result

Gene information

Detail information of AfisC5G03180

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC5G03180	chr5	585432972	585444518	+

Sequences

CDS

>AfisC5G03180
ATGACGATGGAATCGCTTGAAAATGACGAACTGAATGTCAGTCTAAACATTCGGGCGAATGAAGAAGCCAATGCGGAATGTAATGCGAAGAAGATAGCGGATCGGTACTTGAAGAAGGAGAAACTCGGTGAAGGTACTTATGGCGTCGTCTTCAAAGCTACTGATACCACGACAAGGCAAACAGTTGCAGTCAAGAGAATCCGCCTTGGAAAGTACAAGGAAGGAGTAAACAATAACGCTCTAAGGGAAATCAAACTACTTAAAGAGCTGAAAGATCCAAATATAATTGACTTGATCGATACTTTTACTCACAAGGGCAACTTACATCTTGTATTTGAATACATGGAAACTGACTTAGAAGCTGTTATTCGTGATCAAAACATTGTTCTTTCTCCGGCTGATGTGAAGTCATACATGCAAATGACAATGAAAGCCTTAGCTTTTTGCCACAAAAAAAGGGTCCTTCACAGGGATATGAAACCTAACAATTTGCTCATTGCTGCTGCTGGCCAACTTAAGCTAGCAGACTTTGGATTGGCACGCATTTTTGGAAGCTCAGAGCACAAATATACACATCAGGTTTTCGCTCGCTGGTATAGAGCACCTGAATTATTGTTTGGCAGCAAACAATATGGTACTAGCGTCGATATATGGGCTGCAGGGTGCATATTTGCCGAACTTCTCTTGAGGCGTCCATTTTTGCAGGGGTCAAGTGATATCGATCAGTTAGGGAAGATCTTTGCAGCATTTGGAACACCAAAGGAATCTGAATGGCCTGACATGATACACCTTCCTGACTATGTAGAATACAAGCATATCCCTGCTCCTTTACTGTGCTCCTTGTTTCCTACAGCAAGCGACGATGCTTTAGATCTGCTATCAAAAATGTTCACTTATAATCCTAAATCAAGAATCTCTGCTGCACAGGCACTTGAACATGAGTATTTTTCTTCCCAGCCACTACCAACACTACCAGAGAAGCTTCCAAAGCCACATAAGAAAGGAACTTCAGATCATATTAATGTTTCACAAAGAGATGGTCCTCTCTTATTATCTCCATCAAGGAAAATAAGAAGGGTTACTCCAGGTAACCCGAACAGACATGATGTGGTTACTAATGAGCATTTTATGAATACTACTACAAGAGTTCCTACGACCGGTAGCAGTGTCGATATGCCTATGTCTGTAGATACTGATGCTTTTAGTTATTCACGGCCACATCCAAGACCTACTCTTAATAGTGCGGATAAGATACACTTGAAAAGAAAGCTTATGTTGGATCCTGAATTTGTATATTCCAACTAA

