result

Gene information

Detail information of AfisC3G07651

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC3G07651	chr3	1359733958	1359747988	+

Sequences

CDS

>AfisC3G07651
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Protein

Gene

>AfisC3G07651
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Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	XP_020244081.1	1.5e-181	CHD3-type chromatin-remodeling factor PICKLE-like isoform X1
Swissprot	Q9S775.1	4.9e-81	Protein GYMNOS
trEMBL	A0A5P1FRF7	1.1e-181	Helicase ATP-binding domain-containing protein

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT2G25170.1	38.61	8e-88	321	CHD3;CHR6;CKH2;EPP1;GYM;PKL;SSL2	chromatin remodeling factor CHD3 (PICKLE)

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	e-value	bit score
AfisC3G07651	AT2G25170.1	505	279	10	1	483	419	914	38.61	8e-88	321
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AfisC3G07651	AT4G31900.2	491	276	9	1	471	312	786	36.46	9e-80	294

Ortholog group

Species	Genes
-	-

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF00176.20	SNF2_N	Family	2	163	85.4	2.7e-24
PF00271.28	Helicase_C	Family	187	300	64.8	7e-18

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0000183	P	chromatin silencing at rDNA
GO:0000793	C	condensed chromosome
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GO:0035076	P	ecdysone receptor-mediated signaling pathway
GO:0035093	P	spermatogenesis, exchange of chromosomal proteins
GO:0036091	P	positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter in response to oxidative stress
GO:0042752	P	regulation of circadian rhythm
GO:0042766	P	nucleosome mobilization
GO:0042826	F	histone deacetylase binding
GO:0043596	C	nuclear replication fork
GO:0043967	P	histone H4 acetylation
GO:0044822	F	poly(A) RNA binding
GO:0045111	C	intermediate filament cytoskeleton
GO:0045595	P	regulation of cell differentiation
GO:0045815	P	positive regulation of gene expression, epigenetic
GO:0048813	P	dendrite morphogenesis
GO:0051297	P	centrosome organization
GO:0060850	P	regulation of transcription involved in cell fate commitment
GO:0061628	F	H3K27me3 modified histone binding
GO:0070615	F	nucleosome-dependent ATPase activity
GO:0098532	P	histone H3-K27 trimethylation
GO:1900036	P	positive regulation of cellular response to heat
GO:1901798	P	positive regulation of signal transduction by p53 class mediator
GO:2000023	P	regulation of lateral root development
GO:2000177	P	regulation of neural precursor cell proliferation

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
-	-	-	-	-

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network