result

Gene information

Detail information of AfisC4G05234

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC4G05234	chr4	968232574	968242075	+

Sequences

CDS

Protein

Gene

>AfisC4G05234
ATGGCGGCGGAAGATTCGAATGAAAAGAACGAAGCGAATACTGCAGCTGAGGTCTCAATAATAGAACCTATTTCAGTGGTTAATGAAGCAGATGACACGGGTTGGACAGAGGTTCGTCACAAGAAGAAAAGTGTAAATCAGATTAGAGATCAACAGCAGTCATCTAGGGTTTCAGTGGGTCCTAGATCTAGGGTTCCTGTTCATATGGGACCATATCCCAAAACGAATTCTAGGGTTATATCACAGGCGGGGTCTACCAGCAAACCAGAATTCAAGGGAGGCATCAGATCGTGGGTAGAAGCTATATTTGGTAACACGTATATAGATGGTGGGGTCAAAAATTTGACTTTTTGGAAGATGATGAAGGGGAATATGCAGATCCGGACGATGAGGTATTTAATAATGCAAAAAATCTGTGGGGTACTTCTCTCTACATATATGTTGCTGGTAAGAAACCTTATTATATTCACCTTAATGCATATATTAAAAGAGAATGGAAACCTACTGGTAAATGGGATGTTTTCCCTCGAGAAAATGGATTTTATCTTATAAAATTCAGTAATGAAGCAGATTGTAAAAAAGTCTTGGATGGGGGTCCCTGGTTTATAGATAGCAAACTTATTTTCACTAAAAGATGGGAACCAAATCTTAGACTTGAGGGGGATATGCTAGAATCCCACCCAGTATGGGTAAAACTGAAGAACTTGGATCTATCTTCATGGAATGTGAGAGGAATCAGCAAAATTGCTAGTTTAATTGGTAACCCTCTAGATATGGATGATTATACCAGACATGTTAAAAGATTAAAGTATGCAAGAGTTCTTGTAGAAATCAAAGCAAGTGACGCAATCAAAAAATAAGTGAGAGCTAAAGACAGAAATGGTAACATATACATTCAGGATTTAGAGTATGAGCATATCCCACCCATATGCAGTAATTGCAAGTGTTTTGGCCATACCTTGGATCAATGTGAGACAGTGTCTCCCCCCATCAAACAAGTCTGGAGACAGAAGACAACTACTGATCAAAATTTACAACAAAATACGTCACAGACTGATCCAAGTGTAGTTGATACTTATATACAATCTGAAACAACAATCTTGAAGACCACAGAGCGGGTGGAAAATAAGGATGAGACGGAGGAGGCAGACCAGGATACAGGCCACCCAGTGAATGTAGAGGAGATGAAAACTGCACAGATCCATAGCTTGGAAGAGGAGGTAACAAAGAGCTCATCTGTAACACCAGAGGAAGAACATGATATCAATAATGTTAATCTTGATAAAATAGATTCAGGTTCTGAATCTGAGGGAGAAAGCAAAAATAAATATACTACTTCTAACTTAAGCTACGAAAAGCAGTTTAAGGGAAAAGAATCTAAAGGAAAGGAAAAGGCGAATTTCAGTCGCGAGGTATCTCCTATGAAATTGAGGAGTCGTCCTCCTACATCGAAATGTCTATAATCAGCTGGAATGTAAGAGGTCTAAACAATGATACTAGACGTCTAGACCTCTTAAACCTAAGGAGAAACTATTCTCCTTCTATATTAAGTATTTTAGAAAACAAACTTGCAGATGATAATCTTAAATTTTTCATGGATTCTCTTGACTCTGAATGGGATTATTTGCATAATAATAATGTAGGGGGCAAAGGTCGCATATTATTTTTATGGAACAAAAAAGTATGGCAGGTAAATTTGTTGAATAGGGATGATCAACAACTGACTGTAAGTGTTCAGAATTTGGGTGGGCTTAAGCTGATCCTAAGTTGTGTCTATGCAAGTAATTTAGCTTCTCAACGAACACATTTATGGAAAGCTATCATAGAGATTAGCAAAAAATTCACTGAACCGTGGATAGTCATGGGAGATTTTAATGCAATACTTAAAGAAGAGGAGAAAAAAGGTGGGCTTACCGTCAGAGTATCCCAATTGGAAGAATTTAATAACTGCATCATTGAAGCTGGATTATTAGAACCCATACATGGTGGCCTGAAATATACATGGAGAAGTGGAGAATGTAAGAAAATATCATGCAAGCTAGATAGAGCTCTTATTAATGTTGCATGCATAAATAAACTGTCTAACATTAAAGTCAGCATACTTCCCCCCTCTACCAGTGATCACTGTCCCATTCTGATTAACTTAATGGAGAGGAACTTGTCTGATAAAGGTAGACCGTTTATATATTCTAATCATTGGAATGAAATAGAAGGCTACACTGAAGTCATTAATTTTAAAAATTTACCTAGGGAGGAGGGGACTCAATGTTTCAAACTTGTGCAAAAAATTAAGTCTGCTAAGGCACACCTTAAAGAGTGGAACAGGAAAAGACTGAAAGATGGTGACCAGATCAATTCTTTACAGAATCAATGTGAAGAACTTTTAATATTAATTGACAAAGGTGAGGCTACAGATGTCACTTGGAATCTGTATTATCAAACTCAAAGCAAGCTAAAGGAGGCGCTCAGAATAAAATCTATAGAATTAAAGCAAAAGGCCAAAGAAAAATGGCTGACTGAAGGAGATGAGTGTACCAAATTTTTTTATACTAAAATGGCTGTCAGAAATAATTTTAATAATTCTAATCATCTTATGGATCAGAATGGTAATCTGACCAACAATTTATATGATATAGAAGAACAAGCTATAAAATATTATACTGAAATGTTTAATGGTCATACTAACAATACTCTACCAGAAGTTCAGTGCAGGAGGCTGATAAACTTCAAAGGGAGAAGGATGTTGGGCAAGAACATTTCCATGAACGAAGTCTGGGAAGCCTTGAAATCCATACATGTTGATTCCAGTCCAGGGCCAGATGGTATGGGAGCTAAATTCTTCCACGTTCACAGGGAAGACCTGAAAGAAGACATTTTATCAGCTATGCAAGATATATTCCAAAATGGTAAATTTGTGAGAGAAATTAATCACACATTTATATGTCTAATTCCTAAGAAGGAAAATCAAGGAAAAATTGAAGACTATCGGCCTATTGCTTGCTGTAACATGGTGTACAAAATTCTAAGCAAGATTCTTTGCAACAGAATGAAACTCATCTTACCTGATCTGATTTTAGAATGTCAAAGCGCGTTCATCAAAAGCAGAAGCATATCCGAAAACTCATTGATGGCACATGAATTGATTAGAAACTTCAACAAACCAGGTGCGGACAAACTCTGTCTAAAGGTGAATCTTCACAAAGCATATGATACAATAAACAGAAATTTTATTATACATATGCTAAAAGCTATGGGATTCCCTTCAAAATTTGTGAACATAGTTAAAGAATGTATCTCCACACCGACTTTCTCGATTCTGATAAATGGTATACCAAAAGGTTTTATTGGGTCCAATAGAGGTATCGGGCAAGGGGATCCTCTATCTCCTTATTTGTTTACAATAGCTATGGAATATTTTTCATTACAGATGGAGCTGGCAACCTATAACAGACTTATCCAACCCATATACAATTTTTAGCCTATTGTTACACATTTACTCTATGCAGATGACCTTCTCATTTGTATTAAAGCCAATCGGACTTCAGCTAGAGCTGTAAAGGACATTTTTTGCAATCTAGAGAGATTTACTGGACTCAGACTGAATGAACAAAAAACCAAATGTTACTTCAATAAAACATGCATTAGAAGGAATGAAATTTTGGAGTACTTAAATGTGAAAGAAGGAAACCTTCCTGTCAAGTATCTAGGAGTACCTCTATCATCCAACAAGATAACTGACAAAGAATGTGCAGTTCTAATCTCTTCAATCAGAGACAGACTACAGGGATGGAGTTCAAGACTCCTGTCTCTAGCAGGCAGAATTGAACTGGTGCACACTGTTATACATTCCAAAGTTAATTTCTGGCTTCAAACATTCCAACTCCCTGATGCTTCAATACAGAAGATAGAAAAAGTCTGTGCAGATTTTATTTGGAAAGGGGGGTTACACAAGATTAAATATGAGAATTTATGTAGACCCAAGGAGGAAGGAGGAGTTGGTCTCAGAAAACTTACAGACATGAGGATGGTCTATACTTTGAAGCAAGCTTGGAGAATCAATAAAGGAAAGGGTTTGTAGGGGAACTGGATGAGGAAAAGATACATCAGAGGTAATTTCTGGTGTATCACTACAAGAAAATGTTCTATTAATAGCAAGTGAGGATTGCACAAGAGTTTGACTTGCTATAGTTATGTATGTTAGCCATCATTCAAGATAAAACATAGCTTGTGTTCACGCCATCTTTAACCTAAACGAAAATTTGGCGGTGAAATTTTATTTTTGGCTCCTTCTTATTCCTAAGCCGCCGAACATTCCTTTTCCCATCGCTTCCAGATTCCAAAATAGCCTCTACGAATCTCCTCTCTGGCCACACAAATCATCTTGAACCGCAAATCTCAATGAAGTCGATTCCTGCATGAAGTCGATTCCGTGACATTCATCTACAAACATTCAAAGCTTGCCGCGACATTCATCTACGAAGTCGATTCCTCCATGAAGCTAAAACGCGAATCTCAGTGAAGCTAAAGCGCGATTCCTCAAGGCATCTTAGGAATGATTCTACAGCTCGACTGAAGCATGATTTCAACTCGCAAACTTGACATTAGGTACACTTTTCAATTTCTGTTTTTTTAATTGTGCATTTAATGCTTGAATTAAAATTTTCTGAATGGTTTTGGAAATCTTTGGTGAAGAAAGTATTATATATAGGTGATGTACACAAAAATGAGTTAGAAAGTTTGTTGTTTATTATTTATAGGTTTCGATTTTGAATTGGCTTGTGATTATTTTCCTTGTTTGCAAATTAAATAATGCTATTCAGTTGATTACAAACTAGTTTTCTATTGAAGCAAATTAGTTTTTCACTGGGGCCTACAAATTAGTTTTTTTAAGCTAAAGTAAACAAGATGTAAAGTAATTTGATTTGCAATATTTGATTGAACAGAACTCAATTTGGAGAGTATAATTAATCTTGTTTCATTGATTCAACATATATATGTAC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Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	KAF7030511.1	1.3e-54	hypothetical protein CFC21_042040
Swissprot	F4IB81.1	1.3e-40	LysM domain receptor-like kinase 3
trEMBL	A0A3B6FPN0	9.3e-55	LysM domain receptor-like kinase 3

