result

Gene information

Detail information of AfisC5G01356

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC5G01356	chr5	253901624	253907112	+

Sequences

CDS

>AfisC5G01356
ATGCTCCACCGCCACCTCCTCCTCCTCCTCCTCTTCTCTCTCATTCCGCTCTCCTTCTCCTCCCCACTCACCTGCCCCGACTCCACCCGCATCTGCACCTCCTTCCTCGCTTTCAAATCCTCCCAAAACCTAACCCTAACCCTCTCCATGTTCGACGCCACACTCTCCGACATCTCCACCGACCCAAATTCCTCTCCGGACTACACATTCATCAGAAAGAACTGCTCTTGCCTCACCTCCCACCGCTACTTCACCAACACCACCTTCACTGTACTCGAACAGTCGCCAACCAACGCCTCGGATCTGGTCCACAAAGCTTATAACGGTCTGGCGAGTTATAATAACTCGAGATTTGCGAGGAAGGGGATGGTCTTGGGGGTGAGGTTGTACTGCGGCTGCTCCAGTGGGTTGTGGAATTATTTGATGAGTTATGTTATGGAGAAAGGTGATACGGTTGAGAGTTTATCGAGTAGGTTTGGAGTTAGTATGGATAGTATTGAGAGAGCGAATGGGATGACTGGCTCTGATGATGGTTTAAGATTCGGTGATGTTTATTACATTCCTTTGAACTCTGCTCCTGGACAACCTTATGTGGAAATTGAAAATTCTCCTATGCCAGCTCCTGCCCCCGCACCAAACCTCTATGAATTTTCAGCAGCAACACCGGAAAAAAATTCTAGTACTTCTAGAAAATTCCCATATTGGTGGGTTATTGGGAGCATGGGGATCGCTGTTCTTCTGATTGCTGTCATGCTGCTTGCATGCGTTATATGGAAAAGTATGAAGGATTATTCACATGCCACTAAGAACCAATCTAAGGAGTCTGACTTACCGACTACACATAAATTTCAAATTCTCAAGAGCAGCAGTTTCTGCAATACATCTGGAAGATACTTTTGCTTTAAATTTGGAAATTCCGATAACGCTTCAGCTACTGATGCAGTCAATTCTCATATTAATATTCCTAAAGCTGTGATTGGTGATGCGCTTGATATGGAGAAGCCTATTGTCTTTTCTCATGCAGAAATTCTCGCTTCTGCGGATTACTTTTCTGATGCAAATTTGCTTGGTCATGGTACCTATGGTTCAGTCTACTATGGATTTCTTCAGGATCAGGAGGTTGCCATTAAAAAAATGACAGCTACAAAAACAAGAGAATTTATCGCAGAGATGAAAGTTTTGTGCAAAGTTCACCATTCTAGTCTGGTAGAGTTGATTGGTTATGCAGCTAGCCGTGATGAGCTCTTCCTTGTATATGAATATGCTCAAAAAGGTTCCCTCAAGAGCCATCTACACTATCCACAAAACAAGGGACAAACATCTTTATCTTGGATCTCTAGGGTCCAAATTGCCCTTGATACTGCTAGAGGTCTGGAATACATTCATGAACACACAAAGGATCATTATGTCCATCGAGATATTAAAACAAGCAACATATTACTCGATAATTCTTTCAGAGCAAAGATCTCCGATTTTGGGCTTGCAAAACTTATTGTAGCTACAGTTGATGGAGAAGCATCTGCAACAAAAGTTGTGGGTACTATTGGTTACTTGGCTCCTGAATATTTACGTGATGGCTTAGCCACAACAAAAAGCGACGTGTATGCATTTGGTGTTGTACTTTTTGAACTGATATCAGGTAAAGAGGCCATAATAAAAACAGATGGGACGGCTTTCACCAATTCAGACAGGCGGTCCTTGGCATCAGTTATGTTAGGAGCTCTGAAGAACTCCTCCGAATCGACCAACATGGCAAGTTTGAAGTTGCACACTGATCCAAGCTTGATGGATTTGTATCCTCAGGACTGTGTATATAAGATGGCGATGGTAGCAAAGCAATGTGTGGATGAAGATCCTGTATTGAGGCCAGATATGAAGCAAGTCGTAATATCGCTCTCCCAAATTCTGCTGTCATCGGTAGAGTGGGAAGCTGCGTTAGCAGGAAACAGTCAAGTTTTCAGTGGACTTGTGCAAGGAAGATGA

