result

Gene information

Detail information of AfisC3G05734

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC3G05734	chr3	1021204874	1021212929	-

Sequences

CDS

Protein

Gene

>AfisC3G05734
ATGGTTTCAGGAAAAGGTAGGAATTCATCAAAGAGAGCTAGTGAGGATAATGATCAAGCAAAACTCTTATCAGAAATAAAAATAATTTTGGTTATCAAGCAATTTGGATTCATGAAGAAATTACAAACCATGCTTGAGTCATTAGACTATGATGGTACACTTCCTTATCTTCTATTAATCATATTTACTTCATCGATTTGACTATTCTGTATATGCAAGTTGGAGTATGAGAAATGATTGTTTTTCAAACTTAGTATGAGATATGTTTGTTTTTCTAAAGAACCTTTGTCTTTGTTTTTAAGATATAGTGATATTCATATATGTTTAATTATCTTAACTTAATCATATTGCTACATAATTAAATTATTTTTTCAAAATTAATTATTTAAACTTGATTATAGGATAAAGTGTATGAAACTGAATATGAAATTTAGATGTAATCATTTTTTAAGACCAAGAGGATCAAATTTTACTTGTAAACTATGAAGAAGTGATCACCGAACCCACAACCCTTACTCCATGTAATTCATAGGATATAATATTGTAGTTATCGAGACTCGAACACATTGCCTCTTGTTACTATGGGGGGAAAATGGTCGGTTCAATTTGTAGCCATCAATAAATATCAATTCTAGAGAACCGTTCGATAAACAAAAATAAAACAAAATTGAGCCTATTTTTTCAAACTAAACCAGAAGTACTTGGTCTAATTCAATGGTTTGATTGGTTGATTTCTAAATGAGTTAAATTATCTTTTACCAATGTAATATTTAGTTCAAATGAATGATTGAGTTCATATTTGTGTAGAGATTTATAAAACTCTACTTTCTAGAATCTCTTTTTCTAATTATTCATTATCATGAACTAAAAGATAAACAAAATGTTATCTTTTAAATATAAATAATAGTATGAACATATACAACTGAATGAATGTTCATTTTTTTAGTTGCTCTGTTAAGTTTGAAGAAATTGGAAATTGAATCGATAAAAAACAAAAATAAATACAAATATGAAAATTGAAATCAATCAATCAACTAACTAAACCAAATCAAACTAGCTAAACTTATCCGCTCTAGTCAGCTAATTTAGTTTGAACCAATAAATGATCATCCCTACTTGTCACCAATTTGAACGATAATCATTATAGTTAGTACTTTGAAATGAATGACAATGTATAAGGTTATTTTTGAGTTTTAAAATCAAGTTTTAGATGTTTTATAACAATTATATTAACGAAAAAGTTGTTAAACTGAAGTTTTTAAGATTCTTTAGAAAAATATTTTTGATTGTTCTAAATTAAGAGCTAAAATTGTTTTTGTAGAAACTTATAAAATAATTTTTTGTTTCTTTATGTTTAAACACTTCTGTAACTATTACACACTTTGAATTAGAACTAAAAACCTTCACTAAAACTCATAAACCCAAACTAAACCAACATAATTTAAAAATGGCCATAGTTATGGATAGGGTATGAGTAACATATATGTAAAAGTCAGATAACCACAAGGAATTGACCCTACTCGAATGGACTGAAAAAAAAATCAATGTGAGCATAATTCAACCACTATTATGGACTAAAAGTAATGTAGAATTTAATCTACATTTTTATTTAGAGTTTAAAGAGGTGGAATTTGATTTGTATTATGACGTAAGTTTAAAAGACGTGAAATTTGATTTAAATAGAAAGGAGGGAGCCACATTTCTTCAAACAAAAAAATGTATGTGTATGTTAGGAAGGGGTATTATTACCATGAGTGGGTGACTAGATCGTTGGTTTATTAAGATAGAGAATGAGTGTGCATAGTACTCTAAACTAACGTCTTTAATTCTTCTTCATATGTACTTATATTAAAAATTGAATAAAAACTCACTAAACTCTTGTTGAATTATTATTTGCAATGGTTGATTTATATGTTGCAATCAGTGAAAATAGGCAAAACGAAAAATTAAAAAAGTAATCAGAAGTCAAATAGAAAAGAAAAAAACATTTGAGAGATAATCTCTTTATTAATTTCTCAAAGGTTTTTAGATCTTGTTGTGAGGAAGGTTGAAAGAGCCAAAAAGAAATGAAATGGATAAAATATTATTTTGCTTGTTTTTATGTGTTTATATACATGTAAAATAAAATTATATCTTACCTTTACAAAAAAATAATGTATCGTATTAGTAATACTATTGCGTAACAAAAGGAAGCAATTAGTAGAAATTTTATATTATTTAGATTATTACACAAATTCATAAAGAAATGAGTTGCCTTTAAATCTATAAAATCGGAGTAACAAAAGGAAGCAATTACTGTGTATGGCTTTCTAATAAGGATTTGGTAGTAAATCTTATCAACTAGAAAAGAACGCAACTATAAAACTAAGTATATTAATTATTGAGTCTAATAAGGTTGGTTTAACGCTAATATAGGTTTTTCAATGTATATTTCAAAAAATAGGAATTTATTCATATACCTTTTCTAAATAATCAAACTATCCTAAATCCACAAATTGGATACAAGCAAGGATATGATGAACACATGTTCCTAGGCTTGTATTTGTTAAGTTGTTTTAGCGCATGTGCCGAACACATGTTCCTTTATTCATTTGTAAAAGTGGACAACCCACTTTAAAGCGGCTAGCTTTGCTATAAAAAAAAAGGTTCATTAAGCAATACTCATTTTTATTATGGTCGGCTTTTTCAAATAACTTTGTGAGTAGAAGTTCTTTTCTACGCATTTCTATCTGCACACCATGATTTATTTTAGCTACACTATTAAATTATTAATAAAACTTAGAACAAAAACTTCTTTATATTTTAACAATCTTAAATTCAAAGTTTATAGTTTAACACTTTTGAATTTAAAATCCGAAGTCCACTTAAACTAATTCAAATATAAAGCTTTAATAGTTTAGAATTATTACAATTTAAATTCAATGTTAAAACTGTCTTAACTACAAATTAGATTTTAATTCAATATCTAAATTTTGACATTAGGATTTATCTCTACTTAACCTTAAAACTTAAGTTCAAAGTTTAAAATCAAGGTTTTAATGCTTAAATGTGAAACTTAAACATGTAGTTTTAACTTCATAAGAAAATCATCACTTGGTAAAATTAAAATTAATACATGAAATCTCTTCAAATCATATTAATTTCCAAACCCGAGAACTGTAATTAGCAAATATGTATGTGTGTTCAATTGGTAAATGTGTGTGTGTATTAGAGAGAAAGAAAGAGAAAGCACGATAGGATCAATAGCCCCTTCTATTTAGCATCATTTCTAGCCCCTTGATATCGGTCACAAGTTTCTATCTAAATATTTGAACAAATATTTAAATAGAAACATGTGGCTGATATCAAGGGGCTAGAAATAATGCTAAATAAAGGAGGCTATTGTTCCTAACTCATACACATACATACGTATATGTATATATCTACGTGTGTATACACACACACATGTGTGTGTGTGTGTTATACACGTGTATGCACATATATATGTATGTATGTATATACACATATGTATGTGTATTTGTATTACTGGCTAATTGTGTAGCTTCAAATGATAGATTTTGAGATAATGTTGAAATTTGAAAACTGAATTCATATAATTTGGAAAATTGGATTTTAAAATTTACAAAGCTGAATTTATCTTTATTAATGGTTGGAATATAAACGAAATCTTTTGGTCCGACCGTTAAATTCCAAAAGTACCGTTATATGCAAACAAAAGGTTAAAAGTTCGGATCCCACAAATAACAAAAATTAATATCAGATGGAATTTTTGAAAAGTAAAGGTTACAAGTTCGAAACCATGTTACCACAAAAAAATTACAATTTCTTTTTTACATTTTTCAATTTATTTTTTTATCAAAACTGCGTAGAAATTTTATATTTTATAGTTATAAGAGTTTTATATGCAAGTGCATTCCACATGCCATAAAATCTCTTTCTTTTAATAGTTGTAATATATTTAATGTAACAATTTTTTGGTTTTAGCGTGAACTATAAAAAACGATCCTCTACAGATATTATCAAATCTTAATATCACTTAACAATAGATCTAACAATTAAAATTCCTTTACAAATTCAAAAGCACCTTCACAAATATTATGAAATATGAATATCGCTTAAAAATAGTTTTAACAAATAAGCTTTCTTTGCAAAACGTCCATTTACAAATATTATCAAATCTCAATAACACTTAAAAACGGACCAAACAAATAAACTTCTTTTACAAAATTCGTTTTTATTAATCAACAATAGAAGTAGAAATTCAAACCAACAAAAAATTAGGTATTGCAACTTAAAAATAAAAATTCAAACTAATCACACATGTTTTCAACACGAAAATATGGCTACATATTTACACAAATCATTTTCTCTTGAATGTATTAAACACATTTAATTTATATGAAAAAAATTCATGTATGAAGCACGTGTCATTATCATGTACGAAACACGTGTCGTAACCCTAATAATCTAATAGCCATTAAGAACCTTGCAAGCATAAAAAAGAATTTAATGCTTAATAGTTATAAATGATTACAATACATTATCATAACATGTTTTTAATGGTTCGTTCAACATTACGCGTGGTTTTAAGTGTTAATCCTAATTATGTCAAACGTCATCCCAATTTCACCCACACATTTTCTTCTCTTTTTCGTCCACCAAATGACCATAAGTTGTTTAATTTAGAGAGTATGAAGACATACTTTTATATAATATGACTTCTTATGATTATGAACTCCCCTTTATTTCTTTCCTCAACAACCGTCGCACACAGGCAGATCAATTGCCCTCTATGCTATTTTAATATAATATGAGTTTATTTGTTGTAAAATGCAATGTCAAATTATGAAGATCAACCTTCAAAATGTAGATGAATATAGCAACAATTGTATTGATGCTTAATCTCTTTTTAGATATTTTTCTAACATTCTGTGACAATAATTGCTGCAAAAACATATATGCAATAACGAGCTAATTCCATTGCTACAGTTAAATCAAAG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Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	XP_020264729.1	1.6e-21	two-component response regulator ARR14-like
Swissprot	Q5N6V8.2	1.1e-19	OsRRB6
trEMBL	A0A396H8C6	5.7e-21	Putative response regulator and transcription factor RR-A-type family

