result

Gene information

Detail information of AfisC4G00076

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC4G00076	chr4	15814785	15823168	-

Sequences

CDS

>AfisC4G00076
ATGTCTACCAACGGCAGCAGCGAAGCACCGGAGGTAACCATACCGCCCCAATCCTCTTCCCGCCCCACCATCTCCCTCCCGCCTCGCTCCACCTACGAGTCCCTCTTCCGCGGCGGTGCCGACGCCAGCCCCGGCCCCATGACTTTGGTGTCCAGCTTCTTCGCCTCCGATCAGGAGTCCGAATCCCAGTCCTTCTCCCAGCTCCTTGCCGGCGCCATGCAGTCTCCGTTGGCAGTGATACGGGCGACGGAAGAGGAGAGGAAGGAGGCGCAGGGGAAGAAGGGTTTGGTTTGCGAGAACAAGCCGAGTGGTTTGGTGCTGTCGCAGCAGCAGCAGCCGTTCTTTTTTGTGCCGCCTGGGCTTAGCCCTGGTGGGTTGCTTGAATCGCCATCCTTTTTCGCAAATAATTTGACACCATTTGCAATATCTCATCAACAAGCTCTAGCTCAAGTAACAGCTCAAGCTGTTCAATCGCATACTTCAGTCGAACAAATGCCAGCTCAGACATCATCTGCCACTAATAATTCCCAAGAATCAGGACATGTCACAAATGTTATTCAGCGGTATCAGTCTTTACCTCTCAATGTTGACAAACCTGCAGACGATGGCTATAATTGGCGCAAATATGGGCAGAAGCAGGTAAAAGGAAGTGAATTTCCTCGGAGCTATTATAAATGTACACATCCACAATGTCCAGTCAAAAAGAAAGTTGAGCGTTCTCCGGAAGGGCAAGTAACTGAGATTATTTATAAAGGACAACATAATCATGAAAAGCCTACACATAATAGGCGTGCAAAGGAAAACAATTCAGATTATACCGACAATGGTGAAGCAGTAAATATGGCTAAAAGAGACCGGGAATCAAGTCATGCGACATCTGAACAGTTATCAGGATCGAGCGATGGTGATGAGGCTGGGAACGCTGATTTGAGGCAAAGTGAGATAGGTGACAATGAACTGGATTCAAAGAGAAGGATTGTGGACGCGAGAGCTACGGAAGTGACCACAACTGGAAGAACAGTAACTGAACCGAAGATTGTGGTGCAGACAACAAGTGAAGTTGATCTTTTGGATGATGGATATAGATGGAGAAAGTATGGTCAGAAGGTGGTTAAAGGAAACCCTCACCCTAGGAGCTACTACAAGTGCACATTTGCAGGATGCACGGTTCGAAAGCACGTGGAAAGGGCATCCAACGACATCAAAGCGGTCATAACAACCTACGAAGGAAAACATAACCACGACGTCCCTGCTGCAAGAAACAGCAGCCATAACACAATTGCAAATTCAAATGCAAGGCCTCAGAGCAATCTCACGATGAATAATCAAGCGTTTAATAGAACTAATAATGTTCAAAGACCAGTCGCGGTTCTTCAGCTGAAAGAAGAATACAACATGCGCTGA

