result

Gene information

Detail information of AfisC4G05894

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC4G05894	chr4	1083935897	1083941657	-

Sequences

CDS

>AfisC4G05894
ATGTCAAAGAAGGAATCTAACCCGAAACAGATTACAGAGGAGTCTTCTTCGTCCTCTGCTGTTAAATCAGTTAGTTCACCGCCTGTTGCAGCGACCTTTTCACAGCTTCTAGCTGGTGCCATGGCGTCGCCAACGGCGAGTCCGCGTGGCGCTCCGATGGTGGCTGTGCCGGTTGTGGCTGTTCCTTGCTTTTTGACTCCGGTCACGAATTTGCAGACGCCTAATTTTACGGGTCAGTTTGCTATGACGCATCAAGCAGTTTTGGCTTCAGTTACAGCTCAAGCTCATGCTCAGATGCACCTTCAGACCTCAAATTCTTCACCTCAAACCTTCACTACTCCTTTATCATCCATTTGCCCTACTCCACTACGACAAATGCCTCCACCATTAATACTACATGAGAGTAAAATGTCAACCACCGAATCAGTGCAATCTACTCCATCTACTCCTACCATTGTAAAGACAAGCTCTAACGATGGATATAACTGGAGAAAGTATGGTCAGAAGCAGGTTAAAAGTAAAGACAGATCTCGAAGCTACTATAAATGCACAGATATAAACTGTGCTGCTAAGAAAAACGTTGAGCATGACTCAGACGGTCGAGAAATTGAAATTGTTTATAGAGGTCAGCACAACCATGACCAACCTCAAAAGACTAGGGGCTTAAAAGAGAGAGGTGGTGGATTTGCTGCAGACAACCCTGCTTTAGAAACTTCAGAACCACCTCAAAACACTCAAAATGGTGTGCCCTTGTCTGAAAAGGAAAATAAGGATGTCTCTAGTAGCGTGATTAACGGAACTGATGCACAGATTTCAAAGAAAGAGCACAATTTGAGTATTGAAACATCGGGGCAGCATTTGTTTTGCTCCAGTGACTGTGAAGGAGATGCTGCAACCATAACCGAAGAGGTGCATGGAGATAAACCAAGCCCAAAAAGAAGGCTTGCTGAGTGCATTACGCCGTCTTCAGCACCAGTACTTAAAACGGTTAGAGAACCCAAGATTGTTGTGCTAAATGCAGGTGATCCAGCGCATGTAACTGATGGCTACAAGTGGCGTAAGTATGGTCAAAAAATGGTCAAAGGAAATCCCAATCCGAGGAGCTACTACAGATGTACGCACAACGGATGCTCAGTTCGAAAACACGTGGAGAAAGCTTCAGACAACGACAAAACAGTCTTAATAACGTACGAAGGCACGCACAATCATGATCAGCCTTCCCTTAAAAAGGAACAATCGACTTCTTCCAAATCTTTGATCGCTGATAAAACCCTAATCGAAAAAGAATCACTCGCACATAATATAGCATTGGAATCAACACAGAACCCTTTGAATACAGGATTAAACTCATCTTCAGGAGAGGAAGCTAGTGTAACAAAATCTGAAGAAACTAATCTTCCTCCTGTTAGCGTAACCAAATCTGAAGAAACCAATCGTCCTACTGTTAGTGTAACCAAATCTGAAGATACCAGTATTCCGATTGTTAGCGAAAAGTCTGCTGCTGCAATACCTGTTCAGAATTCTTGA

