result

Gene information

Detail information of AfisC4G02015

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC4G02015	chr4	375515730	375525593	+

Sequences

CDS

Protein

Gene

>AfisC4G02015
AAATTATTTCGAGAAACTAGTGCCACAAACAAAACGAAAGCAATTTAAAGAACATAAACTTTAGTGCAATTGCTATGCTCACACTCAAATAGAAATCTAAATTGATTTTTTTTCTTTTTTCTTTTCATTTAATTCAACAATCTTAGAAAAATCCCACCTAGTATTACCAATTTATTAAGTTTCCTGATTTTTCCCTTACCAACTTATTATAATTCCTAACATAATTCCAAAATGAATTTATGTTATTCGTAGATATGATTCAAATAGTTATCTAGTTTGATTTTATAATATATGTTTTTTTATTTACTCACACCAAACGCAAGCTTTCTTCCTATTAGTTCCCTCTTCCTTTTAACTTTCTGTTTTTTTCAAAAAAGGCCCGACTTTTTCCAAAAAATCGAGAAAACATGTGCGGTGGTGCGATCATCTCGCAGTTCATCACAGACGCCAAAAGAGTCACCTCTGGTGATCTGTGGCCTCATTTGAAGAAGAATAGTTCGTTCGGCTTAGGCCTAGCAAACAAACGGACGATTGTGATTGAGGACGACGATGAAGACGATGCTGATTTTGAAGCAGATTTCCAAGAGTTCAGTGATGAGCATGATCAGGAGTTTGGTGAATTTAAGGTTTTTAATGCAAAGCCTCTGTCTTTTCGTAAGGAAGCTGTTCAATTGAGAGGTATATGGTGAATTTTCTTTTGTTAAAATACCGATTTGAGTGTTTCATGGTAGACATTGGTTTTTTCTTCTATTTTTAGCCATAATTCCTTACAATATTTTCAGAGTGCAGTCCCCTTTTGTGAATTTTGTCATCCTCGTCGTTGCTTTTTCATTAGGCTTTGTTCGGTTGCGTCTGTTAGTTTTTCCCTTAACAAAAGGCTTAATGGCACGGTTTTGAAGTGTTCCTCTTATTACATTCGTGTTCTAATTAGTTATAAGTTAATGCTTAACTTGGATGATGGATTAAAGATCGAGTCAGTAAAACGTGAAATCAATTTATTAATGGGAATTATTTAATACAATTCTCACTGGTCTTTTTTAAACATTAAAACTACCTACAAAGCCACCCGCTCTAATTTACATTATTCCTTCATCTTTATCTATGCTAGTTACAACTAATCACCATCTTTAAAAGAATTATTTACCACCACAAAAAGAATGTCATTTACGGGCATCAAAATGGCATTGGTGGGGCGTCGGTAAATGACCTACCAATGCCACGCCTATGACTTTTTAGATGTTGGTAGAAAATATGTCAGAAAAAGAATTTCGACGTCTTGGAGACGCATTGTGTGGCGTCATTAGAGACGCCAAACAGATGACATGGGCCGACGCATCTAGACCGACGCCAGTTTGATTACTTTTAAAATGATAAAATTCGGATTTGCCGACGCCTTGTCGACCACTTGCCGACACTATAGCGAAGCCCAATCATAGCGTGAAAACTGGATTTCTGACGTCATAAGTAAAGGCGTCGGCACGGCGTTGGCAATATCAAGTAGGTAATAGTTCACCTATAACTTACCGACGCCATAAGTAAAGACGTCGGCGCAGCGTCGGTAATGTCAAGAAGGTAAATAGCAACTAGAATTTTCTAGTAGTGTACACTTAATTCGTTTGTATCAAATTTTTATTATGCATGTTCGTTTATTTGTAATAGCACATTCACATTTGTGTGTAGATAATTATCATTGAGGCTGAGTTTGTTTATTATGCTGATTAGTTAATAGCGAATGTTGATTGCGGAATACTGAGTATCGAAGTAGTTGTTTGCTTATCTTCTTTTTTTGAAGTTCAAAATGGATTTTCTTTTATGAATTTAAAAGTAATTATGAAAGCATTACCCATGAGCCCTCTATGTATGTGTATATGATGTAGCAACAACTTTCTTGAATTGGATTTGATCTAAATATATAAACAACTAATTTGAGACTGAAACTACATGTCGATAAAATATAGGAAAACGATTATGAATTTTGATCAAATTAAATACGATTAACTTTCTTAACAAACAAAATTTTAATATTGATTAATGAAACATAAAAAAGATGGTTACAATTCTTTGGAATCTGAAAAGAAAAATCTGAAAATGAAACATGTGATGAAAGCGTGAACAAAAAATAGTAAGAAAGAAAAAAAATCTAAACTCAGTCACAACTTAAAATTGTATTTAAAAATTCATCTAAGGGTATAACTGAAAAAAAAACTTATCATTCAACATTTAAAGTTGTAACAAGCACTAACATATCAGCTATTCATATCTGAATTAGAAGTTCTGTGAACTTAATGCAAACGAAAAACCTTTTAACATTTCCATCACTTATTTTGTTTTTATTAAAAACCACTTACTACAAACAAAGGCATCCTGAAAAAAAAAATCCGAGTTGTGAGGAAGTTTCATTAGCATTGTCGTCGCTTTCATATACATTTTAATACCCTTGAATAAAATTTTAAGTCCATACGGTTCTTCATTTGTCAATTTAGTAACCAATGCTACGCTATCTTCGCTTATATGAGTACAAATAACTCAGACACATAATGTAGCAGTGTTAATATTGTAAGTTATAATAAATAAATTTGGCTCCATTATTCTCCACCATTAAGTTCCAAGTGAAACTTATACATTTTTTTTATCTAACTCATATTCTTAACTTTGGAAAACTGTTATTTATTCTTTAACTATAGGTAAAAACACATATTAGAAGGTTCTGACATGTTTTGCACTGGTATTGGCACCTGAGTATAACTATTCTACATAGTTTAGTTTGCAAAAACGACCTAGTTTTAATTAGGTTATTATGTTAGATACAAATATTACATACATGGTTTATGTTATACAGAATCATTCCAAATTTATTTTTAGGAGGATAAGGTACAAATCTGAGGCAATTATAGCTCGTGTCACATAAAAATACATTTTCTTTCTAAAATAAATTGTGCAATATATAAAATCGAATGGTTTTATTTATAGCTCAAAATCAGTTTAGTATCATTTCATTAATATCCAATATTAATGGAATGTTGGCATATTTAGGAGATAAATTTCAACATATATTGTTAAAACACTCAAGATGCAATTGGTGCAAAAAGAAGAAGCAGTAAACACCTAAACAACATTATAGTCTTTGTATCAATTACTAGCACATTATCCTATTCCAATGTTGCAATCCTTGTGATGCTGCCAATGTTTTTAAAGTGGGATTCAAATCATAAATTGTAAAAGTTTGAACTTCAAATCAAAATGGGATTTAAATGGTAAATTTTAGATTCAAAAGATCTATATTGTAAGATTTGTACACACTTTGAACTTGATTATTGATGTTTGAACTTCCACATCAAAATCTTAAACTTAATTTTCTCTCTTGTTTCATTTTTATTTTGGTTGAAAAAATAAAATTAGAATTGTAATTGTGGATCCAAATAGATATAATATAGAGAGAATTAGGGAAAATGACAAACTTAAAAAAAAATAGACCGAAGGACACCAAGTTTCATTTTTAGGCCGAAGGACAAATGCTAGTTATAATTAGCATTATATTCAAATTTTACACTATACAAAATGCTAGTTATATCTAGCATTATATTCAGTTTTACACTATACAAAATGCTAGTTATAACTAGCATTGTCCTTCAGCCTAATTTTTTTTAAAAGTTTGTCCTTATGCCTATTTTCCTGTATAATAAATATATCATTATGGATAAATGGTTTTTCTCAATTGTGATTTTAAATAGGCTTGAATTGGAATGTAAATCGAATCATAAAGAGAGAAAAGATTCAATTGAAATGGAATTCAAATCGTAAGATTTTAAGATTTTTGACAACGATTGATGGTGCTACCTATTTTTGTGAATATTGCTAAAATATTTTATTTCCTTTGTGCTGTCTCACTTTTGCAAACTATTGCACATAATTTATTATATTTACTGTATAACCGGAATATTGTCACCTTGATCTCTTTTATATATGGTGGATTGTCCAGTTTTAGTGTATTGGCATTGATGATAGTGTTAATTTGTTATATTTTTCTTTATGTGTTCCAATTAACATGTTAATTTGTTTATATTCGTATTGATGATAGTGTCTTTTCATTTATTACATTGCTTCCTTTGAATAAAATTTGCAACTTGTGAAAATTTTCTCCAATATTGAATTTGAAGTGGCATTACCATTCTTTAAACCAATCATCCCGCAGTTTCAGATACATTTAAATTGTAATTATCCAACTCTTTTTTTGCATCATATGTGAAACCAATATTGGATTAATGCATACTTATTCCTAAAAACACGGTCTTTCTTCGTATCGTATTTAAATTGAAACTTCAAAATATACCAATTTTTTTAGAATTTACTATTTCCCCCCGATACATCCATGGAGCAATATAAATTTTCAATGATTAATACAAATATTTAATGGCTTGAATATGAACACTTAATTCATCCATATAACCTATGGTGAAACATTATATTATCAGAGAATCAAGTCTATCTATATATCAGTTTCATATTTTCAGTATATCTTTGAAGGTCAAAAGATTTGGTATAAATTCATAACCTAATGAGCTCAAACCAGAGTGGCTGAAAAAAACCATTTATATTAATAACTTAAGATCCACAAAAAACTGAAATTTCCAACAAACCAACACCACTCTAACATAATTCCATTCAAAAGACATTATTCAAAAATGAAAAAATATTTTATATTATTTACCTACTAGGCAGAACAAACAAGCAGAAATTTCAAATGGAATTATTCTTTCAAAGAGGAAGATGCAAATATTTCAGTCACAATTCAGAAGAGCAAATCAGTTGATTAGGGTCATCATTTTAACATTGTAGACATAGAATCGTCATTATAGTCGGAGACCAAATGATTTGAACTATTCATTTTTTATTCACATGAACTGAGAGCGATGAAGAAGAAGAGGAAGTATCCATTTTTCAGGTTCTGAGTTGATTTCTTTGCGGAAGGGAGATGCGTTTTCTTAAAAAATAAACACATT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Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	XP_020256981.1	9.9e-59	ethylene-responsive transcription factor 1-like
Swissprot	Q9LUM4.2	9.1e-33	Protein RELATED TO APETALA2 2
trEMBL	D6MKN8	3.7e-55	Transcription factor (Fragment)

