result

Gene information

Detail information of AfisC3G07766

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC3G07766	chr3	1377644294	1377654364	-

Sequences

CDS

>AfisC3G07766
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Protein

Gene

>AfisC3G07766
CAATTATCGGGGCCACCTCCATTTGTCGCCACGTCAATTCTCGCAACAGTTAAACCCTAAATCAAAATCCAAAATCAGCAGCTCTCAAAACAATTCCTGTTACCGTTTCTTCTATTCGTTTTATTGAGCGATATAATTTTAATTTTCGAGATTTTTTTTACCGCGCTTTTGGGATCTGGTAACTCCTCTCTGGCTTTTAATTCGCTGGTTTTCTCCTAAATTTGGTTTATTATACAAGTGCTCGATCAGTTGGTAATTTATTGTTTTTAGAGGTTCTTTATTTACCGCATTGTATTCATCTGTTAAACTGTGTGCTTGGTTCAGATCAATACCCTCTTATCTGTCAAATTGCTGACGTTTGCATGTCTGATTCTTGTTCGTGAGCGGAAAAAACGTACGAGATATTATTTTGGATTGTCATAGTTTGTTATTTTCTTTTGTCATGTGGAATAACAGGTTTTGCTGTACATCAGTTCATGTAAATGATCCGAGTATATTATGTATTTTATGGGCATTAACCTCAAGGTGTATTATGTATTATATAGTCCCCCCCCCCCTCCCCCATAGTCGGTGTTTGCAGAATTCTTTAATCAGATGTATAATTTTTTTTTTGACTGTTGATAAAAATGCAGCTGGTGATGGATGAATAAATTCAAATTTTAAGTTATGCGGATGCATGGTTAACGTAGTAGATAATGCATTGATTATGTTATGATCTGAAGGGTATTGTTCATTCGGTTATTTGTTCTTAACGCAGAAGACATGAATTCTGATGGCGTCACGAATTACTCTGATGTTCTTGCTTTATCAAGCCTTTTCCAAGATAGTGGAAAATATGGCAGTGTGACAAAAGATTATGAAGCTTTACTAGCTCAAAGAAGACAATTGATGAATAAACTCCAAGCTCTTCAAAACTCATATGTTAGCAGTCCATGTTCAAATGCACAAACACTTCCATTAAATTTGTCGAATGATGTAATAGATTTGGATTCGGACGAAACCGAAAAGGCAGAAGATAAAACAAATGCAGTCTCCAATGCAATCATATTAGTTGATTCGGATGAGGAAGATGATCCTCACCGCAACCAAAATGTGTTACCTCTTAGTTCACATCAATATCTTAATTTTCAGGAAAGCATGAAAGCCCAGCTAGAGCAAAAATTACTGAACAGGTCATCTACGGGAGAAGGGAAGTCAATCATTGAGGTAGGAAATAATGCACTTTCTGTAGAATTGAAAAGACTTCCTCCATCTGTACAATATGAAAAGGTTGTCTTGAAGAATGTAAATAATGGAGAACTTGCACCCAGTTATTCCCAGGTATATCGAAGCACTTTATATTTTTTTTCCTTTACAGTTTATGTTTAAAACTGAAAAAATTGAATTATCTACGCCAAGGATAACTAGTTTACATAGTTCATCAAATACACAATAGGTGATTTATATGAGATGACCGATATTGCTTTGCACATAAAATATACATAGAACTCCATAAAGGATTAGCTACAAAACTCGTGTGTCTAGCCATTCTCATTACTAGTCTATGCCATATTCAAGGTTTCAATATATTTCAATCACGTTTCGTCTCAGGATTTTCACATAAGATATCTCGTATCAGAGGAGATCTCGGACGAGATGAGGGTATCTTGGATGTACGTCTTGGATTACATCTTGGATCTTAAAGTACATTTCAGGACCATCTCGATGTAGTTTATGTGCTCGAAATTGATGTTATAATGATTTATTAAACAATTAATATTCAAAAAAATAAAACTAAAAATTGTAACATAATTGATTAGCGTATAAAAAGGAATTGAAATAGATGTTTTTTTTGGAGAAGAAAGGAAGCTTAGTTAGTTGGATTCATTTGGTAATGATTGAATAATATTCTCTTATTTGAACACTAAAATGAAATAAAGTTGTTTGTTTTGACTTGTCGAGACAAAAAGTAAAAAATATGGGTAGGGGTTGGTAAATAGTAATAGGATTGAATTGAATAGTTTCTTCTTAACCTATATGAAAAGCAAAAAATGTTACGTAAATATATATATAAAATTTAGGGTGAGATATCGGATTGAGATTTTGATCCATGTTTCGCTTGGGATTTGAATATTTCGGATGAGACTAGTGTCAAAGGAGATATGAATGAAATTTGACGTTTCGTCTCATATAAATGTGAAGAAAATTTCGGGTGAGATATAGGAGATTTAAAACCATGGCCATATCTATGGAAACCCTAATAATTCTTAAATTCTTAAAGGAGAATACTTAATTATCAATTCGATCTATAGCATATACAGTTTCCTTTGCAACAAAACTTGGCCGGCCTTTCCCCCCTTCTACATACTTTTTCACCTGGTTTTAAGCAACTGAATAAAATATTGAATTAATATACTACTTTAAGTTGCTACTTGATCAGTCTTTACTTTGAATTTTATTTTAGGTTTTGTTTATAACTTTTAAGTACTAGCATCTTTACACTATGCAGAATCAAACTCTTGAAGGCGTTGGAGGAGTTGCTATGGCCTCTGTACTGAATATGTACAAGGTATACATGATTTACTTTAAATCTTAAACTACACTAAAGTATGTCATGCTTGTTATTTGGCTTCATCCGTTCACTTGAATATCATTGTATTGTTAACTCACTAGGACATATCGTTGCTTATTATATACAAGTGTGTGTGTACATGTACATATGATATTACAAGTGGGTGTTTGTAATACCCCTTTCAATTGGCTGAATTGATGAGTGTTAATTTTACGTGAAAACCTGATATTGGGAAAGACTATAACCAAGGTGAAATACTGAATCTTCCACAACGAAAAAGATGATGATCCACTTCGTATAGAGGGGGCGTCGGTGGTGGTCTCCAATTTGATGCCTTCTCTATGCAGGGTGAAGATCCCATATTTTGTTGCAGGATGTAAAGCACTGTCCATGCCCAACAACTCTCAAAAATATTGTTTTATCAATTAGAAAGATATTTTAGCGTATACAACATTGCACTTCTAAAGTATAATAGTGCTGCATACAACACAGATAACAATGATTCGTTTGTTATCTCCTGGCATGCGCAGACACCAAAAACTGGAGTTAGAGGAAGAAAAAGGAAGGAGCTACCTATGTCCAATGGCTCTCAACACCCAAATGTAAAGAAAGAAACAACTGAAAATTTTCCACCTGTTCCATTTGAAGACAATCAAGAGGATACACTCACAGTGGAAATCCAAGAAGATACAAAAGTACCAGAAAATGATGGTTTAGATGATCTTTGGAATGACATGTCAGTAGCCATTGAAGTTTCAAAGGTATTATCTTTATAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAACATATCATGCACAATTTTTTTATTATCTAATATGTTTTACTTTTCTCTAATGTATGGTTGTCTTATAAACACATGTTGTAAATATTAGAAGTGTTGTGCAATTATTAATTTCTCTACTGGGGAAGGTTATTACGGTGCGAAATGTGTCGGTTGCGTTTTTTTTTAAAGTGTCTACCTAACTGGAGCTAAACCATGAGTTAATTGTGTGTATTCAATTTTCTGGCTTTAAAAGCTTTTACAAATTTTGAGTTAAGTTTTTGGAATTAGCTTCATAAATTGCATTGATCAAACTGTATCTATTGCTACAGAATACTGTCAGCATGCCTTTGAATTGGCATATATCAAACTTTTCAAGCTTTAGTTAGTTTTGTTCAGTTAGGCAGCTAATTTGGAGAATTTTTTAAGCTGCTCTTATCAGGGCAGCAAATTTTACTTTAACTTCAAATATTTGAACTTGCAGACAAGTCCTGCTAAATATTATACCGCATAAGACACTGACATTAATTTAATAAAACCACAAAAATGGTTTGTGGGAGACTGCAAATTCGAGAACGGTATTTGATGCTTAAAACTGATCCTGAAAAACTACTCATCAATCTGTATCTAGTGCTACAGAAAACTGTCAGCATGCCTTTGAATTGGATATGTCAAACTTTTCATGCTTTAGTTAGTTTTTTTCAGTTAGGCATCTAATTTGGAGAATTTTTAAGCTGCTCTTATCATGGCAGCAAATTTTACTTTAACTTCAAATATTTGAACTTGCAGACAAGCCCTGCTAGATATTATATCCATGTGCCAGTATCCATATTTTTCTATTTGTAATCAATTTGTCAATATACACATGATTACAGGTTGCCCAATTATACGATACAAGTCATCCAAATATTTTATCGCTTCTAAACCGTTTAAAAAGTAAGTTAAAGTGCATGAAGGTTAAACACCAATATCAATACGTGCCGCACACTTGGACTGTTAGCAAATTATTGATAATTGGTGAGATCTTCACCATCATATCATATAATAAATACCATTTACATGGGATACTTAAAGCCATTAACAAATAAAATTATCCTCTTAAAAGTTAAAATTGCATAATACATAAAGATATTGCTGAATATTCAAAGATTATGGAACATCAGTTTGCAAATCCCACCTACATATTTACTTCGTAGTTTTATTGTATAACCTTGTGAGAACCGTTTTAGAGTCAGTTGTTTTGTCCTTCTCAAAATATTTACTTTTTTTTTCCTTTCACTTTCATTTTTTGAAGCAAATTTTTTAATAAATAGTTCTTTCAAAAACTTCTATTTTTTATTTTGATTTTTTAAACTTTTAGAACACATATTTTCAGACTTCCAATTTTAATGAAATTTTTTATATAAAAAAATCGATTCTTTTTTCAAAAAACAGAAAAAAAGAAAATTGACCGTCCTTGTAAAAAAATAGTTACTACACTCTAATCATTTACAATGCATGTGTATTTGGTGGGATCTTCATATATTTAACAAACATTTATATGTTATAGCAACAGCCAATAATAAATTTACTTTCTTATGGTTAGAGTTTATATCTTAAAGATTGTACAATACAACAATTGTGCAATTCCTACTCTAGGGTGCCTACATA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TTTGTATATTGAAGTAGACTCCAATCATTCTTGTGTATTAAGCTATGTCGCTTATGCTATTGTTGCTAAAA

Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	XP_020277382.1	0.0e+00	protein CHROMATIN REMODELING 35
Swissprot	Q9SIW2.1	5.2e-209	Protein DEFECTIVE IN RNA-DIRECTED DNA METHYLATION 1
trEMBL	A0A6I9QZI5	4.5e-258	protein CHROMATIN REMODELING 35 isoform X1

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT2G16390.1	45.74	0.0	771	CHR35;DMS1;DRD1	SNF2 domain-containing protein / helicase domain-containing protein

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	e-value	bit score
AfisC3G07766	AT2G16390.1	938	406	19	2	919	34	888	45.74	0.0	771
AfisC3G07766	AT2G21450.1	669	280	7	269	919	154	814	54.26	0.0	707
AfisC3G07766	AT3G24340.1	745	404	24	235	921	429	1119	30.74	4e-78	290

Ortholog group

Species	Genes
Allium cepa	g96124.t1
Allium fistulosum	AfisC3G07766
Allium sativum
Arabidopsis thaliana	AT2G16390.1
Oryza sativa	LOC_Os03g06920.1; LOC_Os06g14440.1; LOC_Os06g14440.3; LOC_Os06g14440.4; LOC_Os07g25390.1; LOC_Os08g14610.1

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF00176.20	SNF2_N	Family	377	578	68.5	3.9e-19
PF00271.28	Helicase_C	Family	726	840	37.3	2.5e-09

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0005515	F	protein binding
GO:0000419	C	DNA-directed RNA polymerase V complex
GO:0003677	F	DNA binding
GO:0050832	P	defense response to fungus
GO:0004386	F	helicase activity
GO:0005524	F	ATP binding
GO:0005730	C	nucleolus
GO:0006281	P	DNA repair
GO:0010424	P	DNA methylation on cytosine within a CG sequence
GO:0030422	P	production of siRNA involved in RNA interference
GO:0031618	C	nuclear pericentric heterochromatin
GO:0035563	P	positive regulation of chromatin binding
GO:0060964	P	regulation of gene silencing by miRNA
GO:0070829	P	heterochromatin maintenance
GO:0071360	P	cellular response to exogenous dsRNA
GO:0080188	P	RNA-directed DNA methylation
GO:0090577	C	RNA polymerase IV transcription factor complex
GO:1900111	P	positive regulation of histone H3-K9 dimethylation
GO:1900370	P	positive regulation of RNA interference

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
K10875	RAD54L, RAD54; DNA repair and recombination protein RAD54 and RAD54-like protein	EC:3.6.4.-	Homologous recombination	ko03440

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network