result

Gene information

Detail information of AfisC3G07693

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC3G07693	chr3	1364151746	1364163139	-

Sequences

CDS

>AfisC3G07693
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Protein

Gene

>AfisC3G07693
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Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	XP_020241386.1	2.7e-144	WRKY transcription factor SUSIBA2-like
Swissprot	Q6VWJ6.1	5.1e-116	WRKY transcription factor 46
trEMBL	A0A4S8KBT6	3.2e-131	WRKY transcription factor SUSIBA2

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT4G26640.2	48.80	3e-104	375	AtWRKY20;WRKY20	WRKY family transcription factor family protein

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	e-value	bit score
AfisC3G07693	AT4G26640.2	457	190	12	10	449	23	452	48.80	3e-104	375
AfisC3G07693	AT4G26640.1	404	171	12	65	451	6	382	46.78	1e-83	307
AfisC3G07693	AT5G56270.1	457	194	12	37	440	108	549	42.67	4e-80	296

Ortholog group

Species	Genes
Allium cepa	g510915.t1
Allium fistulosum	AfisC3G07693
Allium sativum	Asa2G06357.1
Arabidopsis thaliana
Oryza sativa	LOC_Os07g39480.1

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF03106.12	WRKY	Domain	214	270	81.8	3e-23
PF03106.12	WRKY	Domain	378	435	91.0	4e-26

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0005515	F	protein binding
GO:0003700	F	transcription factor activity, sequence-specific DNA binding
GO:0005634	C	nucleus
GO:0008270	F	zinc ion binding
GO:0009409	P	response to cold
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GO:0009863	P	salicylic acid mediated signaling pathway
GO:0009941	C	chloroplast envelope
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GO:0010228	P	vegetative to reproductive phase transition of meristem
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GO:0045893	P	positive regulation of transcription, DNA-templated
GO:0070370	P	cellular heat acclimation
GO:1990837	F	sequence-specific double-stranded DNA binding

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
-	-	-	-	-

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network