result

Gene information

Detail information of AfisC5G04001

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC5G04001	chr5	745932296	745939922	+

Sequences

CDS

>AfisC5G04001
ATGGGATGCATCTGGTCAAAAGGGATTAGCAGCAGTAAGAAATATGGGTCTTTTGATGAGACCATAAGCATCAACAGAGGACGCAACTCTCTTACAAAAGTTGCACCAGAGGTAGAAGCTTGTGATATTGTCAACAAAGATACATCGCTGCAGTCATTGTCGGCATCACAAAATAATTCAAATGAAATTGATCATAGTGAAAGAAATGTCAATGTGGAGAAAGATGTTGAGGAGGGTTTGGAAATTGTGGATGTCCCTAATGGGTTACCGGGCGAACATGTAAATTCGGGTTGGCCTTCTTGGTTGACTTTGGTGGCAGCTGAGGCAGTTTCCGGGTGGCTGCCTAGAAGAGCAGATTCATTTGAGAAACTAGAAAAGATTGGACAAGGAACCTACAGTACTGTATACAGAGCCCGTGATCTTCAAACTGGAAAACCCGTTGCACTAAAAAAGGTGAGGTTCCTTAATATGGATCCAGACAGTGTTCGATTTATGGCAAGAGAAATAAATATTCTACGTAGACTTGATCACCCAAATGTTATTAAACTCGAAGGCATCATTACATCTAAGACATCATGCAACTTGTATCTTGTGTTTGAATACATGGAACATGATCTTGCTGGACTTGCATCTACACCTGGTATCAAATTCACAGAGGCACAGGTAAAATGCTTCATGCAACAGCTACTAAGTGGGCTTGATCACTGCCATAAGAATGGAATATTACATAGAGATATCAAGGGTTCTAATCTTCTGGTGGATAAAAATGGTGTACTTAGAATAGGAGATTTTGGCCTTGCCACGAAATTTAATCCCCATAAAAAGGAAAGATTAACAAGCCATGTTGTGACTCTATGGTATCGACCTCCTGAACTTTTATTAGGTGCAACAGAATATGGGGCTGCTGTTGATTTATGGAGCGCTGGTTGCATTCTTGCTGAATTACTTGTTGGAAAGCCTATCATGCCTGGAAGAACTGAGGTAGAACAATTGCACAAGATATTCAAGCTATGTGGTTCTCCAGCCGAAGACTACTGGAAGAAAACAAGGATATCGAAATCAACTGTTTTCAGACCACAACAACAATATCCACGCCGTGTTAATGAGACATTTAATGATTTTTCATTACCAGCTTTAAACCTTCTTAATATATTGCTTGCGATAGAATCGGGAGGCCGGGGAACTGCAGCTTCTGCTCTTCAGAATGAATTTTTCACTACGAATCCTCTTGCGTGCGATCCTTCAAGTTTGCCTAAATACCCATCAAGCAAAGAGTATGATACACGACTGAGGAATGAGGAAGCCAGAAGGCAAAGAGAAGCTGCAAAATGCAAAGAAAAAGAAAAACCAAGAAAAATCCCAAATACTTATTCACAAAACAATACAGAAGAAGGTCAGGAGAATCAACCTGATGGCAAATGCAGTAGTGATAAGTACAATGAACTTGGAAGTAGTACAGTGCACACCGGTGCATATGGAGATATGAGGGGTAAGAATAACAAGAAGGGTGATAATCGTCCTTTATTTGCACATTCAGCCACTACTTTGAAGAGATCTCATGGACTGAGAGTAAACTCACAGAGATCACGTGTACCGCAATACATGGATATCAGGGATTTTGCGGGCTTTTTGGGAAGAAATAATGCAACAGCAAGTACATCTGATATGCATAATATGCTTAATAGACCTGTATCCAGTAATGAACCAGATGAAGATGATCCTGATTCTACAGTGAGCCATGAAGAAGACACAAGAAGAATCCATTACTCTGGACCTCTGATGGCAGCAGAACGAAACATTGATGACTTGCTTAAAGAACATGAAAGGCAAATCCAAGAAGCAGCACGAAAAGCACGCCTCGAAAAAGTGAAGACGAAGAAGAATCTGATAAATGAAACCTAA