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT1G53910.3	36.61	5e-30	128	RAP2.12	related to AP2 12

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	e-value	bit score
AfisC4G02015	AT1G53910.3	366	158	16	1	307	1	351	36.61	5e-30	128
AfisC4G02015	AT1G53910.2	366	161	15	1	307	1	353	36.34	8e-30	127
AfisC4G02015	AT1G53910.1	366	161	15	1	307	1	353	36.34	8e-30	127

Ortholog group

Species	Genes
Allium cepa	g55134.t1; g71620.t1
Allium fistulosum	AfisC4G02015
Allium sativum
Arabidopsis thaliana
Oryza sativa

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF00847.17	AP2	Domain	113	162	47.3	1.7e-12

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0005515	F	protein binding
GO:0001666	P	response to hypoxia
GO:0003700	F	transcription factor activity, sequence-specific DNA binding
GO:0016020	C	membrane
GO:0050832	P	defense response to fungus
GO:0005730	C	nucleolus
GO:0007275	P	multicellular organism development
GO:0009414	P	response to water deprivation
GO:0009651	P	response to salt stress
GO:0009749	P	response to glucose
GO:0009751	P	response to salicylic acid
GO:0009788	P	negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway
GO:0009864	P	induced systemic resistance, jasmonic acid mediated signaling pathway
GO:0010105	P	negative regulation of ethylene-activated signaling pathway
GO:0010200	P	response to chitin
GO:0045893	P	positive regulation of transcription, DNA-templated
GO:0045892	P	negative regulation of transcription, DNA-templated
GO:0016604	C	nuclear body
GO:0019760	P	glucosinolate metabolic process
GO:0034059	P	response to anoxia
GO:0043565	F	sequence-specific DNA binding
GO:0071497	P	cellular response to freezing

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
K09286	EREBP; EREBP-like factor	EC:-	-	-

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network