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT1G51940.1	69.30	2e-43	172	LYK3	protein kinase family protein / peptidoglycan-binding LysM domain-containing protein

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	e-value	bit score
AfisC4G05234	AT1G51940.1	114	34	1	149	261	316	429	69.30	2e-43	172
AfisC4G05234	AT1G51940.1	82	40	4	72	146	111	190	40.24	1e-06	50.8
AfisC4G05234	AT3G21630.1	104	57	1	152	255	301	403	44.23	3e-20	95.5

Ortholog group

Species	Genes
Allium cepa	g520979.t1
Allium fistulosum	AfisC4G05234
Allium sativum
Arabidopsis thaliana
Oryza sativa

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF07714.14	Pkinase_Tyr	Domain	178	264	57.3	1.2e-15

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0005886	C	plasma membrane
GO:0016021	C	integral component of membrane
GO:0002229	P	defense response to oomycetes
GO:0002752	P	cell surface pattern recognition receptor signaling pathway
GO:0002831	P	regulation of response to biotic stimulus
GO:0042742	P	defense response to bacterium
GO:0004675	F	transmembrane receptor protein serine/threonine kinase activity
GO:0035556	P	intracellular signal transduction
GO:0005524	F	ATP binding
GO:0008061	F	chitin binding
GO:0009506	C	plasmodesma
GO:0009742	P	brassinosteroid mediated signaling pathway
GO:0009789	P	positive regulation of abscisic acid-activated signaling pathway
GO:0009791	P	post-embryonic development
GO:0009817	P	defense response to fungus, incompatible interaction
GO:0010726	P	positive regulation of hydrogen peroxide metabolic process
GO:0010942	P	positive regulation of cell death
GO:0031348	P	negative regulation of defense response
GO:0032101	P	regulation of response to external stimulus
GO:0032491	P	detection of molecule of fungal origin
GO:0032499	P	detection of peptidoglycan
GO:0042803	F	protein homodimerization activity
GO:0046777	P	protein autophosphorylation
GO:0051510	P	regulation of unidimensional cell growth
GO:0071219	P	cellular response to molecule of bacterial origin
GO:0071323	P	cellular response to chitin
GO:2001080	F	chitosan binding

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
-	-	-	-	-

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network