result

Gene information

Detail information of AfisC4G06774

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC4G06774	chr4	1261731518	1261741647	+

Sequences

CDS

>AfisC4G06774
ATGGTGGAGGTACCTGCGACGAAGGAGGACAGCTGTGTGGTAAACAAGCAATTGGAATCGAGCTCTGATGATTCGGATGGAAGCTCCAGTTTGATGATTTCTTCTCCACCTTATAATAAGAATTCAGGGCCAATGAGGAGACCAAAGGGTGGTTGGACACCTGAAGAGGATGAGACTCTAAGGCATGCTGTCAAAGCATACAATGGAAGAAATTGGAAGAAAATAGCGGGTTTTTTCAAGGACAGAACAGATGTCCAATGTCTGCATAGGTGGCAAAAAGTTCTTAATCCCGAACTAGTCAAAGGGCCATGGACTGCTCAGGAAGATGAAATGATAACAACTCTTGTTCAAAAATATGGACCCAAAAAATGGTCTTTAATAGCAAGATCATTGCCAGGTCGGATTGGGAAACAGTGCCGAGAGAGGTGGCACAACCATTTAAACCCTTCAGTAAAAAAAGATCCTTGGACTCCAGAAGAAGAACTTGCTATAGTTAAGGCTCACAGTGAATATGGAAATAAATGGGCGGAAATTGCAAAGGTTTTACCTGGAAGGACTGATAATTCAATAAAAAATCACTGGAACAGCTCACTTAAGAAAAGGTTGGATAGTTATTCAGGTATTAATCAACATACAACAGATCCACGGCCCATCAACCTAGTTCATGGGAAATTCTCTGCTTTATCAATAAAAGGATCCGATACAAAGACCAAAACTTCAGTACCGCAAAATACTCAGAATGCTCATACTTTGGTTTTTCGTCAACCACAAGATAAACAGGATTTGGAGCCATCAACCCCCAAAAAAACATTAGACTTCTTCCCTAAAATCGATCATAATCCTGAAAACCCAAAGCCTGTTACAGCAAACATAGTAAATGTCAAACCAGCTGAATCTATGTTTGAAACTCCAAAACCTATATTTGGTTCAAATAATGCCACCATACTTGGAACTCCAAAGCCTTCATCTGTTAGTTCAGATAAAATGTTTTCTTCTCTTGAAACTCCAGAGCCTGTATTTATTAATTCGAAGAAAACCCCATCTGATGATAATATGTTCTCAAAAAAATCTCAATCAGTAAGAAAACAAAATGTTGATGGTTCTGAGTTGGAAATACAGTCCAGTGGCTGTAAAAAAGCCCGTATATCTGATACTTTTGGTTCTCTATGTTATAAGCCACTACAAAACTTGGATCTCAATCTCTATTTAGCATCACCAAATATGCAAGAAGCACATAATTTGGGCACATTTTCTAATGGTAACGGTTATAGCACTCCACCGAATATGATTAAAACGAATCCAACTGAGGAAACATTTGGCTCCCTTTTGAGAAGTGCAGCTAAAACTTTTTTTGAGAACCCATCGATAATTAGAAGAAAGAGGGGAAATAATGACTCCGTTTTGAGCCTTGATAAAAACGAGGAGTCGATTAAGACAATCGTTAGTGAAATTTCTATTGCTAAATGTGGTAGCAGCTCTTCAAAATTCAATGACAGTGAATGTTCATGTAAAGAGGGAGTTGTAGTTGGTGATGTTGAAAACAAGCTGAGTATTTCTCCTGCATATCAGTTTAGAAGATTCTCTAAGGTTAAAGCGATCGAGAAGAGACAGCTTGATTTTTCTTCAATTGAAGTGAATTGTAACAGTGCCAAGAATCCTTCAAGATTTGAAGAGGAGTTGACTAATAAATTTACTCATGCTACCAAATTGGGAGTATCATGA

Protein

Gene

>AfisC4G06774
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ATAAAATAAAAGACCATTCTTCTGCATCTTATGGGAATGTTTCTAGAATTTTGAATTCAAATGTCCATTCCTAAGATATGTATTTTCTGGTGAAATTGCTCATGTAAGGTGTCAATCAAACCTTCTTTTT

Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	XP_010922328.1	6.5e-96	transcription factor MYB3R-3
Swissprot	Q0JHU7.1	1.3e-77	Myb-related protein MYB3R-2
trEMBL	A0A6I9R802	4.7e-96	transcription factor MYB3R-3

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT5G02320.1	66.51	4e-81	299	ATMYB3R5;MYB3R-5	myb domain protein 3r-5

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	e-value	bit score
AfisC4G06774	AT5G02320.2	209	58	2	9	205	23	231	66.51	4e-81	299
AfisC4G06774	AT5G02320.1	209	58	2	9	205	23	231	66.51	4e-81	299
AfisC4G06774	AT3G09370.1	212	58	3	9	205	23	234	65.57	1e-78	291

Ortholog group

Species	Genes
Allium cepa	g275407.t1
Allium fistulosum	AfisC4G06774
Allium sativum	Asa0G02860.1; Asa5G05091.1; Asa5G05695.1; Asa8G04902.1
Arabidopsis thaliana	AT2G13960.1; AT3G09370.1; AT3G09370.2; AT5G02320.1; AT5G02320.2
Oryza sativa	LOC_Os01g62410.1; LOC_Os01g62410.2; LOC_Os05g38460.1

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF00249.28	Myb_DNA-binding	Domain	49	95	55.0	6.1e-15
PF00249.28	Myb_DNA-binding	Domain	101	147	59.8	1.9e-16
PF00249.28	Myb_DNA-binding	Domain	153	196	62.3	3.2e-17

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0000122	P	negative regulation of transcription from RNA polymerase II promoter
GO:0005515	F	protein binding
GO:0000978	F	RNA polymerase II core promoter proximal region sequence-specific DNA binding
GO:0001077	F	transcriptional activator activity, RNA polymerase II core promoter proximal region sequence-specific binding
GO:0001135	F	transcription factor activity, RNA polymerase II transcription factor recruiting
GO:0003713	F	transcription coactivator activity
GO:0005654	C	nucleoplasm
GO:0006338	P	chromatin remodeling
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GO:0009733	P	response to auxin
GO:0009751	P	response to salicylic acid
GO:0009753	P	response to jasmonic acid
GO:0031523	C	Myb complex
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GO:0032875	P	regulation of DNA endoreduplication
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GO:0045624	P	positive regulation of T-helper cell differentiation
GO:0045944	P	positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter
GO:0051571	P	positive regulation of histone H3-K4 methylation
GO:0051574	P	positive regulation of histone H3-K9 methylation
GO:0090307	P	mitotic spindle assembly

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
K09422	MYBP; transcription factor MYB, plant	EC:-	-	-

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network