result

Gene information

Detail information of AfisC4G02002

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC4G02002	chr4	372812029	372822262	-

Sequences

CDS

Protein

Gene

>AfisC4G02002
ATGGGGAGAGGAAAGATCGTCATAAGACGAATCGATAACAGTACTAGTCGGCAGGTGACTTTCTCAAAACGAAGAAATGGATTGTTGAAAAAAGCTAAAGAGTTGGCTATTCTTTGTGATGCGGAAGTTGGCCTTATGGTTTTCTCCAGTACTAACCGGTTGTATGACTATGCAAGTACTAGGTACAAACTGTTCATTCTCAACTAATATTGTTTTTCTTTCTAAGTGTTCAGATTTTGTTTGTTGCTTAGGACTTTAAAGTTGATAAACTTTCCATATATTTCACCATACATTCTGGTTTAGAAGAATGGTTTATGGTAAAAATGATAATGCGTTTTCTCAAATTTTTAGACCTTTGATGTATTTAGTTTTAAATTTATAAGTTGTTACTATAACATCTTGTGAATTGAAATTTGAATTCTCAATTATCATTATCATTCAGATATTTTTATTTATTTTCATATTTCAGTCAGTGAGTTGTTTCTAAATCACTGATAAACACACAATGTTCTCCCCCACTCTTTCTCTCCCCATGTTATGAGCATCCTTAGCTTTCAGTTTTTTTTTCTTTTTTCCATGAAATGATAAGCTTGCAATTCTTTGGCTTTATTAATGGTTCTAATTTGATACATGTTTAAAATTATCTTTATGATATTTTGTGTTTTTTATTTTTTGCGCAGATGTTTCAAAAATAATTTTTAGTTTGTGATCCTTTACTCATGCATATTGGTTCAAAATGTATCAAGTCTGCTTCAATATTCAACCAGATGTATACCATATATGGATTGATCTTCAACTTATTTTGATGCTTAATGATTGATGATGTCAAATTTCATAAATACATGTGTATTGCGAAAATCACCTTAATATATAGTATTATGCAATTCGCTGCAGTTAAATCAAACATTTGAAAGGTAGGTTAATTACTTTTATTTACTCTTTTAACACTGATATTGAATGGTTATTGACCATTTCTTAACATCTGCATTTTTGATCTGTCGTAATTAGAAATTAAAGTTTAGTCCTGAGTAGTTCTGCATTAAATGTCGAATTAAAAAAATGTTCTGTGGTTTCAACATGCATTCAAAACTGAAAATGCATAGGGTTATTAGTTATGAGATGAAAAGCATGCATGTGATCGGTCTCATTATATGTCCACATGTATGCGCGAATCAAGAATCTTTCCCTCAAGTTTGCAACTTAAAGGTTTGTCTAATATTTTAAGTAGCATAAACTAAAAAAATAGAGCTATTGACCTGAGTTAACAATACAGCGTTCATCCTTAGGTGCATGACACTGTATGCATGAGAAAGAATTCAAATTTTATATAAATGCATGTTTAGCCTTGAGCTTAATTCATACCTGACAGTCATCACCTTAGTATATATAGTTTGGTCTGATAGAACCATTAATCCATCACCAAGGTCGAATACTGTCAGTAGATGGAATTAGCACAAATGTAACATTATTATTCATTATGAAAACGTATGTGTTCATAACATACCATGGAGTTCGATCTAAAATCTCTGTGACTTCTATATGTACATAGTTTATGTTTTCGGTTCAAAATTTCAAGTCTGAAAATTAATTTTGAACATAATATGTTTGTGTTATGTTAAAGAACCATATATTATCACAAAACCAATTGATGATGTGAAGGGAGGTCTCTTAATATTTTATGCATGATTTATATTGTAAATTGTCCGATGTGAGACTAATTTCAACACGCCCCCGCACGTGTGGCGTATCATCAGCCAAACACGTGGACATTCAATGAGGGTGACGTGTGACACAATTAAACCCGCTCTGATACCATGTTAGAGAACCATATATTATCAAAAAACCAATTGGTGATGTGAAAGAAGGTCTCTTAGTATTTTATGCATGATTTATATTGTAAATTGTCCGATGTGAGACTAATTTCAACATGTTACAATGTTTTTTTTCTAGTTATATTTTTTGCCTACGTTTTTAAGCTTTCAGAAATTTTAATTTTAATTTGCAGTTTACTTCCTATGTGCAGTCGGTATCTTTACGTTCTTAGATTATGTTATCCTGATAATGGAATACCATATATGTTTCTGCATGTACATAAAAACTTAATTTTCTTTTTTTACATGTACATTGCATAGCGTGTAAGAGTTTGAATATATCCCCACAATGTATATACAATGACACATGTATGTATATGTGCATGTATTAATATATATACATATACATGCATATGAAATATATGTATACATGTATTTTTTGTATGCAATTTTTATAAAAGGTGTAATACCTTCTCTTATTTTGATGTGACCACAAACTTTCCAAAATGTCTTTGTATACAAATAAGGTTATAGGTACAAATTCCAGTTTTAACAAAATTATCTTTTATTTTTAGTTGGAAAATTATATTCTAAATGTCAATACATTCTTTTAAAATATCCCTTTTTTACCGATTTGTTTAACAACTAGTATCATAATCCTTTGTATGTTCAATAATTTTTAAATAATTAAAGCTACAAAAAATTTATATATTATGATAGTTAATAAATAAAACAGGAAAAAAGGCACACAAAAGAAGTTGCAAAAATATTTAGTCTCAAGGACAACAAGTTTGTTTTTTAGTCCAAATAACACTTTTTAGTGTGAATAGAAAATGATTGCAACTATAATTCTGTGATTTACACTAAAAAATGTCTTTGAGACTAAAAAACAAACTTCTTGTCCTGAAACTAAATTTTTCTTCAACTTTTTCCCTGAGCCTATAATTCATAGAGGTATTTTTTTTGTCCTTACGGGTAGATTTCCAAAAAAATAAAAAATAAAAAAGAGGAGAAAACTTTTTTTTTTAAGATAACTATATTGCAAAAGGGGAAAAAAGCCTTTCTCCGGAGGCTCACAAAAGAAGGCAAGGCATACGGATAACATATATCTTTTAAATTAAAGACAACAGAACAAGACCGGTACGAACAAAAGTAAAAGAAAAATAAAAAAAATAAAAAAAAGAGGAGAAAACTACACTCCAATAATTAATTAGATTTATAAACAACTCACCAAACACTCTTATTCATTCCACTAAAACACATTTCCAATAATATATTATATACAAACATACGCACGCACACATAAACACATACACATGTACACACATGATTGCAAAATATTCAAATTATAAGAAACACTCTCTCTAGTTCCACAAAAAGTCACATAAAACTTCAATTTCACTGACTAACAATTTAACTGTTGTCTAAAAAATGAATAAAAAATACAAGAAATGACTATTTTTAAACTGAAAAGAGGAAAAACAACTGAAATAAGTTGAAAAGATAAAAGATTTGAGAGAAACATTTTTCGCCAAATTAAATCTTATCAGTTAATGGAAACGAAGAAGAACCAAACATTCCTAGCAAGAAATATGTGATAATGTGCCATTCATCATTTAGAATATTGGGATGCGGAAAGCTCAATTTGTCAATAGCTAATTTTTTTTTCATTAAACGCTCCAAGTCCAATATTTGAAATTTCACCCAAATTTCGCCGAAGTTTCCTAAAATTAACTACTTAATTAACTTTTAGACAAGCTAAAACTACTTGGTTTTTTCTATAATTTGTATATTTTTAGCCTCAAGGACACGACCTCAATATTTTAATCACAAGGACAAACATTCTTCTAAAAATTATTCATAAGAACAAACATTCTTCCAAAATTATTTATAAGGACAAACATTCTTTCAAAACTGCTACCGAACAAAAAATTGATACCTAAAAACTGCTACCGATAACTACAAACCGATACCTGAAAACTGCTATCAATAACTAAAAACTGATACTTAAAGAAAGTTGTCCTTCGAGCTAAAATACTGAAAGTTCTTTGAGGCGAAAACACTGAGAAATGAAATTTTGTCCTTGACAATAATTTCCTGTTTAGAATATTGGGATGTGGAAAGCTCAATTTGTCAATAGCTAATTTTTTTTTCATTAAACGCTCCAAGTCCAATATTTGAAATTTCACCCAAATTTCGCCGAAGTTTCCTAAAATTAACTACTTAATTAACTTTTAGAAAAGCTAAAACTACTTGGTTTTTTCTATAAAAATAACTAAATGATAGATCTTTATTATAACCTATAGATTTCATCAAAATGTAATAACTGATTCATGATGTGAGAAATGAAATGATTTGATTTCGTAAGAAATTTATGCTCAGGAAACCAACAGGCTTCTGTTTGTTAGAACAGTAGCTTGTTGTTTGTCATCTTCTTATCAATGCATTTTCCTTTTCACTAATTCTTGTCACAGTGCCTAGAACATTGTTCCATCGCTTCTGGTGAAATGATCATGAAATCAAATGTTTGAAAACTTAATTGTTTTTGCAAAACAAAATGAACAGAATAAAAAATACATGTTCATAACTAGTGGAAAGATCTAATGGTATGTGCCACGTGGGTGCAAAATAAAATGATTAAACGTAAGGTACACGATTAACACATAAAATGCAAAGTAAATAATACAAATCACAACGTCTAAATATGAAAAGTATTAAAAAAAGTAGTACAAAAGCCCATGCTCTACATGTGAAGTATAAAAGACTACAATTTGAAATTTAAAGCTTAAATGCCACTTTTGGTTATCGTAACAGCAATACAATATATTTAAAACTTGTAGAGAGTTTAATATAAGCAGTACGGTGGTTCAACATACATCAAATATGCATTGATTGTATTTTCTCCTCCTTTTCCAATTACATATCAATGTCAGTTGCAAAAAGATTATATCTAGAGGAGTAAAATTACATTTTAAAAAATAATTTAATGTGGTTTACAATGCTAATTAGACTATTTGACTATACAATTATTGTTTTTTTGTTAGACCTAGCTCATAGTTTGTCGTTGTTTACTAATTGTAAAAGTGAAAGTTAATTTGATTGGAAATTGTTTATGAATGAGATTGAAAAGAAAGTTAATATTTTTCTATCAAATTTTGACTTCCTTCACATGCATTTTAGTGCTTTTCG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Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	XP_020274238.1	4.2e-61	MADS-box transcription factor 27-like isoform X1
Swissprot	Q6EP49.2	1.6e-49	RMADS218
trEMBL	A0A8D7FBM4	9.4e-55	(wild Malaysian banana) hypothetical protein