Protein

Gene

>AfisC4G00076
CCGTAATTTTCGACCCACTCCCAGCTCTCTTTCCTTCTTTAAGTCAACCTTCTCATCTCCCAACTTAATTATCCATTAAATTTATTTTGGAGGGAAGAAGAAATCTTATCTAACCTTTCTAATTTTCCCTTTGAAGCGGTGACCTTGCCAATAAAACCATGTCTACCAACGGCAGCAGCGAAGCACCGGAGGTAACCATACCGCCCCAATCCTCTTCCCGCCCCACCATCTCCCTCCCGCCTCGCTCCACCTACGAGTCCCTCTTCCGCGGCGGTGCCGACGCCAGCCCCGGCCCCATGACTTTGGTGTCCAGCTTCTTCGCCTCCGATCAGGAGTCCGAATCCCAGTCCTTCTCCCAGCTCCTTGCCGGCGCCATGCAGTCTCCGTTGGCAGTGATACGGGCGACGGAAGAGGAGAGGAAGGAGGCGCAGGGGAAGAAGGGTTTGGTTTGCGAGAACAAGCCGAGTGGTTTGGTGCTGTCGCAGCAGCAGCAGCCGTTCTTTTTTGTGCCGCCTGGGCTTAGCCCTGGTGGGTTGCTTGAATCGCCATCCTTTTTCGCAAATAATTTGGTTGGTTTTTTTCAATTTTGATAAATTCTTAAAATTGGTTGAGTTAGAAATGATATAATCTTCAAACGGTGAATATTAAAATTGCTTATTCCAGCAATTAGACTATGTAAGTAATAAGACATTCCTACTTTTGTGAATTTTGATGCCTTTTATACTAGTGATTAAATGATCTTATAAATGTAATTTATTGACCATGCAAATATTAGGATAAAGAAAGTTTGAAATGAGTTTTGCCAAAGGGATGTTTTTGCATCCAAGTTTCAAAATTCACTTTTGCCCCCTGGTAAAATCATGTTTCACGAAAAATCCCTATCATTATTTTCAACGAATATTTGTAGTCTACGGTGCAAATATTTATTTTGCAAAAATTTGCAGTCAGAATCGCGAACATTTGCAATCTACACCGCACATTTTCGCTGAAAATCATGACATGGGTGTTTCGGGTGTTTCTTGAAACTTGTTTTTGAGCACGTTTGTTTTGGTATTAAGTTCGACAATAAGGGGTGGATCCTACTTTCCACTTTGCCAAAATTGTTCATATTACTAATTCTTGACATGTCAAACCACCAAATAACAACTTAACAATAAAATTTAACTTTCCAGTTTTCAATCTCTAAGACTAAAAATTGATATTTATTATTATCTTAATAAGAAAATGAAGGCAAACGTAAAGAGAATCCAGTTCTAAGATGTCATGTGACAATTTTTTCTACTTTGAAATTTAAATTGAAGATGTGATTTATGTTCTTACCAAAATCTGATTTGTTTACACTACTAAAACATCTCATCATGACTTTCCCAACATCGCTTTGATTATGCCAAATGACAGATATCTCACATAATATATTGTCCAACACAGAACATGTGCATAATATTAGTTTCTGTACAAATGCGGGTAAGTTCCTTTTGCATTTATATTGCTTCTTGGTGCACTGAGGACCAGTCTTGGTGCATTTAGTTTGTTTCTTTTGATGTAGATTTGATGTTATTTATAGCTTTATCAATAAGATACTAGAAACTAGAGCAAGTGTTCTTTAGGCTTCATGATAAAGCTTCAAGTGAACGGAGACTTATAACATGACGATCATGTTCTTAAATTTAATCTGTTTGGTTCTCGGTTTGGGTTACTTAAAACGTCATACTATAAAAAGTACAAGCATCAATTAGGCTATTGGCTCTATGTAATCAATCATATGGCAAAAAAAATGATCCAAGTAATTGATGTTATATGGCTCTTTGTGTACACTTTTTTTACTTTTCCTTTTTGTCTTTTGAACCAGTATATTATATTATATCTGTCTTAACTACTAGCTTCCTACAAGGATTACTACACCATGAACTACCACCGTGTTTATTTAATTTGGCATTATCGAATGCGTTCTGCTAAAATACATGAACCGCTTTCCTTTTTATCGCGATACCATATCAGGCCATATCTATTGGCCTATAAGATAAAGGAGGGATTTCTTTATGCATATGGCCAATGGCCTTATGTTTTCAGTGATTGTGTGTTCTATTATGCAGTGTTGTTGAGAATGATGTCTAAAGTGATTTAGCTTTTCTATGGTGTTTGTTATCAACATTACATGCTACTTACATATCATTATGAAAACTACTGATATATCAGTTAATGGCTTTACGCAGACACCATTTGCAATATCTCATCAACAAGCTCTAGCTCAAGTAACAGCTCAAGCTGTTCAATCGCATACTTCAGTCGAACAAATGCCAGCTCAGACATCATCTGCCACTAATAATTCCCAAGAATCAGGACATGTCACAAATGTTATTCAGCGGTATCAGTCTTTACCTCTCAATGTTGACAAACCTGCAGACGATGGCTATAATTGGCGCAAATATGGGCAGAAGCAGGTAAAAGGAAGTGAATTTCCTCGGAGCTATTATAAATGTACACATCCACAATGTCCAGTCAAAAAGAAAGTTGAGCGTTCTCCGGAAGGGCAAGTAACTGAGATTATTTATAAAGGACAACATAATCATGAAAAGCCTACACATAATAGGCGTGCAAAGGAAAACAATTCAGATTATACCGACAATGGTGAAGCAGTAAATATGGCTAAAAGAGACCGGGAATCAAGTCATGCGACATCTGAACAGTTATCAGGATCGAGCGATGGTGATGAGGCTGGGAACGCTGATTTGAGGCAAAGTGAGATAGGTGACAATGAACTGGATTCAAAGAGAAGGTAATTACCAAACTTCAATATTTTACGGTAATGATGCCAAATTATTAAAATCAATGTTTATAAATCCTCTTTTTAAATTTTGGGAAGGGTGAAAAGCAGTTTTGATGTAGACTTCGGAGGTGGTGCATGCATAACATTTTAACAGCTAATCATGATTTTATAGGATTGTGGACGCGAGAGCTACGGAAGTGACCACAACTGGAAGAACAGTAACTGAACCGAAGATTGTGGTGCAGACAACAAGTGAAGTTGATCTTTTGGATGATGGATATAGATGGAGAAAGTATGGTCAGAAGGTGGTTAAAGGAAACCCTCACCCTAGGTTGTATTCTTCTCTTTTACTTTTCCTTTTATTAAATGCTCGATCAGTAGCTTTATGCTTGGAAATATTGGATGATTCATCCCAATCACATAAATTGGTATTGTGTGTGCATCTACTAGTCACATGTTAATGGTTATCGTCTTCATTAAATGCAAAGAACTAATTTCAATATAAAGGGTAAATTTGCATTTAAACACTAAAAATGTTATTTGTTTCTGTAATAAGTTATTGTTTTCTCGTGTAATAAATAAATCTTAACGCATCCCCCACTGAGCCCAATTAAACACAACCCTATCATTAAACACAACCCAATCATTAACTCTGACAATGAATTTCTCTCACTGAATTGAAGTAAACAAGCATTAAAGGAAACAGTAACTATTTTACAATTCTGGTATTGATAACAATACTTGATTTTTTTTTTTATATCCTTTTTAATAGCTTTCGGATCTTATGCTAAGATTAATATCACATACTGGTGTCAGCAGACAAACCCATCATGAATGTGATAGGTTGGAATAGTGGTAGTCACGCATTGAAATTTGAAACCACATATTCCACTAATGTGACCTCATGTCCCCCAAATTATAATTGCCCTCACCCTCATTCTCACATCAAGCATTCATTTGTTGATCAATTAACACATTTTATAAAATTGAAATTTAATCGAATTATGTGATTATATGGGCATATTGGGACATGAGTAACGGGGTTATAAAGTTTAATTGAGTAAATCCTAAACACAAATAGAGATTTATAGCCAAAGAAAACAGGTCACTTATAAGCTTAATAAATACGTAAAAGAACTATTATGCTCATGACCCTAATATCTGGAATATTGTTAACAATCATCTTCCACTTATCAAAATCTTGATGTGCCACATCTTTTTTTCTTGGAGACGCCTTTGGCTACCTGTTCTAAATAACCATGCCCTGGGTTAACAGTCAGTGCAGTTATTCGAGCATTGACCTCAGATTGATCTACTTTCTTATTAGCCTTCATTCAAATTGTATTAGCACTTGCTCCCTACTGGTGGTTAAACAGTAACTTGTGGTAATGAACACGTTTATTTTGGCTTATCCATCAGTAAGGATAGTTTTGTTATCACATTTGAAATACGTGTCAACAAGGCCATGCTCGCCTTCTCTCTGTTAGAGAGGATAATTTCCAAGTCCTTTGTCCATACATGTGCATGCCTGCAACTAGATGCACTTCGGAAGTTACAATGATACTAGCGATCCATTTGCCAAAATTGTGCAGCACAATATGTAGTTTTAACGAGTAGTAATTTTGCAAAGCAATGGAGAAGGCGGAAGGCAAAACGATGATCAAACGGATAGAAGCAAAATAATGCAAAATTTTGCATCGGTAATCACAGCTGAACAGAAATCGTTCATATTAGATATTGGGCTGTGACGGGTTATATATGTGCACAAGAATTCCAGAGAATTATGACTGGTCGTACCTTATTTCTACATGCGACCGGTAGCGAGTCCTGGAATGTGAATTTGAAGCTGGTTGTTCTTGTGGTTTCATGGGTTGATTTGCTTGAGCGGCCTTTTGTAAACTGGAGGCTTCGATGAATTGGAGAGTTATTAAATTGAACAAAATTTCTAGCCTACAACAAAATTCAAACAGAACCCTAGCAATTGGGGAGTTATTAAATTGGAGGTTTCGATGAATTTGGGGTCTTCGCTTTGATTGGTGATCGAAGATTATTGGCGAATTTGCTCCATACTAGATGTTTATATCTTCTGTAAACTTTGGTAGGATGCGTTCAATAATTCAAATAATTTGTTTGTTCAGAGAGGCAGATATAAGGGTTAGATGTGCTAATATGGAGCAACATGCATAAGAGTAGGCTAAGGGTTCTAAAAGGGGCTTATTTTTATTGTCAGGAA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Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	ONK64797.1	5.3e-128	uncharacterized protein A4U43_C07F30020
Swissprot	Q9XI90.2	3.2e-106	WRKY DNA-binding protein 4
trEMBL	A0A5P1EHZ6	3.8e-128	WRKY transcription factor 3

