result

Gene information

Detail information of AfisC5G01988

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC5G01988	chr5	375518472	375524923	+

Sequences

CDS

>AfisC5G01988
ATGCATCATGCAGGGATCAATATGATTCCGGCAAGACACGTTTCCGCTATGATCAGCCCAGGCGGTGGTTACGGTTCAAGTTCTTCGATGAACCTCGGTCAACCAAACATGTTAGAAGGGCAAATTCCACTGCAACAACTTGTGCATCATGATATGATCACCCAGACGACAACGGGTGGGGAGAGTCATGAAATGTTGGGGCTTAGAAACCATGAAGAGTTCGAGAGCAAATCAGGGAGTGAAAATATTGAAGGAGGCGGTTCTGGTGATGATCAAGATCCGAACCAACGGCCAAAGAAAAAGCGTTATCATCGACATACTCAACATCAAATTCAAGAAATGGAGGCGTTCTTCAAAGAATGTCCACACCCAGATGACAAGCAAAGGAAAGAATTAAGCAGGGAATTAGGGTTGGAACCACTGCAAGTCAAATTTTGGTTCCAAAACAAACGCACTCAAATGAAGACTCAACATGAAAGGCATGAAAACACTCAACTAAGGAACGAGAATGAAAAGCTTCGGGCCGACAATTTGAGATACAAAGAAGCCCTTGCAAATGCATCTTGCCCTAACTGCGGTGGGCCTGCTGCCATCGGAGAAATGTCCTTTGATGAGCATCACCTTCGAATTGAAAACGCCAGACTTAGAGAAGAGATCGATAAGATATCAGGCATTGCCGCAAAGTATGTAGGAAAACCGATGTCATCCTCATACCCTTTGATCCCACCAGGCATCGCCTCACGCTCGCCCCTGGACATCGGAGTCGGGAACATGGCAAACGAAATGTATGGAAACGCTACTGGTGATTTGCTCCGGTCAGTGTCTGGGCAATCGGAGATCGATAAACCGATGATCATCGAGCTTGCCGTTGCCGCCATGGAGGAGTTGGTTCGAATGGCCCAACTTAACGAACCACTTTGGTGTAGTCAAGGCAGCGGTGGAAGCGAGGTGTTGAATGAGGAGGAGTACGTGCAAAATTTTCCTAGAGGAATTGGACAAAGGCCATTTGGATTAAAGGCAGAAGCTTCTAGAGAGACTGCTGTTGTCATTATGAATCATATCAATCTTGTTGAAATCCTCATGGATGTGAATCAATGGTCTACAGTGTTTTCTGGCATAGTTTCACGAGCAATTACACTGGAAGTGCTGTCAACTGGAGTTGCAGGCAACTGTAATGGAGCATTACAAGTGATGTCTGCGGAGTTTCAAGTTCCATCACCGCTTGTTCCAACAAGAGAGACATTGTTTGTGAGATATTGTAAGCAACACAGTGATGGAACTTGGGCTGTGGTTGATGTGTCGCTTGATAGCCTTCGTCCTAGCCCTGTCTTGAGATGCCGAAGAAGGCCATCTGGTTGTCTGATTCAAGAAATGCCCAATGGTTATTCTAAGGTAACATGGGTAGAACACGTTGACGTGGATGATAGGTCAGTACACAGCATATACAAGCCATTGGTGAACTCAGGCTTAGCATTTGGTGCCAAAAGATGGGTTTCTACTCTCGATCGACAGTGCGAACGACTAGCTAGTGTCATGGCTAACAACATACCTCAAGTAGATGGCGGTGTGATACAAACAGCAGAAGGCAGAAAAAGCATGTTGAAACTAGCAGAAAGAATGGTAATAAGCTTTTGTGGAGGTGTGAGTGCATCTACTACTCATCAATGGACAACATTATCAGGTAGTGGGGCGGAAGATGTTCGAGTCATGACTAGAAAGAGTGTGGATGATCCAGGTAGACCGCCTGGAATTGTTCTGAATGCTGCTACTTCTTTCTGGCTTCCTGTTCCTCCCAAAAGAGTTTTTGATTTCCTTCGCGATGAAAGCTCTCGTAGCGAGTGGGATATACTCTCTAATAGAGGCGTTGTTCAAGAAATGGCTCATATTGCTAATGGTCGTGATCATGGTAACTCGGTTTCTCTTCTTCGTGTCAATAGCCCCAACTCAAATCAAAGCAACATGTTAATACTTCAAGAAAGTTGTATAGACTCCACTGGATCCTATGTGATATATGCACCAGTGGACGTGGTTGCTATGAACGTTGTCTTAAACGGAGGCGACCCAGATTATGTGGCACTTCTACCATCGGGATTTGCTATACTACCAGATGGACCCATAAGTGATCATGCACCAAATGGGGGTCCAATAGGTGAGGTGGGGTCTGGTGGTTCGTTATTGACCGTTGCATTTCAAATTTTGGTTGACTCGGTTCCTACGGCAAAATTGTCTTTGGGTTCAGTTGCTACGGTTAACAGTTTGATTGCATGTACCGTTGAAAGGATCAAAGCTGCAGTCTCGGTCGAGGCTGCACACAAATGA