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT4G37940.1	52.17	7e-68	253	AGL21	AGAMOUS-like 21

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	e-value	bit score
AfisC4G02002	AT4G37940.1	253	84	2	1	253	1	216	52.17	7e-68	253
AfisC4G02002	AT3G57230.1	255	87	3	1	254	1	222	52.55	6e-67	250
AfisC4G02002	AT2G22630.1	255	92	3	1	254	1	218	49.02	2e-62	235

Ortholog group

Species	Genes
Allium cepa	g190630.t1
Allium fistulosum	AfisC4G02002
Allium sativum	Asa4G02103.1
Arabidopsis thaliana
Oryza sativa

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF00319.15	SRF-TF	Domain	10	57	83.0	6.4e-24
PF01486.14	K-box	Family	116	201	89.5	1.1e-25

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0003677	F	DNA binding
GO:0003700	F	transcription factor activity, sequence-specific DNA binding
GO:0005634	C	nucleus
GO:0006355	P	regulation of transcription, DNA-templated
GO:0007584	P	response to nutrient
GO:0008134	F	transcription factor binding
GO:0010214	P	seed coat development
GO:0010440	P	stomatal lineage progression
GO:0042803	F	protein homodimerization activity
GO:0048481	P	plant ovule development
GO:0048527	P	lateral root development
GO:0048574	P	long-day photoperiodism, flowering
GO:0071249	P	cellular response to nitrate
GO:0080155	P	regulation of double fertilization forming a zygote and endosperm
GO:1903338	P	regulation of cell wall organization or biogenesis

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
K09264	K09264; MADS-box transcription factor, plant	EC:-	-	-

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network