result

Gene information

Detail information of AfisC3G05822

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC3G05822	chr3	1038220461	1038230721	+

Sequences

CDS

>AfisC3G05822
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Protein

Gene

>AfisC3G05822
AAATGACCCACGCCACTGCGTTGGACAGGGGATTTACGGTCCAAATTTGTACTGCAGAATAAGCAAATTAAACAGCGTGTAGAAAACGCGCTCCCAAATTCCTTTTTTCTTCCTTCTACAAGAGGATCTCGTCACCCTGTAATTTATACATTTAATCTGTAACATACAGTATTAGGGCCAAAGAGGACTCTCCGGTTACCGCTTCTCAATTCATGGAGAATCAACTTCAGTCTCACCATCAAATAATGGATAGACGTCATGACGCCCTCGGCGATCTGAGAGTTCTGCCCGACGAAATAATTTGTGGAATTCTCGAGGAGTATTTTTCTCCTGTCGATCTTGCTCGCCTCTCTTGTGTCAGCAGGTTTGTTCTCATTATAACCCTCGCCATCTTTTTTCATTTTGATTGCGGTTAGTTAACTGAAATGAAACTTGAAGACTGTGCTAGTGTTGATGTTGGACTTAAAACTTTTAGCCTTTTTGGATTAAATGCATTCTGTGAACTGTGATTTATAAGTGAAATTGGACATGCACGATTTTAGTTTACTTTGGTAATGCTAAAAGACCTTAACTTGGTTCTCCGTGAGCTGAACAACCTGGACGATCACCCATAACTACAAAGGAATCTATATGAGATTTATCTTTCTAGTCAGTGAGACAAAAACTATGTTTTGCTAAGCAAAGTTGATTAAATAATGGTGATTGAGTGATTAGATTTACATGATTCATTGTGCTTTTTCATTGATGATTAGTAGAAACTGTGAAAATGGATCAATAAGATGGTTTTCAGCACGAAGCATACTCATTTGCATAGGAACTGTATGTAATTGGAAATATTTTCCCATTACTGCTAGTGAGACTCATGTTTGATCTGTATTCATCTTATCCAGTGAAATTTTACCCGAGTCTTTCTTTTGGCTCCTAGATATTGATTGTTTTGCCAGCTTGGCTTTTTAACATGTATTATTGCAATTCTAATGGAAACTTTTAACATCTAGTTTCAGTAGCCTATGTTAGTACCAATAAGCAAGGTTTTCAAAACATGATTTAAATCGTAAATCGCAAATTTCAAACTTTAAATCGAAACAGGATTCATATCATAAATCGTGGATTCGAAAGATCCATACTTGTATATAGAGACTTTGAAATTGTTAAAACTACAACTTAGCTTAAAACTCAATTTTATCTTTTATTATATTTTTATTTTGTTTTTAAAACATTATAACTGAAATTGTGAATCCAAATAAGTATATTAAATTTGGTAGTATAAGTTGAATGTTTCTTAAATTGCAGTTTTGACTAAGTTTGAATCGGAACATAAATCGAATCGTAAAGGGAAAGATCTGAATCGGGATTGGAATCGCAAGATTTTAAATTTTTTGACAACAATGCCAATAAGCGGCTCCACCTTTACCAAATACATTTTTGTTAGTGATGTGAAAGGAGGGGACCAAAAAGCATCTTGGCAATTTGTCAGTAATACTCATCTTAGGACCAATGGTAGATATACATCAGCTAAGGTCAAACATATTGTTGATGATACTTCCCTAAGACACAATTTTGGAAGTATCAAGGTCCCTCAATCCTTGAGGTTGAAATGATATACAAGAGAATATTTTTGATGGTTGAATTGACATGTTAAGGCTGTCTTGTGAAGAATTTTATAATTTAGTTGAAAATGCGTTTTTCTTGAAGTGTTTGAAGACATATTAGCAAGGGCATTGTTAAAAGGACATCAATTTTAGATAAGAGTGGGTCATTTTTTCAATATTCTTAACATCGTTATGATGGGTACCAAAAAGTTTAGCTTCCTCGTAATAAAATAAAATATAATTCCGTTATTACCCTTGTTATGTAACTTTTCGGTCGATCCCCACCGTTTTTTGATTTTATTTTCGATTAAACTCCTCTGAACTTATTTTTAGGTGGACCATCCATCGCTTCTTTTCAATTTTTGACAGAGAGTTGCCGAATTTGCTTTGAACGAGAGTAAAACAATAAATCGCTTGATTTGGTTTCATTTATCATGAACCCCACATAACAACTTTATTTTAGGATGGAGTCCCCTAAAATTATACTCCATTTATCCAAAACTAGAGTCTCTTTAACAATCTCCATTAGTAATGTTTTTAACCTTTTGTGTTTGTTTTTGTCTGCTTGAATCCGGTTTTGACAAATTTTCAGTGTATTGTACGTACTATGCAATGAAGAACCTCTGTGGATGAGGTTATGCCTTAAACAAGGAGGCCAACTCCAATACAAGGGATCTTGGAAGAAAACTACTCTCTACCGGTACTTAATATATATTATATTAAAATTTAATGACGCTTTTTCCATTTCAAAATTCTGCATATTGAAAATTGTTTTTTGCAGTCAAAATCTGTGTAATGCTATTGAACTGTCCCGTGAGAAGCCTCTACAGTTTTATGGTGACTGTTTTGACTTATATAAAGAAGTTGGCATTATCTAACAAACTTTTGTTGTAATGACATGTATTCATTATTTGCCTTCAGGATTCAACTCCTTGTTTCTCTATCGGAGATGGTATAGGTGTTATACCACATTAAGCAATTTCAATTTTGATACCGGACATCTGGAAAAAAGGAAAAATCTTAGCTTAGAAGAGTTCTGTTCACAGTATGATGGAAGAAAACCGGTAATCTAATGGACTAGTTGAAAAACAAAATTGTAAACATTGTAGATTATCATGTTTTTGAAATTAGAAGGTTATAATCTAATTGCACTCATATGATGATCATGTGTAAGCGACCTACGGTTATAAATTACAATCAGTTTTCTTCAAGGTTTTCCAAAGAGGAAATGCATACGCCGGAAATTTCTTATTTTAATTCAAAATGAGATTTAAATCGTAAATCGCAGATTCAGAAGTTTCGCATTTTAAGATTTGTAATTGAAATTGACCTTGATGTTGAACTTCCATATATAAACCTGAAATTCAGTTTTCTCTCCTGTTCCCCATTTATTTTGTTTAGAAAACATTAGAATTGGAACTTAGGATCCAAGTAGTAGTATATTAAATATATCAATATGGTTTGAATGATTTTCTAAATTGCAGTTTTAACTAAGTTTGAATCGGAATGTGAATCGAATTGTAATGGGAGAGATCCAATCTGAAATGGGATTTAAATCATAGGGATTTTAAGATTTCCGACAATGGTTTTCTTGACTTGCCAACCTTCAAATATTTTATGTCTAGTCACTGCAATGGAAGATGATTAATTGTAATTAGAATATGATAATTTAAAAGGAAGAATACATCGAACAAGTTAAGAAGAGTATATTTATGATCCTGATATGGAAACAGTAAATAATTAAGAAAAGAACTTAAGCAGTTCATTGTCATATCCATCAGTTCTCGGTTTTCATATGCTAAAAATTTCTATATGAGATGAGATGCACTGTTTTCTAGGCTGCAACGCTCAGTTTATGTTAGCTTTGAAATCTTGTACATGATAGCTCAAAATGATATCAATCAATCTGGACATATTATTATTATTTATTTTTTCCACTTTCAGATTTTGCTTACAGAATTAGCTGAAAACTGGCCAGCTAGAGTTAAGTGGACAAAAGACCAACTGGCATTGAGCCATGGCGATGTTGCATTTAGAATATCACAAAGAAGCTCTAAGAAAGTTTTAATGACATTCAAAGATTATGTTTCCTATATGGAACATCAGCATGATGAAGACCCACTTTATATTTTCGATGACAAGGTACTGTTTGCTTTCAAAATTTAAGTACACAACCATCGATTTTGAATTTGATTTGATTTGTTTCTTATAAGTTTGGAGAAGTCGCACCAAGTTTATTAGAGGATTATAAAGTGCCTCATTTATTCCAAGAAGACTTTTTTGACGTATTAGACCATGATCAAAGACCTCCTTTCAGATGGTTGATTATTGGGCCAGAAAGGTCGGGTGCTTCGTGGCATGTTGATCCGGCTCTGACTAGTGCTTGGAATACTCTGTTATTTGGTCGTAAAAGGTACGTACTGCAATTTATTACATCAACTGCATCGTAAATCCATATCACAGTGTTACGCCAAAATCATTTACTACAACAAAGACTGACTATCCTCATCTCTCATTAGGTGGGCATTATATCCTCCTGGTAGAGTACCAGCAGGTGTTACAGTCCATGTCAATGAAGATGATGGTGATGTTAATATTGATGGTCCAACATCTTTGCAAGTAGGTTTATGTTGTGATTAATCATTTGATACAAACATAGACGTGTCATTATGTCTCGTAATGTCATTATAATTATTTTACAGTGGTGGCTTGATGTTTATCCTCATCTTGCTGAATGTGATAAGCCAATAGAGTGTACTCAACTTCCTGGAGAGACAATATATGTTCCAAGTGGCTGGTGGCATTGTGTGCTAAATCTTGAAATCACTATAGCTGTCACTCAAAACTATGTTAATCAGTCAAACTTCGGATACACATGCTTAGACATGACGCCAGGACATCGTCATAAAGGAGTATGCCGTGCTGGGTTGTTGGCTGTCAACGATGAAACATTAATTTCCATGAGTTCAAAAAATTATCCGGACTTGAGTCGGAAAGAGAAAAGGCTCAAGGTGTTATCTGGAGAAAACAAGCCTTGTAGATCTGATAAAAATTGGAAGGTTTGGAACAGTATGGAAAACGTTGAATTTTCTTATGATGTAGATTTTATATCTAATTTCTTGGAGCCAGAGAGAGACCATTATACTTCTGTATGGTGCCCTAGCAACTGTATAGGACCAAGAGAAATGAGACAGTGGTTGCATAAGCTCTGGATTATGAAACCAGAAATGAGACCGTTGATATGGAAGGTATTTTTTTGTGCATTGTGAATATAAGTGTGTAAAATTGAAAAGTTGCGATTGCGTTTTATTTATTTATTTATTTGAATGCATACTTAACCTCTTATAGGGTGCTTGCCTTGCTTTAAATGTGGACAGATGGTTAACTTGTGCTAAACAAATATGTACC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Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	XP_020257461.1	0.0e+00	F-box protein At1g78280 isoform X1
Swissprot	Q9M9E8.3	0.0e+00	F-box protein At1g78280
trEMBL	A0A5P1FB43	0.0e+00	F-box protein