Protein

Gene

>AfisC5G03180
CTTCTCTCTCCTTTAAAAAGTAACCAACTGAAAAAGAAAAGAGTTTTCTGAGGCGCGGAGCTCCTTATTCACCTTTTTTTTTGTTCGAGTGGCGGTCCCCACGCCACTCCATTACATTCAGAGGAGGAGCGTGCCCATTTTCTTCGTTTTTATCTCTATTTCCCGATGACGATGGAATCGCTTGAAAATGACGAACTGAATGTCAGTCTAAACATTCGGGCGAATGAAGAAGCCAATGCGGAATGTAATGCGAAGAAGATAGCGGATCGGTACTTGAAGAAGGAGAAACTCGGTGAAGGTACTTATGGCGTCGTCTTCAAAGCTACTGATACCACGGTCCGTTTTCTCTTCTTCAATTCTGCATTCTTTCTATTTTTGGCCTGTTTTATCATTTCCAATTTAGGGTTTGTGTTGATGCTGATTGAATTATTTTGGGGAATAAATTAATTGTCACAAGGTTGATTTGGATGGAAAGGAATTTGTCACTTTCTACGAACACTGATAATTGGAATGTTTCGTCATCTATCAATACATGTTTCCTGGCCATTAAAGAGTTTTTCATCTGATTTATTCTATCATTTTTTTTTAATTTTATAAAAGCACTTCCTTTTTACCCACTGTAGGTTGATATTTCATACATTATTATACAATACACAAAATTCTGAAGCTATCCCTACTTAGGTCATCTTGTTCAGAAGCAAATTGTACTCATTTATAACTTTATAGCACTCTAAATATCATTTATACTTTTATAGTTTTGTACCTTTACATTTTATATGATCATTTATTATTCCACCTTTAATCGTACATTTATACACAGTTTTATGAAGTCCAAATTTTGGATCAAAATGTTAGTTTCGTTGTATGAAATAGATTCAGTGGCGATTTAAACAGTAAATGTTGTTTTGGTGTATGCTAGGTTTGTATAGTCACAGACTCACAGCCACAGGTTTGAGTTACCCAAGCCAAGATTAAAATTAGCTGCCTACGTAACAAAATAAAAGTTTATTTTAAAACAACAGATTCTTTTTAGAAAAATCCTAGTGATTAAATTTTTGATTTTTTTTTTCTGATTTTGAACATAAATAAAAAAGATAATAAAAAATGCGTGTGTTAATCATGTAGGTTCGAAAATTTAGCATATGGGTTATGTGCATGAAATTGAAGTGGATTAATCATTGAAGAAGAAAAAAACAAAAAGCAGATGGCAACCCTAGGTTAATCAAAAATTGAAACAGAGCAACGGGTTACATAGAATTTGATGCTGGGCAACAAAATAAAAAAAACAAACTAAAAGGAAGACTCCAAGGTTCAAACATAGTTTGTCTTCTTAGAGCCATAGCATGTTAACCATTAGCCTTGATATGCTGTTGTTGTTATTTGATAGCCGTTAACTATTTACACACTATTCAGTAGTGGTAGTGGGTTGCTTAACCATTAAACTTGATATGCCCGATTAGGAAAAAACTTAGATGATGATCTAGTTGCTGGAATGTTCAGTCATCAATTAATCCATGTTTAACTGCCATCAAATAAATTTTCACGTAATTTATTCTATGAATTTTCTAATTATTATAAAACTGGTAATCAGAAACTATTTCTGTTTACACTCCCTAAGTTAAAGTCCTAAGTTAAAGTTCCAGACATATACCGACATTCCAAGGCTACTTTTCACTTCTCTATACCGTGTCCATCTTATTCAAAAGCAAGTGTACTCATCCAAATTAAACTTATTGTATTCTAGTGATCATTTATAGTCTTGTACTTTTATGCTTTACGCTGACCATTAATTCCATCTTTGTATGTAGGGCTGTCAATGGATACCCGAAAAATCCGAAATCCGTCCGCATCCGTATCCGAAAAGCGGATAATATCCGATATTCGAAAAGCGGATAATATCCGATATCCGAAAAAACGGATGCGGATATGGATACGAAGACATCCGCATCCGAAAATTATCCATCCGGTCTTTGCCAATATTATAGTACAAATTGTGTGTATTTTAGTATAATGAAAGATATTTATTTGTTGTTTTATCAAGTTAATAGTTTATATTATATACATTTAATGCTTATTAACCGCTCAAAACTATTTATTATCGCCATATTTGTTTATATTTAACACTTTTATGATCAATTGGGTTGAAAAAAAATGTATGTTAAACTTAAAATTTATATTTATATTTCTTGATTTATCGGTCGTTAGCGGATAGAATAATTATCCGATATCCGTCCGTATCCGCGGATGCGGATATCCGATATCCGAAAATCATTTCGGATGCGGATGCGGATATGACACTATCCGCATCCGAAAGTATCCGTTGACATGCCTATTTGTATGATTCTGGTCGCCAGGTTTCTTTGTATGACATTAAAATTATATACCGTAAAAGTTCAAACATTGGATCAAAATACATGTGCAATTGATTAACACAAGATTTGAATTGTAAATCATGATTTTTATGTGGTTTGGGTTTGTAAAGTATAGTCACTTGCGGTCCGTAGCTTTGAGCTGCCCACGCCAATATTAAATTTAGCTGCTTCCTAACAAAATAAAAGTTTATATTTGTACAAGGTTTCATTAGAAATTATCCTAGTGATTGTTGATTTTTCTTCCTATTTTTGAACAAAAAAAATTTGAGCACATACATTTTGTACATGAAACTGAAGCAGAGCAACAAAAACTAAAATGTATGACAATCCAAAGTTAATTGAAATCTGAAACAGAGCAACAAAATACATGAAAACCCATGATTTAACCTTGACAGTCTATATTGGCTAGGGCAATTCAAACCTACGGATCGGCTGACATTACAAACTTAAAATGTATAAAAATTGGGTTACTGTTCAAATCTTCTCTTAATTGATATCACAATTATTTTGATCCGAAGTTTTAGCTTTACATTGTATGATTTGGGTGAATATGGAGTAACTAAATGACTTATGATACAAAGGTGGACAGAATGGTTACGTAAAGCATTCAAGTATTGCTATAAATGATAATTCGGCAACAGTAAGTTTAATGAATTTGAAGCAGGACAACAAAATAGAAAACCCGACTTTTGGTTAAAATCTGGTTTGTTGCTTTGGAGCTAGGATGTGTTAACCATCAAATAGGCTATGCTATTATTTAATTTGGTGGCTGCTAATTATTTATATACTATTCTACGGAGTAGTGGGTTGCTTGATCTACACCTATCAATACTTGTATCCAGATACAAATCATGTCATATCTGCGTTTGTATCCGAAATCATTTTTGACCATCGGATATCAGTATCTGTGGATAGTGAACAGACATTAGATATCTGTCTATCTGGCCACAGCTGATAAATCTAAAAGTAATAAAAAAAAGGTTCAGTATGAAACTTTTTGAGCACCAATGCATACAAAATACTAGAAATAGAAAATATTGCGATAAAAACAATTTTGAACATCAAAATGTTTGTTTATAATAATATACAAGTAGGATATTTATTACATTGATAAAACAACAAAAACCAATCATTTTATATAGTAAAACACACATAATAGAAACTATTATTTCGATGGATAATTTTTAAATGCAGATATATTTATATTCGCATCTGTATCTTTTTTCTAAATATCAGATATGTTTTCCATTTTTGGATACAAACGCGGATGAATTTTTTATTTCTGGAGGTATCCATTAACCGATATAGCTTGACCATGGGTGTTTTTTTTAGTCTGAGGACTTACTCATCCTGTCCTTGGTCATGCCTGAGTATAGTTGACTATAACTCCATGACTAAAAGATTTAGTCAATTTGTAAATACCAATTTTAGGATAGCTTAGAAGAATTTTGTTTCTAAAAATGTGAAAAATGCATATATCAAACCAAGAAGATAAGTGCAAAATATTTTTCATATACCATTGTCACCGTAGCATTCAATGATTGAATCCTTACATTAAATGTTTCATTTGATGGTACTTTCGTTCCATTAAAAGTCAGTACAGCTTAAATTAGAAACAATTTATGTACAGATTTGAATCCTTGCATACTTGCATGCTACAGTTCTGTTTGAATCAATCTTATGAGTAGATGGTTTTTGACAGTACTGTTATTCCTTATTCCAAGTGCTTACTAAGGTTCTATTTTCATAACAGTAACGTGGGATGCAGAACATGCTTGTTATCTTTACGTAACACTTCCATATAATCTTTCTCAAAGGAGCGACAGACCTTGCTTACAAGATAGTATTAGCATACATATGCATTCCTACGCAATATATCCGACCTTTGAAGATTTGTCTTTTGGTCTTAGGTCTTCATCAGTATGCTCATTATAAATGTATGGTTGTTTATAAATTTGTTCAAGGAGCGTCAATTGCCACACCTTTGCTTGAAGTGGTAATTATACAGTTTTTGTGAGCAAGGTTTATTATTTAACCTGTACATTGATTAGTTTAGATAATTTTGTCCATATAAGCCGATTAAGCTTAGAAAAATAATAATGATCTCTTACCACTTCTCTCTATATTTCTTTTATTATATGGAAAAACAAAGGTCAGTATGTATATTCTAATGCATTTGCAGACAAGGCAAACAGTTGCAGTCAAGAGAATCCGCCTTGGAAAGTACAAGGAAGGAGTAAACAATAACGCTCTAAGGGAAATCAAACTACTTAAAGAGCTGAAAGATCCAAATATAATTGACTTGATCGATACTTTTACTCACAAGGGCAACTTACATCTTGTATTTGAATACATGGAAACTGACTTAGAAGCTGTTATTCGTGATCAAAACATTGTTCTTTCTCCGGCTGATGTGAAGTCATACATGCAAATGACAATGAAAGCCTTAGCTTTTTGCCACAAAAAAAGGGTCCTTCACAGGTATTGCTTTACCATATATCAATCATTATATGCACAAATAGTAGGCTATATTTATATCACGGAACTTAATTCATGCAACTTTCTTTCTATTCAGGGATATGAAACCTAACAATTTGCTCATTGCTGCTGCTGGCCAACTTAAGCTAG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Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	XP_020273956.1	1.7e-165	cyclin-dependent kinase D-1-like
Swissprot	P29620.1	1.0e-159	CDK-activating kinase R2
trEMBL	A0A5P1ECV0	1.2e-165	[RNA-polymerase]-subunit kinase

