result

Gene information

Detail information of AfisC4G04306

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC4G04306	chr4	828718392	828734239	-

Sequences

CDS

>AfisC4G04306
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Protein

Gene

>AfisC4G04306
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Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	e-value	bit score
AfisC4G04306	AT4G32730.2	255	77	5	21	264	20	267	62.75	4e-87	320
AfisC4G04306	AT4G32730.2	104	43	3	489	578	564	667	45.19	5e-15	80.5
AfisC4G04306	AT4G32730.2	136	88	5	740	873	841	972	30.88	3e-08	58.2

Ortholog group

Species	Genes
Allium cepa	g455070.t1
Allium fistulosum	AfisC4G04306
Allium sativum	Asa5G03601.1; Asa5G03606.1
Arabidopsis thaliana	AT4G32730.1; AT4G32730.2; AT5G11510.2
Oryza sativa	LOC_Os01g12860.1; LOC_Os12g13570.1

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF00249.28	Myb_DNA-binding	Domain	36	82	53.3	2e-14
PF13921.3	Myb_DNA-bind_6	Domain	91	151	66.4	1.7e-18

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0000122	P	negative regulation of transcription from RNA polymerase II promoter
GO:0005515	F	protein binding
GO:0000978	F	RNA polymerase II core promoter proximal region sequence-specific DNA binding
GO:0001077	F	transcriptional activator activity, RNA polymerase II core promoter proximal region sequence-specific binding
GO:0001135	F	transcription factor activity, RNA polymerase II transcription factor recruiting
GO:0003713	F	transcription coactivator activity
GO:0005654	C	nucleoplasm
GO:0006338	P	chromatin remodeling
GO:0009723	P	response to ethylene
GO:0009733	P	response to auxin
GO:0009751	P	response to salicylic acid
GO:0009753	P	response to jasmonic acid
GO:0016363	C	nuclear matrix
GO:0031523	C	Myb complex
GO:0032465	P	regulation of cytokinesis
GO:0042752	P	regulation of circadian rhythm
GO:0043525	P	positive regulation of neuron apoptotic process
GO:0045624	P	positive regulation of T-helper cell differentiation
GO:0045944	P	positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter
GO:0051571	P	positive regulation of histone H3-K4 methylation
GO:0051574	P	positive regulation of histone H3-K9 methylation
GO:0090307	P	mitotic spindle assembly

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
K09422	MYBP; transcription factor MYB, plant	EC:-	-	-

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network