Protein

Gene

>AfisC5G04001
ATAGAAAACAAACTCAACTAAATAACAGATAATGAAAGATTTCCCCCCTTTTATTAGAAAGGATTATTGTTATGTGACTAATCTCAAAACTGCTGTCAAATTTTCCTTACGAGATTCGTCGTGGCAGGACGGGATTTTCATGCAATTTAAAATAAGTTATACCTCATTTTCCAACTGGGTTTGTGATAAAGCATCATCCTTACTCTTATTAGAATTTTTGACAACTTCTTTTGTTGATGAGCATTATCAAACCGAACAAAGATTAACCGTTTGGGTTTTCAATTGATCGGAATATTGAAAACTCGAAATTGCGAGGCAACTGTTTGAGTTAATGCTACAATAAAAAAGAAAGAGGGGGCAAATCTCTGTTGGTGCTTATGGGATGCATCTGGTCAAAAGGGATTAGCAGCAGTAAGAAATATGGGTCTTTTGATGAGACCATAAGCATCAACAGAGGACGCAACTCTCTTACAAAAGTTGCACCAGAGGTAGAAGCTTGTGATATTGTCAACAAAGATACATCGCTGCAGTCATTGTCGGCATCACAAAATAATTCAAATGAAATTGATCATAGTGAAAGAAATGTCAATGTGGAGAAAGATGTTGAGGAGGGTTTGGAAATTGTGGATGTCCCTAATGGGTTACCGGGCGAACATGTAAATTCGGGTTGGCCTTCTTGGTTGACTTTGGTGGCAGCTGAGGCAGTTTCCGGGTGGCTGCCTAGAAGAGCAGATTCATTTGAGAAACTAGAAAAGGTAATGTTTGATATCGTTGTCCTATGAATAACTTTTCAGTGCTTCAACTGAAAAGATAAAATTGTCTTTTTCATCCTTAATAATACAATGTCATATGTTCATAACTGTCTAATAATGTAGAAATTATGTAAATTATGAATAAAGAGTGATTATATTTGTATCCTTACTTGGTTTCTGACATGTGGGATATTGTGCTTCATATAAAAAATGACAAGTAATTACTACTCTCTAATCATGATAACGGCACATATGCATAGGTAAATGATTGGAAAAATGTATACTGAATTCAAACCATTAACTTTCGATTCTGCATTTAGTTTTAAGTTTTAACAAGATAACATTTCAGCGTAAAAATTAGACAAAAAAATATAAAATAGTTACGTATGAAAGGGAAAAGAAATAACCGAAGAGTGGTTATTTTATTTATATTGAAAATATATAAACATAAATAAATTGGAAAAATATAGTGGTAGAATTTTTTTTTTTGTCAAAACTGATATTCAAACTCTTGAAATAATTTATGTACAGAATTTTCCAAATTGACGATTAATTTTTGTTAGGAGTGAGTTTAGATCTCGTGATCTTATTTGTTTAACATAGGCATTTTGAAAATTTTGTGGTTGGAACAAAAATTTGAGATGAAGTTAATACTATCCTTCCTGAAGATACTATTTCCCATTAATTTAGCCTAAAAGTCATAAAGCTATTTCCAAATCATCCTTCATCAAATTATGTACATTGCTATGACTAGTTCATGTCCTTCTACATGTAGATTCTAAAAGTCCTTCAACATGCTAGATTTTGATTCTATTTTATTACTGCAGATTGGACAAGGAACCTACAGTACTGTATACAGAGCCCGTGATCTTCAAACTGGAAAACCCGTTGCACTAAAAAAGGTGAGGTTCCTTAATATGGATCCAGACAGTGTTCGATTTATGGCAAGAGAAATAAATATTCTACGTAGACTTGATCACCCAAATGTTATTAAACTCGAAGGCATCATTACATCTAAGACATCATGCAACTTGTATCTTGTGTTTGAATACATGGAACATGATCTTGCTGGACTTGCATCTACACCTGGTATCAAATTCACAGAGGCACAGGTATGGAATCTCGATAATCTACATTATCATCCTTTTAATGCCACTTTATCTAAAAATATATATTAAACTTCCAGGTAAAATGCTTCATGCAACAGCTACTAAGTGGGCTTGATCACTGCCATAAGAATGGAATATTACATAGAGATATCAAGGGTTCTAATCTTCTGGTGGATAAAAATGGTGTACTTAGAATAGGAGATTTTGGCCTTGCCACGAAATTTAATCCCCATAAAAAGGAAAGATTAACAAGCCATGTTGTGACTCTATGGTATCGACCTCCTGAACTTTTATTAGGTGCAACAGAATATGGGGCTGCTGTTGATTTATGGAGCGCTGGTTGCATTCTTGCTGAATTACTTGTTGGAAAGCCTATCATGCCTGGAAGAACTGAGGTAAATTTATATACTCAAAGAATCTCTAATTTTTGCTCCAAGGTGATCATTTGCATTTGTTTAGAATAAGATGTTTGATCCATGAATGGTGATTAGATGTAGGCCCAGTCCTTGGGTAAGACAAGCTATTTTGGCTGGGGAAATCCTTTGAGAAAAGCAACCCCCAATCACAAATCAAATGCATAGGAAAATTTTACAGTAGTTTAATAGCAAAAGTAACAGTTCAGTGGTTGTAATTTTGCACTTTAATTCGATGTTTAGAAGTTCATGCTTAGCTTGCTTCATTTCGTTATCACTCCTTATGTTATGCCAAATGAAAGTTCTTTTTTTCTACAAATAAAAGCAACTTAATACTGTTAGAATGACTGAATCAATTTAGATATGTTTACAATTAGAATTGTATATTTATGAAATGTTTTTATAACACAATACACGAGCAAGGAAAAAATGTTTAATGCCTAAAAGTCATTAATGATTATGAAACATTTATTGCAATAAGTGATCGATGATGGTAAGCACTTTTTTTAATGAAGAACAAAACTGCGCTTGTTGTAGGTAAATTTTTATACTCGGAATATCTAATTTTTCACCAAAGTTATCATTTGCATTTGTTTGGAATAAAATGTTTGATCCATGAATGCTGATTAGAATTAGTTCCAGCCCTAGGGTAAGACAACCTATTTTGGCTAGGGCAATCCTTGGAAAAAGCAACCCCCATTCACAAATCATTTGTATAGGAAATATTTACAGAAATTTAGTAGCACAAGTAATGTTTTAGTGGTTGTAATTTTGCATGGAAGTTCAAGCATAGCTTGCTTCATTTTGTTCTCACTCCTTGTATTAGGCCCACTAGAAGTATTTTTTTCTACAAATAAAAGCACTTTAAACACTGTTCGAATCACCTGTTCAATTTAGATATGTTACAATTAGAATTGTATGCTTATTCCATGTTTTTATAATAAAATACATGAGCAAGAGAAGTATTTACTACCTTATGGTCATAAATGATTATAAAACACTTATTGCAATAAGTGATCAATGGTGGTAAGCACTTTCTTTAAATGATAAAAAATGTGCTTGTTGTAGGTAGAACAATTGCACAAGATATTCAAGCTATGTGGTTCTCCAGCCGAAGACTACTGGAAGAAAACAAGGATATCGAAATCAACTGTTTTCAGACCACAACAACAATATCCACGCCGTGTTAATGAGACATTTAATGATTTTTCATTACCAGCTTTAAACCTTCTTAATATATTGCTTGCGATAGAATCGGGAGGCCGGGGAACTGCAGCTTCTGCTCTTCAGAATGAAGTATGCTTCTATATTTTTTGTTTTTGTTTTCTCTATTGCGCAATCCAATATACGATGAATTTTAAATTCATATTTTTGAAGACTGATACAAAGTTATAACATGTTTACAAGTTTTTCACTACGAATCCTCTTGCGTGCGATCCTTCAAGTTTGCCTAAATACCCATCAAGCAAAGAGTATGATACACGACTGAGGAATGAGGAAGCCAGAAGGTATTATTTCTCTACAAAAAATTGTAAATGCTTTGTGAAACATATACTAGTTAGAGCATCTTCAGCAGTTGGAGGTGGTGCAAAAGTCGGAGTGATTCCCTTTTTTTATATTTCACCGCGCTCCAGCAATTGGAATTGGAGTGTGGTGAGCGGTAGAGAGTGGGGTGAGCTCCAACTTTGTTTTTTCGAGCGTGGAGACATAACGGATTTCCGATAACTGTTTTATGTTAAACGGTTTCTGAACTCTGTTATTATATTTAATATTTAATCTGCATTCTAAACACCGTAAAATAAAaAAAAACATTTTTGTTTTGTTGCTAAACGACCGTTTATAGCCATAAACGGTGTTTAGAAACCTGTTTTACACTTTTTTCTTTTTCTATTTTTTCAATGAATAAAATATCCGGAGAAAATTAAATCTATTTGACTGCTAGACAAATTGGAGTTCTTCATGCTTATTTTCCTTCTTCTCCAACTTCAAATAGACCTTCTGCTGGAGATGCTCTTATGCAAGGACAGTTTTATTATGTCCGAAGCATAGAAAGAAAAAAAGGGAACCCCTCTGAATTGCACAACTTTAGCCTTAAAATTTGTTCCATATCTCAATTTTTGACAATTCTTTCTTCTGTCATTCTAGCATTGTTCCTTCTGCAATTATTACTAGGAAATTGTCAAATATCTTTTTGAATGTAATGGTACATCTGATCCATAAGTTTTTTAGCGATCGTCGCATTAATATTTCTTCTCATACTATTAAGAACTTATGGAGATTTTCTATGGTAAACATTTTGTCAACAAACTCCAACATGAAAATATACTGTATGAAACTATTTTATTTTTCAACTTTTATAATATTTAATATATGATTTTATGTAGGCAAAGAGAAGCTGCAAAATGCAAAGAAAAAGAAAAACCAAGAAAAATCCCAAATACTTATTCACAAAACAATACAGAAGAAGGTCAGGTAAACGTGTCTTATATGCTAATGGCTATGTTTCTTTTGAGGCAAACTGACCGATATATGACATCAATGTCGTCTGCTAATAAGCATACCTTCAAATTTTTGCTGCAGGAGAATCAACCTGATGGCAAATGCAGTAGTGATAAGTACAATGAACTTGGAAGTAGTACAGTGCACACCGGTGCATATGGAGATATGAGGGGTAAGAATAACAAGAAGGGTGATAATCGTCCTTTATTTGCACATTCAGCCACTAC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Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	XP_020246185.1	1.5e-194	probable serine/threonine-protein kinase At1g54610
Swissprot	F4I114.1	1.9e-154	Probable serine/threonine-protein kinase At1g09600
trEMBL	A0A2I0BG24	6.4e-187	Putative serine/threonine-protein kinase

