result

Gene information

Detail information of AfisC4G02066

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC4G02066	chr4	385646490	385656790	-

Sequences

CDS

Protein

Gene

>AfisC4G02066
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Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	QFE32168.1	1.9e-65	nuclear transcription factor Y
Swissprot	Q93ZH2.2	2.0e-27	Transcriptional activator HAP2C
trEMBL	A0A5J6SCZ9	1.3e-65	Nuclear transcription factor Y subunit

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT1G54160.1	42.16	1e-31	133	NF-YA5;NFYA5	nuclear factor Y, subunit A5

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	e-value	bit score
AfisC4G02066	AT1G54160.1	204	96	8	63	251	49	245	42.16	1e-31	133
AfisC4G02066	AT1G72830.1	193	95	5	64	250	61	245	43.52	2e-30	129
AfisC4G02066	AT1G17590.4	188	95	5	64	247	56	235	43.09	3e-30	129

Ortholog group

Species	Genes
Allium cepa	g313184.t1
Allium fistulosum	AfisC4G02066
Allium sativum
Arabidopsis thaliana
Oryza sativa

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF02045.12	CBFB_NFYA	Family	185	239	81.1	6.4e-23

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0000049	F	tRNA binding
GO:0000436	P	carbon catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter
GO:0000978	F	RNA polymerase II core promoter proximal region sequence-specific DNA binding
GO:0001046	F	core promoter sequence-specific DNA binding
GO:0001077	F	transcriptional activator activity, RNA polymerase II core promoter proximal region sequence-specific binding
GO:0001221	F	transcription cofactor binding
GO:0005737	C	cytoplasm
GO:0005654	C	nucleoplasm
GO:0016887	F	ATPase activity
GO:0006400	P	tRNA modification
GO:0009414	P	response to water deprivation
GO:0009567	P	double fertilization forming a zygote and endosperm
GO:0009738	P	abscisic acid-activated signaling pathway
GO:0009785	P	blue light signaling pathway
GO:0010262	P	somatic embryogenesis
GO:0045892	P	negative regulation of transcription, DNA-templated
GO:0016602	C	CCAAT-binding factor complex
GO:0032993	C	protein-DNA complex
GO:0033588	C	Elongator holoenzyme complex
GO:0043457	P	regulation of cellular respiration
GO:0048510	P	regulation of timing of transition from vegetative to reproductive phase
GO:0055046	P	microgametogenesis
GO:2000036	P	regulation of stem cell population maintenance
GO:2000648	P	positive regulation of stem cell proliferation

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
K08064	NFYA, HAP2; nuclear transcription factor Y, alpha	EC:-	Antigen processing and presentation	ko04612

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network