Protein

Gene

>AfisC5G01988
TCTTTCCATTACTTTCCTTTTCCTTTCATCTTCTTCCTCCTCCTTTCTTATTTTTCATACTTTACCTCTCATCGTTTTTTCTGCTTCAATTTTTTTCTCCTGCTAAATTTCATGCACTGCTTCAACACACTTGCTGTTTCTAATTTCTTCCCTTTATCCTGACATAAAATCTAAGCATATATGTCCTTATAGATCTTAGCGAGTTTTCAACCAAAAAGTAATATCCAAGCAGCAGTCTCAAACATATACGCAAAAAGTGGAGGGAGAAGAGAGAAAAATTAGGGTTTGGTGCTGCAAGAAATAATTCAAATATAAATTATATTAGTAATATTAATACTATGCATCATGCAGGGATCAATATGATTCCGGCAAGACACGTTTCCGCTATGATCAGCCCAGGCGGTGGTTACGGTTCAAGTTCTTCGATGAACCTCGGTCAAGTACGCTTAATTTAGTAGCTAAGTAACAGTTATATTTTTATTTCCAAATAAAATGGAAATTATTTAGCGTGATTTTTGTTAGTTCGGGTTGTATATATAACTTTTGTTTCCTTTTTCTTCTTTTCTTTTCCTTTTCCTTAAACTTTATTATTATTATTTTCTTAATTTTTTTTTAATCTGATGTTCCTTTTGCAACTTAAATTTTAGGGTTTGGTTTTTATGTTTGATATTTGAAAGGTTGTTTGTGTAATTTGAGGTTAAATCCACCTCGAAATTTGAGAAACGCGTTTAAAAAAAATGAAAGGTCAAGAAATTTGTAAGTTCAGTACTTTGAGGTAAAAGAAGTCAAATAGATTTTATTGGCTACAATATAAATTTTCATAGATCTAAACAATTTCAGTTAAGTCTTTGTATATTCATACTTCAAAATAGAATTGTTTTAATCTTTCTACCATGGATCTAGCTAATTAAATTCCTTTTAATTTAAATCTTTTAGCCAAACATGTTAGAAGGGCAAATTCCACTGCAACAACTTGTGCATCATGATATGATCACCCAGACGACAACGGGTGGGGAGAGTCATGAAATGTTGGGGCTTAGAAACCATGAAGAGTTCGAGAGCAAATCAGGGAGTGAAAATATTGAAGGAGGCGGTTCTGGTGATGATCAAGATCCGAACCAACGGCCAAAGAAAAAGCGTTATCATCGACATACTCAACATCAAATTCAAGAAATGGAGGCGTAAGTTTCGAATATTTTCTATAAAATAATTAAGAAGCCCTTTCAAAAGAACAAATCACTAATATTTTGGTAAAACGAAATGTGGCACAAATTATCCTTTTCTAGTGTTATTTCCCAAATAAAGTTTTCTATTACTCTCCTAACTTAGCTTAAGATTATGTATCTTAATTTGATCCTTATACCTAATGCATCAATGTATCTTCATAATTTCGTGTGCAATTTCCAATAACTTTTATCTCTGTTTAGTTGTTTTTTGTTGTATAACCAGGTGACCAGGGTGAAATTTTCAACCACTCTTATATTCAATAATAAATATTTAATTAAAAAGTTGATGTTTTAATTAAACGTCAGGCTAAAGTTAATTTGTTTTGATTTGATTCATATTGTTAGATAAAGTTACAGATTTAATATACATATTATTTGCTCAAATTCTAATTTAGATTTTTTAAAAAATCAGGTTCTTCAAAGAATGTCCACACCCAGATGACAAGCAAAGGAAAGAATTAAGCAGGGAATTAGGGTTGGAACCACTGCAAGTCAAATTTTGGTTCCAAAACAAACGCACTCAAATGAAGGTTATACATTTTCTCTTTTTGCTAATTAATTACTGCTCTTATCATTTTTTAGGACAAATTTTTAGGACCAATTACTGTTCTTATCATTCTTGGTTCCAAAACTGACGCTGACTTTAAAGTTAGAATTGTCAAATACTATAACCGTTACATTATATTCGACGGCTATGATTTGAAGCCTCATACGTTTCTTCATTCGTAACCTTGTCTGTTTATTTAAACTTTTGGCCTACATCCGTGAGTTTTTATGTATAATAATTACCTTTTCTGAGTTTTCTAGAAATGAAACCAAATAGTAATTATTAAATCTCAGTCTATACCATTATAAGTACTCGTTTATTTTTTTCTCCCTAATTTTATCCATTTCACTAAATATCTATTTGTTTATTATGTCATACATATTGAAATTAGTTAATCCTTCAATTCATTCCAGCTATATTAAAATTTCATGTTAGCTTGTGTTACCGATATACATTCCTACCGATATTGAACTTATGCAAATATAATTGATATTTAACAAATAAAATAAAGGGGCATTTCACCGGAAGGACCCTATTAAATATGGTTTAACTTAATAAGTCCTCCTTTTGATATCATTTATGAAGAACCCTATTTATTTGGCTCATGCTGTTCCTTTAATTTTACTCTAGCTTTGATCAAGTTATTTCAGATTTTAAATAATAATTAAATTCTATACATTCAATTCAAGACAGTTTAATCATACTCAATAAATCAAAATAACATACTTTGAATTAGGCATCAACAAAGCACACTGTGATTAAATTTTGGTAGTTATTTAAATGATGTACAATATTTTAGTAGTTTTAAAATATTTTTGATATATATATATATATATATATATAATtcAACAGTGTTTGTTGCATTTTTAACTGCTATATACTGATCTTTATTGCAGAAGTAGTAGTTAAAAGCTTTATGGATTTATTTGTATGTGCAGACTCAACATGAAAGGCATGAAAACACTCAACTAAGGAACGAGAATGAAAAGCTTCGGGCCGACAATTTGAGATACAAAGAAGCCCTTGCAAATGCATCTTGCCCTAACTGCGGTGGGCCTGCTGCCATCGGAGAAATGTCCTTTGATGAGCATCACCTTCGAATTGAAAACGCCAGACTTAGAGAAGAGGTACTCTAAACATTAATTGAACTTTTTTTCATTGGCATCTTTGAAGCTAAATTTAAACCTAAAATTTGTGAGCAGATCGATAAGATATCAGGCATTGCCGCAAAGTATGTAGGAAAACCGATGTCATCCTCATACCCTTTGATCCCACCAGGCATCGCCTCACGCTCGCCCCTGGACATCGGAGTCGGGAACATGGCAAACGAAATGTATGGAAACGCTACTGGTGATTTGCTCCGGTCAGTGTCTGGGCAATCGGAGATCGATAAACCGATGATCATCGAGCTTGCCGTTGCCGCCATGGAGGAGTTGGTTCGAATGGCCCAACTTAACGAACCACTTTGGTGTAGTCAAGGCAGCGGTGGAAGCGAGGTGTTGAATGAGGAGGAGTACGTGCAAAATTTTCCTAGAGGAATTGGACAAAGGCCATTTGGATTAAAGGCAGAAGCTTCTAGAGAGACTGCTGTTGTCATTATGAATCATATCAATCTTGTTGAAATCCTCATGGATGTGGTATGGCATCTGAAATTCAAAACTAAACATGGTTCTTTAGTACGTACGTTATGTAGTTAGGTTTGCTGTATTTGTGCAGAATCAATGGTCTACAGTGTTTTCTGGCATAGTTTCACGAGCAATTACACTGGAAGTGCTGTCAACTGGAGTTGCAGGCAACTGTAATGGAGCATTACAAGTGGTAGCTATATATATATAAACATAACATTTCAAGAAAAATGTAACAATATATGATGATACAATGTTCATTTACATGCTGTTCCTACTAAAACTGACAGATGTCTGCGGAGTTTCAAGTTCCATCACCGCTTGTTCCAACAAGAGAGACATTGTTTGTGAGATATTGTAAGCAACACAGTGATGGAACTTGGGCTGTGGTTGATGTGTCGCTTGATAGCCTTCGTCCTAGCCCTGTCTTGAGATGCCGAAGAAGGCCATCTGGTTGTCTGATTCAAGAAATGCCCAATGGTTATTCTAAGGTACCCTTAACATTAAAAGACATTCATTTCCAACAAAAATAGCCAATAGTGATTGTTTTTTAACATTTCTCAGTTAGCATATTTATATATATTATTAATGTGCTACTACAACGTTGGAGGGTTTTCCTACGTTGTCTTAATTGGACAGAGAAGGTTGTGGAATTAAGCTTTGACTTGCTGATGGCACTTGATAGAAAATTACTTTCATAACACAACATACATGTGAATTACTGATTTTTTTTTTCTTTTTCCCCTCTCTATGTGGACATATCAATAGGTAACATGGGTAGAACACGTTGACGTGGATGATAGGTCAGTACACAGCATATACAAGCCATTGGTGAACTCAGGCTTAGCATTTGGTGCCAAAAGATGGGTTTCTACTCTCGATCGACAGTGCGAACGACTAGCTAGTGTCATGGCTAACAACATACCTCAAGTAGATGGCGGTGGTAATAAAATTGATATTATTATTACTTAGCACAGGCAGACAACAATATGTCCCATATATTGCCTAAATTTTATGTGAAGTAACTATATGTGGTGAATGAACTATATATGCAGTGATACAAACAGCAGAAGGCAGAAAAAGCATGTTGAAACTAGCAGAAAGAATGGTAATAAGCTTTTGTGGAGGTGTGAGTGCATCTACTACTCATCAATGGACAACATTATCAGGTAGTGGGGCGGAAGATGTTCGAGTCATGACTAGAAAGAGTGTGGATGATCCAGGTAGACCGCCTGGAATTGTTCTGAATGCTGCTACTTCTTTCTGGCTTCCTGTTCCTCCCAAAAGAGTTTTTGATTTCCTTCGCGATGAAAGCTCTCGTAGCGAGGTACCAAGTGTTAACCATAGTGTATGTAAATTGCTATATGTTTTGATGGAAACTTGATGATTTATTTTACTTGTGTGATTTATATATAGTGGGATATACTCTCTAATAGAGGCGTTGTTCAAGAAATGGCTCATATTGCTAATGGTCGTGATCATGGTAACTCGGTTTCTCTTCTTCGTGTCAATGTAAGTATAATTTTTTTCTAAAACCTATGATTAGAATTTATTCGAGTTTTGAATAATACTGTTTATTCGAAGGTCATTTATGTTTGAGTAAAAAGTATAAAACACTTGTTTAATACCTTCCATTCAAAATCTCGCAAGAGATTTTTATTTTTATTTCTATTTAAATATACATGCACCATTTAGTCCACCCAGTATGATCTTTATCAGTATACCTATAGCATAATGCAAAATGTTATGTTAAATAGTAAATACAATTATCCATGCTCATACATGCATGAGTTTTGATATAATGCAAAAACTTATGTATACACATAAATTTCAATAAATTTATGCATCTTTCAGAGCCCCAACTCAAATCAAAGCAACATGTTAATACTTCAAGAAAGTTGTATAGACTCCACTGGATCCTATGTGATATATGCACCAGTGGACGTGGTTGCTATGAACGTTGTCTTAAACGGAGGCGACCCAGATTATGTGGCACTTCTACCATCGGGATTTGCTATACTACCAGATGGACCCATAAGTGATCATGCACCAAATGGGGGTCCAATAGGTGAGGTGGGGTCTGGTGGTTCGTTATTGACCGTTGCATTTCAAATTTTGGTTGACTCGGTTCCTACGGCAAAATTGTCTTTGGGTTCAGTTGCTACGGTTAACAGTTTGATTGCATGTACCGTTGAAAGGATCAAAGCTGCAGTCTCGGTCGAGGCTGCACACAAATGAAATGTCTGTAGCTTAGTGAAACGGTAAGTCTCTGTTATACATTCTACAATGCATGCTGAAATTTCATTGTTTTCGTATTAATTAGACCAATATAATTGACATTCTTGTGAGAAAGAAAAATTGGAAGAATCCAAAATGCAATCACTTGTGGTTCAAGATCTAAACATTGAAGATTCATAGGTCAAAGATGTTAAATGCATCTTGCAATACAAACATTCACATAGTATCAAACTTTTAATAGTTCGTGCTAGTTTAAGAGTATATTAACTTCCTAGCTCATGAGCAAATACCACGTTTGCAGAATTGTTCTCAAGTTTTGTGTTTTATGCAACCGATCACTGACATTTGTTATCTACATTATAACAGGAGAAGGGGAAGGAGAGCTCAAGGTTTTCTTTTGTGTTAATGTGTGAAGTCAAGAACGCACCTCAGGTATCTCCTTGCAATGTGTTATGTTTGATCTGAAAAAGAAACTAGCGGAAGTCCAACTAAGGAATTGGAAGGAAAAAAGAAAACACACCACAATGCAAGGGTGTTGGTTCGGGTATTGACTTCTCTCTCTTATAATATCTATCTCTCTTCTCTTTCCCTTTCTTGGATAATTAATTTAGTGTTGTTATTTTGAATGGTGAAAATTGTCATCCTTTCTGTAATGTAGTTAGACATTTATGTTATGTTATTGTTCTCTATGACAAATTTGTTGAAACGTTGGCTTGGTTGATTGCTTGGAATTCAAGTTAAGTTTTGGTATCGAATTTATCATTGTCCTAAATTTGTATATTTGATGTATTATTAGAAAACGTATTATGTGTTTTC

Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	XP_020100432.1	0.0e+00	homeobox-leucine zipper protein ROC2-like
Swissprot	Q0J9X2.1	4.0e-303	Protein RICE OUTERMOST CELL-SPECIFIC 2
trEMBL	A0A6P5FXR4	0.0e+00	homeobox-leucine zipper protein ROC2-like

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT4G04890.1	73.84	0.0	1097	PDF2	protodermal factor 2

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	bit score
AfisC5G01988	AT4G04890.1	753	162	13	34	768	3	738	73.84	1097
AfisC5G01988	AT4G21750.2	772	168	10	34	770	3	762	72.15	1096
AfisC5G01988	AT4G21750.1	772	168	10	34	770	3	762	72.15	1096

Ortholog group

Species	Genes
-	-

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF00046.26	Homeobox	Domain	100	155	64.7	4.4e-18
PF01852.16	START	Domain	288	507	200.0	2.6e-59

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0044183	F	protein binding involved in protein folding
GO:0051082	F	unfolded protein binding
GO:0000976	F	transcription regulatory region sequence-specific DNA binding
GO:0003700	F	transcription factor activity, sequence-specific DNA binding
GO:0006457	P	protein folding
GO:0005634	C	nucleus
GO:0005737	C	cytoplasm
GO:0006355	P	regulation of transcription, DNA-templated
GO:0008289	F	lipid binding
GO:0009828	P	plant-type cell wall loosening
GO:0009845	P	seed germination
GO:0009913	P	epidermal cell differentiation
GO:0010091	P	trichome branching
GO:0016272	C	prefoldin complex
GO:0042335	P	cuticle development
GO:0043481	P	anthocyanin accumulation in tissues in response to UV light
GO:0048497	P	maintenance of floral organ identity
GO:0048765	P	root hair cell differentiation
GO:0048825	P	cotyledon development

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
K09338	HD-ZIP; homeobox-leucine zipper protein	EC:-	-	-

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network