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT1G53050.1	52.46	1e-171	600		Protein kinase superfamily protein

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	e-value	bit score
AfisC5G04001	AT1G53050.1	589	236	7	83	633	96	678	52.46	1e-171	600
AfisC5G04001	AT1G09600.1	574	230	7	82	622	124	695	53.83	2e-163	573
AfisC5G04001	AT1G71530.1	546	205	10	98	628	124	637	53.85	3e-160	562

Ortholog group

Species	Genes
-	-

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF00069.22	Pkinase	Domain	121	405	229.5	3.9e-68

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0005886	C	plasma membrane
GO:0009615	P	response to virus
GO:0005829	C	cytosol
GO:0004693	F	cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity
GO:0005524	F	ATP binding
GO:0007346	P	regulation of mitotic cell cycle
GO:0010564	P	regulation of cell cycle process
GO:0016607	C	nuclear speck
GO:0019908	C	nuclear cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex
GO:0030332	F	cyclin binding
GO:0042127	P	regulation of cell proliferation
GO:0043410	P	positive regulation of MAPK cascade
GO:0043484	P	regulation of RNA splicing
GO:0048366	P	leaf development
GO:0048523	P	negative regulation of cellular process
GO:1903047	P	mitotic cell cycle process

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
K08819	CDK12_13; cyclin-dependent kinase 12/13	EC:2.7.11.22 2.7.11.23	-	-

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network