Protein

Gene

>AfisC4G05894
CCTAACGCCGTCAAATAACACCCAGTCAAAATCAGTCAAACGAAACCGAAAACATTAATTTCTGATTAATTTTATTGAGAACAATGTCAAAGAAGGAATCTAACCCGAAACAGATTACAGAGGAGTCTTCTTCGTCCTCTGCTGTTAAATCAGTTAGTTCACCGCCTGTTGCAGCGACCTTTTCACAGCTTCTAGCTGGTGCCATGGCGTCGCCAACGGCGAGTCCGCGTGGCGCTCCGATGGTGGCTGTGCCGGTTGTGGCTGTTCCTTGCTTTTTGACTCCGGTCACGAATTTGCAGACGCCTAATTTTACGGTGAGGGGTTTATGAATTTTTTTTTTTGATTCATTGTTTGTTGATAAATCACTTTCCTTTTTTGTTATTGTTTGATTAGATGATTATCTCGACTTGATTGTTTGCAAGTCTGTAATATAGCTCGATCATATCTAGCAAACAAGTGTTCACCAAAAATACACAAACAAATAAATTTTTACAGTTATCTATAATCTGTGAGTACATATCTGCTAGTAATTTGTCAAAGTGACCATTAATGTGAGTTCTTTTGTCTGAAGGAGATGCAAACACAAGTACAGCACAACCAATGCAAAAAATTAGCGTACATGTCATGGGAACCGAGTAAAAAAGTACATTAACACACTAGTGAGAAAAATGAATGAATCTGCTGGAAAATGGAGTCTTAAGGATCATTTATGTTTCTTTTTTCATTTAGCAATAATTTTAAACAACGGATGTTTCGAATTATTCAGCAATGTTCTAATATCTGAAGAGTATTTTTTATCTTCTTATTATTATTATTTGAAAAACAAGAGGAATTTTAGGAGGTTGAGTTAAAATTATTTGATATCTGCCTTTGATGTACGTATACATGCATTGTTTGACCTCTCAACCTACTGCCATGGCCATGATGCCCCTGCTCAGGAGGGCATGATACCCTGCTAGCTTTTTGAAATAGTAGTTTTTTATGATTGTTTGGAGAAATTTCCTTGGGGTTGATTATATTAAAATATAATTTTGGTGAATGTATATTAAATTTATATATGCTTAATTATGTTTATAATAACTATATATTATACAATGATAATATGACGGTTATTGTGATGTGCTAAAATTGAAAACCAGAAAAGTGCTTCCATGCCAATAATGTTAGGTTTGTGGCTCGCATTGTTATGGGGTGAATGCGTGGATTGAACGAAAATAGTGCCACATCGCAAGATACATGAAGAAAATGTGATATATATATATATATATATATATATATATATGCAATTCTTTATCGTACAAGAAGTATTGCCATGATCATGTATGCCCGCTTAAAAGGCTGTGAAGGAATGTTCAATCGAGACGCTGTCACATGAAGGGTTTGCGCGAGTAGATAGTGTGGAGCACTACGCGTGTATGGACGGTGGATGTGTGAAGAAAAGCCGAAAATATAACAAATAAGACCAAGATTTCTGTTATTGCATAAAAAGGCATAAATATCCCTGCTAGTGATTCTAATTTTACCCCATAGAGATCCTTTAGGATACTTTCGTGCAAGAACACTGAGAAATCTCTGTGTTGTTAGCTTTCTTATTAAAATACTAACATATTTTGTTGTTTGTTTGTTTCATTTTTGTTCTTTAATAATATTTTTTAATTTAGAAAATACGAACACAATCATGTGGTGCAACTACACATCTCCGATCATTTTTTATACACAAAACTGTAGTTTTGCAAAAATTTGAACCTTTTGAATTTCTTTTCCGACCATCCTTAAATTTTCCAAAAGAAATAATAAATGAATAGTAGTTTTTGATTTTGACAATTGTAATTCTTCATTTTGTGAAAATAAATTCGAAATCTTTATTTTTGGTAAATAGAGAACGGTTGGATAAAAATTTATCCTGAATGCACAATACTCCAGTATGTAGATGATTAATAAAACTATCAATATCTTACCGATAAATAATAATATGTATAATTTTATGCTAAATCATGAATGTAATGTTTAGTAAAATTTATTGTGAAAAAAGTCCTGTTGCTTTTTCCCTTTTTGAGCGGAATTTTTAGTTCCTCCACTGCTTATAATTTATTATTTTCTTTTTACAGGGTCAGTTTGCTATGACGCATCAAGCAGTTTTGGCTTCAGTTACAGCTCAAGCTCATGCTCAGATGCACCTTCAGACCTCAAATTCTTCACCTCAAACCTTCACTACTCCTTTATCATCCATTTGCCCTACTCCACTACGACAAATGCCTCCACCATTAATACTACATGAGAGTAAAATGTCAACCACCGAATCAGTGCAATCTACTCCATCTACTCCTACCATTGTAAAGACAAGCTCTAACGATGGATATAACTGGAGAAAGTATGGTCAGAAGCAGGTTAAAAGTAAAGACAGATCTCGAAGCTACTATAAATGCACAGATATAAACTGTGCTGCTAAGAAAAACGTTGAGCATGACTCAGACGGTCGAGAAATTGAAATTGTTTATAGAGGTCAGCACAACCATGACCAACCTCAAAAGACTAGGGGCTTAAAAGAGAGAGGTGGTGGATTTGCTGCAGACAACCCTGCTTTAGAAACTTCAGAACCACCTCAAAACACTCAAAATGGTGTGCCCTTGTCTGAAAAGGAAAATAAGGATGTCTCTAGTAGCGTGATTAACGGAACTGATGCACAGATTTCAAAGAAAGAGCACAATTTGAGTATTGAAACATCGGGGCAGCATTTGTTTTGCTCCAGTGACTGTGAAGGAGATGCTGCAACCATAACCGAAGAGGTGCATGGAGATAAACCAAGCCCAAAAAGAAGGCAAGGAAGCCTATCACGTGAAAGTAATTTATATTGATGCAACATTCTTGGATTTTTAATTGTGGTGATTTTTTTTGGCTACAGGCTTGCTGAGTGCATTACGCCGTCTTCAGCACCAGTACTTAAAACGGTTAGAGAACCCAAGATTGTTGTGCTAAATGCAGGTGATCCAGCGCATGTAACTGATGGCTACAAGTGGCGTAAGTATGGTCAAAAAATGGTCAAAGGAAATCCCAATCCGAGGTTTGTTTGGTCTTTTAACTATCGTGGCTGTTGATTATGCTAGTTATTTCATTCTTATTGTTCTTTCTACATCCAAAAGTTTAAGAGCGTATCCACCCAGCAACAAGCTCCATGTGAGTGTGTGGCATGTGTCTGTGATCAAGAGTGTCTATGAGTCTGATACATGGATGCAGGTTTGCAGCACTCCATTGGAGCAAGTCCATGATCCATAGACCTTTAATATTAAAAAGTTTGACCCCTACTTGACTGAACCAGATTTTAGTTTGAGATCAGGCATGAAATTATGTATTTGACAAAAAAAGATGACGATTATTTGATTTGAATCCTTAACCAACTGCTTGAAGAGGCATCAGTTACCATTATCCCTTGCTTAGCTTAGACATATCATGGTTATTACTGTATTTAACTCATTGTTCCATGATTTCATAACCAGTTTGATCAATTCGAGGATTATGGAATACATAGGCTGGTATTGTAAAACATGAACACGATCAAGTTTGCTAACAACTTTCCTCTCCTTTTCAATTTTCCGAGTCTATATAATAAAACAATGGAAAAACAATAGCTTTGGGAATTGAAGGTTTTATTACATTACCAAAGGCTATTGATAGCTTTGGTTTGCCTGGGTTTTAAGAAACAATGATGTAAATTTTAGTTTTCACTAGGTGATACGAAGTTTATGTATTGTTATAATTTTGATGGCTACTCAAAACTAGAAGTTTCCAGAGATGTAAATGGGTCTCCAAAACGTAGCTCAGTTGACCTGAGCACTAAAATAACAATGCTATTTGCAAGCTTCGAAGCCAAAGATTGTATAAACTCTTTTAAAGTCCAAAGTGTGTGGGGGTTTTATGTTACACCTACCTGAGAATTAATGGACAATATCAAGTATACAAAGATATCAGAAAAGGAAATTAAAATTCCAATTGTTTTACACCCTCCAAGTCAAAATGAGAAAAAATTGGAGTACTTTTTAAAAACATCAAACAATGGTAATATCAATATGAATCACACATACTTTAACCGTTCACAAAATAAAAGTATTGACCCAACAATCTTCTTTATCTTTCAAATCAATTATCCACGATTAGTCTAAAGCAAAATAAAGAATAATGAACTAAAAACTTGGATTTGTGATGGATTCTTGATACCTAGTAATTACTTTCTGTGAAGAAAAAAGTAATGATTTTTGACAGGAAACAAATCATACCGACCATATGATCCACACCAAACTCTAGTCTGTTAAAGATTTGATGGAGCAGCCTCTGAATATGGTTATTTTCATACCAGTCGGTTAAATTGGCCCAACTAAAATGTCAATCAAACTTGCAACTTCAATTTTTTTGTTTTCATCCAATTTTTAATTCATTGGCTATTGCCAACAGACAGATAAATACTCTCAAAAAAGCTGGTAAACTCGATATCAGCGTTTCTTAATTACTGTCTTTGCTTAAAAGCTTAAACAATACAGTAGTGGTGTTTATCCTTCTTTGGTTTCACATGTACCTTCATTTGGACATCCCCGTTTACATCACAACGTAATCTCGGTGTTTTATTTAATGATAGTAGTATGGTGGATTTACAGTAATAAAAGTAGAGTATGCGTTGATTACAGGGTTGTTTTGATTATAAATTTTGATCGCAGGGCTATTTTTTTACAGTTGACCTAGATTACATATAACCTTGTAACCATCATTCACTGAATTTTTTCTATGTTCCACCATTGTCTTTATGGATACATAGATTTCTACAGTAAACTACTTGTGTACTGATACATACTAGAGAGCATGCACATAATGTCTTGAAGTTGACAATTATTAACATAATTGAGAAATAATTTTTAAAGATTATGTTGCCATACATATAATACTATGTCATGGATAACGGTCTCATGTACTTTCAGGAGCTACTACAGATGTACGCACAACGGATGCTCAGTTCGAAAACACGTGGAGAAAGCTTCAGACAACGACAAAACAGTCTTAATAACGTACGAAGGCACGCACAATCATGATCAGCCTTCCCTTAAAAAGGAACAATCGACTTCTTCCAAATCTTTGATCGCTGATAAAACCCTAATCGAAAAAGAATCACTCGCACATAATATAGCATTGGAATCAACACAGAACCCTTTGAATACAGGATTAAACTCATCTTCAGGAGAGGAAGCTAGTGTAACAAAATCTGAAGAAACTAATCTTCCTCCTGTTAGCGTAACCAAATCTGAAGAAACCAATCGTCCTACTGTTAGTGTAACCAAATCTGAAGATACCAGTATTCCGATTGTTAGCGAAAAGTCTGCTGCTGCAATACCTGTTCAGAATTCTTGAGTTGTTATTAGATTCAGACAAGTAAATTTAGAGCTCTCTAATTAATTATCTGGTGATTTTATGTACAGTGTTTTCACTTCACTTGGGGCTTGTTTATTGGTAGCATCCCTTGTTTTATATATTTAAGTTAAATAGTGAAGAGCTACAATTGTGTCGATTAAACTGTGTCAGCCTATACATCGCTGTAGACTTGCAGTAAATACAAGTGTGATTGATTGGACGAGGGTCTGGTAGAATAATGTGTTTGACAACACTTGTTTTAACTTTTGTTTAGCGTATGTCAATATAGTTTGTGCTTTCAGTTCCAAATGTTGTTGTTTTGTTGTTACTATACAGCTGGCTTATTTTAAAACATAAAGCCATTAAGAAG

Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	XP_008778954.1	4.6e-101	probable WRKY transcription factor 4
Swissprot	Q9XI90.2	3.7e-55	WRKY DNA-binding protein 4
trEMBL	A0A8B7BK02	3.3e-101	probable WRKY transcription factor 4

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT1G13960.1	37.73	1e-61	234	WRKY4	WRKY DNA-binding protein 4

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	e-value	bit score
AfisC4G05894	AT1G13960.1	432	189	15	32	406	60	468	37.73	1e-61	234
AfisC4G05894	AT1G13960.2	404	195	13	32	406	60	441	39.11	3e-60	229
AfisC4G05894	AT2G03340.1	386	179	11	53	409	119	477	39.12	3e-59	226

Ortholog group

Species	Genes
Allium cepa	g15410.t1; g21147.t1
Allium fistulosum	AfisC4G05894
Allium sativum	Asa5G04899.1
Arabidopsis thaliana
Oryza sativa	LOC_Os08g17400.1

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF03106.12	WRKY	Domain	158	214	74.4	6.2e-21
PF03106.12	WRKY	Domain	348	404	88.6	2.2e-25

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0003700	F	transcription factor activity, sequence-specific DNA binding
GO:0005634	C	nucleus
GO:0005737	C	cytoplasm
GO:0006355	P	regulation of transcription, DNA-templated
GO:0007275	P	multicellular organism development
GO:0009414	P	response to water deprivation
GO:0009651	P	response to salt stress
GO:0010033	P	response to organic substance
GO:0044212	F	transcription regulatory region DNA binding
GO:0034605	P	cellular response to heat
GO:0043167	F	ion binding
GO:0043565	F	sequence-specific DNA binding
GO:0044702	P	single organism reproductive process

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
-	-	-	-	-

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network