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT1G13960.1	50.87	3e-120	429	WRKY4	WRKY DNA-binding protein 4

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	e-value	bit score
AfisC4G00076	AT1G13960.1	517	182	13	8	463	6	511	50.87	3e-120	429
AfisC4G00076	AT2G03340.1	511	168	15	20	463	19	510	50.29	1e-118	423
AfisC4G00076	AT1G13960.2	502	185	14	8	463	6	484	49.40	3e-107	385

Ortholog group

Species	Genes
Allium cepa	g389066.t1
Allium fistulosum	AfisC4G00076
Allium sativum	Asa4G00248.1
Arabidopsis thaliana	AT1G13960.1; AT1G13960.2; AT2G03340.1
Oryza sativa	LOC_Os03g33012.1; LOC_Os12g32250.1

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF03106.12	WRKY	Domain	201	257	91.0	4.1e-26
PF03106.12	WRKY	Domain	358	415	89.2	1.4e-25

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0005515	F	protein binding
GO:0001046	F	core promoter sequence-specific DNA binding
GO:0003700	F	transcription factor activity, sequence-specific DNA binding
GO:0005634	C	nucleus
GO:0030010	P	establishment of cell polarity
GO:0008270	F	zinc ion binding
GO:0009409	P	response to cold
GO:0009555	P	pollen development
GO:0009611	P	response to wounding
GO:0009651	P	response to salt stress
GO:0009846	P	pollen germination
GO:0009863	P	salicylic acid mediated signaling pathway
GO:0009941	C	chloroplast envelope
GO:0009942	P	longitudinal axis specification
GO:0009961	P	response to 1-aminocyclopropane-1-carboxylic acid
GO:0045893	P	positive regulation of transcription, DNA-templated
GO:0070370	P	cellular heat acclimation
GO:1901141	P	regulation of lignin biosynthetic process
GO:1904369	P	positive regulation of sclerenchyma cell differentiation

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
-	-	-	-	-

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network