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT1G78280.1	56.11	0.0	1069		transferases, transferring glycosyl groups

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	e-value	bit score
AfisC3G05822	AT1G78280.1	957	367	14	13	937	8	943	56.11	0.0	1069
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Ortholog group

Species	Genes
Allium cepa	g240639.t1
Allium fistulosum	AfisC3G05822
Allium sativum	Asa2G04811.1
Arabidopsis thaliana	AT1G78280.1
Oryza sativa	LOC_Os03g27250.1

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF12937.4	F-box-like	Domain	24	69	29.4	5e-07
PF13621.3	Cupin_8	Domain	148	371	71.6	8e-20

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0000987	F	core promoter proximal region sequence-specific DNA binding
GO:0003727	F	single-stranded RNA binding
GO:0005506	F	iron ion binding
GO:0005654	C	nucleoplasm
GO:0005730	C	nucleolus
GO:0043066	P	negative regulation of apoptotic process
GO:0042802	F	identical protein binding
GO:0010030	P	positive regulation of seed germination
GO:0018395	P	peptidyl-lysine hydroxylation to 5-hydroxy-L-lysine
GO:0033746	F	histone demethylase activity (H3-R2 specific)
GO:0033749	F	histone demethylase activity (H4-R3 specific)
GO:0035212	P	cell competition in a multicellular organism
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GO:0046329	P	negative regulation of JNK cascade
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GO:0048513	P	animal organ development
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GO:0070079	P	histone H4-R3 demethylation
GO:0070815	F	peptidyl-lysine 5-dioxygenase activity
GO:0072359	P	circulatory system development

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
K11323	JMJD6; histone arginine demethylase JMJD6	EC:1.14.11.-	-	-

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network