result

Gene information

Detail information of AfisC3G06590

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC3G06590	chr3	1177387114	1177401817	+

Sequences

CDS

>AfisC3G06590
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Protein

Gene

>AfisC3G06590
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Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	XP_020245148.1	2.6e-90	transcription factor E2FB-like isoform X1
Swissprot	Q9FV71.1	1.1e-51	E2F transcription factor-1
trEMBL	A0A5P1FTW9	1.9e-90	E2F_TDP domain-containing protein

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT5G22220.2	43.06	2e-67	252	ATE2FB;E2F1;E2FB	E2F transcription factor 1

>>>Show top 3 blast result

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AfisC3G06590	AT5G22220.2	346	154	8	61	369	80	419	43.06	2e-67	252
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AfisC3G06590	AT2G36010.3	320	155	7	75	369	131	450	43.75	7e-63	237

Ortholog group

Species	Genes
Allium cepa	g298603.t1
Allium fistulosum	AfisC3G06590
Allium sativum	Asa2G05932.1
Arabidopsis thaliana
Oryza sativa

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF02319.17	E2F_TDP	Domain	110	172	81.6	2.7e-23
PF16421.2	E2F_CC-MB	Domain	189	288	98.9	1.5e-28

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0000077	P	DNA damage checkpoint
GO:0000083	P	regulation of transcription involved in G1/S transition of mitotic cell cycle
GO:0000790	C	nuclear chromatin
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GO:0002064	P	epithelial cell development
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GO:0005730	C	nucleolus
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GO:0046982	F	protein heterodimerization activity
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GO:0071339	C	MLL1 complex
GO:0072331	P	signal transduction by p53 class mediator
GO:0097193	P	intrinsic apoptotic signaling pathway
GO:0098534	P	centriole assembly
GO:1903251	P	multi-ciliated epithelial cell differentiation
GO:1990841	F	promoter-specific chromatin binding
GO:2000045	P	regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
K06620	E2F3; transcription factor E2F3	EC:-	Cell cycle	ko04110
K06620	E2F3; transcription factor E2F3	EC:-	Cellular senescence	ko04218

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network