result

Gene information

Detail information of AfisC3G05424

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC3G05424	chr3	971971871	971981166	+

Sequences

CDS

>AfisC3G05424
ATGGCCCGCCGTAGAACTCGATCAAGAAATGAATCGGATGCAGATTCTGATTCTGACTTCGAAATCAACTCAGACGAAGGGCTGTCGGTCACCGACGAGGATGACGAACCAATCGTCCCTCCCTCACCCGTGATCCGCCCCAGCATCGTCAAACGTCGAAACAAACGACCCCGCAATACCGTTAAATCGGACCCTAACTTAGCATGGAAGTTTCTGGAAAAGCAAAATGAGGAGTGGGTCACCGATCACATGACGTTGGAACCAAGCTACGAGGACGTCACGCTCCCCGAAACTCAAGAGCCATCTCCTTCGATTGTTCTGCCACTGCTAAGATTTCAGAAGGAGTTTTTGATGTGGGCGTTGAAGCAAGAGGAATCCGAAGTGAAAGGTGGGATACTGGCGGATGAAATGGGAATGGGGAAGACTATTCAGGCCATTTCTTTGGTTTTGACTGCACGTGATAGGAAAATTGCGAACATGGATAATGAATTTTGTAAGGCTACTTTGGTAATTTGTCCAGTTGTTGCGGTCATTCAGTGGGTAGGGGAGATTGAGAGGTATACAGAAAAGGGGAGTGCTAAGGTGCTGGTATATTATGGGCCAAAGAGAGGAATTGCAGAGTATGATTTAACAAAATATGATTTTGTGATTACAACATACTCTACAATCGAGGTTGATTATAGGAAGAATATAATGCCAGAAGGGGAAGCGTGTATGTGGTGCGGGAAGAAGTACAGTGCGAAGGGAATGAAGATTCATTTGAGATATCACTGTGGGCCAGATGCAAGAAAGACAACAAAGCAAGCAAAGACAGAAAAGAAGACAAAAATGGATAAAAATAAGGGTTATGCTGAGAAAAGGAAGAAGGTAGATAAGATAAAACAGGGGGATAAAAAAGTTGAGGAGGCTGAGAAAGGAGAAGAAGGAAGGAGGGGTGTGTCAATTTTGCATTCAGTTAAATGGAAACGGGTTATACTTGATGAGGCTCATTTTATAAAAGATAGAAGTAGCAACACAGCAAGGGCAGTTTTTGCCTTAGAATCTCAATATAAGTGGGCTTTAAGTGGTACTCCTTTGCAAAACCGAGTCGGGGAACTTTATTCACTGATACGTTTTCTTCAGGTCTATCCTTATGCCAATTACTTTTGCAAAAGCTGTGATTGCTGTGTATTTGATCATGGAGATTCTACAAGCCGGATTTGCTCCAAGTGTTCTCATTCTGTGACTAGGCATTTTTGCTGGTGGAATCGATACATCAATAGACCAATGCAGCAAAATATTGATGATAGTTCCACAAAAGCTATGATTTTGCTAAAAGGCAAATTACTCAAAAGCATAGTGTTAAGGCGTACTAAGAAAGGGAGGGCTGCAGATCTTGCTCTACCTCCTCGAATTGTAAATATGAGAAAGGATTATCTGGATGGAAAGGAGAAGGAATTCTACGAAGCTATGTACAGTCAAAGTCAAGTTCAGTTTGATGCATACGTTGGGGCTGGTACCTTGATGAATAATTATGCCCATATATTCGATCTTCTTACACGGTTAAGACAGGCTGTAGACCATCCATATCTTATTGTCTATTCTAAAACTGCTGGGTTAGTCAAAGAGGTTGAAGAAAATGCTGCCCCAACTGTATATGATTGTGGCATCTGTCATGAGGCAGCAGAGGAAGTTGTGGTTACCTCTTGCAGTCATGCCTTTTGTAAGGCGTGTTTGATCGATTTCTCCACAAGCTTAGGGAATGCATCTTGCCCATCATGTTCAAAACCGTTAACTGTTGATTTGGTTTCAAACCATTCTGGACAGAACAATGCTTCAACAGCCATCAAGGGCTACAAGCGTTCAGGAATATTAAACAGGCTTAAACTTACAGACTTTAAGACAAGCACAAAAATTGATGCATTGGGGGAGGAGATAAGGAACATGGTTGAAGGCGATAGTTCTGCTAAAGGAATTGTGTTCAGCCAGTTTACATCGTTTCTTGATTTGATTAATTACTCGCTGCAAATGTCTGGCATTAAATGTGTTCAGTTGGTTGGGAGTATGAGTCTTGCTGAAAGAGGGAAAGCTATAAATACATTTACTGATGACCCTGATTGTAGAATAATTCTTATGAGCCTTAAGGCTGGAGGAGTGGCTCTCAATCTCACTGTTGCATCACATGTTTTCTTAATGGATCCATGGTGGAATCCGGCTGTGGAGCGTCAGGCTCAGGATCGAATTCATCGTATTGGTCAGTACAAGCCAATCAGGATTATAAGATTTGTGATCGAGGACACTATCGAAGAGAGGATTTTGAAATTACAAGAGAAAAAAGAACTTGTTTTCGAAGGGACTGTTGGCGATGATAAAGATGCTTTTGCTAAGTTAACAGAAGCAGACTTAAGGTTTCTGTTCCAAATCTAA

