result

Gene information

Detail information of AfisC4G01133

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC4G01133	chr4	205517350	205522197	+

Sequences

CDS

>AfisC4G01133
ATGGAGAATTTTATCGATCCATTTCTCTCACCGGACTCATGGCCAGACCTAAGTATATCTTCTCGGACATCATGGGAAGACACTGTTGCATCCCAAGTCGAAGCAAATGGAGAATCTGCAATCAACAAACCTGTATGCATGATACAAGCAAATGATTTTGACCCAAATTCCAATGAAAATCACAAGTATGTGGCTCAACATGAAAGTAACTCAACATCTGAATCATACGGTCAAGAATTCAACTCTTCATGCTCTGTTACATTGCCGCATGGTGCTTTTACGATATCTAGTTCAATCGAAAGTAATGGAAGTGAACCGACTAAATACAGTTCTATTGGCGATGCGCATTCTATTTCTTCTGTTCAATCGATGTGGTCTCAGTCTTATCCTAATGTTTTTGGAACTCAAATGGTGGGAAATGAGTATTTTATCAATAATGAAGATTTCCTGCATATGAATAATGCATCTACTGATGTTCATGATTGTAATGGGCTTCAGTCCAAAAATTTGTCAAATTTCAATGGTGGTCAACAAATGAAATTGTTGAATGGTACTTTGCATCTTCATAATCAGGAGCAAAATGGGATGAAACACTTTCAAATACCATCTTTTTCCATGGGGACAGAATCCGCTTTGAATAATTCACCTGTATTTCATGCTTATCAACAGTTGCCACGACCTATTGAAGGAAATATTCTACAGCATCAAGCGGATGATTCAGCTCAAGCTAATAATACTAATGCTTCTAATGGTTCTGCAAAACCACGTGTCCGTGCACGGCGTGGCCAGGCAACTGACCCTCACAGCATCGCTGAACGGCTCCGAAGGGAGAAAATCGCTGAAAGAATGAAGAACCTGCAAGAACTAGTTCCCAATTCGAACAAGGCTGACAAGGCATCCATGCTAGATGAAATCATAGAATATGTCAAATTCCTTCAGCTACAAGTCAAGGTCCTCAGCATGAGCAGGTTAGGGGCAACTGGAGCTGTAGTACCTCTAATTACCGATACATATGTTGAGGGTTCTGGAAATTTCCATCCATCTTCAGTCAGCCACAGCGGATCACCTGATTTATCCGATGCAGAAGAAAGCATAGCATTCGAACAAGAAGTTATAAAACTAATGGAATCGAACGTTACCGCAGCAATGCAATTTCTTCAAAACAAAGGATTATGCCTAATGCCTACTGCACTTGCTTCTGCAATCTCTCACCAAAAGGGTTCTGATGCTTCCACCATTCCTGATAATATCGTTAAGCAAGAGGAGTCAATTAGGCCGCGGCTCACTTAG

