EHJ8	9.9e-167	Protein kinase domain-containing protein

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT1G53730.1	51.52	7e-173	604	SRF6	STRUBBELIG-receptor family 6

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	e-value	bit score
AfisC3G00544	AT1G53730.1	693	260	14	29	652	34	719	51.52	7e-173	604
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AfisC3G00544	AT3G14350.1	694	264	12	29	652	34	717	50.43	2e-170	595

Ortholog group

Species	Genes
Allium cepa	g409846.t1
Allium fistulosum	AfisC3G00544
Allium sativum	Asa2G00233.1
Arabidopsis thaliana
Oryza sativa

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF08263.9	LRRNT_2	Family	29	64	25.2	1.3e-05
PF13855.3	LRR_8	Repeat	90	150	27.2	2.1e-06
PF07714.14	Pkinase_Tyr	Domain	355	625	127.5	4.8e-37

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0005886	C	plasma membrane
GO:0000902	P	cell morphogenesis
GO:0002221	P	pattern recognition receptor signaling pathway
GO:0005829	C	cytosol
GO:0004675	F	transmembrane receptor protein serine/threonine kinase activity
GO:0004702	F	receptor signaling protein serine/threonine kinase activity
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GO:0005524	F	ATP binding
GO:0005634	C	nucleus
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GO:1900459	P	positive regulation of brassinosteroid mediated signaling pathway

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
-	-	-	-	-

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network