result

Gene information

Detail information of AfisC5G00800

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC5G00800	chr5	152587386	152599714	+

Sequences

CDS

Protein

Gene

>AfisC5G00800
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Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	XP_029122778.1	8.0e-45	transcription factor SPATULA isoform X3
Swissprot	Q9FUA4.1	4.9e-31	bHLH transcription factor bHLH024
trEMBL	A0A8K0IHJ5	3.1e-46	Transcription factor SPATULA

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT4G36930.1	71.43	1e-34	143	SPT	basic helix-loop-helix (bHLH) DNA-binding superfamily protein

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	e-value	bit score
AfisC5G00800	AT4G36930.1	112	31	1	22	132	168	279	71.43	1e-34	143
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AfisC5G00800	AT1G09530.2	106	25	3	21	124	321	411	60.38	4e-27	119

Ortholog group

Species	Genes
Allium cepa	g156548.t1; g37576.t1
Allium fistulosum	AfisC5G00800
Allium sativum	Asa2G05912.1; Asa6G06459.1
Arabidopsis thaliana	AT4G36930.1; AT5G67110.1; AT5G67110.2; AT5G67110.3
Oryza sativa	LOC_Os02g56140.1; LOC_Os06g06900.1

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF00010.23	HLH	Domain	55	101	51.4	6.8e-14

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0001046	F	core promoter sequence-specific DNA binding
GO:0001228	F	transcriptional activator activity, RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific binding
GO:0006366	P	transcription from RNA polymerase II promoter
GO:0005634	C	nucleus
GO:0006355	P	regulation of transcription, DNA-templated
GO:0006783	P	heme biosynthetic process
GO:0046983	F	protein dimerization activity
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GO:0042802	F	identical protein binding
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GO:0009585	P	red, far-red light phototransduction
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GO:0010047	P	fruit dehiscence
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GO:0010187	P	negative regulation of seed germination
GO:0010244	P	response to low fluence blue light stimulus by blue low-fluence system
GO:0010313	F	phytochrome binding
GO:0010600	P	regulation of auxin biosynthetic process
GO:0010928	P	regulation of auxin mediated signaling pathway
GO:0015995	P	chlorophyll biosynthetic process
GO:0031539	P	positive regulation of anthocyanin metabolic process
GO:0048440	P	carpel development
GO:0048767	P	root hair elongation
GO:0080113	P	regulation of seed growth

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
-	-	-	-	-

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network