Protein

Gene

>AfisC4G01133
ATTACATTACATTTACACATAATAAGAATCATAATGCGATTCTCTCTCTTCTTTCTACGCTGAAGTTGTCAGTTTTCCCCGAATAAAGCTCATTTTCAGTTTCTTCTCCTCTCTTCCTTTATAATTTTTTTTGTTTTTCTGCTCGGAAGCTTGCTCTCTTGGCTTTTTACAAGTAAGTATATCATCAAATTGGAAAAGGAATCCTTCAGTTTAATTTTGGTGTTTAATCATCTGCGTTTACTTAGTAATCAAGCCTTTTTGGTAATTGGTATCGGGATTTAACCTTTTAGGTATTTTCTTGGTTTGATTAATGGTTCTGATGAATTGATACATGGATTATGATTATTAGCTGTGTTAGTTTAAAATAGAGGTCACTTGGTTGGTATTTCTCTTCAATTTTGATTGTGTTTGATATTCTGATTGCTCGAGCTGTTATGGGGATTTTACCCCATTAAATTTGATTCAATAGTAGTAAATGATTGGGGAGTATAATAATATTGGGTCTATATTTATTTTTCTTACTGCAAATAGGGATTATTTGGTAAAAATCGTATACCATTTTGATGCTAGAAACTTATGTTTAGATATTTATTTAGCTTAAAAATAGTTGAAAGAGTTTTACATTTATAAATAATATGCATATATTCATGTGTGTATGTGTATGGTTCCTCTTAAGGAAAACCTTGTTGCAACTTTCAGTCCTAAGTAATATATTTAGGTACAATAATTTTAACCTAATCCTGACATTGAATGTGACATGATTTCTTATATATATTTGTTTGATGATTAGTTAACAGAAAATGACTTGGTGTTTGATTTTTATTATTTATTTTGCATTTAGAATCTGAATATTAAAATTGAAGTTACCAAGTCATGAATGAGACAACATTTTGAAATGCTTCCTATGATTCAATTATAGTTATATATGGTTAGTTACCAAGATTGTCCATTAACTGACTAAGACTAAGAACTATAGACAATGAAGTAATTGTTATGTACACGCCTACTTTTTAAACGAACAATATCAAAAATACAATTTATGAATATTATGGAAGAACAATTTTGTCCGACTGATTTAGAAACTCTAAAAATTATTATGAAATTGAAACTTTATGGGATATGCTATGTGTTTGCTTAGTACAAGGTTTACTTCGAATGAGTGGCACAACAATATAATTTTAGTGTCATTTTGGAGATTTGATTATCGTATTTGTAGGATATAGTAAGTGGTTATTAAAAGAAAGTATAATTATCTCCCCTTGTTCTTTAAACAGAAAACTTTTTGAAGAAATCAATAATAATTAGTAATTCTATTTGCTCTATGGTATGTCTCTGTTTACTGAGTGGTATCATGTTGATCATTGAGCAGAGAGATACCACAAAAATACATAGAAGTTAAATTATTGCAGTATAATCGTCAATGTTTAAGTATACATTAACATTATAATTGGTAGTTGAAGAAGAGTAGCTAGATTAGTACTGTTTAGAATTTGTAATTTAGCATTTTAAAATTAAAATGTGTGTATAATGTTAATGAGATGTCATAAAATATTTGATATGCTAGGTTAGCTGGCTAGCATATATGTTTAGTCATAATCTCCGACAATCAATTAGTATTATTTCTGGAAGCTAATCCTACAATTCTTTCATGGTAGACGGAGCCAAGAGAAAAGACAGAAGTGTAAACTCTACTGCAAGTCAATAATATTGATTTTACTAAAAAGATATCATAATTTAGAGAATATGGAGAATTTTATCGATCCATTTCTCTCACCGGACTCATGGCCAGACCTAAGTATATCTTCTCGGACATCATGGGAAGACACTGTTGCATCCCAAGTCGAAGCAAATGGAGAATCTGCAATCAACAAACCTGTATGCATGATACAAGCAAATGATTTTGACCCAAATTCCAATGAAAATCACAAGTATGTGGCTCAACATGAAAGTAACTCAACATCTGAATCATACGGTCAAGAATTCAACTCTTCATGCTCTGTTACATTGCCGCATGGTGCTTTTACGATATCTAGTTCAATCGAAAGTAATGGAAGTGAACCGACTAAATACAGTTCTATTGGCGATGCGCATTCTATTTCTTCTGTTCAATCGATGTGGTCTCAGTCTTATCCTAATGTTTTTGGAACTCAAATGGTGGGAAATGAGTATTTTATCAATAATGAAGATTTCCTGCATATGAATAATGCATCTACTGATGTTCATGTGAGTGTTTCTTGTCTTTCGATAACAGTGGTTTGATATTAGTTGCTTGTGATGTGAAAAACTTGTCATTTGCCACAACTTGATGCAGTGAGAGTGATTTCAGATTAATACACATACAAGAGGGTTCAAGATCCCCTCTTATAATTCCACCCCCTCCCATGATTTGTGTGAAAAAAAAAACTGTAACAAAATATATATTTATAGATATGTTATATTCATCAGCGAGATGATCATTTACAAAAAATGTCGAATTATTTTGAAACTTTTAACCCTGTCAAAACCACATTTCAAATTGATGGTTAAAATAAATATTTTTGATGGTACATATTGGCTTACGATTTTGAAGTAGTTAAAAGTTTTGGGCTAAATCAAAATTTTGTAAAGATGATCTCGCCAACGAATGCAACATATTTGTAAAATTTACTTTGTGTGTGTGTGTATTATCATTTCAAAATTTCTTAATATACCAAAAAGAATAAATGTAAATTTTTTATTCAGCAGAAGCAACTTCAAAGCGGAATTACTAAAATAGAATGCCTGAGTTTGGTAATTGGATATTGAGGTCCCAGCAAATTATATGAAATAAATAAACTCTGTATGTTGACCAAAAAGGCATGTAACATGTGTATTCGTATTACTAATTGAACTCCTATATGTCTTCTCTGTAGGATTGTAATGGGCTTCAGTCCAAAAATTTGTCAAATTTCAATGGTGGTCAACAAATGAAATTGTTGAATGGTACTTTGCATCTTCATAATCAGGTTTGTCATGCTTCGCTATCATTTGGTGATTTATTTTATTATTATTATTATTATTCATTTTTTTCATTTCATTCTGTGCTTATCAACCTAACGTAAAGTTACAGGAGCAAAATGGGATGAAACACTTTCAAATACCATCTTTTTCCATGGGGACAGAATCCGCTTTGAATAATTCACCTGTATTTCATGCTTATCAACAGGTTTGTAGCTCTTAACCATCGATTTTTTTTATGACATTGCTGTAGTTTTAGGCTGTCATATCCTAGTCCACATTTGATTGTGACTAATTTTCCTGTATTTTCCACATCTTATCGATGTTTTTTTTCCTTTCGTTGAAGTTGCCACGACCTATTGAAGGAAATATTCTACAGCATCAAGCGGATGATTCAGCTCAAGCTAATAATACTAATGCTTCTAATGGTTCTGCAAAACCACGTGTCCGTGCACGGCGTGGCCAGGCAACTGACCCTCACAGCATCGCTGAACGGGTTAGTGCATGTCTTTATTTTATTTTACCTTTTTATTGGCATTGTTTATAATTGATGTTTAATCAAATAATGATTCTGACACAAATTATTGTGACACAGCTCCGAAGGGAGAAAATCGCTGAAAGAATGAAGAACCTGCAAGAACTAGTTCCCAATTCGAACAAGGTACCTGTCTCTGTGTATATGCTCATATCTCTGTGTCGGGGTGTACATATGATACAAGAAATGTATCTTTATCTTTTTAATGAAGTATGCATGTTTAACAGGAGATGATAATATCTTTTCGTACTTAACACACTATTATTCTCTAGACTTTAATTTATATTATGTGCAGGCTGACAAGGCATCCATGCTAGATGAAATCATAGAATATGTCAAATTCCTTCAGCTACAAGTCAAGGTTAGATAGACACAAACATTTTTTACATGTAAGGCATTTAACCAAATTCCTAATATAAATTAATTTAAAATATTACTTTATTTCAGGTCCTCAGCATGAGCAGGTTAGGGGCAACTGGAGCTGTAGTACCTCTAATTACCGATACATATGTTGAGGTGCTAATTTACTTCCATTCTGATTGATAAAACATGGTTTTATATGCTATACCATATAAAACTTTCCATGCATTATGATCTTTGATGACCATAACATTTTTTTTCCCATGACAGTGGTATTTCAGTTTCAATTATAAAGGTCGCTTTGTATTCTTTTAATGTTTGTACAGTGCAAACTAGTAACACATTAAGTTAATACAGGGTTCTGGAAATTTCCATCCATCTTCAGTCAGCCACAGCGGATCACCTGATTTATCCGATGCAGAAGAAAGCATAGCATTCGAACAAGAAGTTATAAAACTAATGGAATCGAACGTTACCGCAGCAATGCAATTTCTTCAAAACAAAGGATTATGCCTAATGCCTACTGCACTTGCTTCTGCAATCTCTCACCAAAAGGGTTCTGATGCTTCCACCATTCCTGATAATATCGTTAAGCAAGAGGAGTCAATTAGGCCGCGGCTCACTTAGAAGATAAATGATGTATGATTAACATCATGCATGGTTTTATGTTCTATAATAGCGCTTTGCTTTTGAGTGTAGGGTTTTTACTATGTATAGGTTTTTCGTGTCGTGTACATGATTGCAAACTTACTCTTAATATTTGCATGTGTTAGTGGATAGATGGATGAATAAATGTTGTGGGTTTCTCATGATTTGTGTGAATTATTATGTTCGGTGGAGTTGTGTTCTATATTTTTAGGAGTGATATGTGTACTTCATGATCTTTAACTGAAAGAATGTTATAAGTATTATTTTGACTAGGTGGTGTCGATATTGTAGAGATATTCTTCATTTACAGGAATTTCTGCTTGTTTTTG

Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	XP_020241185.1	2.8e-104	transcription factor bHLH7-like
Swissprot	Q9LSQ3.1	8.8e-42	bHLH transcription factor bHLH082
trEMBL	A0A7M3UQJ2	1.5e-115	BHLH transcription factor

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT5G58010.1	51.39	3e-51	199	LRL3	LJRHL1-like 3

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	e-value	bit score
AfisC4G01133	AT5G58010.1	216	94	3	218	424	62	275	51.39	3e-51	199
AfisC4G01133	AT2G24260.1	168	66	2	237	403	118	282	58.33	3e-47	186
AfisC4G01133	AT4G30980.1	175	59	4	230	403	102	263	58.29	9e-47	184

Ortholog group

Species	Genes
Allium cepa	g36222.t1; g409015.t1; g487029.t1
Allium fistulosum	AfisC4G01133
Allium sativum	Asa4G01051.1; Asa8G00493.1
Arabidopsis thaliana
Oryza sativa	LOC_Os06g09370.1; LOC_Os06g09370.2; LOC_Os06g09370.3

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF00010.23	HLH	Domain	268	313	35.4	6.8e-09

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0001046	F	core promoter sequence-specific DNA binding
GO:0001228	F	transcriptional activator activity, RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific binding
GO:0006366	P	transcription from RNA polymerase II promoter
GO:0005634	C	nucleus
GO:0046983	F	protein dimerization activity
GO:0009637	P	response to blue light
GO:0009733	P	response to auxin
GO:0009739	P	response to gibberellin
GO:0009911	P	positive regulation of flower development
GO:0045893	P	positive regulation of transcription, DNA-templated
GO:0040008	P	regulation of growth
GO:0048446	P	petal morphogenesis
GO:0048766	P	root hair initiation
GO:0048767	P	root hair elongation
GO:2000488	P	positive regulation of brassinosteroid biosynthetic process

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
-	-	-	-	-

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network