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT1G18040.1	66.58	3e-149	525	AT;CDCKD;3;CAK2AT;CDKD1;3	cyclin-dependent kinase D1;3

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	e-value	bit score
AfisC5G03180	AT1G18040.1	404	109	5	30	427	6	389	66.58	3e-149	525
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AfisC5G03180	AT1G66750.1	332	101	1	33	360	10	341	68.37	4e-134	474

Ortholog group

Species	Genes
-	-

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF00069.22	Pkinase	Domain	36	316	258.7	5e-77

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0000079	P	regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity
GO:0000082	P	G1/S transition of mitotic cell cycle
GO:0000086	P	G2/M transition of mitotic cell cycle
GO:0000990	F	transcription factor activity, core RNA polymerase binding
GO:0003713	F	transcription coactivator activity
GO:0006363	P	termination of RNA polymerase I transcription
GO:0005739	C	mitochondrion
GO:0005829	C	cytosol
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GO:0005524	F	ATP binding
GO:0006283	P	transcription-coupled nucleotide-excision repair
GO:0006294	P	nucleotide-excision repair, preincision complex assembly
GO:0006361	P	transcription initiation from RNA polymerase I promoter
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GO:0008283	P	cell proliferation
GO:0008353	F	RNA polymerase II carboxy-terminal domain kinase activity
GO:0009299	P	mRNA transcription
GO:0019912	F	cyclin-dependent protein kinase activating kinase activity
GO:0030154	P	cell differentiation
GO:0030521	P	androgen receptor signaling pathway
GO:0042795	P	snRNA transcription from RNA polymerase II promoter
GO:0045448	P	mitotic cell cycle, embryonic
GO:0050681	F	androgen receptor binding
GO:0051301	P	cell division
GO:0060271	P	cilium morphogenesis
GO:0070985	C	TFIIK complex
GO:1900018	P	phosphorylation of RNA polymerase II C-terminal domain serine 5 residues involved in recruitment of mRNA capping enzyme to RNA polymerase II holoenzyme complex
GO:1901921	P	phosphorylation of RNA polymerase II C-terminal domain involved in recruitment of 3'-end processing factors to RNA polymerase II holoenzyme complex
GO:1903654	P	phosphorylation of RNA polymerase II C-terminal domain serine 5 residues involved in positive regulation of transcription elongation from RNA polymerase II promoter

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
K02202	CDK7; cyclin-dependent kinase 7	EC:2.7.11.22 2.7.11.23	Basal transcription factors	ko03022
			Nucleotide excision repair	ko03420
			Cell cycle	ko04110

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network