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT4G31920.1	29.32	1e-27	122	ARR10;RR10	response regulator 10

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	e-value	bit score
AfisC3G05734	AT4G31920.1	249	136	4	26	259	17	240	29.32	1e-27	122
AfisC3G05734	AT2G25180.1	261	132	4	26	259	17	252	29.50	2e-27	121
AfisC3G05734	AT4G16110.1	398	219	12	4	356	7	374	26.13	2e-25	114

Ortholog group

Species	Genes
Allium cepa	g385195.t1
Allium fistulosum	AfisC3G05734
Allium sativum	Asa2G00087.1
Arabidopsis thaliana
Oryza sativa

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF00072.21	Response_reg	Domain	37	102	28.6	1.1e-06
PF00249.28	Myb_DNA-binding	Domain	206	253	31.0	1.9e-07

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0005515	F	protein binding
GO:0003677	F	DNA binding
GO:0003700	F	transcription factor activity, sequence-specific DNA binding
GO:0007165	P	signal transduction
GO:0005634	C	nucleus
GO:0009658	P	chloroplast organization
GO:0009910	P	negative regulation of flower development
GO:0010380	P	regulation of chlorophyll biosynthetic process
GO:0010638	P	positive regulation of organelle organization
GO:0045893	P	positive regulation of transcription, DNA-templated
GO:0048364	P	root development
GO:0071368	P	cellular response to cytokinin stimulus
GO:1900056	P	negative regulation of leaf senescence

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
-	-	-	-	-

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network