Protein

Gene

>AfisC3G05424
CAAAGACGCCTTTTCACTGCAATATAATAAGCAAACAGTGGAATACTCTTCCCAACACTACTCCCTACTGTTAATTTCCCGCCACATCAAACCCTAACTTCTCCCTCGTCTATCGATAATGGCCCGCCGTAGAACTCGATCAAGAAATGAATCGGATGCAGATTCTGATTCTGACTTCGAAATCAACTCAGACGAAGGGCTGTCGGTCACCGACGAGGATGACGAACCAATCGTCCCTCCCTCACCCGTGATCCGCCCCAGCATCGTCAAACGTCGAAACAAACGACCCCGCAATACCGTTAAATCGGACCCTAACTTAGCATGGAAGTTTCTGGAAAAGCAAAATGAGGAGTGGGTCACCGATCACATGACGTTGGAACCAAGCTACGAGGACGTCACGCTCCCCGAAACTCAAGAGCCATCTCCTTCGATTGTTCTGCCACTGCTAAGATTTCAGAAGGAGTTTTTGATGTGGGCGTTGAAGCAAGAGGAATCCGAAGTGAAAGGTGGGATACTGGCGGATGAAATGGGAATGGGGAAGACTATTCAGGCCATTTCTTTGGTTTTGACTGCACGTGATAGGAAAATTGCGAACATGGATAATGAATTTTGTAAGGCTACTTTGGTAATTTGTCCAGTTGTTGCGGTCATTCAGTGGGTAGGGGAGATTGAGAGGTATACAGAAAAGGGGAGTGCTAAGGTATTCAAATATTTTTTTTCTCTCTCTTCTTTTTTCCTTCATTTAAACTGTGTGCTTAAGGCCATCAAACCCTTGTTGGACAAGGTGATTTGTAACCATTTGTAATTACTGATCCCTTTTTTCAATACTCATTGAAGTTGTTAATGCTTATCACATTAAAAACAAAGTACAACCTTTTTATAATGAGCATTCGACAATCAAGCTTTTTATAGGAAACAAACACATCTTTTACTATATTTCACCTGTTTGATTGTTGTGCATGTGTCGTGCAACACGTTACCAAGGCAGTATGGTGACACATTGTCGACTTAATATTTGCGGTCTGCATATTTTAGTACACATTTGCATTTGTATCGACAATGAGTACATGGGTGTACTATTGGGCATTCACTTCCATTGTTCGAAAATGGTGATGGTATGACAGCTAGATCTGTGCCAATCTTTATTCCCTAAACACTGGTAAACTAAAATAATTCATTGCTTCCTTTTTATTTACTACTAAAGTTGGTTAAGATTTTGGAGTTGAATTGGGGATATCATAGGCCTGATATACTATATATTCAATCTCTATATTACTATACAGTGAGTAATATTAGGTATATTAGGCTGAGCCAGTCCTAAGAATTATGATGTCCAATACGGTTTTATTAATGATGCCCTATGTGGTATAAGTTGCTCAAAAACCAGTGAAAATCTCTTATTTATAAGAAATATTTTTTTAAAGGAATTTAATACAACAAAGTGAATATAACATCTTAGATTAAGATTAGATTAATTGTTATACAGTTTATATATCAATAGGTACCTAATACTTTCATGAACCAACATTGCAAATAAGAATTAAATTCATATTTCACAAATTTGTTGCAAAAAAACAACAATAATCAATTCTATTATTTGTTAAGAGACCCTCTTAATGATTCAACCGTTTCTTCATTTTTTTCCTGTTTTTTTTTCTCCATTAGAACTTCATGACGATTGTTTTCTCGTAAAAATCGTGATATCAAATATGACTCAGTTGCAAATTAACTTTTATTTTTTATCCAATTCCAATCTCAATTTGGATATATGATTCTCCGTGTAAATAATATTTATATTTACGTTAAGAAAAAAGTATACAAATTGTTAAACAATTTTAAATATAAATTGAGTCAAACTATAATTTGTTTATTTGAAAGATGTTAGATTTGCTACAACACAAGAAAACTATAAATATGAATAAAATTAACTTCTTTCAACAAAATCAACATTTAATTTTTTATATATTAGTTTGCTGTTAAAATCTTTTTTTTCGTTAAATTCCTTAATGAGAAGAAAGCCAATTACACCATTCATCAAACTTTTCAATCTCAAATTTACCAATGCTAGTCAGTCAATAATAACTACTTTTAAAATTAAAAAGCTAAAATGCAAAATCTATTGAAGTAAAAAAGGAAACTGTCTTACTTGTAAAGAAAAGAATTGGATGGTGATTGACGAAGAATGGAAATTATATTGAAACTGTGAAATCCACCGATCTTCTAGTTTACTCCATCAACATTCATCCATGACATTTCTGCCCGTGCCACTGCTTTCATTTCTTTGTGTGCTTTCTCTCTCTCTCTGATACACTACTGTTTTCACAGAGAGGAGTAAATGGATAATATCAAACAGTCGGGCTTGAAGTTTTAATTCGTTTTAAGGCCTTACCAACACACACACACAATGGAAAATAAATAAATGACGCCCCTCAAAATTTGATGCTCAGGTCCCGTTTGCACTGGACTAGAACCGGCCTTGACATTAGGCTTGATATGTTACCGTGTATCGTGTATTATCGGGCTATCTACATATTATATATTGAGTAGTATTATATACATTACTTGATATGCTATACAGCGAGTAACATTAGACAATCTCTAACTTGAAAATGAAAACACTAAAATTAGTTCTATACGTTATGAAATATTCCAAATATAATATTGCAGTTTTGATGCTTTCTAATTTCTACTAATTTCTTATCAAGGTGCTGGTATATTATGGGCCAAAGAGAGGAATTGCAGAGTATGATTTAACAAAATATGATTTTGTGATTACAACATACTCTACAATCGAGGTTGATTATAGGAAGAATATAATGCCAGAAGGGGAAGCGTGTATGTGGTGCGGGAAGAAGTACAGTGCGAAGGGAATGAAGATTCATTTGAGATATCACTGTGGGCCAGATGCAAGAAAGACAACAAAGCAAGCAAAGACAGAAAAGAAGACAAAAATGGATAAAAATAAGGGTTATGCTGAGAAAAGGAAGAAGGTAGATAAGATAAAACAGGGGGATAAAAAAGTTGAGGAGGCTGAGAAAGGAGAAGAAGGAAGGAGGGGTGTGTCAATTTTGCATTCAGTTAAATGGAAACGGGTTATACTTGATGAGGTAAGTGTTAATCAATATCTTGGATTTGTAAATGTAGACATGTGACTTTTAGTGTACTTGAGTTTATTGCTCTGATTATAATTTAGTTATAAAAATGGTTTATGCGATATTTAAGAATATGATGAATCTTTCAACTGTTGATTTAATTGTGAGATTCCAGTAGTTAATTTGGTGATGTACCTATTAAATATGATGTACCTCTTGAATTAGACCTCCAATGGTACCAGAAACGTTAGTTGTTATCGTCTTAAAATTTTCTACAACATAGTCAAGTTACAAATAAACTAATGGAAACCGTCGTTTTATAGACAATATAACATACTTGGAGGAATATTTGTCGATATATCACATCTGAAATGGTAATTTTCTATTATCTACTATATGCGAAAGAAATTGGGTGGATAAGGATCCACAATGTCTTCCTGCAGTCACCTCTATACTATCATTTCCAATGCTTTATTATCATCATAAATACAGAAATATCTCACAGATGCGTTCTTCCCTTCAATTATGAGTTTGCCCACAATTTTGTATCATCATAAATACACAAATCTCTCGCAGCCACTTTTTCCCTTCACTTATGAGTTTTGATCCGAATTAGATAATTTTGGATTTTCCGGAAAGCTTAAAACATAAGCTACAATTTTTGTTTAGTGAGTTTTCTGTAATTTTTCCATTTAGATGACCTGAAATGCGTTCAAAGACAGAAGACCAATTCTGTCTTTAACAAGTTATCTTGAGTTTCAATCTGATATTGTTTTGCATGAATCTCTCTCGTTTTTGATCCGAATTAGATAATTTTGGATGTTCCGGAAAGCTTAAAACATATGCTACAATTTTTGTTCAGTGAGTTTTCTGTAATTTAGAGTCTAACTAGGTCAAAAATTGATTTTTCTACTATCTTCCCGAGAGCGATACACATATTAGCTCTGTGGATGAAACTGAAACTATTTTGATCATAACTTTTGAGCCGCTAGTCGGAATTTGACGATTTTGGTCTCGTTGGAAAGATGGAGTTATGAACTCCATATCTGGAAAGTTTGGTCATCATCTGAGTTCATTAGACCATTCGAATTTCCTGTCAGAGTTGAACCCAGATCGCTGTGCAAAACAGTGCATTTCATGTTTCTGTGTCCGACTTTGGAACGTCGCTACGCCTTCGTTTCAAGTCGGAATCGAATAATTCTTTTTGCGTTCTGAAGTAGGAATGTCGGACTACGTTCCTACCAATTTTCATGTCATTCGGATTCAGTCTGCTGGTCCGAATAATTTTCCGAACTTGGGTTCGCGTCAGTTTTGGACTATTTTTCAACACTTGGAATATTTTCAGTGATTTTCTGGTTTTATCGATTTCTTTGAGATTTGTCTTTGAATTTTGTACACGGGCCTTATAAAAAGGTTTTAAAAGGATTTTTCGCTCCGAAATGGCTTTCGAAATTATTATATAATATTATTTTTAATTAGTAGACTATTTACTCCATAATAGGAGAGTTTTCAAAAGCCGTTTTAGAGTGTTCTCAATGTGAAAATGGAGTTTGATGCCATGAGTTTAGAATTGAGATATCAGTTTCAATTGAAGTGTTAATCACCTGCTGTATTATTATGCATGAGACACTGAAGCATTTTAAACTCTTATATTGCCAAGAGATATCAAATACAAGCTTGTATTCTTGATAAGAGCCATATGATTTCTATAAATGAACTTCTGTAGTTGCTTTTCTCCCTTTTCATGACAAACGTCGGAACACATCCCTTCATAACCAGAAACCTATCATGTTTACAGGCTCATTTTATAAAAGATAGAAGTAGCAACACAGCAAGGGCAGTTTTTGCCTTAGAATCTCAATATAAGTGGGCTTTAAGTGGTACTCCTTTGCAAAACCGAGTCGGGGA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Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	XP_020256763.1	1.5e-295	LOW QUALITY PROTEIN: DNA repair protein RAD16-like
Swissprot	P31244.1	3.3e-135	ATP-dependent helicase RAD16
trEMBL	A0A1D1ZA37	1.5e-273	DNA repair protein RAD16 (Fragment)