Protein

Gene

>AfisC5G01356
GTCATCTCCTCCCCGCCCTTTCCACCCTCATTTCCTTCTTTCTCTTTCCAAATCTCATTATCCCTCTCCCTCTCTCTTCCTCTCCCACTTCCATTCCCAATTCCAAATCCAAAAATGCTCCACCGCCACCTCCTCCTCCTCCTCCTCTTCTCTCTCATTCCGCTCTCCTTCTCCTCCCCACTCACCTGCCCCGACTCCACCCGCATCTGCACCTCCTTCCTCGCTTTCAAATCCTCCCAAAACCTAACCCTAACCCTCTCCATGTTCGACGCCACACTCTCCGACATCTCCACCGACCCAAATTCCTCTCCGGACTACACATTCATCAGAAAGAACTGCTCTTGCCTCACCTCCCACCGCTACTTCACCAACACCACCTTCACTGTACTCGAACAGTCGCCAACCAACGCCTCGGATCTGGTCCACAAAGCTTATAACGGTCTGGCGAGTTATAATAACTCGAGATTTGCGAGGAAGGGGATGGTCTTGGGGGTGAGGTTGTACTGCGGCTGCTCCAGTGGGTTGTGGAATTATTTGATGAGTTATGTTATGGAGAAAGGTGATACGGTTGAGAGTTTATCGAGTAGGTTTGGAGTTAGTATGGATAGTATTGAGAGAGCGAATGGGATGACTGGCTCTGATGATGGTTTAAGATTCGGTGATGTTTATTACATTCCTTTGAACTCTGGTCAGTCCTTTTTCTTCTTCCTTCATTTAGGATTTCTATTTATTTTGGTAAATTCTGATGTGGCTTTGTGTTTTATGCCATCTGGGTTAGTTAATTTAAAAGGGAAAAAAAGGTACTTTTGTGGTAGTGAAAATTAGTAGTGCAACTACAAGTGTCAAATCACGCAATACGATTCGAACCTATGACTGACCAAAGCCTAACCAGTTTGATTTGTTTTATGCAATATAGTTGGGAGTATTGTTGATCAGCAAACATTTTCACTTTTCAGTAGTGTTATGTTTGGGTGAAGTTTCCTCTTGCTTTTTTGGGTACACTAATTAAATCTATATGGAAAATTCAGTCAAAATTGTTTAACTGGCCATAAACTTAACATTCACTTGTATAACCTCAAATATTTGATTCTCAAGTGCTTAATTCTGCTAGTTGCAAGTAGATCTTAATTGGAATAATGTTGTCTGTCAAAAATTTAATTTTTACCGGTATTTGAAGTAAATGAAATTGTTTTCAGTCATTTGCTCAGATATTCACATTCAAAGTTTGAAATGAAAACAATGTGATACTTTCTACCAATATGATTGTGGTTTAGGTTTTGTCAAGCAAACTTCATTCAGTGGTTTCATTACTATACAGAGAGCATTTATTATTTCTATAAGAAAATAAGGATGCAGCCATGTGAGTTTGCACAGTTTCCAGCTTCCATTTTTAATGCTTTATAATGGTGAAAAACTATATGATTGTTGTTTAAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGGATCAAACCTCATTCAGTAGTTTTATACTTCTATAATTATATAGGGAACATCCCTTATTTCCTTAAGGGAATAAGGATGCAGCCATGTGAGTATGTACGGTTTCTTGCTCCCATTTTTTATGCTTATAACAATGAAAGTTTATATGATCATGGATTGTTACTTTGTTCCTTTGTAATATGTTGCAAATGGTTGTGTCCATCAGAACTTCAATTTTTTCCTTTCATCCCCACATATGTTCTCCTTTCCTTCCCATCAACTTTGTAATACGCTCTGTTATCCATTAAATTTGTTCTGTAGCTCCTGGACAACCTTATGTGGAAATTGAAAATTCTCCTATGCCAGCTCCTGCCCCCGCACCAAACCTCTATGAATTTTCAGGTTTGAACTTCAGTTCTCAATTTTATTACGACTTTTAATCGTATGCTCAAATATTCGTTTACTTCTTGTTCTGGAACAACTAATCAAGTATTTTAATACATTAAATCAGCAGCAACACCGGAAAAAAATTCTAGTACTTCTAGAAAATTCCCATATTGGTGGGTTATTGGGAGCATGGGGATCGCTGTTCTTCTGATTGCTGTCATGCTGCTTGCATGCGTTATATGGAAAAGTATGAAGGATTATTCACATGCCACTAAGAACCAATCTAAGGAGTCTGACTTACCGACTACACATAAATTTCAAATTCTCAAGAGCAGCAGTTTCTGCAATACATCTGGAAGATACTTTTGCTTTAAATTTGGAAATTCCGATAACGCTTCAGCTACTGATGCAGTCAATTCTCATATTAATATTCCTAAAGGTCAGTCGCTAATTTTTGCTGGTATTGGTAAGAAGTTCACAAATGGAGCCTGTTTGGAAACAATTATCGTGGTAACTATTACAAAATAACTTTCAGCCTGACATTAGATAACTTTAAGAAAATAGTAGAATGAAGTGACAAGAGAGGGAGAGAAAATATAATTATTTAGATCGGAACATGTGGTTGAAATTAAAGGGGATTTGAGGTATATGTGTGCGTGCGCGCGCACGCAACAAATTATCAACTGAAAAGCCTAAGTTTTTTACCAAACAAATTAAGTTATATAATATAAGTAATTATTCCTACTTCCAAGGTAGAATTGATCGCCTTGCTGTTTTATATCGTGATTGACATATCTTATAAATACTTAGTTATGAATGTTTTATATTACCAAATACTAGAATTCTTACAGATTTTTTACGTTTACCTATATGACTGAATTGTTGTTGTTCAGGTTCAAGTTTACTGTGAAGAATCTTTACTTTAACACACTATTTATGCCTTGTATTAACTGTATTACATTATATTTATGTCTAAAGTTTAACCTATATTGGATACATTTTATTCTGCAGCTGTGATTGGTGATGCGCTTGATATGGAGAAGCCTATTGTCTTTTCTCATGCAGAAATTCTCGCTTCTGCGGATTACTTTTCTGATGCAAATTTGCTTGGTCATGGTACCTATGGTTCAGTCTACTATGGATTTCTTCAGGATCAGGTCTGTCTCTTAATTTATCCAAGAAATTGTTTTAGCACTAGGGAAAAACTACCTTATCATTTATGGTAGTTTTGCATCTGCAGGAGGTTGCCATTAAAAAAATGACAGCTACAAAAACAAGAGAATTTATCGCAGAGATGAAAGTTTTGTGCAAAGTTCACCATTCTAGTCTGGTATTGACCTTAATAAGCTTCAACTAATTTTCAACACCTAAATTTATGGCATAATCTGACTTGGCCTTCATTATTCTCACTTTGTCAAGGTAGAGTTGATTGGTTATGCAGCTAGCCGTGATGAGCTCTTCCTTGTATATGAATATGCTCAAAAAGGTTCCCTCAAGAGCCATCTACACTATCCACAAAACAAGGGTAAGATCACCATGTTTATGGATTGAAATCCTTAAAGGCTTAAATGTCCATTATATTACTTTACTAATAGGAAATCTTTAGCCTAGACACTATTGCACTTTGTTTTAATAAAGAATGATTCTTCACCCCATGGACACAATTTGTGCTTGTATGAACATATTTTTTTCCTCAAACTTTATTAGCTTGAACCATGCTCATGGGGGTTGAAGGTTATTTTCACTGCATATTTTGACAGATTACCTATAGTGTATGATTACATGATTACTGTTTTTTATCAGGACAAACATCTTTATCTTGGATCTCTAGGGTCCAAATTGCCCTTGATACTGCTAGAGGTCTGGAATACATTCATGAACACACAAAGGATCATTATGTCCATCGAGATATTAAAACAAGCAACATATTACTCGATAATTCTTTCAGAGCAAAGGTAGATAGCTAACTTGAATATGCTGTCCATAGTACTCACTGTGATCGAGCTTATTTTTTACTAAGTTGCTAATTTATCTTCTCATGGAGATCTCCGATTTTGGGCTTGCAAAACTTATTGTAGCTACAGTTGATGGAGAAGCATCTGCAACAAAAGTTGTGGGTACTATTGGTTACTTGGCTCCTGAGTATGTTAACAATCTATATATTAGCTTATAAATTGTAGTCTTGACATTTGCATCCCCTTATAATCTCTTATATTTTGACTTTTTATTATAGATATTTACGTGATGGCTTAGCCACAACAAAAAGCGACGTGTATGCATTTGGTGTTGTACTTTTTGAACTGATATCAGGTAAAGAGGCCATAATAAAAACAGATGGGACGGCTTTCACCAATTCAGACAGGCGGTCCTTGGCATCAGTTGTAAGAAAACAATTTACTTGGCATTTTATAATGTTTTCATCCATTTGCTCTTAGTTATTTACACGTTGGATTAACACATCCTAATAGATGCCTTGTCAAAAATAGCAATGCTCTTGATTGCATAAGGGCATTGTCAACAATGTTAAAACTTAATACAAGAAAATAAATCATACAAGTTAAAGGAATAATATAATTGTGCGTGAAAATGATTCAATATTTCATTAAATATCAGTTACTTTTGAGACTAAAAAAACGTAGCAATTTCATTTGTTTCTCATGTATTTGTCGGTATCAGAATCAAAATACTGAAGACTTGTGTACGCTGTCCTTAGCTTGCATGGGCTTGTTCAAAATTCAATACTACTCGGTCAAATTTACTGGACTTCGATTCATAATGGAGCAAAACATTGACATTTGGAAGAAACTTATGCAAAAACATTTTTTTAAGGTGCTTTTTCTATTTACCTAACCACATCATTTCTTTACGGTGATTCCCAGATGTTAGGAGCTCTGAAGAACTCCTCCGAATCGACCAACATGGCAAGTTTGAAGTTGCACACTGATCCAAGCTTGATGGATTTGTATCCTCAGGACTGTGTATATAAGGTAATTTTGAATTGATTTATTGGTTGTTTACTCAAGGAAAAAACAATAATAATCCAAATTTTGTTGCAAGCATCTGTGATCTTGAAATGATAACATTGCTAGTTTAAAATTTCTAGAAAACAAGAGCAGGTGATACTATTCCTCCTTGACTGTTACCCAAACATTAACAATATGTGAATATGATTTGGTATTAAAAAACTTTGCCAGTATCCTTTAAAACAAATTATTGTAGTAAAATGTAATTTTGTTTACTGTAAAAGATGGCGATGGTAGCAAAGCAATGTGTGGATGAAGATCCTGTATTGAGGCCAGATATGAAGCAAGTCGTAATATCGCTCTCCCAAATTCTGCTGTCATCGGTAGAGTGGGAAGCTGCGTTAGCAGGAAACAGTCAAGTTTTCAGTGGACTTGTGCAAGGAAGATGATCACATAGCAGGTTATGTTTCTGTATCATATTTGAGTGTGTATTTGAAATCACGACAGCATGGATGTTCTAGAATTATTCTTTTTTGGCCTATCATTCTTTTAATCTTGTACCATACTTGGAAAATGCGTCAGATGTACATCGTGTATTGAGTGTTTTTATTTTTGTTTTCCATGGTATTATAGATTTTCAACTTACAATCGTGTAATTTTGAGATACTTTAATATTGTGGAATATAATGTTTGTATTTAACGAG

Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	XP_020264956.1	1.2e-242	lysM domain receptor-like kinase 3
Swissprot	F4IB81.1	4.4e-194	LysM domain receptor-like kinase 3
trEMBL	A0A6I9QW03	5.2e-240	lysM domain receptor-like kinase 3

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT1G51940.1	58.45	0.0	703	LYK3	protein kinase family protein / peptidoglycan-binding LysM domain-containing protein

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	e-value	bit score
AfisC5G01356	AT1G51940.1	645	248	9	22	660	21	651	58.45	0.0	703
AfisC5G01356	AT3G21630.1	541	270	16	125	660	147	617	36.23	2e-75	280
AfisC5G01356	AT5G38560.1	325	189	5	338	658	327	640	37.23	1e-54	211

Ortholog group

Species	Genes
Allium cepa	g351211.t1
Allium fistulosum	AfisC5G01356
Allium sativum	Asa0G01241.1
Arabidopsis thaliana	AT1G51940.1
Oryza sativa	LOC_Os01g53840.1

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF01476.17	LysM	Domain	144	184	23.5	4.1e-05
PF07714.14	Pkinase_Tyr	Domain	355	630	170.5	3.8e-50

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0005886	C	plasma membrane
GO:0002752	P	cell surface pattern recognition receptor signaling pathway
GO:0042742	P	defense response to bacterium
GO:0004675	F	transmembrane receptor protein serine/threonine kinase activity
GO:0035556	P	intracellular signal transduction
GO:0005775	C	vacuolar lumen
GO:0008061	F	chitin binding
GO:0009609	P	response to symbiotic bacterium
GO:0009789	P	positive regulation of abscisic acid-activated signaling pathway
GO:0009817	P	defense response to fungus, incompatible interaction
GO:0009877	P	nodulation
GO:0031348	P	negative regulation of defense response
GO:0032491	P	detection of molecule of fungal origin
GO:0032499	P	detection of peptidoglycan
GO:0042803	F	protein homodimerization activity
GO:0043621	F	protein self-association
GO:0046777	P	protein autophosphorylation
GO:0071219	P	cellular response to molecule of bacterial origin
GO:0071323	P	cellular response to chitin
GO:1900459	P	positive regulation of brassinosteroid mediated signaling pathway
GO:2001080	F	chitosan binding

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
-	-	-	-	-

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network