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT1G05120.1	58.44	0.0	915		Helicase protein with RING/U-box domain

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	e-value	bit score
AfisC3G05424	AT1G05120.1	782	305	12	30	799	58	831	58.44	0.0	915
AfisC3G05424	AT1G02670.1	527	202	9	276	799	226	677	46.87	4e-122	436
AfisC3G05424	AT1G02670.1	140	67	1	91	230	116	254	51.43	2e-32	138

Ortholog group

Species	Genes
Allium cepa	g283643.t1
Allium fistulosum	AfisC3G05424
Allium sativum	Asa2G04381.1
Arabidopsis thaliana	AT1G05120.1
Oryza sativa	LOC_Os07g32730.1

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF00176.20	SNF2_N	Family	124	380	156.3	7.5e-46
PF00176.20	SNF2_N	Family	412	525	26.4	2.3e-06
PF13920.3	zf-C3HC4_3	Domain	547	591	28.6	8.5e-07
PF00271.28	Helicase_C	Family	644	745	45.8	5.7e-12

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0000113	C	nucleotide-excision repair factor 4 complex
GO:0005515	F	protein binding
GO:0042787	P	protein ubiquitination involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process
GO:0000715	P	nucleotide-excision repair, DNA damage recognition
GO:0003684	F	damaged DNA binding
GO:0004842	F	ubiquitin-protein transferase activity
GO:0005737	C	cytoplasm
GO:0006302	P	double-strand break repair
GO:0006355	P	regulation of transcription, DNA-templated
GO:0008094	F	DNA-dependent ATPase activity
GO:0010605	P	negative regulation of macromolecule metabolic process
GO:0031463	C	Cul3-RING ubiquitin ligase complex
GO:0031981	C	nuclear lumen
GO:0034613	P	cellular protein localization
GO:0043933	P	macromolecular complex subunit organization
GO:0044427	C	chromosomal part
GO:0044763	P	single-organism cellular process

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
K15083	RAD16; DNA repair protein RAD16	EC:-	-	-

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network